Различия терминов в ДНК-генеалогии и популяционной генетике
Поскольку ДНК-генеалогия и популяционная генетика – разные области науки, с разными методологиями, разным характером выводов, разными целями и задачами, разным способом подачи данных, то у них, разумеется, во многом разная терминология. От страстного желания хоть как-то дискредитировать, Балановская объявила с трибуны Конференции, что я путаю термины. Да не путаю я, я просто использую другие термины, термины ДНК-генеалогии, или придаю терминам другие значения, более подходящие в данной конкретной ситуации. Она так и не поняла, что ДНК-генеалогия – другая наука, нежели попгенетика с ее терминами. Например, предковый гаплотип в ДНК-генеалогии называется «базовым», потому что он вычисляется, и нет гарантии, что он действительно предковый. Возможно, отклоняется на одну аллель. Зачем вводить читателей в заблуждение? Термина «базовый гаплотип» в популяционной генетике нет. Нет терминов «линейный метод расчета», нет «квадратичный метод», нет понятия «арии», не используется термин «химическая кинетика», впрочем, и «биологическая кинетика» тоже не используется. Нет понятия «род» в том смысле, который используется в ДНК-генеалогии. Перечислять можно долго.
В ДНК-генеалогии используются поправки на возвратные мутации, которых нет в популяционной генетике. В ДНК-генеалогии есть логарифмический метод, кратко описанный ранее. И он вовсе не «неточный», как безграмотно заявил О. Балановский, в очередной раз показав свою некомпетентность. Неточный этот метод бывает тогда, когда используется неправильно. Неточным будет микроскоп, если его использовать для рассматривания звезд. На то есть телескоп, или хотя бы подзорная труба.
Выше были приведены многие примеры применения логарифмического метода, и с линейным он зачастую расходится всего на 2–3%. А у Балановского этот метод «неточный», «неоптимальный» и вообще плохой. Хотя ни одного (!) примера неточности или неоптимальности Балановский не приводил. Да и привести не мог, как видно, он не понимает, как этот метод применять. И самое забавное – это говорит тот, ошибки у которого в расчетах датировок систематически равны как минимум 250–350 %.
В ДНК-генеалогии используются понятия констант скоростей мутаций, а не просто «скоростей», как в попгенетике. Последнее в данном контексте неверно.
В ДНК-генеалогии нет «эффекта основателя», потому что этот термин излишний, он не нужен при правильной обработке данных. В ДНК-генеалогии арии – это древние носители гаплогруппы R1a, и наоборот, древние носители гаплогруппы R1a – это арии. Хотя бы потому, что носители гаплогруппы R1a составляют до 72 % высших каст Индии[248]. И еще потому, что слово арии созвучно индексу R1a. По той же причине древние носители гаплогруппы R1b – это эрбины, поскольку их называть как-то надо, а название отсутствует. Эрбины – это хороший термин, простой и ясный. Поэтому, читая фразу «Балановский особо подчеркнул вызывающий недоумение случай создания в рамках «ДНК-генеалогии» фантомного этноса ««эрбинов», якобы представляющих собой гаплогруппу R1b», опять приходится сомневаться в способности критика соображать. О терминах, как известно, не дискутируют, их или принимают, или не принимают. Недоумение при этом выказывают только люди недалекие, что и имеем. Далее, эрбины – это вовсе не «этнос», похоже, что популяционный генетик Балановский не знает, что гаплогруппа этнос не определяет. И эрбины не «якобы» представляют гаплогруппу R1b, а буквально, по определению.
Наконец, в терминах ДНК-генеалогии гаплогруппа – это род. В основе как гаплогруппы, так и рода (это синонимы) находился патриарх, родоначальник, потомки которого выжили со своими гаплотипами до настоящего времени.
Итак, вывод: в ДНК-генеалогии своя терминология, отличная от таковой в популяционной генетике.
Расчетный аппарат ДНК-генеалогии. Калибровка. Примеры.
Читаем «мою» страничку в Википедии. Там недавно появилось следующее: «Ряд известных российских антропологов и генетиков выступил с критикой Клёсова и развиваемой им ««ДНК-генеалогии». Так, Олег Балановский, заведующий лабораторией геномной географии Института общей генетики РАН, полагает, что технические методы «ДНК-генеалогии» вовсе не оригинальны, представляя собой обычный метод молекулярных часов с рядом простейших модификаций…С его точки зрения, технические аспекты ««ДНК-генеалогии» являются ««малоэффективными, но приемлемыми»…».
Сказана глупость, и не одна, а несколько всего в нескольких строках.
Во-первых, что такое «обычный метод молекулярных часов»? Это – шаблонная фраза, за которой нет никакой мысли, обычное попугайское повторение того, что когда-то услышал. «Метод Животовского» – тоже «обычный метод молекулярных часов», только часы торопятся в три раза, давая датировки втрое завышенные. Любая реакция в химических или биологических системах, описываемая константой скорости первого порядка, есть «обычные молекулярные часы», поскольку связана с хронологией процесса на молекулярном уровне. Динамика любого такого процесса связана со временем согласно формуле с = coe-kt, где со – исходное состояние системы (например, начальное количество или концентрация изучаемого вещества; количество гаплотипов Y-хромосомы в изучаемой выборке, и т. д.), с – состояние системы в определенный момент времени t (где t – время прошедшее с начала реакции, t-to), или количество базовых, то есть исходных гаплотипов в изучаемой выборке в настоящее время, спустя время t, прошедшее со времени жизни общего предка изучаемой серии гаплотипов), k – константа скорости реакции. Эту же формулу можно переписать в виде ln(co/c) = kt, и она становится выражением логарифмического метода анализа выборок гаплотипов в ДНК-генеалогии. Берем, скажем, сто или тысячу гаплотипов, или любое другое их число, делим на число базовых (то есть одинаковых, идентичных друг другу гаплотипов, суть предковых гаплотипов, которые не успели мутировать за время t, прошеднее со времени жизни общего предка), берем натуральный логарифм (ln), и получаем произведение kt, то есть константу скорости мутации, помноженную на число лет, прошедшее со времени жизни общего предка, или на число условных поколений, опять же прошедших после общего предка – в зависимости от того, выражали константу скорости в годах, или в поколениях.
Отсюда уже видно, что неважно, сколько лет положить на условное поколение – 20, 25, 30, 35 или любое другое число лет, поскольку константа скорости мутации тут же подстроится, они завязаны друг на друга, произведение-то одно. В ДНК-генеалогии берется 25 лет на условное поколение, и, соответственно, константы скорости мутации приобретают определенные значения, получаемые по калибровке. Как было показано выше, никак нельзя принимать константы скорости мутации на маркер за постоянные величины, одинаковые для всех гаплотипов. 65 % ошибки в расчетах – цена такого неумного (или неквалифицированного, или некомпетентного) предположения.
А что делают популяционные генетики? Именно так и принимают. Что константы скорости мутации (они говорят «скоростей мутации», без «констант», что технически неверно) для всех гаплотипов одинаковы. Более того, что они – «по Животовскому» – равны 0.00069 на маркер на 25 лет, для всех гаплотипов без разбору. Ошибку такого неквалифицированного подхода легко посчитать – она гуляет от гаплотипа к гаплотипу другой протяженности в диапазоне от 213 % ошибки до 352 %, и это только в «чистом случае», когда выборка гаплотипов симметрична. Если несимметрична – можно легко уйти в значительно большие ошибки. Так работает попгенетика. Это и есть псевдонаучный подход. Хотя – тоже «молекулярные часы», только никуда не годятся, время неправильно показывают.
С «молекулярными часами» разобрались, доктор наук Балановский не имеет об этом никакого понятия. Он не понимает, что иметь часы – дело нехитрое, но надо, чтобы они были отрегулярованы. Это означает, что к ним должны прилагаться корректные константы скоростей мутаций. С этим у попгенетиков просто драма, которая тянется уже десятилетия, а с появлением «скоростей Животовского», они же «популяционные скорости», в 2004 году, драма стала трагедией. Вот где пошла псевдонаука, если использовать язык Балановских. Об этом – в следующем разделе.
Но перед этим – другие глупости, которые от вопиющей малограмотности объявил новоиспеченный доктор наук Балановский. Впрочем, мы о них уже упомянули. Он объявил, что «технические методы «ДНК-генеалогии» вовсе не оригинальны, представляя собой обычный метод молекулярных часов с рядом простейших модификаций…С его точки зрения, технические аспекты «ДНК-генеалогии» являются «малоэффективными, но приемлемыми»…».
С «молекулярными часами», повторяю, разобрались. На что ни пойдет безграмотный человек, чтобы дискредитировать грамотного… пустится во все тяжкие, включая и свой позор на публике. Так что же такое «ряд простейших модификаций»? Введение впервые в оборот серии констант скоростей мутаций, нигде и никогда раньше не публиковавшихся? Введение в оборот логарифмического метода, совершенно незнакомого ранее поп-генетикам? Введение в оборот поправок на возвратные мутации, о которых попгенетики говорили, но никто и никогда не рассчитывал и не применял? Введение в оборот калибровок констант скоростей мутаций (об этом чуть ниже)?
Не знаю как для кого, а для меня ясно, что О. Балановский, будучи «на автопилоте» желания дискредитировать, себя уже не контролировал. Он что-то произносил, главное, чтобы было негативное, но смысла сам не понимал. Это – не наука, это и есть лженаука в исполнении О. Балановского, как и другого доктора, Е. Балановской.
Самое забавное в том, что этот незнайка, применяя «методы» популяционной генетики и ошибаясь на сотни процентов в датировках, заявляет, что «технические аспекты «ДНК-генеалогии» являются «малоэффективными, но приемлемыми»…».