Во главе «Народной воли» встало общее собрание, которое выбирало Исполнительный Комитет и администрацию, контролировало их деятельность, назначало редакцию партийной газеты. Комитет из десяти-пятнадцати человек и администрация из трех-пяти членов руководили боевыми группами и отдельными агентами первой и второй ступеней. Постоянные общие группы состояли из членов Исполнительного Комитета и агентов, временные группы составлялись для выполнения отдельных поручений. Боевые постоянные группы также состояли из членов Исполнительного Комитета и агентов, занимались подготовкой террористических актов и политического переворота. Временные боевые группы выполняли конкретные теракты. Это была жесткая централизованная тайная организация, в которой все члены были равны, а все руководство – выборное. Устав «Народной воли» говорил: «Все личные симпатии, антипатии, все силы и саму жизнь каждый член Исполнительного Комитета обязан приносить в жертву его целям. Все за каждого и каждый за всех». Созданная титаническими усилиями А. Михайлова и А. Зунделевича тайная типография «Народной воли» в сентябре 1879 года выпустила партийную газету, в которой народовольцы писали об обуздывании правительственного произвола, его невмешательстве в народную жизнь и создании такого государственного строя, при котором была бы возможна деятельность пропагандистов в народе: «Десять лет почти мы только и слышим о политических преступлениях, процессах, ссылках и казнях. Северные губернии и Сибирь переполнены политическими ссыльными. Для борьбы с движением правительство, железный колосс на глиняных ногах, ставит на карту все, объявляет нам войну, хотим ли мы этого или не хотим – оно будет нас бить». После выхода газеты «Народная воля» шеф жандармов А. Дрентельн докладывал Александру II: «С тяжелым чувством вижу себя обязанным донести Вашему Императорскому Величеству, что вчера появился первый номер новой подпольной газеты. Сам факт ее появления представляет явление в высшей степени прискорбное, а лично для меня крайне обидное».
Программу «Народной воли» обсуждали все ее члены. К зиме были подготовлены и утверждены «Программа Исполнительного Комитета» и «Подготовительная работа партии». В Программе народовольцы говорили: «Мы социалисты и народники. Только на социалистических началах человечество может воплотить в своей жизни свободу, равенство, братство, обеспечить благосостояние и всестороннее развитие личности, а значит прогресс. Развитие народа должно идти самостоятельно и свободно, и тогда оно прочно. Наша ближайшая задача – снять с народа подавляющий его гнет современного государства и произвести политический переворот с целью передачи власти народу. Мы полагаем, что народная воля была бы достаточно хорошо высказана и проведена Учредительным собранием, избранным свободно и всеобщей подачей голосов при инструкциях от избирателей. Мы предлагаем: самостоятельность сельской общины, землю народу, заводы и фабрики рабочим, полная свобода совести, слова, печати, сходок, избрания депутатов, всеобщее избирательное право без сословных и имущественных ограничений».
Добиваться своих целей народовольцы хотели с помощью комплекса различных мер, актов, мероприятий – агитация и пропаганда среди народа, террористические акты, направленные на подрыв силы и авторитета правительства, организация народовольческих групп по всей стране, приобретение связей и влияние в правительственном аппарате, армии, обществе, подготовка, организация и совершение государственного переворота. Способы совершения переворота открыто не указывались. В разработанной только для своих «Подготовительной работе партии» эти способы назывались: «создание центральной боевой организации, способной начать восстание, создание провинциальных революционных организаций, способных поддержать восстание, обеспечение поддержки восстания городскими рабочими, привлечение на свою сторону войска или парализация его деятельности, сочувствие и содействие интеллигенции – главного источника сил при подготовительной работе, склонение на свою сторону общественного мнения Европы, влияние на крестьянство». В «Программе Исполнительного Комитета» террористическая деятельность должна была «поднимать революционный дух народа и формировать годные к восстанию силы». В «Подготовительной работе партии» террор был объявлен детонатором переворота: «Для восстания нужно будет выбрать благоприятный момент, когда сами обстоятельства значительно облегчат задачу заговорщиков. Такие благоприятные условия создаются народным бунтом, неудачной войной, государственным банкротством, разными усложнениями европейской политики. Партия обязана исполнить свои задачи во что бы то ни стало. На благоприятное стечение обстоятельств она не должна возлагать своих надежд. Партия должна иметь или сама создать благоприятный момент действия, начать дело и довести его до конца. Искусно выполненная система террористических предприятий, одновременно уничтожающих десять-пятнадцать человек-столпов современного правительства, приведет его в панику, лишит единства действий, возбудит народные массы и создаст удобный момент для нападения. В этот момент заранее собранные боевые силы начинают восстание и пытаются овладеть главнейшими правительственными учреждениями. Такое нападение легко может увенчаться успехом, если партия обеспечит себе возможность двинуть на помощь первым застрельщикам хоть какие-то значительные массы рабочих и других революционеров. Для успеха точно так же необходимо подготовить положение в провинциях, чтобы или поднять их на переворот, или хоть оставить нейтральными. Также необходимо заранее обезопасить восстание от помощи правительству со сторон европейских держав».
После победы восстания власть на короткое время переходила к Временному правительству, которое созывало Учредительное собрание. Осенью 1880 года А. Желябов подготовил «Программу рабочих, членов «Народной воли», по которой самодержавие заменялось республикой, земля, фабрики и заводы получал народ, во всех города, областях и селах устанавливалось выборное народное управление, провозглашались политические свободы, Учредительное собрание упраздняло Временное правительство, утверждало народные завоевания и устанавливало новые государственные и общественные отношения. Для осуществления этой программы рабочие должны были объединиться в кружки, приобрести силу и вес, а затем «напирать на правительство и при необходимости поддержать свои требования с оружием в руках», соединиться с боевыми группами «Народной воли», напасть на правительство, овладеть крупными городами, передать власть временному правительству, а затем Учредительному собранию. А. Желябов передал «Рабочую программу» Карлу Марксу, и она произвела на него серьезное впечатление.
В 1881 году была подготовлена «Программа военно-революционной организации «Народной воли», ориентированная только на офицерство. Распропагандировать солдат у «Народной воли» не хватало ни сил, ни времени, ни возможностей. Военная организация должна была активно участвовать в заговоре, перевороте и восстании с целью захвата верховной власти. Для конспирации военная организация и сама «Народная воля» объединялись только двумя членами Исполнительного Комитета и одним офицером, руководителем военных. Им стали А. Желябов, Н. Колодкевич, после их ареста В. Фигнер и Н. Суханов.
Внутри «Народной воли» были три мнения о способах политической борьбы. Н. Морозов и О. Любатович не были согласны с заговором и Учредительным собранием, считая, что народ не пойдет за малочисленными народовольцами. Морозов предлагал вести массовый террор «горстью революционеров, незначительной по числу, но сильную и страшную своей энергией и неуловимостью», который заменит собой широкое революционное движение политическими убийствами. За обещание прекратить террор власти должны будут предоставить революционерам свободу агитации и пропаганды среди подданных. Затем ограниченную монархию должно сменить народовластие. Оставшись в меньшинстве, Морозов и Любатович в феврале 1880 года уехали за границу представлять там «Народную волю». После массовых арестов в январе 1881 года Исполнительный Комитет вызвал Морозова в Петербург. При пересечении границы Морозов был выдан провокаторов, арестован, и на двадцать пять лет посажен в Шлиссельбургскую крепость. Спасать мужа в Россию вернулась О. Любатович, оставив только что родившегося ребенка. Она попыталась создать особую террористическую группу, не успела, в ноябре 1881 года была арестована и отправлена на каторгу.
Л. Тихомиров, его жена Е. Сергеева и ее сестра М. Ошанина декларировали проведение малочисленного государственного переворота, с объявлением подданным всех необходимых преобразований: «сто решительных офицеров, если с ними находился начальник дворцового караула, могли бы арестовать царскую семью и взять власть». Л. Тихомиров в итоге поддержал А. Михайлова и А. Желябова с их идеей всеобщего восстания.
В сентябре и октябре 1879 года в «Народной воле» было приняло решение готовить заговор с переходом в народное восстание с помощью террористических актов, агитации и пропаганды среди студентов, рабочих и офицеров. В середине осени государственная машина Российской империи столкнулась с четырнадцатью революционерами-нелегалами, обладавшими небольшой суммой денег, сетью конспиративных квартир, динамитной мастерской с двумя центнерами динамита и гремучего студня, тайной типографией, тайным паспортным бюро для подготовки необходимых документов и паспортов, агентом в Третьем отделении, имевших несгибаемую волю, пять тысяч активно сочувствующих помощников, и желание погибнуть, если понадобиться, за народное счастье и светлое будущее. Сумасшедшая дуэль, а в которой у народовольцев не было никаких шансов на победу, началась.
В первом номере газеты «Народной воли», так поразившем главноуправляющего Третьим отделением, редакция сообщала российским подданным: «Наше правительство – не комиссия уполномоченных от господствующих классов, как в Европе, а есть самостоятельная, для самой себя существующая иерархическая организация, дисциплинированная ассоциация, которая держала бы народ в экономическом и политическом рабстве, даже в том случае, если бы у нас не существовало никаких эксплуататорских классов. Правительство объявляет нам войну. Возьмем ли мы на себя инициативу пойти против правительственного подхода и политического переворота, или будем по-старому игнорировать политическую деятельность, тратя все силы на то, чтобы биться около народа, как рыба об лед?»