Армия Тухачевского наступала вдоль Дона. Части Краснова оказывали лишь слабое сопротивление. Казаки тысячами сдавались в плен. Однако с конца января 1919 года в Донецкий бассейн вступили войска Добровольческой армии и продвижение Южного фронта замедлилось. С середины февраля, после отставки Краснова и прихода на пост атамана деникинского ставленника генерала А.П. Богаевского, приток частей Добровольческой армии на Дон резко возрастает. Командующий Южного фронта В.М. Гиттис направил 8-ю армию на юго-восток, в глубь Донской области. Тухачевский же самовольно повернул свои войска на Миллерово, чтобы наступать на Ростов по кратчайшему пути — через Донбасс — и нанести поражение добровольческим дивизиям. Он учитывал, что пролетарское население каменноугольного бассейна куда больше сочувствует Красной Армии, чем озлобленные расказачиванием казаки. Тухачевский, казалось бы, идет на прямое нарушение воинской дисциплины. Однако случай этот не так прост, как может показаться. Дело в том, что сам командующий фронта Гиттис своими приказаниями нарушил директиву главкома Вацетиса, предусматривавшую маневр части сил фронта от Царицына в направлении на Донбасс. Гиттис исходил из сложившейся после поражения казаков под Царицыном обстановки в группировке советских войск и трудности переброски новых сил на миллерово-ростовское направление, так как противник при отступлении основательно разрушил железнодорожные пути. Но его решение оказалось ошибочным.
8-я армия, взаимодействуя с двигавшейся на Ростов группой И.С. Кожевникова, достигла определенных успехов. Однако сил для решительной победы не хватило. Командующий фронта, по настоятельному требованию главкома, согласившегося с предложениями командарма 8-й, пытался сделать то, чем не стал заниматься в январе: перегруппировать войска походным порядком для нанесения удара на Донбасс. Но истощение конского состава и эпидемия тифа значительно замедлили маневр. Время было бесповоротно упущено. Армия Тухачевского смогла в марте оттеснить добровольческие части на правый берег Северского Донца в районе Калитвенская — Глубокая — Красновка — Луганская. Но тем временем начался ледоход, река вскрылась, и дальнейшее наступление через широко разлившийся Донец стало на долгое время невозможным. Кроме того, в начале марта на Верхнем Дону вспыхнуло казачье восстание, отвлекавшее все больше сил красных.
Тухачевский, как и Вацетис, считал Гиттиса главным виновником того, что не удалось добить Донскую армию и полностью занять Область Войска Донского и Донбасс. 23 марта 1919 года (именно этот день ранее главком называл в качестве крайнего срока для разгрома противника) Михаил Николаевич по его просьбе, мотивированной невозможностью сработаться с Гитти-сом, получил новое назначение. Тухачевского возвратили на Восточный фронт, где вновь сложилась критическая обстановка.
18 ноября 1918 года правительство Директории, обосновавшееся в Омске, было свергнуто отрядами офицеров и казаков, приведшими к власти бывшего командующего Черноморского флота адмирала А.В. Колчака. Адмирал провозгласил себя «Верховным правителем России» и фактически установил в Сибири и на Урале военную диктатуру. Колчаку удалось на какое-то время объединить разрозненные войска нескольких областных правительств на Востоке России, сформировать более или менее боеспособную армию, снабженную всем необходимым Англией и Францией из оставшихся после Первой мировой войны запасов. Адмирал бросил ее в наступление на советский Восточный фронт, рассчитывая выйти к Волге, а потом предпринять решающий поход на Москву. 4 марта Сибирская армия под командованием чешского генерала Р. Гайды, решившего попытать счастья с русским белым движением, перешла в наступление к реке Каме, отбросив части 2-й и 3-й армий красных. А 6 марта в атаку пошла Западная армия генерала М.В. Ханжина, опрокинувшая вдвое уступавшую ей по численности 5-ю советскую армию. Белые заняли Уфу, Бугульму, Бугуруслан, Белебей… До Волги им оставалось не более 100 километров. 5-я армия была разбита и откатывалась без серьезного сопротивления на 20–25 километров в сутки. Центр Восточного фронта был прорван. Советскому командованию требовалось срочно усилить 5-ю армию, чтобы добиться перелома. Сюда направлялись дивизии как из соседних армий, так и с других фронтов, а также новые формирования из внутренних губерний. 5-я армия должна была превратиться в самую сильную на Восточном фронте. Во главе ее и был поставлен в начале апреля Тухачевский.
Командующий Восточного фронта С.С. Каменев разработал план контрудара во фланг армии Ханжина войсками Южной группы М.В. Фрунзе, состоявшей из трех армий: 1-й, 4-й и Туркестанской. Еще одна армия, 5-я, до 11 мая находилась во временном подчинении Фрунзе. Тогда и завязалось личное знакомство Тухачевского с Фрунзе, быстро переросшее в дружбу.
28 апреля Южная группа начала контрнаступление во фланг и тыл Западной армии. 5-я армия атаковала противника фронтально в общем направлении на Бугуруслан и Бугульму. В ходе последующего наступления потерпел поражение левофланговый 6-й Уральский корпус белых, и Ханжин вынужден был приостановить стремительный марш к Волге. Отразив контрудар противника, введшего в дело только что сформированный и плохо обученный Волжский корпус Каппеля, 27-я стрелковая дивизия 5-й армии 13 мая заняла Бугульму. Войска Ханжина, хотя и избежали окружения, но понесли тяжелые потери и утратили боевой дух. Однако колчаковский наштаверх ДА. Лебедев и командующий Сибирской армии не осознали всей серьезности положения. Сибирцы продолжали ставшее уже бессмысленным наступление на Вятку в тщетной надежде, что красные перебросят против войск Гайды часть сил, громивших Западную армию.
Тем временем в командовании советского Восточного фронта произошли перемены. Вместо С.С. Каменева 5 мая был назначен бывший генерал АА. Самой-до, ранее возглавлявший 6-ю Отдельную армию на архангельском направлении. Это назначение стало следствием начавшегося противостояния Троцкого с членом Реввоенсовета Восточного фронта С.И. Гусевым, поддерживавшим Каменева. Этот конфликт обострился со второй половины мая, когда выявился разгром Западной армии белых. Каменев и Гусев настаивали на продолжении генерального наступления с целью добить Колчака, не давая ему передышки — иначе за зиму колчаковцы оправятся и к весне 1920 года опять будут представлять собой грозного противника. Но главком Вацетис и Троцкий считали, что основные силы надо перебросить на юг против действовавшего все более успешно Деникина, а на востоке ограничиться активной обороной на рубеже реки Белой после предполагавшегося взятия Уфы. Эти споры, происходившие не только в рамках военного ведомства, но и в ЦК партии, окончились только в июле, когда Каменев занял место Вацетиса, арестованного по неподтвердившемуся обвинению в бонапартистских наклонностях.
В 1935 году в статье в «Красной Звезде» Тухачевский так изложил ход событий: «Начавшись 25 апреля (войска Тухачевского атаковали белых на три дня раньше главных сил Южной группы, чтобы привлечь к себе резервы Западной армии и облегчить ее фланговый обход. — Б. С.), наступление Южной группы развивалось очень успешно. Правый фланг 5-й армии к 1 мая вышел в район станции Заглядино… В это время Трон-кий нашел нужным вмешаться вдела Восточного фронта. Командвост тов. С.С. Каменев был освобожден от должности, и на его место был назначен тов. А.А. Самойло. Это обстоятельство совершенно испортило блестящее начало нашего контрнаступления и позволило белым упорядочить свое отступление. 5-я армия была изъята из подчинения тов. Фрунзе и перешла в непосредственное подчинение тов. Самойло. 11 мая тов. Самойло нацеливает 5-ю армию на север, к устью реки Вятки, 14 мая сворачивает ее на Белебей, 17 мая опять направляет ее на север, а 19 мая на северо-восток. Вместо преследования — топтание на месте.
Начались протесты против такого командования. 21 мая командарм-5 направил командвосту телеграмму, в которой говорилось: «Начиная с 10 сего мая, вероятно, ввиду многих неизвестных мне обстоятельств вами были отданы пять задач для 5-й армии, каждый раз отменяющие одна другую… Эти отмены приказов совершенно измотали дивизии, и части совершенно перепутались, связь нарушилась и проч.»
В заключение командарм просил командвоста соблюдать статью 19 Полевого устава, издания 1918 года, в которой говорится, что прежде чем отдать приказ, надо подумать.
«Большие неприятности перенес и тов. Фрунзе, которому тов. Самойло неожиданно 18 мая запретил преследовать белых. Тов. Фрунзе дал решительный отпор, и тов. Самойло отменил свой приказ, разрешив занять Уфу. Тов. Фрунзе успешно провел операцию по занятию города Уфы».
С точки зрения воинской субординации, поведение Тухачевского было недопустимо, несмотря на то что по существу он был прав. Однако в годы Гражданской войны подобные пререкания нижестоящих начальников с вышестоящими и неисполнение приказов было довольно-таки распространено и у красных, и у белых. Например, почти одновременно со ссорой Тухачевского и Самойло, в конце мая, по другую сторону фронта командующий Сибирской армии генерал Гайда потребовал от Колчака отставки наштаверха Лебедева, а на прямой вопрос, намерен ли он, Гайда, впредь исполнять приказы Верховного Главнокомандующего, ответил: «Да, но поскольку они не будут мешать моим, как командующего Сибирской армии, оперативным распоряжениям». Взбунтовавшегося командарма пригрозили арестовать, но в конце концов оставили в прежней должности, заручившись только обещанием исполнять все приказы, а не только те, которые понравятся. Очень многие приказы и в Красной Армии, и в белых армиях так и исполнялись: «постольку-поскольку». Грешил этим и Тухачевский, но не менее часто сам страдал от подобной практики со стороны подчиненных или соседей. К тому же связь работала плохо, и приказы и донесения об обстановке часто не доходили до соответствующих штабов.
Надо отметить, что стратегические решения Тухачевского не всегда были продуманны и взвешенны. Троцкий, например, высоко ценя Михаила Николаевича как «талантливого, но склонного к излишней стремительности полководца», в 1937 году признавал: «Ему не хватало способности оценить военную обстановку со всех сторон. В его стратегии всегда был явственный элемент авантюризма».