Среди военных комиссаров в годы Гражданской войны были Р.И. Берзин, А.С. Бубнов, К.Е. Ворошилов, Я.Б. Гамарник, В.П. Затонский, С.М. Киров, В.В. Куйбышев, В.И. Межлаук, К.А. Мехоношин, А.И. Микоян, Г.К. Орджоникидзе, И.В. Сталин, И.С. Уншлихт и многие другие деятели партии.
Многие из военных комиссаров отличились в боевых действиях против белогвардейцев и интервентов. За время Гражданской войны 39 членов РВС фронтов и армий и 499 военных комиссаров были награждены орденом Красного Знамени и Почетным революционным оружием.
Создание института комиссаров в годы Гражданской войны явилось вынужденной, но необходимой мерой, которая в целом себя оправдала. Более того, оно сыграло важнейшую роль в укреплении боеспособности Красной Армии и ее дисциплины, достижении победы над внутренними и внешними врагами. Этот институт явился основным, цементирующим стержнем партийно-политического аппарата в Красной Армии.
Проведение военной реформы в СССР в 1924–1925 гг. и переход вооруженных сил на новый территориально-милиционный принцип комплектования поставили перед военно-политическим руководством государства сложные задачи по реорганизации армии и флота. 2 марта 1925 г. М. Фрунзе подписал приказ Реввоенсовета СССР «О введении единоначалия в РККА». Оно вводилось в двух формах: полное единоначалие устанавливалось там, где командир был членом партии и отвечал ее требованиям. При нем назначался помощник по политической части; неполное единоначалие предполагало наличие комиссара, который отвечал за партийную и политическую работу и помогал командиру в боевой подготовке.
6 марта 1925 г. было опубликовано постановление ЦК РКП(б) «Об единоначалии в Красной Армии», в котором отмечалось, что в настоящее время создались вполне благоприятные условия для проведения в жизнь принципа единоначалия. В постановлении также указывалось, что единоначалие в воинских частях будет проводиться в двух формах. Во-первых, в руках начальника и строевого командира полностью сосредоточиваются функции оперативно-строевые, административные и хозяйственные. Комиссар при этом, освобождаясь от обязанностей повседневного контроля строевой, административной и хозяйственной деятельности командира, сохраняет руководство политической и партийной работой в части и несет ответственность за ее морально-политическое состояние.
Во-вторых, в отношении тех партийных командиров, которые удовлетворяют требованиям партийно-политического руководства (т. е. могущие быть одновременно и комиссарами), будут совмещаться в их лице функции строевые, административно-хозяйственные и партийно-политического руководства.
В июне 1934 г. Реввоенсовет СССР, существовавший как коллегиальный орган руководства вооруженными силами, был упразднен. Этим же постановлением ЦИК СССР Народный комиссариат по военным и морским делам был переименован в Народный комиссариат обороны СССР. Штаб РККА был преобразован в Генеральный штаб Красной Армии.
ЦИК и Совет народных комиссаров СССР 22 сентября 1935 г. утвердили новое Положение о прохождении службы командным и начальствующим составом РККА. Военно-политическому составу всех родов войск присваивались звания: политрук, старший политрук, батальонный комиссар, полковой комиссар, бригадный комиссар, дивизионный комиссар, корпусной комиссар, армейский комиссар 2-го ранга, армейский комиссар 1-го ранга. Эти воинские звания были приравнены к званиям комсостава: помощник политрука (старшина); младший политрук (лейтенант); политрук (старший лейтенант); старший политрук (капитан); батальонный комиссар (майор); полковой комиссар (полковник); бригадный, дивизионный, корпусной комиссары (комбриг, комдив, комкор) и, наконец, армейские комиссары 2-го и 1-го ранга. Для всего командно-начальствующего состава устанавливались новые знаки различия, соответствующие воинским званиям, была введена новая форма одежды.
Обострение международной обстановки и резкое усиление угрозы нападения империалистических государств на Советский Союз вынудило ЦК ВКП(б) и правительство страны принять меры к значительному увеличению численности вооруженных сил. Также было принято решение отказаться от практики смешанной организации войск – территориальной и кадровой и полностью перейти на кадровую основу комплектования армии и флота.
Быстрый рост численности армии и флота в связи с развертыванием вооруженных сил привел к значительному уменьшению численности коммунистов, особенно среди командного состава вновь формируемых частей. Это объяснялось чисткой партии, а также прекращением приема, вызванным вначале чисткой партии, а затем обменом партийных документов. Кроме того, при ежегодной демобилизации из Красной Армии и Флота уходило большое число коммунистов и кандидатов в члены партии.
10 мая 1937 г. ЦИК и СНК СССР приняли постановление о введении института военных комиссаров в частях, соединениях и учреждениях, в ротах – политруков. Такой шаг не означал отказа от единоначалия. Эта временная мера вызывалась конкретной исторической обстановкой, необходимостью усилить партийное руководство в вооруженных силах в связи с их техническим перевооружением, улучшить воспитательную работу среди личного состава. Приказом народного комиссара обороны от 7 июня 1937 г. командиры-комиссары были освобождены от функций комиссаров, а их помощники по политической части были назначены военными комиссарами.
Постановлением ЦИК и СНК СССР от 15 августа 1937 г. было утверждено Положение о военных комиссарах Рабоче-крестьянской Красной Армии. В Положении отмечалось, что военный комиссар наравне с командиром (начальником) отвечает за политико-моральное состояние части, за выполнение воинского долга и проведение военной дисциплины всем личным составом снизу доверху, за боевую, мобилизационную, оперативную и мобилизационную готовность, за состояние вооружения и войскового хозяйства части (соединения, управления, учреждения).
По существу, в частях, на кораблях и в соединениях временно вводилась неполная форма единоначалия – с разделением руководства и ответственности на военное и политическое: за командиром оставались военно-административные функции, комиссар отвечал за политическую сторону руководства.
Однако была еще одна важная особенность этого периода строительства вооруженных сил. В конце 1936 г. и с начала 1937 г. в стране начинаются массированные репрессии против так называемых «врагов народа», которые с середины 1937 г. обрушились на армию и флот. С мая 1937 г. по сентябрь 1938 г. были репрессированы около половины командиров полков, почти все командиры бригад и дивизий, все командиры корпусов и командующие войсками военных округов. За небольшим исключением, были арестованы все начальники управлений и другие ответственные работники Наркомата обороны и Генерального штаба, все начальники военных академий и институтов, все руководители Военно-морского флота и командующие флотами и флотилиями.
Количество репрессированных представителей высшего комначсостава РККА составило: маршалов – 60 %, командармов и флагманов флота 1-го и 2-го ранга – 100 %, комкоров – 100 %, комдивов – 76 %, комбригов – 52 %; в целом по высшему комначсоставу из 767 чел. – 66 %. Лишь в августе 1938 г., когда последствия массовых репрессий командного и начальствующего состава стали угрожать потерей управляемости РККА, была создана специальная комиссия для разбора жалоб уволенных командиров. Она рассмотрела около 30 тысяч заявлений, были возвращены в Красную Армию около 12,5 тыс. командиров и политработников.
Особенностью 1938–1940 гг. в жизнедеятельности Красной Армии является ее участие в боевых действиях в нескольких локальных вооруженных конфликтах с Японией (Хасанские события лета 1938 г. и советско-японский конфликт у реки Халхин-Гол с 11 мая по 15 сентября 1939 г.) и Финляндией в период с 30 ноября 1939 г. по 12 марта 1940 г. (советско-финляндская война). С учетом боевых действий РККА в указанных вооруженных конфликтах в 1940–1941 гг. были внесены существенные изменения практически во все сферы жизнедеятельности вооруженных сил. Изменялась организационная структура войск, были переработаны боевые уставы, наставления, были внесены изменения в программы обучения в военно-учебных заведениях и боевую и политическую подготовку.
Верховным Советом СССР 1 сентября 1939 г. был принят Закон о всеобщей воинской обязанности, который завершал перевод вооруженных сил на кадровое положение. Этим законом устанавливались новые сроки прохождения военной службы, нахождения в запасе, порядок призыва, начальной и допризывной подготовки. Сроки действительной военной службы рядового и сержантского состава в Сухопутных войсках и авиации были увеличены до трех лет, на флоте – до пяти лет. В армию призывались лица, которым исполнилось 19 лет, окончившие среднюю школу – в 18 лет.
К середине 1941 г. общая численность армии и флота превышала 5 млн чел. и была в 2,8 раза больше, чем в 1939 г.
С учетом качественных изменений, произошедших в вооруженных силах, летом 1940 г. было принято решение о введении полного единоначалия в армии и на флоте. Указом Президиума Верховного Совета СССР «Об укреплении единоначалия в Красной Армии и Военно-морском флоте» от 12 августа 1940 г. институт военных комиссаров был в очередной раз отменен. Должность комиссара снова была заменена должностью помощника командира по политической работе.
Великая Отечественная война внесла существенные коррективы в организацию жизнедеятельности политсостава армии и флота, системы подготовки кадров политработников. В рамках перестройки всей жизни страны и вооруженных сил на военный лад Президиум Верховного Совета СССР 16 июля 1941 г. издал указ «О реорганизации органов политической пропаганды и введении института военных комиссаров в Рабоче-крестьянской Красной Армии». В указе отмечалось, что война расширила объем политической работы и потребовала, чтобы политработники не ограничивали свою работу пропагандой, а взяли на себя ответственность также и за военную работу на фронтах. Этим указом в полках, дивизиях, штабах, военно-учебных заведениях и учреждениях Красной Армии был введен институт военных комиссаров, а в ротах, батареях, эскадронах – институт политических руководителей. 20 июля 1941 г. данное решение было распространено на Военно-морской флот.