Савченко полтора месяца инкогнито жил в оккупированном Харькове, а затем вышел в расположение советских войск. С 7 мая 1943 года по август 1949 года — нарком Государственной Безопасности (ГБ), а с марта министр ГБ УССР. Потом стал заместителем начальника разведывательного управления МГБ СССР. С сентября 1949 по январь 1953 года начальник советской внешней разведки, где получает звание генерал-лейтенанта. В ноябре 1951 года одновременно назначается заместителем МГБ СССР.
5 января 1953 года он освобожден от должности начальника внешней разведки, но до 11 марта оставался на должности заместителя министра.
В связи с тем, что в ходе реорганизации органов государственной безопасности, проведенной после смерти Сталина, МГБ влилось в МВД и внешняя разведка организационно стала Вторым Главным управлением МВД, 17 марта 1953 года Савченко назначается первым заместителем начальника внешней разведки.
В сентябре того же года переведен на должность начальника одного из управлений этого министерства.
Он награжден орденами Ленина (трижды), Красного Знамени (четырежды), Кутузова 2 ст., Богдана Хмельницкого 2 ст., Красной Звезды, а также медалями. Сергей Романович удостоен почетного ведомственного звания «Заслуженный работник НКВД».
В феврале 1955 года, в период хрущевской «прополки» старых кадров, уволен в запас с трактовкой в приказе — «по служебному несоответствию». Получалось, что вчера он успешно руководил внедрением нашей агентуры в стан противника, а сегодня он уже не соответствует этой должности. Такое было то время, не лучше оно и сегодня — каждый вождь тащит и расставляет своих не столько по уму, сколько по принципу верности, землячества и родства.
Он в конце сороковых и начале пятидесятых лично утверждал проведение основных разведывательных операций в США и в Великобритании. В 1955 году ушел на пенсию.
Скончался генерал в 1966 году.
Именно в период его руководства органами госбезопасности на Украине были проведены ряд крупных диверсионных операций против немцев. В ходе одной из них был спасен город Винница…
Девизом министра были слова: смысл жизни — обучение. Только в полученных и хорошо усвоенных знаниях: от методов работы и до закрепления легенды поведения, он видел залог успеха разведчика и контрразведчика в проводимых ими операциях. И ещё, со слов Святогорова, он считал, что несчастен тот человек, который не делает того, что он может, и берется за то, чего он не понимает. Таких людей он считал опасными в чекистском коллективе. Но видно, история нас ничему не учит, — идут повторы прошлого до сих пор…
20 января 1944 года в тыл противника для проведения специального оперативного мероприятия наркоматом ГБ УССР был выведен разведчик Николай Порай-Кошица под псевдонимом Мельник. Боевой офицер ещё Первой мировой войны, кавалер двух Георгиев, он добровольно взялся исполнить рискованное задание чекистов. Отлично владея немецким языком, представился фашистам царским офицером — белогвардейцем и непримиримым врагом советской власти. Это артистическое перевоплощение Николая прошло довольно-таки успешно — немцы поверили славянину. Ему удалось пристроиться поставщиком водки при фашистской автоколонне, возившей боеприпасы на один из арсеналов. Вскоре он узнал место расположения склада с десятью тоннами взрывчатки и семью тоннами мин. Он выяснил и цель завоза туда взрывчатых веществ — уничтожение города Винница. А через несколько дней поисков он же раздобыл у напившихся фрицев взрыватели — выпросил под предлогом глушения рыбы…
31 января 1944 года город потряс страшной силы взрыв. Образовалась воронка в 50 метров в диаметре и 7 метров глубины…
В своем донесении в Центр и в ЦК КП(б)У С. Р. Савченко указывал:
«В ходе выполненной агентом „Мельником“ диверсии враг не только лишился подрывных средств — погибло до 100 немецких военнослужащих, включая всю команду саперов, прибывших разрушить город и в нем нашедших могилу…»
Немецкая комиссия, проводившая расследование, пришла к выводу — взрыв произошел из-за небрежности в обращении с боеприпасами. Спаситель города со временем получит лишь орден Отечественной войны 2-й степени…
Через пять минут после вызова в кабинет вошли трое чекистов — полковник, майор и капитан.
Полковник Сидоров доложил сущность предстоящей разведывательно-диверсионной операции под кодовым названием «Люблин». Он тут же заметил, что майор Святогоров будет работать под псевдонимом «Зорич», а капитан Коваленко становится «Гурским».
— Товарищ майор, вы летите старшим в группе из двух человек. Задачу уяснили? — поинтересовался Сергей Романович.
— Так точно, товарищ генерал. Мы получили подробный инструктаж и план дополнительного обучения, которое проведут с нами специалисты различных служб, — ответил бойко майор Святогоров.
— А как чувствуете оба — я имею в виду в первую очередь морально-психологический настрой? Справитесь с заданием? Как здоровье? Будут ли самоотводы? — осыпал подчиненных дежурными вопросами нарком госбезопасности Украины.
Оба офицера почти хором заверили его в том, что задание постараются выполнить обязательно, — здоровье в порядке, а наработанный опыт за предыдущие годы войны позволяет успешно справиться с решением поставленных задач.
— Вам поручили ответственное дело, и вы, я больше чем уверен, сможете его выполнить. Вы же профессионалы в своем деле, не так ли?! И не квасные какие-то там, а настоящие патриоты. Каждый из нас может быть любым, но не надо забывать, что все мы люди одного Отечества, попавшего в беду. В великих делах нужно стараться не столько создавать события, сколько пользоваться теми, которые представляются порой внезапной и быстро меняющейся обстановкой.
В операции «Люблин» придется организовывать проникновение своей агентуры в разведывательные органы противника: в гестапо, в школу, готовящую шпионов и диверсантов, узнавать от них о новых методах и приемах работы против частей Красной Армии. А если коротко — заниматься нейтрализацией немецкой агентуры. Одно из главных требований к вашей работе — выуживать через агентуру секретные сведения, так необходимые армии и политическому руководству страны.
Вашей базой будет советский партизанский отряд имени Железняка. Руководство и личный состав отряда вас ждут — готовятся достойно встретить. А от вас мы ожидаем интересной оперативной информации. Радиосвязь Центра с партизанами-железняковцами налажена и ни разу не подводила. В передаче интересных данных нам вы должны смело пользоваться возможностями их радиостанции, потому что этот отряд наш — чекистский.
Связь в разведке — всему голова! Без связи нет разведки!
Кстати, как мне известно, в последнее время именно в этом отряде что-то не заладилось с соблюдением конспирации — участились провалы ранее намеченных операций. Видно, внедрился к ним вражеский лазутчик, а может, и не один. «Выкуривать» оборотней — это тоже одно из звеньев в цепи ваших заданий…
Порученное вам дело — жеребец живой и сильный, править им нужно умеючи, взнуздывать надо крепко, а то он вас одолеет, понесет не туда, куда вы намеревались поскакать. Действия врага надо предупреждать, а не идти по следам его преступлений, — инструктировал офицеров, а скорее напутствовал, седой генерал, добродушно улыбаясь. — А пока даю вам сутки для общения с семьями, а потом — начнется этап непродолжительной, но интенсивной и широкоплановой подготовки. Но семьям никаких подробностей. Понятно?
— Ясно, товарищ генерал, — хором отчеканили оба офицера.
После такого «разжеванного» генеральского монолога офицерам стало всё предельно ясным. Они знали, куда их забрасывают и зачем, не знали только когда!
Офицеры были готовы выполнить приказ руководства.
Александр Пантелеймонович дома рассказал жене Елене Ивановне и матери Прасковье Александровне, что собирается в длительную командировку, естественно не раскрыв никаких подробностей предстоящей работы за линией фронта. Таков удел разведчика — и для домашних существо его работы тайна. Как говорится, чего не должен знать твой враг, не говори того и другу. В его памяти осели на благодатную почву и проросли слова полного понимания факта о необходимости сбережения тайны в разведке, как ни в каком другом роде деятельности, сказанные однажды ещё в Запорожье его первым наставником оперуполномоченным Смешко:
Тайн хранить не умеет глупец и бахвал,
Осторожность поистине выше похвал,
Тайна — пленница, если ее бережёшь ты,
Ты у тайны в плену, лишь её разболтал.
Эти слова он запомнил на всю жизнь.
— Саша, как долго она продлится — эта твоя командировка? — тревожно спросила супруга.
— Леночка, как только добьем эту фашистскую гадину, так сразу же я и приеду. У меня хорошее предчувствие, а интуиция твоего супруга, как ты знаешь, никогда ещё его не подводила.
Думается мне, осталось этому коричневому зверю жить недолго. Он на издыхании.
— Но раненый зверь, как известно, опасный, — подметила Елена Ивановна.
— Ничего, Красная Армия его здорово теснит, загоняя в берлогу… теснит с явным ускорением, — оптимистически заметил Александр. — Руководство доверило мне важную задачу, и её я должен решить. А там и до берлоги Гитлера, может, с коллегами доберемся…
Любил он образные выражения.
Мама Прасковья Александровна, внимательно слушая рассказ сына о новом месте его службы, сначала немного заволновалась, а потом даже украдкой всплакнула. Смахнула передником набежавшую слезу и долго не могла говорить из-за душившего её за грудиной «комка слабости», как она выражалась. Но затем всё-таки собралась с мыслями и выдала такие ёмкие слова-пожелания, что они поразили сына:
— Так и служи, дорогой сынок. Служи не славы ради, а чести для. Остальное всё обязательно придёт! По-другому в нашей семье никогда не получалось. Все мужчины отличались верностью земле родной! Благословляю тебя, Сашко, на подвиг…