Борьба между казахскими султанами и Аштарханидами за обладание городами, расположенными по правому берегу Сыр-Дарьи, и прилегающими к ним районами продолжалась и во время правления в Бухаре Вали-Мухаммад-хана (1606–1610) и шла с переменным успехом. В 1607 г. ставленник Аштарханида Мухаммад-Баки-бий калмак занял Ташкент, но спустя какое-то время объединенные силы казахских султанов во главе с Ишим-ханом вновь овладели городом; между казахскими владетелями и Бухарой было достигнуто соглашение, согласно которому «бразды правления Ташкентом» были вручены Шах-Саид-султану, сыну казахского Турсун-султана, а его аталыком (опекуном) был назначен бухарский эмир Ялангтуш-бий из племени алчин.
В 1611 г. казахские султаны Абулай, Кичинек (Кучик), а также сын Ишим-хана Джанибек со своими людьми вмешались в междоусобные распри Аштарханидов, оказывая помощь новому бухарскому хану Имамкули (1611–1642) в его борьбе с изгнанным Вали-Мухаммадом, поддержанным, в свою очередь, иранским шахом Аббасом. В результате акции казахских султанов управление Ташкентом, Туркестаном, Сыгнаком, Сузаком и другими областями правобережья Сыр-Дарьи перешло к Ишим-хану, а его сын Джанибек-султан был назначен управителем области Сагардж. Но уже в 1612 г. Имамкули предпринял поход против казахов через Туркестан «до крайних пределов Ашпары и Кара-Тау», разграбив по пути несколько городов и сел. Бухарскому хану удалось овладеть Ташкентом и посадить там наместником своего сына Искандара. Но едва хан покинул пределы Ташкента, как жители города восстали и убили царевича. Когда эта весть дошла до бухарского хана, он вновь выступил в поход. Взяв после месячной осады Ташкент, Имамкули-хан устроил в нем резню, подобно которой, как отмечали источники, «не помнило время».
Ташкент недолго оставался во власти бухарского хана. В 1613 г. казахи вновь овладели городом и оттуда вторглись в Самаркандскую область. Навстречу им выступил Имамкули-хан, но несмотря на помощь своего брата Надир-Мухаммад-султана, правителя Балха, был наголову разбит и в жалком состоянии возвернулся к себе в столицу. Поскольку возвращение восточных областей государства оказалось делом сложным, Имамкули-хан решил способствовать приходу к власти в этих районах надежного ставленника из числа казахских султанов. Такая возможность представилась ему вскоре же.
По сообщению Махмуда б. Вали, автора «Бахр ал-асрар», Имамкули-хан на третьем году своего царствования, т. е. в 1022 г. х. (1613-14), выступил в поход на Ташкент и «другие восточные вилайеты». После переправы через Сыр-Дарью в «высочайший лагерь» с небольшой свитой приближенных прибыл Турсун-султан казах, который перед этим «забрал в свои руки бразды правления Ташкентом и прочими вилайетами тех пределов». После того как бухарский хан одобрил захват им власти, Турсун-султан возвратился к себе. Ишим-хан вместе со своими приверженцами подался к моголам и кыргызам; в течении нескольких лет он принимал активное участие в феодальных усобицах могольских правителей и некоторое время был ханом части кыргызов.
Подробности узурпации Турсун-султаном ханской власти не освещаются ни в одном из известных нам источников. До настоящего времени остается не вполне выясненным и родовое происхождение Турсуна. Его полное имя — Турсун-Мухаммад-султан. В русских источниках он назван братом Ишим-хана, сына Шигай-хана; так считали и многие исследователи. Между тем в четвертой части шестого тома «Бахр ал-асрар», которая стала доступной советским ориенталистам лишь недавно, Турсун-Мухаммад назван сыном Джалим-султана. Имя Джалим-султана упоминается как в русских, так и в мусульманских источниках. По сообщению Хафиз-и Таныша, Джалим-султан, два его сына (имена их не приводятся) и двое из сыновей Хакк-Назар-хана были убиты в 1580 г. людьми Шибанида Баба-султана, который приходился ему зятем. Родословная Джалим-султана неизвестна. По предположению одних исследователей, он был сыном Касим-хана, сына Джанибек-хана; как полагают другие, возможно, он был сыном Шигай-хана, сына Джадик-султана, сына Джанибек-хана.
Главной ставкой Турсун-хана был Ташкент, где он, по сообщению автора «Имамкули-хан-наме», чеканил монеты от своего имени и собирал с населения «бадж и харадж» (пошлину и поземельный налог). Судя по данным других источников, при Турсун-хане власть казахов распространялась на Ташкент, Бискент, г. Туркестан, так и временами на Сауран, Андижан, Шахрухийа и другие города, за которые происходили постоянные войны между бухарским ханом и казахскими султанами. Более того, казахские владетели пытались распространить свою экспансию на города Среднеазиатского Междуречья — Мавераннахр. Имамкули-хан, пишет Искандар Мунши, описывая события 1621 г., выступил с войском для наказания казахов, которые, владея Ташкентом и окрестными областями, совершали частые вторжения в Самаркандскую область. Во время переправы через реку Шахрхане войско хана подверглось нападению казахов. В происшедшем сражении погибло более 20-ти тысяч воинов Бухарского ханства, часть которых утонуло в реке во время поспешного бегства. Имамкули с остатками разбитого войска возвратился в Бухару. Оттуда он отправил нарочного в Балх к своему брату Надир-Мухаммаду, чтобы тот прибыл с войском на помощь для нового выступления против казахских султанов. Получив не совсем удовлетворительный ответ, хан сам выехал в Балх для встречи с братом. После советов и консультаций было решено, что во главе балхского войска выедет Яланкус(Ялангтуш)-бахадур. Движимый жаждой мести за понесенное жестокое поражение от казахов, Имамкули-хан поспешил во главе объединенных сил Бухарского ханства в сторону владений казахов. Во второй раз между ними учинилось сражение, пишет далее автор «Тарих-и аламарай-и Аббаси», и вновь поражение выпало на долю бухарского хана. Тогда, по настоянию сановников было решено помириться с противником. Между Имамкули-ханом и казахскими султанами во главе с Турсун-Мухаммад-ханом было заключено перемирие, и ханы разъехались по своим резиденциям.
Одно из самых крупных сражений между войсками бухарского хана и объединенными силами казахских и кыргызских владетелей состоялось, согласно «Бахр ал-асрар» [т. 6, ч. 4, л. 106-107б], в 1033 г. х., соответствующему году Свиньи, т. е. в 1623 г. Турсун-султан, пишет Махмуд б. Вали, «ранее осчастливенный Имамкули-ханом преимуществом родства через бракосочетание и получивший в свои руки бразды правления Ташкента с округом, гнусным образом повернул поводья с пути согласия и единства и вступил на путь разногласия и разлада». Имамкули-хан решил наказать его и стал собирать войско. На помощь он призвал также свое доверенное лицо в Андижане, казахского Абулай-султана, который, согласно повелению, выступил со своим отрядом в сторону Ташкента. Численность войска Имам кули-хана, будто бы, «достигала 160 тыс. всадников». Ополчение Турсун-султана, якобы, составляло 100 тыс. человек, из которых 10 тыс. было выставлено предводителями кыргызских племен. Противники сошлись близ крепости Шахрухийа, и сеча началась. В самый жаркий момент сражения «казахское воинство» под началом Абулай-султана покинуло поле боя. В бухарском войске поднялась паника и Имамкули-хан отступил.
В 1624 г. Турсун-хан и прибывший к тому времени из Восточного Туркестана Ишим-хан организовали совместный поход на Андижан. Валием (управителем) Андижана тогда был Ханзаде-султан, сын казахского султана Келди-Мухаммада. Вали запросил помощи у Имамкули-хана; хан откликнулся и отрядил войско. Вспомогательный отряд прибыл как раз тогда, когда казахские султаны осаждали крепость Ахси. Дали сражение. Войско бухарского ханства потерпело поражение и отступило. Казахские султаны захватили несколько крепостей, разграбили их и ушли в сторону Ташкента и Туркестана.
Отношения двух казахских ханов — Турсуна и Ишима — между тем постепенно обострялись и доходили до военных столкновений, о чем свидетельствует «Запись в Тобольской приказной избе», датируемая августом 1625 г. Правда, в 1036 г. х. (1626-27), по словам Махмуда ибн Вали, Турсун-хан и Ишим-хан «простили друг друга и снова завязали узы дружбы». Однако угли вражды тлели, и вскоре началась новая волна муждоусобной борьбы за верховную власть. Вот рассказ человека, который именно в те смутные годы волею судьбы оказался среди казахов и провел несколько лет в ставке Ишим-хана и Турсун-хана. «Я отправился, — пишет Абу-л-Гази, будущий хивинский хан и историк, описывая события, имевшие место около 1625 года, — к казахам. В Туркестане, у Ишим-хана я провел три месяца. В то время [старшим] ханом казахов был Турсун-хан. Он приехал в Туркестан из Ташкента. Ишим-хан отправился повидаться с ним; меня же оставил дома. Возвратившись после свидания с Турсун-ханом, Ишим взял меня с собою, повел к хану, представил ему и сказал: „Это Абу-л-Гази из рода Ядгар-хана. До сих пор еще никто из членов этого дома не приезжал гостить к нам; наших же пребывало у них много. Было бы желательно, чтобы он находился при Вас“. „Хорошо, — сказал Турсун-хан, — пусть будет посему“. Он взял меня с собою и привез в Ташкент. В Ташкенте, у Турсун-хана я провел два года. Года через два Ишим-хан умертвил Турсун-хана и перебил его катаганов. Тогда я обратился к Ишим-хану. „Я приехал к вам, — сказал я ему, — в надежде: не будет ли мне от вас, обоих ханов, какой-либо пользы; а у вас самих вот какое вышло дело. Дайте мне разрешение на поездку к Имамкули-хану [в Бухару]“. „Хорошо, — отвечал Ишим-хан, — ступай!“. Я отправился к Имамкули-хану». [Абу-л-гази, т. 1, с. 306–307].
Междоусобная война казахских султанов и гибель Турсун-хана подробно описывается в четвертой части шестого тома «Бахр ал-асрар». Для полноты сюжета приведем краткий пересказ этого длинного описания. В указанный год (1036 г. х. — 1626/27), пишет Махмуд б. Вали, Ишим-султан решил устроить набег на йурты калмаков. Он собрал под свои знамя «все войско алачинов» и других подвластных племен улуса, а также часть катаганов, что были опорой Турсун-султана, двинулся «в один из пределов Моголистана», напал на становища калмаков и подверг их разграблению. Тем временем Турсун-султан, долгое время выжидавший удобного момента для расправы со своим главным политическим соперником, отрядил войско на орду (ставку) Ишим-султана, которая располагалась «в одной местности Туркестана», для захвата и истребления оставшихся там людей. Воины отряда прибыли в орду, перебили множество людей, а жен и детей Ишим-султана со всей челядью доставили в Ташкент. Турсун-хан, окрыленный успехом, решил покончить и с самим Ишим-ханом: «застать его врасплох и схватить его в пути». С этой коварной мыслью он отправился со своим войском навстречу Ишим-султану. Стороны встретились в окрестностях Сайрама, обе рати сошлись и «растопили печь сражения». Воинство Турсун-султана потерпело поражение и отступило к Ташкенту. Однако же, когда Турсун-султан с остатками разбитого войска добрался до Ташкента, узнал, что «невестка царства уже находится в объятиях другого». Подробность этого события такова, пишет далее Махмуд б. Вали и продолжает свой рассказ так. В то самое время, когда Турсун-султан, с намерением учинить засаду, направился навстречу Ишим-султану, владетель Андижана казахский султан Абулай объединился с некоторыми эмирами бухарского хана Имамкули и все вместе напали на подвластный Ташкенту Бискент; после боев и сражений отняли его у Иш-Кара-султана казаха. Затем они направились на крепость Шахрухийа и изгнали оттуда Мурад-султана казаха. А тем временем правитель Дизака (Джизак) Бек-оглы двинулся с войском на Ташкент. Эти обстоятельства стали известны Ишим-султану. Он решил воспользоваться благоприятным случаем, выступил из Сайрама и тоже направился на Ташкент. В окрестностях Ташкента состоялось повторное сражение воинов двух казахских владетелей. Турсун-султан погиб: его умертвили его же приближенные. Ишим-султан отправил голову поверженного Турсун-султана через Бек-оглы к Имамкули-хану. В свою очередь бу