Анализ потерь Черноморского флота показывает, что наибольшее количество кораблей и вспомогательных судов погибло в первый военный год. Так, из 15 погибших больших боевых кораблей 12, т.е. более чем три четверти, погибли в первый год, при обороне Одессы и Севастополя. В первые дни, при выполнении набеговой операции на Констанцу погиб лидер «Москва». 21 июля на выходе из Севастополя подорвалась на немецкой мине эсминец «Быстрый», а 30 сентября 1941 г. — эсминец «Совершенный».
При обороне Одессы 21 сентября 1941 г. погибли эсминец «Фрунзе», канонерская лодка «Красная Армения». 7 марта 1942 г. в районе Керченского пролива подорвался на мине эсминец «Смышленый».
Во время обороны Севастополя погибли крейсер «Червона Украина» (12 ноября 1941 г.), эсминцы «Дзержинский» (14 мая 1942 г.), «Свободный» (10 июня 1942 г.), «Безупречный» (26 июня 1942 г.), лидер «Ташкент» (28 июня 1942 г.), эсминец «Бдительный».
В октябре 1943 г. при набеге на Феодосию и Ялту были потеряны лидер «Харьков», эсминцы «Беспощадный» и «Способный».
К 22 июня 1941 г. в составе флота было 47 подводных лодок различных типов:
— 3 — типа «Д» («Декабрист»), водоизмещение 941 т надводное, 1288 т подводное, 8 торпедных аппаратов, 1 — 100 и 1 — 45-миллиметровые орудия;
— 5 — типа «Л» («Ленинец»), водоизмещение 1025/1321 т, 6 торпедных аппаратов, 1 — 100 и 1 — 45-миллиметровыс орудия;
— 4 — типа «С» (средняя), 837/1075 т, 6 торпедных аппаратов, 1 —100- и 1—45-миллиметровые орудия;
— 15 — типа «Щ» («Щука»), двух серий — Vбис и X, водоизмещение около 600/700 т, 6 торпедных аппаратов, 1 и 2 45-миллиметровых орудия (на серии Vбис вместо второго орудия — два пулемета);
— 14 — типа «М» («Малютка») двух серий — VI, VIбис, водоизмещение 160/250 т, два торпедных аппарата, 1 — 45-миллиметровое орудие, а также 1-2 пулемета;
— 5 — типа «АГ» — подводные лодки постройки 1918-1923 гг., водоизмещение 360/470 т, 4 торпедных аппарата, 1 — 45-миллиметровое орудие и 1 пулемет. Несмотря на свой солидный «возраст» эти лодки принимали активное участие в боевых действиях, на счету у каждой от двенадцати до двадцати боевых походов.
До конца 1941 г. в строй вступили еще 6 подводных лодок типа «М» XII серии, водоизмещение 203/254 т; два торпедных аппарата, одно 45-миллиметровое орудие. Две подводные лодки к началу войны находились в капитальном ремонте в Севастополе и при его оставлении были взорваны. Таким образом, в боевых действиях участвовала 51 подводная лодка. _
Основная задача, которую выполняли подводные лодки флота, была практически одинакова в продолжение всей войны — это действия на коммуникациях противника. В зависимости от военной обстановки на театре, менялись и районы действий подводных лодок. В первые месяцы войны подводные лодки действовали на коммуникациях от Варны до Сулины, затем до Одессы и до Босфора. С занятием немецкими войсками Крыма подводные лодки действовали в районах между Севастополем и Констанцей, Севастополем и Одессой, Севастополем и Сулиной. В Крымской наступательной операции 1944 г. подводные лодки действовали на этих же направлениях, препятствуя как подвозу подкреплений в Крым, так и эвакуации немецких войск из Севастополя. В мае-июне 1942 г. многие подводные лодки использовались для перевозки грузов и войск в осажденный Севастополь и вывоза оттуда раненых. Было это вызвано тем, что подходы к Севастополю простреливались немецкой артиллерией, и вход наземных кораблей был или чрезвычайно опасен или практически невозможен.
Всего за годы войны черноморские подводники совершили около 570 боевых походов, некоторые из них — более двадцати походов: «Л-4» — 24 боевых похода, «Л-23» — 21, «С-31» — 20, «М-118» — 25, «М-111» — 29, а «М-35» — тридцать раз совершала боевые походы. Лодки ушли на позиции уже 22 июня 1941 г. В первые же дни войны подводники понесли и первую потерю — погибла «Щ-206» в своем первом боевом походе, мористее Констанцы. Первая победа подводников была достигнута в августе 1941 г. — подводная лодка «Щ-211» южнее Варны атаковала и потопила транспорт «Пелес» водоизмещением 5708 брт. Она же в сентябре в этом же районе потопила транспорт противника «Суперга» в 6154 брт.
Большая часть подводных лодок потеряна в западной части Черного моря, у побережья Румынии и Болгарии. Причины этого вполне объяснимы и закономерны. Так как перевозки вдоль побережья противник осуществлял по прибрежным маршрутам, прикрытым с моря оборонительными минными заграждениями, то для того, чтобы «добраться» до транспортов противника, командирам подводных лодок приходилось преодолевать эти минные поля, что и приводило к большим потерям, тем более, что районы постановки вражеских мин известны были лишь предположительно. Как пример, можно привести эпизод из боевого похода «Щ-211», в сентябре 1941 г., в котором она потопила танкер «Суперга». После атаки лодка стала уходить из района на большие глубины; форсируя минное заграждение, она зацепилась за минреп выставленной якорной мины, маневром от нее избавиться не удалось. Командир принял решение выходить вместе с миной на глубокое место. Ночью лодка всплыла, водолаз обнаружил зацепившуюся мину в районе горизонтальных рулей, рядом с корпусом лодки. Несмотря на штормовые условия ему удалось перерубить минреп и освободиться от мины. На этот раз встреча с миной обошлась благополучно, но так было далеко не всегда. Уже через месяц эта же подводная лодка не вернулась из своего четвертого боевого похода и причины ее гибели неизвестны до сих пор… В журналах боевых действий записано: «Штабом флота объявлено, что в связи с выходом всех сроков возвращения, пл «Щ-211» (командир капитан-лейтенант А.Д. Девятко) считать погибшей». Кроме мин, осложняли действия подводных лодок и малые глубины у берегов западной и северо-западной частей Черного моря, затруднявшие маневр по глубине и уклонение от противолодочных кораблей.
За весь период войны Черноморский флот потерял в море 26 подводных лодок, т.е. половину общего количества, принимавшего участие в боевых действиях. Они погибли на минах, от воздействия противолодочных сил и пропали без вести…
Обстоятельства гибели абсолютного большинства подводных лодок до сих пор неизвестны. Есть только некоторые отрывочные данные агентурной разведки и свидетельства очевидцев из местных жителей, например, по подводной лодке «М-118». Эта подводная лодка была заложена в январе 1940 г., спущена на вода в феврале 1941 г. и вступила в строй в октябре 1941 г. За год боевых действий восемь раз выходила на позиции в западную и северо-западную части Черного моря. 1 октября 1942 г. в районе между устьем Днестра и Дуная вблизи берега атаковала и потопила торпедой транспорт «Зальцбург» водоизмещением 1942 брт. Было это днем, на малых глубинах. Через некоторое время лодка была обнаружена немецким гидросамолетом и подверглась атаке, вероятно, успешной, так как по появившемуся следу соляра на лодку вышли два румынских тральщика. В условиях мелководья подводной лодке не удалось оторваться от тральщиков, и она была потоплена серией глубинных бомб. После бомбометания на поверхность всплыли деревянные обломки и обмундирование.
В конце 80~х годов были предприняты попытки поиска транспорта «Зальцбург» и подводной лодки, местные жители подтвердили факт боя и гибели лодки. Они сообщили, что на месте потопления румыны выставили буй, на следующий день водолазы обследовали район, но ничего не нашли. В этом же районе на берегу была обнаружена невзорвавшаяся торпеда, предположительно, с подводной лодки (или вторая в залпе по «Зальцбургу», или выпущенная по тральщикам). Торпеду разоружили и увезли. До сегодняшнего дня место подводной лодки, несмотря на многочисленные и многократные обследования района, не обнаружено. А вот транспорт «Зальцбург» найден, лежит он на глубине 14 м, наименьшая над ним глубина 4,8 м. Он обследован гидрографическим эхотралом бокового обзора «ГЭБО-100» и водолазами, последний раз в 1988 г. Транспорт сильно разрушен, лежит курсом 22Г, его длина около 135 м, ширина — 25 м. Местоположение и глубина определены гидрографами достоверно. В этом же районе есть еще несколько затонувших судов, причем, не все они осмотрены водолазами, так что не исключено, что среди них когда-то будет обнаружена и подводная лодка «М-118».
Во время третьего боевого выхода в район Варны погибла в ноябре-декабре 1942 г. подводная лодка «Щ-204», командир капитан-лейтенант И.М. Гриценко. Почти сорок лет точное место ее гибели было неизвестно. И только спустя 40 лет лодка случайно была обнаружена болгарскими рыбаками как подводное препятствие, о которое рвались сети. Гидрографическим обследованием установлены точные координаты. Водолазы доложили: «подводная лодка со звездой на рубке…» Как рассказывает капитан 1 ранга запаса Александр Васильевич Жбанов, тогда начальник Аварийно-спасательной службы Черноморского флота, по договоренности с болгарским ВМФ в район было послано современное спасательное судно «СС-21». Обследование подтвердило — да, подводная лодка, типа «Щука». Номера ни на рубке, ни в ограждении рубки, где должна быть медная табличка, не обнаружили. Вскрыли верхний рубочный люк, проникли в боевую рубку. По документам, найденным там (сигнально-наблюдательный журнал и др.), установили, что это — «Щ-204». Останки части экипажа с подлодки были доставлены в Севастополь и торжественно захоронены на кладбище ветеранов Великой Отечественной войны. На этой церемонии присутствовали многие родственники погибших подводников, которых черноморцы разыскали, а Военный совет флота пригласил в Севастополь. Среди них — сын командира лодки, тоже командир лодки, но атомной, с Северного флота, капитан 1 ранга Гриценко, и внук, тоже подводник… На памятнике погибшим выбиты имена всех членов экипажа лодки, поднятая с лодки пушка находится в экспозиции музея Черноморского флота.
В 1974 г. при обследовании гидрографами затонувшего судна около острова Змеиный и при последующем уточнении аквалангистами одного из украинских любительских клубов была обнаружена подводная лодка времен войны, погибшая от сильного взрыва в носовой части, вероятно, от подрыва мины с последующей детонацией запасных торпед. Командующим флотом, тогда адмиралом Н.И. Ховриным, было принято решение о подъеме л