Рули высоты, которые были сбалансированы, крепили на трех петлях. Оба руля имели триммеры. Управление рулями высоты осуществлялось при помощи системы тяг и качалок. Автомат вывода из пикирования имел отдельный гидравлический привод.
Горизонтальное оперение – однокилевое двухлонжеронное трапециевидное с закругленными краями симметричного профиля. Руль направления эллиптической формы навешивался на трех петлях. Он был сбалансирован и оснащен триммером. Управление рулем направления осуществлялось при помощи системы тяг и качалок.
Шасси – классическое с задним опорным колесом. Главное шасси одностоечное с пружинной амортизацией фирмы Kronprinz (KPZ). Стойка присоединялась к кронштейнам, расположенным в мотогондоле. В дальнейшем (начиная с Ju 88А-4) стали использовать стойки шасси VDM с гидропневматической амортизацией. Шасси убирались в мотогондолы при помощи гидравлической системы, при этом осуществлялся поворот стоек шасси на 90(, что позволяло более компактно расположить колесо внутри мотогондолы. Задняя часть колесной ниши была закрыта двумя створками, которые открывались только в момент выпуска или уборки шасси, а в остальное время были закрыты. Еще две створки располагались в передней части колесной ниши. Эти створки закрывали стойку шасси. При выпущенном шасси створки оставались открытыми. Ободы колес VDM или Elektron (ЕС) с широким профилем углубления, снабженные двойными гидравлическими дисковыми тормозами. Шины размером 1140x410 мм. Колея – 5770 мм хвостовое колесо KPZ или ЕС размером 560x200 мм. Давление в колесах главного шасси – 4.2 атм (0.42 МПа), в хвостовом колесе – 3.75 атм (0.375 МПа).
Двигатели – два двенадцатицилиндровых жидкостного охлаждения рядных двигателя (перевернутая «V») типа Юнкерс Jumo 211G-1 мощностью 883 кВт/1200 л.с. приспособленные для работы на бензине В4 (этилированный авиационный бензин А2) с октановым числом 87. Двигатели вращали трехлопастные металлические винты VDM переменного шага, оснащенные разбрызгивателем антиобледенителя. Резервуары с антиобледенителем емкостью 9 литров находились в крыле около лонжерона № 1 над мотогондолами. В качестве антиобледенителя использовали жидкость LEF 25А.
Охлаждение – осуществлялось жидкостью (смесь воды с этиленгликолем в пропорции 1:1 с добавлением 1.5% антикоррозивного средства Schutzoel 39). Уравнительный резервуар, закрытый обтекателем, находился над мотором и соединялся с блоком циллиндров и пятисегментным радиатором. Один из пяти сегментов играл роль маслорадиатора. Принудительная циркуляция жидкости в системе охлаждения осуществлялась при помощи двух насосов. Объем системы охлаждения – 75 литров для каждого двигателя.
Топливная система – была очень обширной. В ее состав входили два бензобака емкостью 415 литров каждый, размещенные в крыльях между коренной нервюрой и нервюрой № 1. Еще два топливных бака емкостью по 425 литров располагались в консолях крыльев между 2-й и 4-й нервюрами. Кроме того, в обоих фюзеляжных бомбоотсеках можно было установить дополнительные топливные баки (в передний бомбоотсек устанавливали бак емкостью 1220 литров, а в задний – 680 литров), которые в целях безопасности оборудовали системой аварийного слива топлива конструкции Ф.Прешона (Preschon). Все баки были самогерметизирующиеся, а их общая емкость могла достигать 3580 литров. Чтобы еще увеличить дальность полета, предусматривалось использование двух подвесных сбрасываемых топливных баков емкостью по 900 литров каждый. Сбрасываемые баки изготавливали из пропитанной фанеры и крепились на бомбодержателях.
Для запуска холодных двигателей существовала система впрыска топливной смеси, содержащей большую фракцию неэтилированного летучего бензина с добавлением 5% масла. Бачок с этой смесью емкостью 1.5 литра располагался в фюзеляже между 7-м и 8-м шпангоутами. Для впрыска смеси служил ручной насос SUM, расположенный слева от кресла пилота. Запуск двигателей в полярных условиях (при температуре окружающего воздуха ниже -ЗОгр осуществлялся при помощи нагнетания в двигатель ацетилена.
Топливо подавалось к двигателям посредством сети бензопроводов, ведущих от главных баков, расположенных в крыльях. По мере расхода бензина осуществлялась его подкачка из дополнительных баков. В мотогондоле, за противопожарной перегородкой, находился топливный фильтр и аварийный кран, перекрывавший при необходимости поступление топлива к двигателям. Подачу бензина осуществляли бензонасосы, расположенные около двигателей. Кроме того, каждый внутренний топливный бак оснащался собственным бензонасосом КВР 16С фирмы DBU. Из навесных баков топливо подавалось пневматически. В случае аварии была предусмотрена возможность перекачки топлива ручным насосом, расположенным в кабине около шпангоута № 8а.
Маслосистема – отдельная для каждого двигателя, состояла из двух главных самогерметизирующихся маслобаков емкостью 136 литров каждый (заливали только 125 литров), расположенных в крыльях между 1-й и 2-й нервюрами и одного вспомогательного маслобака емкостью 106 литров, общего для обоих двигателей, размещенного в левом крыле между 4-й и 5-й нервюрами. Принудительная циркуляция масла осуществлялась зубчатыми насосами. Перекачку масла из вспомогательного маслобака производили вручную при помощи маслонасоса, расположенного в кабине в районе шпангоутов № 8 и № 8а.
Для охлаждения масла предназначались верхние сегменты комбинированных радиаторов, а поступление масла в радиатор регулировалось термостатом Roe 16. Все элементы маслосистемы были соединены маслопроводами е фильтрами и кранами. Пуск двигателя в зимних условиях облегчался заполнением маслосистемы двигателя прогретой до +90(С порцией масла, содержащего 7.5% бензина при температуре окружающего воздуха до +5( или 15% бензина при более низких температурах.
Использовали три сорта масла: Аего- Schell-mittel, Mobiloel-Rotring и Stanavo 100.
Гидравлика – состояла из контуров, обеспечивающих работу автомата вывода из пикирования, а также управление горизонтальным стабилизатором, выпуском шасси, закрылков и воздушного тормоза.
Циркуляцию жидкости осуществляли зубчатые насосы, отбиравшие мощность у двигателей самолета. Уравнительный резервуар емкостью 10.8 литров (заливали только 8.5 литров) располагался в фюзеляже между шпангоутами № 8Ь и № 9, дополнительный резервуар емкостью 5.1 литров находился в кабине под креслом стрелка-радиста.
Гидравлический привод был и у тормозов главного шасси, однако тормозная система не была связана с остальной гидравликой самолета.
Электрооборудование – экранированное, напряжением 24 В. В качестве источников тока выступали два генератора Bosch мощностью 2000 Вт, приводимые в действие моторами самолета, а также свинцовый аккумулятор, установленный в хвостовой части фюзеляжа между шпангоутами № 23 и № 24. Доступ к аккумулятору обеспечивался изнутри фюзеляжа, через дверь, расположенную в районе шпангоута №15, и снаружи, через лючок в левом борту.
Все цепи имели автоматические предохранители, большинство из них было сгруппировано на правой стене кабины. Разъем подключения внешнего источника тока располагался в правой части фюзеляжа внизу в районе шпангоута № 8а.
Кислородное оборудование – состояло из 16 циллиндрических кислородных баллонов емкостью 2 литра каждый, расположенных внутри фюзеляжа в районе шпангоута № 23. Посредством системы редукторов, вентилей и шлангов кислород поступал в кислородные маски экипажа (4 шт.). Процентное содержание кислорода в воздухе, поступавшем в маски зависело от высоты полета. Манометры дыхательных масок пилота и бомбардира располагались у правой стенке кабины, а манометры масок стрелка-радиста и стрелка – непосредственно на дыхательных аппаратах. Заправку системы кислородом осуществляли через общий вентиль, расположенный снаружи в правой стороне фюзеляжа в районе шпангоута №21. Давление в полностью заправленных баллонах составляло 150 атмосфер (15.0 МПа).
Для сверхдальних полетов предусматривалась возможность установки дополнительных 8 или 16 кислородных баллонов в правом крыле в районе нервюры № 5.
Радиооборудование – состояло из приемопередающей радиостанции FuG 10, состоявшей из передатчиков S 10K и S 10L, а также приемников Е 10K и Е-10L, работавших в диапазонах 300-600 кГц и 3000-6000 кГц. Антенна растягивалась между мачтой на фонаре кабины и килем. Кроме того использовалась выпускаемая антенна длиной до 70 метров, в убранном положении хранящаяся в районе шпангоута № 15. Для питания радиооборудования использовали преобразователи U 10/S и U 10/Е. Размещались приборы перед шпангоутом № 8Ь. Связь между членами экипажа обеспечивал интерфон EiV, подключенный к радиостанции FuG 10.
Для приземления в условиях нулевой видимости использовали навигационное оборудование FuBl 1 или FuBl 2, использующее двухдипольную антенну, расположенную под фюзеляжем.
Оборудование – состояло из полного комплекта навигационных приспособлений и контрольных приборов, большинство из которых было сгруппировано на главном приборном щигке. Вдоль левого борта кабины, рядом с креслом пилота располагалась панель с рычагами, рукоятками тяг и другими устройствами управления узлами самолета. У правого борта располагались остальные контрольные приборы. Все самолеты Ju 88 оснащались автопилотом Siemens К 4ue.
Спереди у места бомбардира устанавливался спуск сигнального пистолета (ракетницы) Walther, обеспечивающей пуск ракет изнутри кабины. Запас ракет хранил'- ся в двух кассетах на полу кабины, около правого борта. Некоторые самолеты были оборудованы четырьмя коробками с противогазами для членов экипажа.
В комплект спасательного оборудования входила надувная резиновая лодка, расположенная в контейнере в верхней хвостовой части корпуса между шпангоутами № 23 и № 23а. Там же хранился контейнер с неприкосновенным запасом пищи и воды, парус, весла и аварийный передатчик. Контейнер закрывала крышка, открываемая из кабины самолета. При снятой крышке происходило автоматическое наполнение лодки сжатым воздухом. Ниже, в левом борту, в районе шпангоута № 24 находилась аптечка первой помощи. Зимой аварийное оснащение дополнялось нартами и дополнительным пайком.