Совершив поездку на Нижегородскую ярмарку, 4 сентября 1861 года Шлиман был избран членом Коммерческого суда. В сезон 1862—1863 годов он также занимался торговлей хлопком, доставляемым из США, причем из южных штатов, и кратковременно съездил в Италию. В январе 1863 года он известил жену, что намерен оставить занятия коммерцией. Тем не менее, ещё в декабре 1863 года он был из нарвских купцов переведён в Санкт-Петербургское первой гильдии купечество, а 15 января 1864 года был удостоен почётного потомственного гражданства. Однако уже 10 января он отплыл в Лондон, объявив, что навсегда покидает Россию. Видимо у него были веские причины.
В апреле 1864 года Шлиман отправился на минеральные воды в Ахен – набираться сил перед большим путешествием. Шрёдерам он писал, что для начала собирается в Тунис – изучать экономическую конъюнктуру, оттуда – в Египет, Индию, Китай, Японию, Калифорнию и Мексику, потом – на Кубу и в Южную Америку. Он тогда ещё вынашивал идею вновь заняться коммерцией (после окончания турне), может быть, даже вернуться в Петербург. В июне Шлиман действительно побывал в Тунисе, совмещая визит на руины Карфагена с оценкой политических и экономических перспектив, – в тунисские акции он вложил 250000 франков. В июле Шлиман перебрался в Каир, где подхватил инфекцию, тело покрылось нарывами, его мучили боли в ушах. Пришлось возвращаться в Европу и лечиться в Болонье. В одном из писем он поинтересовался мнением жены насчёт того, чтобы приобрести имение в Италии. Екатерина Петровна была категорически против, мотивируя тем, что дети должны расти и получать образование только в России. Лечение в Италии принесло лишь частичное облегчение, для консультаций Генрих отправился в Париж и в конечном счёте оказался в Вюрцбурге. Там профессор фон Трёльш впервые выявил у него экзостоз и запретил купаться в холодной воде, что Шлиман проигнорировал.
Шлиман даже хотел прервать путешествие и вернуться в Петербург, но полученное 26 августа письмо от жены было по тону таким, как умеют только русские женщины, что Генрих отправился в Индию и на Цейлон. С этими странами он был связан долгие годы торговыми делами. 5 декабря 1864 года пароход «Нубия» прибыл на Цейлон, а 13 декабря – в Калькутту. Пребывание в Индии было коротким всего до 26 января 1865 года. Из Калькутты Шлиман поездом отправился в Дели – британские колонизаторы уже проложили железную дорогу, и путь занимал всего двое суток. Прибыв в Дели, Шлиман нанял слугу и провожатого, который показал ему мечети и дворцы; побывал он и в Агре. Посетив предгорья Гималаев, Шлиман провёл два дня в Варанаси на Ганге, знакомясь с обычаями и обрядами индуистской религии. Михаил Германович Мейерович (1921-2004) отмечал:
«Знакомство с индийской культурой и искусством не вызвало глубокого интереса у Шлимана. Возможно, этому причиной было то, что индийских языков Шлиман не знал, а близость с каждой страной у него начиналась именно с языка».
Дальнейший путь Шлимана пролегал через Сингапур и остров Ява. В Сингапуре он активно переписывался с русскими адресатами, прощупывая почву для дальнейших сделок с колониальными товарами, и отправил в Петербург десять ящиков бенгальского индиго. В Батавии его поразил острый отит, заболели оба уха. Местный врач рекомендовал операцию на правую сторону, которая прошла успешно, но боли и тугоухость остались на всю жизнь. Восстанавливаясь, Шлиман увлёкся ботаникой и составил большой тропический гербарий и коллекцию насекомых, которую в 1875 году передал сыну Сергею. На Яве же он впервые увидел, как растёт индигофера113 – сырьё для краски, которой он торговал уже 20 лет.
1 апреля Шлиман прибыл в Гонконг. Дальнейший его маршрут пролегал через Сямэнь и Гуанчжоу на север – через Фучжоу, Шанхай, Тяньцзинь до Пекина. В Шанхае его поразил китайский театр, которому посвящено обширное описание, составляющее контраст с обычной лапидарностью записей. Тем не менее, Шлиман торопился, судя по записям, Китай произвёл на него отталкивающее впечатление:
«В Тяньцзине больше 400 тысяч обитателей, большинство из них живёт в предместьях. Из всех грязнейших городов, которые я видел в жизни – а видел я их достаточно во всех частях земного шара, но больше всего в Китае, – Тяньцзинь, несомненно, самый грязный и отталкивающий; все органы чувств прохожего там непрерывно подвергают оскорблению».
Шлиман вёл себя как турист и коммерсант – отчаянно торговался из-за мелочей, в Пекине – не зная языка – снизил в два раза стоимость ночлега в монастыре, где остановился. Круг интересов его мало выходил за пределы купеческого: 29 мая в Шанхае он сделал большой заказ на чай. Однако впервые в ходе этого путешествия Шлиман стал описывать и обмеривать памятники древности, его дневник подчас напоминал студенческий конспект. Более всего в Китае его поразили природа и Великая китайская стена:
«Я видел величественные панорамы, открывающиеся с высоты вулканов – острова Явы, с вершин Сьерра-Невады в Калифорнии, с Гималаев в Индии, с высокогорных плато Кордильеров в Южной Америке. Но никогда нигде не видел я ничего, что можно было бы сравнить с великолепной картиной, которая развернулась здесь перед моими глазами. Изумлённый и поражённый, полный восхищения и восторга, я не мог свыкнуться с этим чудесным зрелищем; Великая китайская стена, о которой с самого нежного детства я не мог слышать без чувства живейшего интереса, была сейчас передо мной, в сто раз более грандиозная, чем я себе представлял, и чем больше я глядел на это бесконечное сооружение, тем больше оно казалось мне сказочным созданием племени допотопных гигантов».
Видимо и Шлиман что-то знал о гигантах, которые населяли нашу планету ранее. Шлиман тщательно измерил Великую Китайскую стену в нескольких местах и даже захватил с собой один кирпич на память.
Из Шанхая пароход «Пекин» доставил его в Иокогаму. Столица тогдашней Японии – Эдо – ещё была запретным для иностранцев городом, поэтому Шлиман употребил все силы, чтобы туда попасть. При посредничестве американского консула он сумел выправить себе разрешение на пребывание в Эдо в течение трёх дней, но, как всякий иностранец, находился в столице на положении пленника: его постоянно сопровождали пять конных полицейских и шесть коноводов. Несмотря на ограничения, Шлиман обозрел столицу, побывал в чайном домике, в школе икебаны, в питомнике для разведения шелковичных червей и в театре. Всего пребывание в Японии продлилось три недели.
4 июля 1865 года Шлиман сел на английский пароход и 22 августа высадился в Сан-Франциско; переход через Тихий океан продлился 50 дней. Он имел отдельную «каюту» площадью 2 × 1,3 м, но не жаловался на отсутствие комфорта. Во время плавания он обрабатывал свои китайские и японские дневники и в итоге написал на французском языке свою первую книгу – «Китай и Япония дня сегодняшнего». Сначала он планировал напечатать путевые записки в «Journal de Petersbourg», но в итоге они вышли в свет во Франции.
В Калифорнии Шлиман вновь побывал на золотых рудниках, но сильнее всего интересовался природой: побывал в Йосемитской долине, а в сентябре посетил рощи гигантских секвой. Обозрев дерево под названием «Мать леса», Шлиман подсчитал в дневнике, что оно содержит 573 000 кубических футов древесины (16 225 м³), следовательно, свой петербургский дом он мог отапливать в течение 107 лет и 5 месяцев. Спустя неделю Шлиман совершил плавание в Никарагуа, оттуда перебрался в Нью-Йорк. Поездка на Кубу оказалась удачной в коммерческом отношении – там он выгодно вложил деньги в акции железнодорожной компании. Побывал он и в Мексике, но в общем, описание всех событий, произошедших после отъезда из Японии и до прибытия в Париж в январе следующего года, заняло в дневнике Шлимана менее двух десятков страниц.
В октябре 1865 года Шлиман, которого вновь беспокоили боли в ушах, прибыл в Вюрцбург на лечение. Из его переписки с женой следует, что он даже не сообщил ей об операции на Яве. 28 января 1866 года, посетив по пути Лондон, Шлиман переехал в Париж и немедленно купил несколько домов: № 5 на бульваре Сен-Мишель, № 33 на Рю-де-Аркад, № 6 и 8 на Рю-де-Кале и № 7, 9 и 17 на Рю-де-Блан-Манто, общая сумма сделки составила 1736400 франков. Это были доходные дома, в которых было 270 отдельных квартир – надёжный и прибыльный источник дохода. Тогда же Шлиман занялся поиском издателя и редактора для своей книги о Китае и Японии, и ему даже предложили обратиться к Александру Дюма (неизвестно, отцу или сыну), но знакомство по какой-то причине не состоялось.
1 февраля Шлиман записался в Парижский университет, где оплатил следующие курсы лекций:
1) «Французская поэзия XVI столетия»;
2) «Арабский язык и поэзия» (профессор Дефремери, Коллеж де Франс, по хрестоматии Козегартена);
3) «Греческая философия» (профессор Ш. Левек, Коллеж де Франс);
4) «Греческая литература» с коллоквиумом по «Аяксу» Софокла (профессор Э. Эггер);
5) «Петрарка и его странствия» (профессор Мезьер, продолжение курса);
6) «Сравнительное языковедение» (профессор Мишель Бреаль);
7) «Египетская филология и археология» (Викде Руже);
8) «Современный французский язык и литература (в частности, Монтень)» (профессор Гийом Гизо).
Шлиман очень серьёзно отнёсся к своему новому статусу студента, ибо ещё с середины 1850-х годов сообщал родственникам, что чувствует нехватку систематического образования, которого не получил в юности. Он аккуратно посещал лекции и семинары, но в университете проучился недолго. Много времени у него отняло издание книжки «Китай и Япония дня сегодняшнего». Генри замыслил перевести её на немецкий язык. Он предложил эту работу своему старому учителю Карлу Андерсу, с которым изредка переписывался на греческом и латинском языках. Тот к тому времени обеднел и опустился, так что гонорар от Шлимана пришёлся кстати.
Проведя месяц в Парижском университете, 7 марта 1866 года Шлиман возвратился в Петербург, пробыв в отсутствии два года. Судя по дневнику и переписке, он восстановил старые знакомства и не оставил коммерческих интересов. Впрочем, главной его задачей было уговорить жену переехать с ним во Францию или Германию. Не сумев восстановить отношений с семьёй, 10 июля 1866 года он выехал в Москву и начал на следующий же день вести дневник на русском языке – единственный, который вёл на этом языке, как если бы находился в путешествии за рубежом. Дневник представляет собой, скорее, собрание числовых заметок: росписи расходов, фиксирует число жителей в поселениях, которые проезжал, отмечает температуру воздуха, расстояния между населёнными пунктами, имена попутчиков. В Москве и Нижнем Новгороде он не задержался, его целью стала Самарская губерния, где он вознамерился лечиться кумысом