После первой встречи Плеве прислал Герцлю официальное письмо, текст которого, по его словам, был одобрен царем. Оно было опубликовано в дни шестого конгресса. В письме говорится, что, поскольку сионизм имеет целью создать независимое государство в Палестине, и в этом случае сионизм приведет к эмиграции «известного числа еврейских подданных из России», постольку русское правительство могло бы отнестись к нему благожелательно. Но с тех пор, как сионизм стал уклоняться от своей прямой цели и стал заниматься пропагандой еврейского национального единства в самой России, — такого направления правительство не может потерпеть, ибо оно приведет к тому, что в стране возникнут группы людей, чуждых и враждебных патриотическим чувствам, на коих основано каждое государство. Если сионизм вернется к своей прежней программе, — он сможет рассчитывать на моральную и материальную поддержку русского правительства, особенно с того дня, когда какие-нибудь из его практических мероприятий сократят численность еврейского населения России. В этом случае русское правительство готово поддержать перед Турцией стремления сионистов, облегчить их деятельность и даже выдать субсидии эмиграционным обществам, если не из государственной казны, то из специальных еврейских сборов.
На второй аудиенции у Плеве речь шла о включении Курляндии и Риги в «черту», о разрешении еврейским кооперативам приобретать земельные участки, об официальном признании либавского общественного деятеля д-ра Нисана Каценельнсона (будущего депутата 1-й Государственной Думы) — представителем Герцля в России и т. д. На банкете, данном в честь Герцля петербургскими сионистами, он произнес яркую речь. Когда один поалейционист коснулся вопроса об отношении социалистического мира к сионизму, Герцль ответил ему, что если кто-нибудь думает, что социалистическое движение облегчит положение евреев в диаспоре, он только повторяет ошибку евреев западноевропейских стран, которые возлагали надежды на либералов.
Хотя по существу никаких ощутительных результатов встреча с Плеве не дала, Герцль счел свою миссию удавшейся и возлагал на туманные обещания Плеве большие надежды. Менее доволен он остался беседой с Витте, отрекомендовавшимся «другом евреев». Витте был груб и резок, заявил, что 6 миллионов евреев на 136-миллионное население России дали 50% русских революционных деятелей. Однако в конце беседы Витте признал, что евреям в России тяжко живется и что если б «он был евреем, то сам был бы против правительства...».
В Вильне, куда д-р Герцль прибыл из Петербурга, полиция разгоняла тысячные толпы евреев у отеля, где Герцль жил, и на улицах, через которые он проезжал. Охранники следили за каждым его шагом, подслушивали все его телефонные разговоры. Предполагавшийся банкет, посещение синагоги, поездку по городу — все это полиция запретила. Только в виленской общине ему был оказан торжественный прием, где в честь «величайшего сына еврейского народа» говорились взволнованные речи, и ему была поднесена Тора. Вечером того же дня, в 8 верстах от города, на даче у Гольдберга состоялась тайная встреча с виленскими сионистами. Несколько десятков юношей приплелись из города пешком, оружили дачу, пели до поздней ночи еврейские песни, кричали «Да здравствует король Герцль!». Когда Герцль после полуночи поехал на вокзал, улицы, по которым он проезжал, были запружены народом, при его проезде кричали «Гедад»! — На вокзале полицейские пустили в ход сабли, чтобы разогнать толпу. — «Не отчаивайтесь! — сказал Герцль на прощание виленцам. — Настанут и для нас лучшие времена!».
После Вильны Герцль поехал в Альт-Аусзее, отдохнул там в течение одного дня и оттуда направился на шестой конгресс в Базель — последний сионистский конгресс при его жизни. Десять месяцев спустя Герцль скончался. А две недели после смерти Герцля — 15 июля 1904 года — от бомбы, брошенной русским социалистом-революционером, погиб его сановный собеседник Плеве.
Между 5-м и 6-м конгрессами в сионистском движении разыгралась страстная борьба вокруг Британского предложения евреям территории Уганды в Экваториальной Восточной Африке. До того Герцль безоговорочно отклонял всякие внепалестинские колонизационные проекты. Писатель Давид Трич, немецкий еврей, участвовавший на первом конгрессе в качестве члена американской делегации, даровитый человек, но фантаст, на 3-ем сионистском конгрессе представил Герцлю план приобретения острова Кипра для еврейской колонизации. (В свете событий на Кипре за последние 4 — 5 лет, невольно думаешь, что только евреев там не хватало...). Кипрский проект был отвергнут главным образом делегатами из России. На 5-ом конгрессе неугомонный Давид Трич предложил другой план — заселение еврейскими колонистами, с правом самоуправления, Вад-эль-Ариша, северной части Синайского полуострова, принадлежащего Египту. Туда была послана комиссия экспертов, в которой участвовали два русских сиониста — агроном д-р 3. Соскин, скончавшийся в 1958 году в Иерусалиме, и врач Гилель Иоффе. Эксперты высказались против еврейской колонизации в Вад-эль-Арише.
Тогда Британское правительство предложило Герцлю территорию Уганды в Экваториальной Восточной Африке, где евреям-колонистам могла быть предоставлена возможность автономного самоуправления. Самый факт предложения евреям для колонизации территории Герцль счел «великим историческим актом». Правда, примирить такое предложение с заветом Базельской программы о «правоохраненном убежище для евреев в Палестине» было трудно. — Это, конечно, не Сион, — говорил Герцль — но нам все же предлагают еврейскую колонизацию на национально-государственной основе. И на 6-ом конгрессе Герцль предложил послать в Уганду комиссию для обследования страны.
Против Угандского проекта почти единогласно восстали русские сионисты и часть немецкой делегации, но большинство высказалось за посылку комиссии в Уганду. Сионистское движение раскололось на два лагеря: угандистов и антиугандистов. На конгрессе разыгралось немало драматических сцен. Некоторые делегаты впали в истерику, на что Макс Нордау реагировал ироническим замечанием, что «людям этим нужна не территория, а санатория». Впрочем, и сам Нордау тоже не был душой за Уганду. По просьбе Герцля он, однако, произнес речь, в которой говорил о проекте колонизации Уганды, как о «Нахт азиле», о временном убежище. На Ханукальном вечере в Париже 19-го декабря 1903 года какой-то неуравновешенный фанатик стрелял в «Нордау-Африканского» за его поддержку Угандского проекта...
Усышкин в дни конгресса находился в Палестине; вернувшись в Россию, он созвал съезд русских сионистов в Харькове, на котором было сказано немало резких слов против Угандского проекта, как и против всей политики Герцля. На Харьковском съезде Герцлю был предъявлен ультиматум — безоговорочно отменить принятую резолюцию об отправке комиссии в Уганду и решительно отбросить весь проект. Была послана делегация к Герцлю в Вену, которая там передала ему решения харьковского съезда.
Во время борьбы между «Ja und Nein Sager’aMH» (за и против Уганды), Герцль скончался. Ему было всего 44 года. Угандский проект был окончательно отклонен на 7-ом конгрессе в 1905 году, после чего от сионистского лагеря откололось течение, образовавшее Территориалистское Общество, во главе с Израилем Зангвиллем. Примкнул к Зангвиллю из русских сионистов проф. М. Мандельштам (об уходе которого из рядов сионистского движения недавно появились интересные материалы). После смерти Зангвилля и Мандельштама Территориалистское Общество возглавлял И. Иохельман.
Прокатившаяся по России в 1903—1905 гг. погромная волна вызвала к жизни явление, известное в истории строительства Палестины под именем «Вторая Алия». Эта «вторая» (после «билуйцев») иммиграционная волна в Палестину еврейской молодежи из Украины, Литвы, Польши сыграла огромную роль и в экономическом и в духовном развитии «ишува». «Вторая Алия», численность которой за десятилетие 1904—1914 определяется в 35000 душ, построила около 25 новых сельскохозяйственных поселков в Палестине, среди них такие, как Деганья, Мерхавья, Кинэрэт, Хулда, Бен-Шэмэн и др. Со «второй Алия» в Палестину прибыли Бен-Цви и Бен-Гурион, идеолог рабочего сионизма Берл Каценельнсон, семья Черток, из которой вышел будущий Мошэ Шарэт, первый министр иностранных дел Израиля, министр финансов Леви Эшкол-Школьник, и другие, ставшие впоследствии лидерами палестинского еврейства в разных областях.
Со «Второй Алия» связано возникновение «квуцы» — нового типа сельскохозяйственного поселка, члены которого живут на коллективистических началах. В «квуце» нет частной собственности. Земля, дома, сельскохозяйственный инвентарь — все принадлежит коллективу. Детские дома, начальные школы, больницы, культурная деятельность содержатся на средства коллектива. Питание в общей столовой. Снабжение одеждой, обучение детей в средней школе и позднее в специальной — все это проводится на средства коллектива. Опыты такого рода имелись в разных странах, но нигде коллективные земледельческие поселки не привились, как в Палестине.
«Вторая Алия» с первых же шагов повела борьбу за то, чтобы еврейское строительство Палестины было, действительно «еврейским», чтобы все физические работы — обработка полей, огородов и апельсинных рощ, посадка лесов, осушение болот, прокладывание дорог и шоссе, постройка жилых домов и общественных зданий, производились не наемным арабским трудом, как это имело место в большинстве колоний в Палестине в начале 20-го века, а самими евреями.
Иосиф Виткин, русский еврей, учительствовавший в Палестине, обратился после Кишиневского погрома с горячим призывом к еврейской молодежи России переселяться в Палестину, где царит «острая нужда в рабочих руках». — Если мы не сумеем — призывал Виткин — немедленно, сегодня-завтра, заменить арабский труд нашим, еврейским, все, что мы тут строим, будет на песке, если не на вулкане!.. Клич Виткина стимулировал «Вторую Алия», лозунгом которой стал — «Кибуш авода», принцип, повелевающий, что строительство еврейской Палестины должно быть осуществлено еврейским трудом, еврейским потом и кровью, а не на основе эксплуатации арабского наемного труда. До «Второй Алия» охрану еврейских колоний несли арабы; «Вторая Алия» создала «Гашомер», организацию охраны поселков еврейскими руками.