Осенью 1949 г. в «Журнале Московской Патриархии» была опубликована статья митрополита Серафима (Лукьянова) «Без канонов», в которой Константинопольская Патриархия обвинялась в создании расколов и разделений в Русской Церкви, произвольном толковании канонов в свою пользу и присвоении себе неподобающих прав. В статье утверждалось, что таким образом малочисленная Константинопольская Церковь оказалась «Великой», а ее Патриархи стали именовать себя «Вселенскими»: «Каноническое сознание должно было бы им подсказывать азбучную истину, что в православно мире никогда не было, и нет „Вселенского“ Патриарха — в смысле Римского Папы, и каноны не знают такого титула»[358]. Обвинение в создании расколов было связано прежде всего с тем, что Патриарх Афинагор принял к общению и сослужил с делегацией Русской Православной Церкви за границей.
В конце октября 1949 г. Патриарх Алексий написал Патриарху Афинагору довольно острое послание о вмешательстве Константинопольской Патриархии в дела Русской Церкви. Указав на то, что «игнорирование авторитета братской Русской Православной Церкви приобрело длительный характер», и что «неверность заявленных когда-то мотивов к вмешательству Константинопольской Патриархии в дела Русской Церкви достаточно опровергнуто самой жизнью», Московский Патриарх отмечал: «С 1931 г. Константинопольская Патриархия перестала отвечать покойному русскому митрополиту Сергию, впоследствии Патриарху… и со дня вступления на Московский Патриарший престол нашей Мерности, т. е. с 1945 г. и до сих пор, Мы не получили от Ваших предшественников по патриаршему трону никакого ответа ни по одной нашей просьбе о восстановлении нарушенного канонического порядка. Мы находим необходимым просить Вашу Святыню проявить углубленное внимание ко всей истории упомянутых неканонических деяний в целях устранения прискорбного для единства Церкви положения.». В заключении послания говорилось о необходимости разрешить три серьезных вопроса, «согласно церковным канонам»: «1. Юрисдикция Константинопольской Патриархии над приходами Русской Православной Церкви в Западной Европе. 2. То же по отношению к Финляндской Автономной Православной Церкви. 3. Молитвенное общение Константинопольской Патриархии с архиереями и клириками, лишенными общения и запрещенными в священнослужении Матерью Русской Православной Церковью, как то: с митрополитом Феофилом и его епископами и клириками, с клириками так называемой Украинской Автокефальной Церкви (как в Европе, так и в Америке)»[359].
В декабре 1949 г. профессор С. В. Троицкий прислал из Белграда в Москву три новых статьи для «Журнала Московской Патриархии»: «Как привести к концу возникший спор», «Будем вместе бороться с опасностью», «По поводу неудачной защиты ложной теории». В них вновь опровергались «исключительные права» Константинопольской Патриархии и показывалось ее недоброжелательное отношение к славянам в прошлом. Помимо публикации данных статей Московская Патриархия планировала обратиться к главам ряда Поместных Православных Церквей с предложением высказать на страницах печати свое отношение к обсуждаемым вопросам[360]. Это неизбежно вызвало бы волну острой внутрицерковной дискуссии, но вскоре от указанных планов отказались.
Однако конфликты между новым Константинопольским Патриархом и Московской Патриархией «не заставили себя ждать». 26 февраля 1950 г. вышло послание Патриарха Афинагора ко «всем членам Православной Церкви», в котором он называл Константинопольскую Церковь Матерью-Церковью для других Православных Церквей и рассчитывал на «покорную преданность ее детей и на полное и добровольное исполнение ими своих обязанностей по отношению к ней». Познакомившись с публикацией этой «энциклики» в зарубежной печати митрополит Крутицкий и Коломенсий Николай (Ярушевич) в интервью Болгарскому телеграфному агентству заявил: «В ней мы усматриваем лишь повторение давних попыток Константинопольских Патриархов установить вместо первенства чести первенство власти Константинопольского престола над всеми другими Православными Патриархатами, то есть воскресить отвергнутые Православной Вселенской Церковью идеи папизма, против которых всегда боролась Русская Церковь. Матерью-Церковью всех церквей являлась и является Иерусалимская Православная Церковь, а не Константинопольская. Для Русской Церкви Константинопольская Церковь является такой же братской Церковью, как и прочие братские Автокефальные Церкви. Что касается титула „Вселенский“ то этот титул никогда не имел в прошлом и не имеет в настоящем своего прямого значения и в прошлом был лишь почетным титулом по праву чести для Патриарха столичного города и по традиции сохранился до настоящего времени»[361].
Еще 22 июня 1948 г. был подписан акт о воссоединении Польской Православной Церкви с Русской и о даровании Московской Патриархией автокефалии Польской Церкви, причем последняя признала неканоничной и недействительной ту автокефалию, которая была дана ей Константинопольским Патриархом в 1924 г[362]. Временно Польскую Церковь возглавил архиепископ Белостокский и Бельский Тимофей (Шретер). В связи с этим Патриарх Афинагор в послании к Патриарху Алексию от 23 февраля 1950 г. писал о том, что считает канонически правильной дарованную Константинопольской Патриархией в 1924 г. автокефалию и просил оставить главой Церкви бывшего митрополита Варшавского Дионисия (с которым у Константинопольской Патриархии были давние тесные связи). В Москву также поступили протесты от Патриарха Александрийского Христофора, который в письме от 19 мая призывал «согласиться с указаниями из Константинополя, как единственно каноническими и законными», а также от архиепископа Кипрского Макария[363].
В ответном послании Московского Первосвятителя от 3 июля 1950 г. прозвучал отказ на просьбу Патриарха Афинагора: «Письмо Вашего Святейшества от 23 февраля с.г. нами получено. Мы усмотрели из него, что недавние события в Польской Православной Церкви Вам полностью неизвестны. Польская Православная Церковь сама отказалась от неполной автокефалии, которая ей дана была в 1924 г. Константинопольской Церковью, признав ее, по акту воссоединения ее с Русской Православной Церковью и дарования ей автокефалии от 22 июня 1948 г., „неканонической и незаконной“. И наша Церковь сочла по праву Церкви-Матери согласно канонам даровать Польской Православной Церкви автокефалию, с предоставлением ей вытекающего из автокефалии права на полную самостоятельность: в выборе Главы Церкви, во всем внутреннем церковном распорядке, в праве освящения миро и т. д. Вследствие этого, наша Церковь не считает канонически правильным и возможным после дарования автокефалии вмешиваться во внутренние дела Польской Православной Церкви и указывать ей кандидата на пост ее Главы»[364].
Вскоре развернулась острая борьба по поводу Албанской православной епархии в США, глава которой епископ Фан (Ноли) подчинился священноначалию союзной Московскому Патриархату Автокефальной Албанской Православной Церкви. Однако 31 августа 1950 г. Патриарх Афинагор, с ведома американских властей, рукоположил в Стамбуле во епископа Албанской епархии в США священника Марко Липа. При этом Патриарх использовал создание в 1947 г. частью американских албанцев грекофильского общества св. Павла, которое обвиняло епископа Фана (Ноли) в «коммунистическом настроении». Данная группа раньше хотела иметь своим епископом бежавшего из Албании в Грецию Владыку Пантелеимона (Котоко), но подавляющая часть духовенства относилась к нему негативно. Видимо, учитывая популярность епископа Фана, Патриарх Афинагор не рискнул сместить его с поста епископа, и в результате в 1950 г. Албанская епархия временно получила двух архиереев. Епископ Фан, со своей стороны, 8 октября выступил с резким заявлением против подобных действий Константинопольского Патриарха, и заклеймил их как резко враждебный Албании акт.
В свою очередь, глава Албанской Церкви архиепископ Паисий (Водица) 9 октября отправил епископу Фану телеграмму о том, что по имевшейся информации «Константинопольский Патриарх с согласия правительства Соединенных Штатов Америки нелегальным и неправедным путем стремится поставить на Ваше место Марко Липа». Архиепископ просил сообщить в Тирану «все подробности этого вопроса». В ответной телеграмме от 18 октября епископ заявил, что он до сих пор не имеет постановления Священного Синода Албанской Церкви об утверждении Американской епархии и его лично в юрисдикции Матери-Церкви. Но даже если это решение имеется, то теперь с ним несвоевременно выступать, так как это может быть на руку Патриарху Афинагору и его покровителям; принятие и оглашение такого решения было бы очень важно и полезно, но лишь несколько месяцев тому назад. Епископ Фан отметил, что Марко Липа пока еще не прибыл к месту служения и посоветовал подождать «улучшения положения», не поднимая вопроса о юрисдикции Албанской епископии, поскольку в сложившихся условиях это будет на руку Марко Липе и «разрушит» епископию[365].
Между тем, на заседании смешанного Церковного Совета и Священного Синода Албанской Церкви от 16 и 17 октября 1950 г. был рассмотрен вопрос «о признании руководителя Албанского православного епископства с центром в Бостоне Масс» и единогласно решено: «Признать епископа Фан Ноли руководителем епархии в Бостон Масс с территорией, включающей все религиозные общества православных албанцев, находящихся в Соединенных Штатах Америки». Еще одним постановлением было оформлено включение этой епархии в Албанскую Православную Церковь[366]