1991 год полковник Ковалев встретил в должности начальника службы «3» — «защита конституции», так называлось бывшее пятое направление.
В первый день августовского путча Ковалев получил приказ начальника Московского управления КГБ генерал-лейтенанта Прилукова «с 19 августа до особого распоряжения организовать дежурство оперативного состава, офицеров действующего резерва на центральных площадях, железнодорожных вокзалах, в аэропортах, в окружении государственных и правительственных учреждений, на важных объектах контрразведывательного обеспечения и объектах жизнеобеспечения города».
Послеавгустовская чистка Ковалева не коснулась. Напротив, он получил повышение. При новой власти был назначен заместителем начальника столичного управления Федеральной службы контрразведки. Евгений Савостьянов, который руководил московским управлением, сделал его первым замом.
В октябре 1994 года Степашин забрал к себе Ковалева заместителем. Это произошло после того, как кадровый аппарат ФСБ провел анонимный опрос среди чекистов, и очень многие назвали Ковалева. Он курировал следственное управление и управление экономической контрразведки.
Николай Дмитриевич всегда держался в стороне от политических игр, он очень осторожный человек. Когда был заместителем у Барсукова, то предусмотрительно дистанцировался от печально знаменитого дела вокруг коробки с долларами, которую летом 1996 года пытались вынести из Белого дома. Начальник московского управления Анатолий Васильевич Трофимов взялся за это дело и потерял должность. А Ковалев стал преемником Барсукова.
— Как вас назначали?
— Меня пригласил президент. Готовый указ уже лежал у него на столе. Он сказал: «Принято решение о назначении вас директором Федеральной службы безопасности». Я поблагодарил за доверие и обещал сделать все возможное на этом посту. Президент при мне подписал указ.
По указу президента была произведена очередная реорганизация органов. Вместо тридцати четырех управлений были образованы пять департаментов: контрразведки; борьбы с терроризмом; анализа, прогноза и планирования; организационно-кадровой работы; обеспечения деятельности. В качестве самостоятельных управлений сохранились следственное управление, управление собственной безопасности, управление делами и оперативно-поисковое (служба наружного наблюдения).
И на основе управления перспективных программ появилось новое подразделение — управление разработки и пресечения деятельности преступных организаций. Оно должно было заняться борьбой с организованной преступностью: внедрение в особо опасные криминальные структуры, получение информации о готовящихся преступлениях, выявление «крестных отцов» российской мафии. Управление было полностью самостоятельным и располагало собственной службой наружного наблюдения и оперативной техникой. Брали сюда людей с опытом, преимущественно с опытом боевых действий в Афганистане и Чечне.
Ковалев уверял, что отныне управлять ведомством станет значительно легче.
— Вы каждую неделю встречались с президентом?
— Жесткого графика не было. Был еженедельный письменный доклад о положении в стране, о наиболее острых социальных вопросах, влияющих на безопасность страны. И в зависимости от своего графика президент заслушивал меня по тем или иным вопросам.
— Что представлял собой еженедельный доклад?
— Прежде всего, там был раздел, касающийся обострения обстановки в тех или иных регионах: забастовочная ситуация, невыплата зарплаты. Об этом обязательно информировали президента и правительство, чтобы можно было принять упреждающие меры. Докладывались вопросы, связанные с деятельностью иностранных разведок.
— А что вы докладывали президенту о деятельности политической оппозиции?
— Деятельность оппозиции специально никогда не выделялась. Для нас критерием было нарушение закона или стремление его нарушить. Тогда мы, используя специфические способы сбора информации, занимались такими явлениями. Мы не занимались, скажем, компартией как таковой, только ее отдельными представителями, которые нарушали закон. То же самое касается и других оппозиционных движений.
— Вам президент говорил: вот мне не нравится такая партия, узнайте, что они задумали?
— В такой постановке вопрос никогда не ставился. Президент таких задач не ставил и так не формулировал.
На первой же пресс-конференции новый директор Федеральной службы безопасности с гордостью назвал цифры задержанных за последнее время агентов иностранных разведок — 11 иностранцев и 28 российских граждан. По словам Ковалева, «со времени заброски немецкой агентуры в годы Второй мировой войны никогда не было такого количества задержанных нами шпионов».
У каждого из хозяев Лубянки был свой конек. Ковалев придумал «телефон доверия», по которому можно позвонить в ФСБ и признаться в своей шпионской деятельности. Эта идея вызвала несколько иронический отклик, но Ковалев шуток не принимал и рассказывал, что «телефон доверия», как и другие профилактические меры, уже помог «существенно снизить активность иностранных спецслужб на территории России… Результаты просто ошеломляющие, вплоть до прекращения разведдеятельности целого ряда иностранных спецслужб».
При Ковалеве произошла одна трагическая история, наделавшая много шума.
Поздно вечером 19 декабря 1997 года, накануне восьмидесятилетнего юбилея органов госбезопасности, российская контрразведка столкнулась с преступлением, которое еще недавно было для нас экзотическим.
Одинокий террорист захватил сотрудника шведского посольства в Москве. Операция по освобождению заложника произошла в ту же ночь. Дипломат не пострадал, его заменил собой полковник госбезопасности Савельев. Но в критической ситуации сотрудники подразделения по борьбе с терроризмом «Альфа» стреляли так неудачно, что прямо под прицелом телевизионных камер попали в своего коллегу полковника ФСБ Анатолия Савельева. Он умер…
Что же произошло? Судя по всему, события развивались следующим образом.
Полковнику Савельеву приказали: тяни переговоры, сейчас привезут деньги, бог с ними, пусть забирает. Но чтобы открыть сейф с деньгами в неурочное время, следовало найти двух человек, которые должны одновременно повернуть два ключа. Но один из них оказался за городом, и связаться с ним было невозможно. Пока его привезли, пока доставили деньги, прошло много времени…
Полковник Савельев заменил собой заложника не одевшись как следует. Он был без оружия, даже без ножа. Хорошо, что хотя бы его радиотелефон был с обратной связью. Сотрудники ФСБ слышали, что происходило в машине, мучились, не зная, как передать ему оружие. А когда террорист закричал: «Забирайте его, он кончается!» — «Альфа» решила срочно выручать товарища. Оперативники устроили броуновское движение, чтобы потом следователь не установил, кто из них что делал. А то после каждого использования «Альфы» возникало уголовное дело: и на допрос вызывали не террористов, а офицеров «Альфы»…
При Ковалеве началось еще одно громкое дело.
Сотрудники ФСБ арестовали в 1998 году Валентина Моисеева, заместителя директора второго департамента стран Азии министерства иностранных дел России. Он стал самым высокопоставленным российским дипломатом, арестованным за последние годы по обвинению в шпионаже.
Коллеги знали Валентина Моисеева как прекрасного знатока обеих Корей — и Северной, и Южной. В течение долгого времени он, как сотрудник министерства иностранных дел, тесно сотрудничал и даже дружил с советником южнокорейского посольства в Москве.
Федеральная служба безопасности заявила, что на самом деле дипломат был официальным представителем Агентства планирования национальной безопасности Южной Кореи — так именовалась тогда корейская разведка.
Валентин Моисеев был задержан в момент встречи с корейским дипломатом. После чего южнокорейский посол был приглашен в министерство иностранных дел, где от него потребовали, чтобы советник посольства покинул Россию.
В Сеуле не ожидали, что Федеральная служба безопасности поспешит предать эту историю гласности, но российская пресса получила массу информации о происшедшем.
Тогда Южная Корея объявила персоной нон грата первого секретаря российского посольства в Сеуле, из чего можно было сделать вывод, что он был резидентом российской внешней разведки работавшим под дипломатической «крышей». В ответ Москва прибегла к еще более резким мерам. Из России попросили уехать сразу пять южнокорейских дипломатов — двух из посольства в Москве и трех сотрудников Генерального консульства во Владивостоке. Все пятеро были названы выявленными сотрудниками южнокорейской разведки.
Скандал получился слишком громким и повредил отношениял между двумя странами. ФСБ на какое-то время перестала рассказывать о количестве разоблаченных шпионов…
Какие же секреты выдал корейцам Валентин Моисеев, если из-за этой истории разгорелся такой большой скандал и чуть было не испортились отношения между двумя странами?
Газеты писали, что Моисеев был арестован в момент передачи южнокорейскому дипломату секретной информации. Это значит, что Федеральная служба безопасности заранее знала, что именно произойдет. Каким образом российская контрразведка обратила внимание на Моисеева?
Газеты написали, что служба собственной безопасности министерства иностранных дел обнаружила, что Моисеев собирает на дискете информацию, которая не нужна ему для исполнения его служебных обязанностей, и сообщила об этом в ФСБ. За Моисеевым пустили наружное наблюдение, которое установило его встречи с советником южнокорейского посольства Чо Сон У.
По некоторым сведениям, Федеральная служба безопасности следила за Моисеевым не один год.
Но если корейский дипломат на самом деле был разведчиком, то почему российского государственного чиновника просто не попросили воздержаться от таких контактов? Если Моисеев в течение долгого времени передавал корейцу важные секреты, почему его не задержали раньше, чтобы пресечь разглашение государственной тайны?