Определенный удар по Пантелеимоновской общине нанесла высылка в декабре 1935 г. 80 семей русских эмигрантов (около 140 человек) в Грецию. После возвращения подворья на иеродиакона Спиридона одно время «наседала» Константинопольская Патриархия, требуя изгнать общину РПЦЗ и даже в связи с ее существованием закрыть церковь, но настоятель подворья, по свидетельству иеромонаха Мелетия, от этого «оттолкнулся»[573].
И все же необходимость погашения значительных долгов постепенно привела к серьезному конфликту о. Спиридона с приходской общиной РПЦЗ. 16 августа 1936 г. умер помощник старосты Петр Михайлович Ольховский, 12 лет живший в комнате при церкви, и на эту должность был назначен русский эмигрант генерал Кац, однако заведующий подворьем не позволил ему занять комнату, отобрав ее у прихода. Летом 1937 г. умер настоятель церкви протоиерей Михаил Васильев, и новым настоятелем стал архимандрит Петр (из афонской келлии Положения пояса Пресвятой Богородицы), с которым у о. Спиридона отношения не сложились. В конце августа заведующий забрал себе ключи от храма, 13 сентября отстранил монаха Кронида от исполнения обязанностей псаломщика и назначил на его место проживавшего на подворье инока Андрея, хотя формально менять членов причта мог только Владыка Анастасий[574].
Во второй половине сентября 1937 г. дело дошло до угрозы прекращения богослужений для членов прихода, и староста Н. Ф. Квасков отправил письма ставшему Первоиерархом РПЦЗ митрополиту Анастасию и игумену Мисаилу с просьбой урегулировать ситуацию. При этом он отмечал, что прихожан «будирует» Н. Н. Усов, агитировавший за переход общины в юрисдикцию Константинопольского Патриархата и также желавший создать приход при храме Андреевского подворья[575]. В дальнейшем руководимому Н. Ф. Квасковым приходу РПЦЗ пришлось оставить Пантелеимоновский храм, и в 1939 г. при нем была создана новая русская община, по-видимому, в юрисдикции Константинопольского Патриархата.
28 августа 1939 г. о. Спиридон был рукоположен во иеромонаха и послан из Константинополя антипросопом в Карею, где он пробыл два года. 17 июля 1940 г. вернулся в Руссик и монах Кронид (Болтенко), где он служил эклесиархом, 10 апреля 1948 г. был пострижен в схиму с тем же именем и 28 мая 1949 г. скончался[576].
После начала Второй мировой войны имущественные дела в Стамбуле опять обострились, и в 1941 г. старцы Свято-Пантелеимоновского монастыря снова направили о. Спиридона настоятелем Константинопольского подворья, где он служил до 1955 г., вновь проявив себя незаурядным дипломатом и хозяйственником. В 1947 г. за заслуги перед Церковью Вселенский Патриарх Максим возвел о. Спиридона в сан архимандрита. Покинув Константинополь в 1953 г. из-за тяжелой болезни, архимандрит Спиридон последние годы провел в Свято-Пантелеимоновском монастыре, где и скончался 24 мая 1957 г[577].
В начале 1940-х гг. была образована приходская община РПЦЗ при Андреевском храме, и ее первым старостой стал врач Н. Н. Усов. Летом 1940 г. настоятель Ильинской церкви архимандрит Серафим (Палайда) был принят Константинопольским Патриархом Вениамином, что обсуждалось на заседании Архиерейского Синода РПЦЗ от 22 августа[578]. После оккупации весной 1941 г. Югославии связь русских общин с Архиерейским Синодом в Белграде была надолго прервана. Только 9 декабря 1941 г. Первоиерарх РПЦЗ митрополит Анастасий (Грибановский) получил первое письмо от своей паствы из Стамбула, переданное через немецкого лютеранского священника в Белграде[579].
27 июля 1942 г. Первоиерарх неканоничной автокефальной Хорватской Православной Церкви митрополит Гермоген (Максимов) сообщил архимандриту Серафиму (Палайде) о создании возглавляемой им Церкви, и предложил занять пост епископа в ней, однако о. Серафим ответил отказом[580].
3 ноября 1943 г. архимандриту Серафиму были высланы постановления Венского совещания архиереев РПЦЗ (о непризнании избрания митрополита Сергия Патриархом Московским и всея Руси) для последующей передачи Константинопольскому Патриарху Вениамину[581]. Это оказало определенное (впрочем, непродолжительное) воздействие, в конце ноября секретарь Патриарха вызвал двух иеромонахов из русских афонских подворий и сказал им, что они пока должны воздержаться от поминания Владыки Сергия, так как обстоятельства его избрания еще не выяснены[582].
18 июля 1944 г. митрополит Анастасий написал Вселенскому Патриарху о неканоничности автокефальной Украинской Православной Церкви и известил о постановлении Архиерейского Синода РПЦЗ (от 10 апреля 1944 г.) не вступать в молитвенное общение со священнослужителями этой Церкви до их покаяния[583].
В последние годы Второй мировой войны и вскоре после ее окончания до Турции докатилась вторая волна русских беженцев. Это были как белые эмигранты, жившие до прихода советских войск на Балканах, так и советские граждане с бывших оккупированных территорий СССР. Однако большинство их задержалось в Турции недолго, опасаясь дальнейшего продвижения советских войск или победы коммунистов в гражданской войне в соседней Греции, они старались уехать подальше — в Палестину, Северную Африку или США. В этот период — в 1945–1946 гг. русская стамбульская община во главе с архимандритом Серафимом выдержала трудную борьбу за свою юрисдикционную принадлежность, но все-таки фактически осталась в составе РПЦЗ[584].
В Андреевской церкви после войны настоятелем был сербский протоиерей Петр Хайдуков, при этом русская приходская община сохранялась. В 1950 г., когда стало уходить из жизни первое поколение эмигрантов, и остро встал вопрос взаимной поддержки, было создано «Русское благотворительное общество помощи бедным прихожанам святого Пантелеимона, святого Андрея, святого Ильи православных церквей» — сокращенно PAE — по первым буквам турецких названий трех приходов (то есть Panteleimon, Andreas, Elias), бюро которого разместилось в здании Андреевского подворья.
К этому времени большинство русских эмигрантов приняли турецкое гражданство, нередко меняя имена и переходя в ислам. Однако многие так и не смогли найти своего места в огромном городе — пережитые потрясения, чуждое культурное и социальное окружение сделали невозможной адаптацию к новым условиям. Поэтому создание Русского благотворительного общества стало для таких людей подлинным спасением. Его организаторами были землевладелец Александр Насонов, владелец строительной компании Прокопий Слита (Нури Сирита) и коммерсант Матвей Бирюков. Общество при содействии иностранных культурных центров и Константинопольской Патриархии проводило различные благотворительные мероприятия, доходы от которых помогали материально выживать многим эмигрантам из России. Помимо благотворительности, PAE занималось организацией эмигрантской жизни, защитой русских перед турецкими властями и сохранением подворий. Эта задача была очень важной, так как официально находившимся в юрисдикции Константинопольского Патриархата подворьям, во время нередких обострений греко-турецких отношений, угрожали различные опасности[585].
Посетившая в августе 1961 г. Стамбул группа русских паломников Западно-Европейского экзархата во главе с епископом Мефодием (Кульманом) еще застала уходивший мир «русского Константинополя». Одна из участниц поездки, Е. И. Слезкина так описала свои впечатления: «Около 10 часов утра мы прибыли в Фанар, где расположена Патриархия, и сразу вошли в храм св. Георгия, где в это время кончалась утреня… Вся служба была исполнена русскими певчими, принадлежавшими хору церкви Андреевского подворья, усиленному по этому случаю из двух других русских церквей Истамбула. Служил по-славянски о. архимандрит Николай Кутрумбис, никогда в России не бывавший, но произносивший славянские слова очень хорошо, с едва заметным акцентом. Впоследствии оказалось, что он хорошо говорит по-русски. Греческие ектеньи и возгласы чередовались со славянскими, но последние преобладали. Вне храма паломники познакомились с певчими русского хора и прихожанами русских церквей, пришедшими в патриарший храм. Было установлено, что хором управляла Евгения Владимировна Бадер, урожденная Холодная.
Познакомились мы также с молодым священником о. Феофаном Третиим, из „некрасовцев“, недавно рукоположенным Патриархом для окормления одной из русских церквей Истамбула»[586].
Церковь св. вмч. Пантелеимона весь послевоенный период оставалась подворским храмом русского Свято-Пантелеимоновского монастыря в юрисдикции Константинопольского Патриарха, в 1949 г. в честь десятилетия создания общины в ней был сооружен и установлен слева от иконостаса киот с большим образом свт. Николая Чудотворца[587]. Весной 1953 г. настоятелем Пантелеимоновского подворья был назначен будущий игумен (с 1958 г.) Свято-Пантелеимоновского монастыря схииеромонах Илиан (в миру Иван Михайлович Сорокин, 1885–1971). Он приехал в Стамбул, однако турецкие власти не согласились с его кандидатурой и не дали разрешение на занятие этого поста, и отцу Илиану пришлось 1 июля 1953 г. вернуться на Афон[588]. В 1960-х гг. из-за отсутствия монахов Пантелеимоновская церковь была фактически закрыта, службы совершались лишь изредка.