Турецкие власти реагировали на это очень жестко, и уже в конце 1930-х гг. начали репрессии против болгарского духовенства и мирян. Так в январе 1939 г. были арестованы по обвинению в шпионаже служивший в приходе г. Эдирне иеромонах Мартирий и два его прихожанина, их заключили в Измирскую тюрьму. Аресты и депортации болгар в Турции продолжались и в 1940–1943 гг. Экзаршее наместничество всячески пыталось им помочь и с этой целью вело обширную переписку со своим Синодом, болгарским посольством в Анкаре и Министерством иностранных и религиозных дел. 21 декабря 1943 г. Болгарский Синод выделил 1 тыс. левов на помощь семи болгарам, приговоренным турецким судом к 2–5 годам заключения в тюрьме[406].
8 сентября 1942 г. скончался епископ Климент, и Болгарский Синод решил командировать в Стамбул для его отпевания и погребения управляющего Северо-Американской болгарской епархией епископа Величского Андрея (в миру Стояна Петкова), который прибыл в Болгарию из США в июле 1942 г. Через два месяца, 20 ноября 1942 г. Синод поручил Владыке Андрею временно управлять экзаршим наместничеством в Константинополе, одновременно оставаясь управляющим Северо-Американской епархией[407].
Своими непродуманными действиями и некоторыми отрицательными личными качествами епископ Андрей вызвал недовольство стамбульских болгар, и 29 июля 1944 г. они даже написали жалобу председателю Священного Синода митрополиту Неофиту с просьбой отозвать Владыку в Болгарию. В письме утверждалось, что епископ, вопреки совету консула не посещать дома прихожан, побывал во многих видных болгарских семьях, что стало причиной интернирования 10 глав семейств в Малую Азию и помещения их там в концлагерь до конца войны. Кроме того, епископ Андрей, заявляя: «Епархиат — это я», без причины уволил ряд членов приходских органов управления, вопреки уставу рукоположил во диакона неграмотного Кирилла Иванова, в ноябре 1943 г. «заставил» подать в отставку и уйти на пенсию настоятеля храма-памятника св. Стефана любимого прихожанами священника К. Белчева и т. д. Правда, в ответ на запрос митрополита Неофита Владыка Андрей в оправдательном письме от 3 октября 1944 г. отверг все обвинения в свой адрес[408].
На место о. К. Белчева прихожане хотели священника русской посольской церкви свт. Николая в Софии Витана Кечева, который ранее три года служил диаконом при экзаршем наместничестве в Стамбуле и согласно его заявлению в Министерство иностранных и религиозных дел от 27 декабря 1943 г. «хорошо знал, в какие тяжелые условия поставлены там болгары». Однако по просьбе епископа Андрея настоятелем церкви св. Стефана Синод 17 марта 1944 г. назначил священника храма св. кн. Александра Невского в Софии Романа Петрова (25 апреля он прибыл в Стамбул). 14 июня 1944 г. митр. Неофит также разрешил епископу рукоположить во диакона выпускника Софийской семинарии Благоя Чифлянова (4 августа он был назначен писарем при экзаршем наместничестве)[409].
В это время у Владыки Андрея возникли проблемы с турецкими властями. Болгарский посол в Турции в телеграмме от 23 февраля и письме от 6 марта 1944 г. высказал министру иностранных и религиозных дел Шишманову опасения, что епископ не может руководить наместничеством, так как он не имеет турецкого гражданства. По требованию властей страны экзархия избрала управителем экзаршего имущества турецкого подданного аптекаря Бориса Кирова, который приступил к работе, но вскоре по неизвестным причинам был арестован и интернирован. 27 марта и епископ Андрей сообщил Священному Синоду о возможных притязаниях турецких властей на экзаршее имущество и попросил оказать воздействие на них через болгарское правительство. В связи с арестом Б. Кирова Синод 30 марта решил представить на утверждение турецких органов власти другую кандидатуру управителя экзаршего имущества[410].
Через несколько месяцев ситуация в данном вопросе временно нормализовалась, однако у епископа Андрея начался острый конфликт с обоими болгарскими священниками в Стамбуле: Романом Петровым и Борисом Астарджиевым (последний до 1941 г. служил настоятелем церкви св. Георгия в Эдирне). В связи с этим конфликтом Владыка даже устроил в экзаршей часовне новый приходской храм, настоятелем которого стал он сам. 12 августа 1944 г. епископ отправил в Синод телеграмму с просьбой об увольнении и отзыве указанных священников в Болгарию. Правда, 11 сентября Министерство иностранных и религиозных дел написало Синоду, что сейчас, во время острой политической ситуации неуместно менять священников (9 сентября в Болгарии произошел государственный переворот, в результате которого к власти пришло правительство Отечественного фронта), и к тому же турецкие власти не разрешат назначить новых иереев в Стамбул. 28 сентября Синод ответил Министерству согласием, но 1 ноября 1944 г. все же был вынужден уволить о. Бориса Астарджиева[411].
На место о. Бориса Синод решил назначить священника Крума Иванова, однако ему отказали в турецкой визе. В этих условиях отцы Роман и Борис продолжали исполнять пастырские обязанности, пока 25 мая 1945 г. о. Бориса не арестовала турецкая полиция. Ему предъявили политические обвинения и после нескольких месяцев заключения, к началу августа выслали в Болгарию. Настоятелем же храма-памятника св. Стефана Священный Синод 1 февраля 1945 г. назначил имевшего турецкое подданство протоиерея Иоакима Мустрева. Следует упомянуть также, что в октябре 1944 г. по ходатайству епископа Андрея в приют Русенского православного братства (в Болгарии) были приняты двое сирот из Стамбула, так как там не имелось болгарского приюта[412].
Важнейшее значение для дальнейшего существования экзаршего наместничества в Стамбуле имели переговоры о снятии схизмы с Болгарской Церкви, наложенной в XIX веке Константинопольским Патриархом. Условиями снятия схизмы был отказ Болгарского экзархата от своих епархий, находившихся вне государственной территории Болгарии, отзыв экзаршего наместника из Стамбула и переход болгарских приходских общин на территории Турции под юрисдикцию Вселенского Патриархата[413]. В начале переговоров член болгарской делегации Велико-Тырновский митрополит Софроний отметил два существенных факта: 21 января 1945 г. Болгарский Синод принял решение о переносе экзаршей кафедры из Константинополя в Софию, и все три входивших в делегацию Болгарской Церкви архиерея (в том числе епископ Андрей) отклонили просьбу местных болгар совершить литургию в храме-памятнике св. Стефана до решения проблемы схизмы.
22 февраля 1945 г. представители обеих Церквей подписали Томос об отмене схизмы и предоставлении Болгарской Православной Церкви автокефалии. Единственным вопросом, который остался нерешенным в ходе переговоров, оказалась проблема статуса экзаршего наместничества в Стамбуле и положения болгарских общин в Турции. В дополнительном протоколе к Томосу указывалось, что этот вопрос должен быть решен в духе выработанных в 1934 г. в Иерусалиме условий, согласно которым после отмены схизмы болгарские общины в Турции переходили в юрисдикцию Вселенского Патриархата и получали автономное внутреннее самоуправление с правом избрания священников, которые утверждались (а в случае необходимости и рукополагались) Константинопольским Патриархом. Подобные условия предполагалось ввести и для греческих приходов в Болгарии. 4 марта 1945 г. состоялось совместное богослужение болгарских и греческих архиереев в болгарской церкви св. Стефана в Стамбуле[414].
Вскоре после этих событий, 12 апреля Владыка Андрей написал экзарху Стефану, что согласно условиям восстановления канонических отношений Болгарской и Константинопольской Церквей экзаршее наместничество должно быть закрыто, управлявший им епископ должен покинуть Стамбул, а болгарские церковные общины в Турции переустроены на новых условиях. Объясняя свой вариант решения проблемы, Владыка Андрей ссылался на русские общины, которые входят в «Константинопольский русский церковный округ» и таким образом независимы от греческих приходов, на территории которых находятся. Епископ предлагал объединить болгарские приходы Турции в рамках вновь образованного «Болгарского экзаршего наместничества в Царьграде» и назначить в Стамбул еще одного священника с высокими моральными качествами, чтобы отстоять «от возможных домогательств» материальное, экономическое и юридическое существование болгарских церквей. Из письма видно, что епископ Андрей не слишком доверял дружеским чувствам Константинопольской Патриархии[415].
27 июля болгарский посол в Анкаре также написал в Министерство иностранных и религиозных дел доклад об опасной ситуации для болгарских общин в Турции. Посол предлагал поставить перед Синодом вопрос о новом священнике и назначении архиерейского наместника на место епископ Андрея (который канонически не может долго оставаться в Стамбуле, и Вселенская Патриархия лишь временно терпит его), отправив последнего в Америку. 9 августа Министерство переслало доклад посла в Священный Синод, что сыграло свою роль для принятия дальнейшего решения[416].
Согласно указу экзарха Стефана Владыка Андрей 6 декабря 1945 г. уехал из Стамбула в США. После отъезда епископа Андрея временное управление экзаршим наместничеством было поручено протоиерею Иокиму Мустреву. В 1946 г. Священный Синод решил упразднить экзаршее наместничество в Константинополе и создать вместо него «Болгарскую церковную общину» во главе с экзаршим представителем (делегатом) в Константинополе, на этот пост первоначально был назначен архимандрит Горазд. Когда после нескольких месяцев настойчивых попыток добиться разрешения на въезд о. Горазда в Стамбул стало ясно, что турецкое правительство не даст ему визу, в октябре 1946 г. экзаршим представителем был назначен о. И. Мустрев. Так как не имевших турецкого гражданства свяще