В качестве правителя Византии в изгнании Феодор I Ласкарис столкнулся со множеством проблем. Даже внутри границ его государства возникали мелкие греческие княжества, а осенью 1204 года против него выступила франкская армия под командованием самого Балдуина. Феодор был безнадежно не готов к этому нападению, и роковое поражение Никеи в битве при Пиманионе позволило франкам контролировать все побережье Вифинии до самой Прусы. Однако заносчивость Балдуина вскоре ему аукнулась: греческие землевладельцы Фракии предложили императорскую корону болгарскому царю Калояну в обмен на изгнание латинян из Константинополя. Еще раньше, в 1204 году, Калояна короновал посланник Иннокентия III (правда, он сделал его королем, а не императором), и тот принял юрисдикцию Рима, но он так же сильно хотел избавиться от крестоносцев, как и сами византийцы. 14 апреля 1205 года Калоян разбил армию франков у Адрианополя и взял в плен самого Балдуина, который вскоре умер. Всего через год после захвата Константинополя власть латинян была сломлена, и в Малой Азии в руках франков остался только город Паги на Мраморном море.
Теперь Феодор мог заняться своим новым государством, ни на минуту не усомнившись, что его подданные рано или поздно вернутся в свою законную столицу. Он во всех мелочах следовал старой византийской традиции, и после его коронации в 1208 году существовало два императора Восточной империи и два патриарха – латинянин в Константинополе и грек в Никее, каждый изначально настроенный на то, чтобы уничтожить другого. На следующий год брат и преемник Балдуина Генрих I Фландрский переступил через моральные принципы крестоносца и заключил военный союз с сельджуками, которые тоже считали угрозой греческое государство в Малой Азии; в результате этого в 1211 году он нанес Феодору серьезное поражение и дошел до Пергама и Нимфея, однако с тыла его слишком сильно теснили болгары, и он не смог продолжить наступление. В конце 1214 года два императора согласились заключить мирный договор: Генрих сохранил северо-западное побережье Малой Азии до самого Адрамитиона, а все остальные территории вплоть до границы с сельджуками отошли Феодору.
Молодая империя получила от крестоносцев официальное признание своего права на существование. Почти одновременно вновь начала приходить в упадок Латинская империя. В июне 1216 года в Фессалониках умер Генрих. Всего за десять лет, уважая права и религию своих греческих подданных и достигнув баланса власти с Никеей, он спас дело, казавшееся проигранным. Генрих умер бездетным, и в качестве его преемника франкские бароны избрали Пьера де Куртене, мужа сестры Генриха Иоланды. Пьер, находившийся в то время во Франции, выехал на Восток в первые недели 1217 года. К несчастью, он остановился в Дураццо, чтобы освободить город от эпирского деспота, но эта попытка окончилась провалом: его взяли в плен, бросили в тюрьму, и больше о нем никто не слышал.
Императрица Иоланда, мудро решившая ехать вместе с детьми морем, благополучно прибыла в Константинополь, где родила сына Балдуина. После этого она правила как регентша до своей смерти в 1219 году. Она упрочила примирительную политику брата, отдав свою дочь Марию в жены Феодору Ласкарису, однако эту новость с ужасом восприняли в Эпире, где быстро восходила звезда деспота Феодора. Он так и не принял договор 1214 года, а теперь, как он заявил, произошло новое предательство. Истина же заключалась в том, что Феодору было мало Эпира: будучи законным правнуком Алексея I, он мог похвастаться гораздо более серьезным правом на императорский трон, чем Ласкарис. Его ближайшей целью теперь стали Фессалоники, но в глазах Феодора Ангела Дуки Комнина они были лишь первой ступенькой к Константинополю.
После смерти Бонифация Монферратского в 1207 году Фессалониками правила его вдова, регентша при сыне Деметрии, однако после приезда императрицы Иоланды город больше не мог полагаться на крепкую поддержку Константинополя. Было ясно, что дни его существования в качестве независимого государства сочтены, и осенью 1224 года Фессалоники пали. Феодор Эпирский отныне был единовластным правителем от Адриатики до Эгейского моря. Вскоре, не считаясь с Ласкарисом, епископ Охридский короновал его императором Римской империи. Таким образом, вместо одной империи, существовавшей еще поколение назад, появились три греческих и одна латинская, а впереди маячило и возникновение пятой, так как быстро росло Второе Болгарское царство. Царь Калоян уже распространил свою власть на большую часть Фракии и Македонии, а его второй преемник Иван Асень II тоже страстно желал заполучить Константинополь. Самым слабым государством была сама Латинская империя, которая к 1225 году сократилась до столицы, территорий, непосредственно прилегавших к ней с севера и с запада, и небольшой области в Малой Азии к югу от Мраморного моря. Иоланда умерла в 1219 году; ее сын Роберт был беспомощным юнцом, далеко не сравнимым с Феодором, Иваном Асенем и Иоанном Ватацем, унаследовавшим Никейскую империю от своего тестя Феодора Ласкариса в 1222 году. После тяжелого поражения, нанесенного Ватацем, захват Фессалоник оказался для него слишком большим испытанием; с этого времени он предался разгулу и удовольствиям и умер в январе 1228 года.
Роберт не оставил после себя законных детей, а поскольку его брату и наследнику Балдуину II было всего одиннадцать лет, бароны решили сделать регентом самого выдающегося из крестоносцев – бывшего короля Иерусалима Иоанна де Бриенна. Ему было почти 80 лет, однако он оставался на удивление деятельным, имел четырехлетнюю дочь, и ему не было равных в опыте. Однако Иоанн выдвинул ряд условий. Юный император должен немедленно жениться на его четырехлетней дочери, которая получит соответствующее приданое в виде земель; самого Иоанна должны признать василевсом, которого Балдуин заменит после смерти; в возрасте двадцати лет Балдуин должен быть наделен властью в Никейской империи вместе со всеми франкскими владениями в Малой Азии. Иоанн не спешил и появился в Золотом Роге лишь осенью 1231 года. Через несколько дней его короновали в храме Святой Софии.
За время этого трехлетнего междуцарствия баланс сил на Балканах коренным образом изменился. В апреле 1230 года Иван Асень нанес поражение императору Феодору Комнину и взял его в плен. Правда, его брату Мануилу разрешили остаться в Фессалониках в качестве деспота, но лишь потому, что он был женат на дочери Асеня; он был марионеткой в руках тестя и не претендовал на большее. Латиняне были спасены от почти верного уничтожения народом, который они прежде презирали, однако им пришлось наблюдать, как Иван Асень беспрепятственно движется через Балканы от Адриатики к Черному морю.
Устранение четвертого участника борьбы за верховную власть неизбежно привело к радикальной перегруппировке оставшихся трех. Ватац казался Ивану Асеню гораздо более полезным союзником, чем латиняне, особенно потому, что он собирался покинуть Римскую церковь. Западное христианство так и не прижилось среди болгар; кроме того, любые дальнейшие атаки на Латинскую империю проще оправдать, если люди увидят, что царь воюет против еретиков. Разрыв произошел в 1232 году; вновь образована Болгарская православная патриархия, а через три года Иван Асень подписал союзный договор с Никеей, который впоследствии был скреплен браком между его дочерью Еленой и сыном Иоанна Ватаца Феодором II Ласкарисом. В конце лета 1235 года объединенные православные войска уже осаждали Константинополь с моря и с суши.
Старый Иоанн де Бриенн сражался как тигр, защищая свою империю, и венецианские корабли оказали ему в этом неоценимую поддержку; однако спасло Константинополь только то, что Иван Асень передумал: он внезапно осознал, что энергичная греческая империя представляет для Болгарии гораздо более серьезную угрозу, чем ослабленная Латинская, и отменил наступление. Однако почти сразу случилась беда: его столица стала жертвой страшной эпидемии, которая унесла жизни его жены, одного из сыновей и недавно назначенного патриарха. Иван Асень воспринял это как небесный суд и тут же заключил с Ватацем мир. Однако он довольно скоро принялся искать себе новую жену, и его пленник Феодор из Фессалоник каким-то образом сумел убедить его жениться на своей дочери Ирине. Став царским тестем, Феодор был освобожден из плена и вернулся в Фессалоники, где сверг своего брата Мануила и посадил на трон своего сына Иоанна, вернув ему титул императора.
1241 год оказался переломным. Он еще не успел закончиться, а трое из главных действующих лиц уже лежали в могиле: болгарский царь Иван Асень, император Мануил Комнин Дука и папа Григорий IX, один из самых грозных защитников Латинской империи. В том же году монгольская орда хлынула через Венгрию в бассейн Дуная, оставив болгарам мало возможностей предпринимать дальнейшие авантюры на Востоке, и таким образом еще одно некогда грозное государство было практически ликвидировано. Власть Фессалоник уже была сломлена. Латинская империя, состоявшая тогда почти из одного Константинополя, выжила лишь благодаря раздорам между ее врагами. Из этих врагов оставался только один – Никейская империя, чей правитель Иоанн Ватац продолжал подготовку к завоеванию. Ему еще следовало уладить вопрос с Фессалониками. Благочестивый император Иоанн был слабым и лишь номинальным правителем – настоящая власть находилась в руках Феодора, оставшегося таким же честолюбивым, как и прежде; так что именно его Иоанн Ватац пригласил в Никею в 1241 году. Старый Феодор принял приглашение и получил весьма любезный прием; и лишь когда он собрался уезжать, ему вежливо объяснили, что его отъезд, к сожалению, невозможен. Он оставался пленником до следующего лета, когда Ватац сам довез его до Фессалоник и отправил в качестве посла к его сыну, чтобы заключить договор. В результате этих переговоров Иоанн сменил титул императора на титул деспота и признал верховную власть Никеи.
Пока Ватац находился в Фессалониках, в Малую Азию вторглись монголы. В июне 1243 года они нанесли поражение султану Кей-Хосрову II в битве при Кёсе-даге. Императора Трапезунда, который был вассалом султана, постигла такая же участь. К счастью, монголы ушли, оставив после себя разоренный султанат, однако никейские земли остались нетронутыми. Болгарское царство тоже сильно пострадало от этого недавнего вторжения варваров, а смерть в 1246 году Коломана, двенадцатилетнего сына Ивана Асеня, и восшествие на трон его младшего сводного брата Михаила еще больше осложнили обстановку, в которой Ватац воодушевленно планировал добиться успеха. К осени он занял большую часть Северной Македонии и еще стоял в ней лагерем, когда к нему прибыла группа жителей Фессалоник с предложением: если он гарантирует оставить городу его древние права и привилегии, Фессалоники сдадутся без боя. Ватац сразу согласился и в декабре вошел в город, не встретив сопротивления; он выслал старого Феодора и оставил в качестве вице-короля своего дальнего родственника Андроника Палеолога.