16 марта 1898 года на сигнальной башне Золотой горы рядом с китайским флагом взвился русский Андреевский. Китайские войска под командованием генерала Суна к вечеру оставили город и крепость. Китайский флаг был спущен. Так Порт-Артур стал военно-морской базой русского Тихоокеанского флота.
Во главе русских войск был поставлен контр-адмирал Дубасов, который оставил о себе след в виде обращения к населению Порт-Артура, в котором пространно рассуждал о великой миссии России.
Тем временем в Европейской России был сформирован отряд для службы в Порт-Артуре и Талиенване. В него вошла 3-я Восточно-Сибирская стрелковая бригада, два полка которой — 11-й и 12-й — прибыли в Артур морем из Одессы. Остальные части формировались за счет Приамурского военного округа. Это были: два батальона крепостной артиллерии, артиллерийский дивизион, Квантунский саперный батальон и 1-й Верхнеудинский казачий полк.
За войсками потянулись и первые чиновники, портовые рабочие, купцы, мещане. Закипела работа в городе и крепости. Портартурцы сразу ощутили в полной мере неорганизованность и граничащее с преступлением невежество бюрократического аппарата. Даже официальные правительственные источники не могли не обратить на это внимание: «Трудностью положения было еще отношение к делу Петербурга: его чиновничьи мертвые канцелярии не имели ни малейшего представления о потребностях Порт-Артура и рассматривали вопросы лишь с точки зрения возможного уменьшения расходов. Военное министерство не хотело увеличивать численность гарнизона, и все многочисленные ходатайства по этому вопросу встречали лишь самый категорический отказ; кредиты, как на приспособление зданий для жилья и других насущных потребностей гарнизона, так и на постройку укреплений, задерживались и урезались. Как у нас постоянно водится, канцелярские переписки разрослись до грандиозных размеров, нелепое приказание бывшего военного министра ежедневно доносить о мелочах, совершавшихся на Квантуне, отнимало немало времени у работников и вызывало совершенно излишние телеграфные расходы, так как долгое время после занятия приходилось платить больше рубля за слово. Напряжение работы было огромное, и нервы были натянуты у всех. Если к этому прибавить возню с антагонизмом между морским и сухопутным ведомствами, то становится понятным, в какие тяжелые условия была поставлена работа в Порт-Артуре».
Строительство в крепости шло черепашьими темпами, но все же в 1899 году были построены береговые батареи у Тигрового перешейка и за Плоским мысом, перевооружены 6-дюймовыми пушками и 9-дюймовыми мортирами Саперная и Круглая батареи. На сухопутном фронте впервые поставили 6-дюймовые пушки. Это полностью соответствовало бытовавшему мнению, что с суши ждать врага нелепо, ибо здесь за Артуром стояла вся Россия. О боевой готовности войск, их подготовке не думали, все силы бросили на строительство. Флот жил спокойней и уже в феврале 1899 года провел первую боевую стрельбу. Но результаты ее были так удручающе низки, что командование эскадры надолго прекратило всякие попытки превзойти береговую артиллерию. Мишенью для стрельбы служила старая китайская ипань на берегу Талиенванской бухты и созданные вокруг нее на скорую руку макеты батарей. Эскадра отстрелялась дружно, но ипань осталась целой и невредимой, а потери понесли, как это ни смешно, сами стреляющие корабли. На «Наварине» оторвало ствол 6-дюймового орудия, на «Владимире Мономахе» от сотрясения потекли котлы, на «Рюрике» сорвало с крепления пушку.
Пока Порт-Артур с большим трудом старался укрепить свою оборону, в мире изменилось многое. В 1900 году в Китае вспыхнуло боксерское восстание. Против восставшего народа был брошен семидесятитысячный экспедиционный корпус интервентов. Регулярные войска Англии, США, Японии, Германии, Франции и России в короткий срок подавили восстание и заняли Пекин. Начался неприкрытый грабеж страны. На Китай была наложена огромная контрибуция, более чем в полтора миллиарда рублей. Самый лакомый кусок отхватила Россия, полностью оккупировав Маньчжурию. Это, естественно, не понравилось ее партнерам. Прежде всего враждебную позицию по отношению к России заняла Япония, которая к тому времени окрепла и мечтала не только о Маньчжурии. Англия и США приняли самое деятельное участие в разжигании войны между Россией и Японией. В 1902 году был подписан англо-японский договор, в котором прямо говорилось, что одна из сторон обязана сохранять нейтралитет, если другая будет вести войну из-за Китая и оказывать помощь союзнику, вплоть до вооруженных сил, в случае его войны с несколькими державами. Американцы, верные своему торгашескому духу, не мудрствовали лукаво на дипломатическом поприще и предоставили Японии заем на 500 миллионов рублей. Сумма эта по тем временам была так велика, что даже на строительство одного из мощнейших флотов в мире японцы потратили только 200 миллионов рублей.
Теперь японцы были уверены, что смогут воевать с Россией. Подготовка к войне шла самыми быстрыми темпами. На американских займах небывало быстро росло промышленное производство, особенно машинное. Это позволило Японии построить самый современный флот — к началу войны японский флот по мореходным и огневым качествам был одним из сильнейших в бассейне Тихого океана. Одновременно с флотом создавалась многочисленная кадровая армия для вторжения на материк. Всего на строительство вооруженных сил с 1896 года и по 1903-й Япония израсходовала почти миллиард иен. Для того времени сумма эта была колоссальна.
Пока шла подготовка армии и флота, японское правительство вело активную дипломатическую игру. Сначала России было предложено признать протекторат Японии над Кореей. Русское правительство отклонило это предложение. В августе 1903 года Япония с провокационной целью потребовала от России унизительных уступок, позволяющих ей закрепиться в Маньчжурии, и вновь получила отказ. Но подобные отказы не смущали японцев. Они были готовы к войне немедленно. К тому же знали, что к войне не готова Россия. В декабре того же года Япония, по сути дела, выступила с ультиматумом относительно своих прав на Маньчжурию. Не готовое к войне царское правительство согласно было пойти на уступки, но момент был упущен, да и вся японская дипломатия являлась не больше как игрой. В Японии один из видных государственных деятелей, граф Окума, открыто заявлял: «Мы должны воевать с Россией». А газета «Ници-Ници», не стесняясь, писала: «Вперед же, пехотинцы Ниппона, вперед, кавалеристы страны Восходящего солнца, бейте и гоните дикую орду, пусть наше знамя водрузится на вершинах Урала…»
На улицах Токио и других японских городов распевали песню:
Долой всю Русь! Пора настала,
Сыны Ниппона! Горе ей —
Закон и честь она попрала,
И нет для нас врага страшней.
Настал же час, настало Время!
Мы восстановим вновь закон!
Войны не тяжело нам бремя.
России смерть! Вперед, Ниппон!
Вперед за солнцем лучезарным
Зовут знамена! Уж пора!
Вперед на бой с врагом коварным!
Погибнет Русь! Ниппон, ура!
С такими лозунгами и подобными песнями закончился 1903 год, последний год мира.
Поезд должен был прийти в Порт-Артур только утром, а пассажир из третьего купе не переставал одолевать проводника вагона, кондукторов, старшего смены одним и тем же вопросом: «Не подъезжаем ли?» Железнодорожникам он изрядно надоел, но вступать в пререкания с пассажиром никто не решался.
Беспокойным пассажиром был Роман Исидорович Кондратенко. Назначенный неделю назад командиром 7-й Восточно-Сибирской стрелковой бригады в Порт-Артур, он в самые короткие сроки сдал штабную должность, тепло попрощался с сослуживцами и вот уже вторую неделю добирался до нового места службы.
Мимо окон проносился ставший уже знакомым пейзаж: округлой формы лесистые сопки, заросшие небольшими деревьями и кустарниками, которые даже сейчас, глубокой осенью, создавали впечатление непроходимых зарослей. Роман Исидорович не сразу понял, в чем заключается своеобразие этого ландшафта. Все дело в форме гор, сопок, которые напоминали остроконечные пирамиды. Даже горные кряжи, отходящие от них и опускающиеся в долину, заканчивались характерными маленькими остроконечными вершинами. «Торчат, как сахарные головы», — подумал он, глядя на вереницу сопок. Каждое ровное место было старательно расчищено и использовалось под посадки гальояна, чумизы, бобов, гороха. Сейчас, среди скошенных посевов, четко выделялись фанзы китайских деревушек. Домишки эти сплошь походили друг на друга. Крытые просяной соломой, тростником, а иногда и черепицей, они весело глядели затянутыми разноцветной бумагой окнами. Против каждого домика имелся довольно обширный двор, куда на ночь сгонялись все имеющиеся у хозяина домашние животные: куры, свиньи, ослы, лошади. Станции в своем большинстве представляли унылые, одноэтажные строения, похожие на сараи, торчащие среди совершенно голого поля. И только наличие множества рельсовых путей да застрявшие в разных местах одинокие вагоны указывали на прямое назначение этих бараков.
Разглядывая ставшую привычной картину, Кондратенко погрузился в размышления. Порт-Артур привлекал его живой работой по постройке крепости, становлении ее гарнизона. Окрепло это желание, когда он, будучи дежурным генералом при штабе округа, ознакомился с проектом строительства крепостных укреплений. Проект намечал только для береговой обороны построить 27 батарей долговременного типа, а на сухопутном фронте возвести 8 фортов, 9 укреплений, 6 батарей и 8 редутов. На вооружение предполагалось поставить 552 орудия и 48 пулеметов. Стоимость всех работ оценивалась в 15 миллионов рублей. Штаб округа непосредственно не принимал участия в строительстве, но был главным связующим звеном между Порт-Артуром и Россией. Через руки Кондратенко в короткий срок прошли тысячи бумаг, причем большая часть их только тормозила работу, внося неразбериху и в без того идущее черепашьими темпами строительство.