Её разработал начальник третьего отдела 4-го управления полковник Маклярский, Судоплатов поддержал идею. Планировалась заманчивая радиоигра с немецким верховным командованием. О её замысле во исполнение указания Ставки доложили Сталину с Молотовым и Берии. Санкция на проведение была получена. Для непосредственного руководства операцией в Белоруссию на место событий выехали заместитель Судоплатова — Эйтингон, Маклярский, Абель, Серебрянский и Мордвинов.
В действительности группы Шерхорна в тылу Красной Армии не существовало. Немецкое соединение под командованием этого офицера численностью в полторы тысячи человек, защищавшее переправу на реке Березине, было разгромлено, а остатки взяты в плен. Сотрудники Судоплатова склонили Шерхорна с его радистами к сотрудничеству, в Белоруссию были отправлены бойцы и офицеры бригады особого назначения, вместе с ними туда прибыли немецкие антифашисты-коминтерновцы. В игре также участвовали немецкие военнопленные, завербованные советской разведкой. Таким образом, было создано впечатление о наличии реальной немецкой группировки в тылу Красной Армии.
Немецкая служба безопасности и генеральный штаб германских сухопутных войск всерьез замышляли нарушить тыловые коммуникации Красной Армии, используя соединение Шерхорна. С этой целью в ответ на его просьбы о помощи группировке были посланы специалисты по диверсиям и техника. При этом удалось захватить направленную на связь с ней группу боевиков-эсэсовцев.
Шерхорн посылал в Берлин отчеты о диверсиях в тылу Красной Армии, подготовленные Эйтингоном, Маклярским и Мордвиновым. Гитлер произвел командира соединения в полковники и наградил «Рыцарским крестом», а Гудериан отправил личное поздравление. Шерхорну приказали прорваться через линию фронта и продвигаться в Польшу, а затем в Восточную Пруссию. Шерхорн же в свою очередь потребовал, чтобы ему для обеспечения этой операции парашютом сбросили польских проводников, сотрудничавших с немцами. Берлин согласился, и в результате чекисты захватили польских агентов немецкой разведки.
Со своей стороны Гитлер планировал послать в отряд Шерхорна начальника службы спецопераций и диверсий Скорцени и его группу, но от этого плана немцам пришлось отказаться из-за ухудшения в апреле военной ситуации на советско-германском фронте. 5 мая 1945 года, незадолго до завершения войны командование вермахта и Абвер в своей последней шифровке рекомендовало Шерхорну действовать по обстоятельствам.
Политическая разведка НКВД вместе с военной, сыграли большую роль в подготовке и проведении СССР Тегеранской, Ялтинской и Потсдамской конференций, совещаний и встреч министров иностранных дел государств антигитлеровской коалиции.
Во исполнение приказа НКВД СССР от 8 января 1945 года накануне Ялтинской конференции на Судоплатова было возложено быстрейшее разрешение вопросов работы центральных аппаратов НКВД — НКГБ СССР в проведении необходимых мероприятий по конференции в Москве.
Встрече Сталина, Рузвельта и Черчилля в Тегеране и Ялте предшествовали неофициальные беседы, в которых участвовали Фитин и Судоплатов с одной стороны и глава американской военной миссии в Москве генерал Дин, контр-адмирал Олсен, посол США Гарриман, советник английского посольства Роберте — с другой.
Стороны оговаривали возможные подходы к решению спорных вопросов: обмен разведывательной информацией, взаимная выдача провалившейся агентуры и захваченных немецких военных специалистов, деликатные проблемы возможного послевоенного урегулирования в странах Восточной Европы. Гарриман, в частности, не возражал против предложенной Сталиным и Молотовым идеи создания коалиционного правительства в послевоенной Польше.
Эти последние встречи с представителями американской и английской разведки как бы подвели итоги сотрудничества спецслужб союзников в годы войны. Наиболее результативным оно оказалось в Афганистане, где резиденту советской разведки Алахвердову удалось парализовать действия немецкой агентуры в приграничных районах. Совместно с англичанами была разгромлена агентурно-диверсионная сеть немецкой и японской разведки в Индии и Бирме. Высоко оценивая советскую поддержку действиям английской разведки в этих странах, англичане, в свою очередь, выдали русским коллегам многих прогерманских агентов в Афганистане и Средней Азии, завербованных немцами для действий в тылу.
Дальше общих рассуждений о совместных диверсионных операциях против немцев в Западной Европе с английскими и американскими спецслужбами дело не пошло. Однако был налажен деловой контакт с сотрудниками английской разведки, действовавшими при штабе маршала Тито в Югославии. Подполковник Квашнин установил хорошие личные отношения с сыном Черчилля Рэндольфом и оказал большую помощь английским офицерам в выходе из немецкого окружения. Полученная от него информация имела важное значение в оценке намерений английских правящих кругов и в их послевоенной политике в Югославии.
Американские деловые круги проявляли интерес к возможным формам решения еврейского вопроса, предлагая финансовую помощь в восстановлении районов Гомеля в черте так называемой «еврейской оседлости» и Крыма, где предполагалось создать еврейскую республику. В неофициальных беседах с Гарриманом, проходивших в ресторане «Арагви» и записывавшихся на магнитофон, в качестве переводчика Судоплатова выступал агент влияния НКВД князь Радзивилл, компаньон семьи Гарриманов по финансовым операциям в Польше и странах Восточной Европы.
Накануне Ялтинской конференции (проходила с 4 по 11 февраля 1945 года) под председательством вначале Голикова, а затем Берии, состоялось самое длительное за всю войну совещание руководителей разведки Наркомата обороны, Военно-Морского Флота и НКВД — НКГБ. Главный вопрос — оценка потенциальных возможностей германских вооруженных сил к дальнейшему сопротивлению союзникам был рассмотрен в течение двух дней. Прогноз разведки о том, что война в Европе продлится не более трёх месяцев ввиду нехватки у немцев топлива и боеприпасов, оказался верным. Последний, третий день работы совещания был посвящен сопоставлению имевшихся материалов о политических целях и намерениях американцев и англичан на Ялтинской конференции. Все пришли к общему мнению, что Рузвельт с Черчиллем не смогут противодействовать линии советской делегации на укрепление позиций СССР в Восточной Европе. Участники совещания исходили из достоверной информации о том, что американцы и англичане займут гибкую позицию и пойдут на уступки ввиду заинтересованности быстрейшего вступления Советского Союза в войну с Японией.
Прогноз НКВД и военной разведки о низкой способности японцев противостоять мощным ударам советских подвижных соединений в обход укрепленных районов, построенных японцами вдоль советской границы, подтвердился в августе 1945 года.
Однако спецслужбы не предвидели, несмотря на подробные данные о завершении работ по атомной бомбе, что американцы применят ядерное оружие против Японии.
Накануне Потсдамской конференции их оценки были ещё более оптимистичны. Берия и Голиков вообще не упоминали о перспективах социалистического развития Польши, Чехословакии, Венгрии, Румынии. Социалистический выбор как реальность для СССР в странах Европы был более или менее ясен только в части Югославии. Разведка исходила из того, что Тито как руководитель государства и компартии опирался на реальную военную силу. В других же странах обстановка была иной.
Вместе с тем разведорганы сходились в том, что советское военное присутствие и симпатии к Советскому Союзу широких масс населения обеспечат стабильное пребывание у власти в Польше, Чехословакии и Венгрии правительств, которые будут ориентироваться на тесный союз и сотрудничество с СССР. Военно-политические рекомендации по Германии также были далеки от установок на строительство социализма в оккупированной советскими войсками зоне. Речь скорее шла о том, чтобы в будущей нейтральной, разоруженной навсегда Германии создать мощную, стабильную, ориентирующуюся на Россию прогрессивную группу в немецком руководстве.
Практическим результатом решений этого совещания в свете секретных протоколов, подписанных на Ялтинской конференции 11 февраля 1945 года Молотовым, Хэллом и Иденом, было также поручение заместителю начальника 1-го (разведывательного) управления НКГБ Короткову договориться с представителями разведслужб США и Англии о выдаче СССР командного состава власовской армии, в частности Жиленкова, в обмен на передачу англичанам и американцам интересовавших их немецких генералов и адмиралов.
Была ещё одна тема, которой Судоплатов занимался в годы войны, связанная с созданием в СССР атомного оружия.
Осенью 1939 года Лубянка получила сведения, что ведущие немецкие ученые-физики под руководством профессора Шумана были объединены в «Урановое общество» при управлении армейских вооружений. Научным центром атомных исследований стал Берлинский физический институт, а его ректором назначили профессора Гейзенберга.
К участию в научных разработках были подключены физико-химические институты Гамбургского, Лейпцигского, Грейфсвальдского, Гейдельбергского и Ростокского университетов. Начались теоретические исследования возможности создания атомного реактора с использованием урана и тяжелой воды. Аналогичные работы, по данным советских резидентур, начались в Великобритании и США, имея своей конечной целью создание атомного оружия.
Полученная информация тут же была доведена Сталину, поручившему Академии наук СССР изучить эту проблему и высказать своё суждение.
Специально созданная комиссия под председательством академика Хлопонина пришла к заключению, что создание такого оружия возможно теоретически, но вряд ли осуществимо на практике в ближайшем будущем. Тем не менее она рекомендовала Совнаркому и научным учреждениям отслеживать научные публикации западных специалистов по этой проблеме.
Хотя правительство и не выделило средств на атомные исследования, начальник подразделения научно-технической разведки НКВД Квасников направил ориентировку резидентурам в Сканди