В 1960-е гг. управление зданиями всех трех стамбульских подворий афонских обителей было передано «Русскому благотворительному обществу помощи бедным прихожанам святого Пантелеимона, святого Андрея, святого Ильи православных церквей». Таким образом, судьба Пантелеимоновского, Андреевского и Ильинского подворий оказалась связанной и юридически. Чтобы собрать средства для помощи нуждающимся общество организовывало концерты, устраивало чаепития, благотворительные праздники для детей и балы для молодежи, ставило спектакли, а также сдавало в аренду туркам квартиры на нижних этажах подворских зданий. На собранные средства оказывалась помощь в организации лечения, обучения, похорон и т. п. В 1957–1963 гг. РАЕ возглавлял художник-иконописец и сценограф Николай Перов, затем в 1963–1990 гг. — выпускник Санкт-Петербургского училища правоведения, корнет царской и Белой Добровольческой армий Николай Георгиевич Тимченко, ставший в эмиграции известным инженером-электриком. Он скончался в 1999 г., в возрасте 102 лет, до конца жизни сохраняя звание почетного председателя РАЕ. В качестве председателя Н. Г. Тимченко в 1990 г. сменил Александр Степанович Симухин, родившийся в Константинополе в 1916 г. в семье российского дипломата. Он возглавлял общество до конца 2000-х гг[589].
Настоятелем Ильинской церкви после архимандрита Серафима (Палайды) со второй половины 1940-х гг. служил иеромонах Иессей (старостой был П. Дьяконов), так же считавший себя клириком Русской Православной Церкви за границей, но состарившиеся прихожане умирали, и храм постепенно приходил в упадок. В 1970-е гг. из-за смерти большинства прихожан и отсутствия священника община Ильинской церкви прекратила свое существование. Последнее богослужение в этом храме состоялось в 1972 г. В дальнейшем иконостас был демонтирован и убран, росписи в основном погибли, однако здание сохранилось. В 1992 г. последние русские насельники были насильно изгнаны из Свято-Ильинского скита (за непоминание Константинопольского Патриарха), который был заселен греческими монахами, однако на судьбе подворья это не отразилось. Более 40 лет Ильинская церковь была закрыта на замок, ключ от которого хранился у живших неподалеку потомков русских эмигрантов. Все это время верующие безрезультатно добивались от Константинопольской Патриархии возобновления служб в храме.
Единственным постоянно действующим русским храмом в Стамбуле осталась Андреевская церковь (современный адрес: Mumhane Cad. № 39 Karakoy, Beyoglu, istanbul). В конце 1960-х гг. по просьбе прихожан ее настоятелем стал священник Симеон Папазоглу. Хотя он был болгарином по национальности, и община подчинялась юрисдикции Вселенского Патриарха, о. Симеон более сорока лет совершал богослужения на церковно-славянском языке и по юлианскому календарю. В 1992 г. Свято-Андреевский скит, пустовавший с 1971 г., заняли греческие насельники, но Андреевское подворье по-прежнему осталось русским.
В 1990-е гг. в здании этого подворья по-прежнему размещалась штаб-квартира (бюро) «Русского благотворительного общества помощи бедным прихожанам святого Пантелеимона, святого Андрея, святого Ильи православных церквей», существовавшего за счет пожертвований с Афона и членских взносов, общая сумма которых была невелика. К этому времени первый этаж здания заняли офисы турецких фирм, выше жили неимущие члены русской общины (в устроенной для них богадельне) и несколько монахинь. В Андреевской церкви сохранились первоначальный иконостас русской работы и настенные росписи в «нестеровском стиле», выполненные в 1928–1929 гг. художником Н. К. Перовым. В большом киоте находятся иконы свт. Николая Чудотворца и вмч. Пантелеимона Целителя.
Середина 1990-х гг. стала переломной для русской церковной жизни в Турции — нараставший упадок сменился постепенным развитием. В первой половине десятилетия братии Свято-Пантелеимоновского монастыря в результате многих усилий удалось выселить из части помещений своего подворья проживавших там турок и сделать ремонт. Появилась возможность принимать первых паломников из России. В это время подворьем заведовал отец Кукша (позднее он трудился над восстановлением афонского скита Новая Фиваида). В 1995 г. настоятель Свято-Пантелеимоновского монастыря схиархимандрит Иеремия благословил на несение послушания в Стамбуле иеродиакона Корнилия (Гремякина), который стал заведовать подворьем.
До конца 1990-х гг. богослужения проводились дважды в год — на Пасху и 9 августа — в день св. великомученика Пантелеимона, однако подворье стало быстро восстанавливаться. «При нас, а я жила тут несколько лет, до 2006 г. церковь и обустраивалась. Все это стоило больших усилий. Тогда здесь служил отец Корнилий, и нам он рассказывал, что начинал с полной разрухи. Все помещения были ободраны, разрушены, — от храма мало, что сохранилось», — рассказывала Нина Щетинина, ранее снимавшая комнату в здании подворья. Служивший в храме св. вмч. Пантелеимона в 1997–2000 гг. иеромонах Виталий возобновил общину, куда вошли представители последней волны эмиграции из республик бывшего СССР (в отличие от Андреевского прихода, состоявшего в основном из старых русских эмигрантов и их потомков)[590]. В 1999 г. богослужения начали совершаться регулярно — по воскресеньям и праздничным дням[591].
Посетивший Пантелеимоновское подворье в то время игумен Алипий (Светличный) так описывал свои впечатления: «Под вечер отец Корнилий и Елена принимали паломников у себя на шестом этаже в Свято-Пантелеимоновом храме. Церковь маленькая, но со своим куполом, который несколько странно смотрелся с улицы над обычным старым домом. Надо сказать, что по соседству на зданиях той же высоты были еще два купола с крестами. Поверхность куполов византийского типа выкрашена одинаковой ярко-зеленой краской. Это почти впритык расположились еще два Афонских подворья: Ильинское и Андреевское… В храме святого великомученика Пантелеймона чисто, все на своих местах. Впечатление такое, будто ничего не изменилось с момента, когда в 50-х годах прошлого столетия подворье было оставлено монахами на произвол судьбы из-за недостатка братии на самом Афоне»[592].
В 2000 г. на постоянную службу в храм Пантелеимоновского подворья прибыл иеромонах Тимофей (Мишин). Постепенно число прихожан выросло до 100 человек. 9 августа 2001 г. — на престольном празднике церкви Божественную литургию в ней отслужил Константинопольский Патриарх Варфоломей. В 2000–2008 гг. в Пантелеимоновском храме было совершено 17 венчаний и 149 крещений, постепенно возрождалось паломничество из России. В середине 2000-х гг. в церкви провели реставрацию, и все фрески на стенах и потолке были написаны заново на пожертвование одного из прихожан[593].
В настоящее время на подворье служат братия из Свято-Пантелеимоновского монастыря: настоятель — иеромонах Тимофей (Мишин), которого знает и любит почти вся русская община Стамбула, и иеродиакон Евлогий (Иванов). Регентом хора работает Елена Тарасова. На службу приходит 150–200 человек, а в праздники собираются многие сотни, не помещаясь в небольшом церковном зале. По свидетельству одной из певчих церковного хора Полины Науменко, «на Пасху и другие большие праздники люди стоят на лестнице, поскольку церковь маленькая и не может в себя вместить всех пришедших. Во второй церкви — святого Андрея службы проходят редко. Там служит батюшка, которому более 80 лет. Он очень старенький, делает все возможное, чтобы церковь не закрыли. Хотя видно — ему это уже тяжело. Порой он даже не может вынести из алтаря чашу со святыми дарами для причастия».
Русская община города не раз обращалась в Московский Патриархат и в Российское генеральное консульство с просьбой прислать одного или нескольких священников в Стамбул. Однако поскольку Пантелеимоновская, Ильинская и Андреевская церкви находятся в юрисдикции Константинопольского Патриархата, эти ходатайства не были удовлетворены по каноническим соображениям.
Многие из приезжающих в Стамбул российских паломником и туристов приходят приложиться к святыням Пантелеимоновского храма — чудотворному образу святого великомученика Пантелеимона, написанному в 1898 г. в Свято-Пантелеимоновском монастыре на Афоне, и чудотворной Владимирской иконе Божией Матери, подаренной в конце XIX века насельницей московского Вознесенского женского монастыря монахиней Митрофанией. Храм окружен террасой-галереей, где находятся книжный магазин и трапезная. Здесь после службы прихожане проводят чаепития. Так как Пантелеимоновская церковь находится на самом верху многоэтажного дома, турки называют ее храмом на крыше (современный адрес храма: Hoca Tansin Sok. № 19. Karakoy, Beyoglu, istanbul).
Началось возрождение и других русских памятных мест и святынь на территории Турции. До конца 1930-х гг. за памятником воинам Белой армии в Галлиполи ухаживал один из местных жителей, но в 1949 г. «русский курган» был разрушен землетрясением, и к 1990-м гг. от него остался лишь мраморный блок цоколя. В 2004 г. Центру национальной славы фонда Всехвального апостола Андрея Первозванного при поддержке российского посла в Турции удалось получить разрешение турецких властей на восстановление памятника. Был выделен участок земли под строительство мемориального центра, состоящего из самого памятника и небольшого музейного павильона. Также планируется создание «Музея российской воинской славы» в сохранившемся здании штаба 1-го армейского корпуса.
10 января 2008 г. в Галлиполи состоялась закладка восстанавливаемого памятника чинам Русской армии и всем русским людям, скончавшимся в галлиполийском лагере в 1920–1921 гг. В основание будущего монумента была помещена капсула с обращением к потомкам. Памятник воссоздавался в первозданном виде, точно таким, каким был раньше, недалеко от места бывшего русского военного кладбища. В проекте приняла активное участие Западно-Европейская епархия Русской Православной Церкви за границей — епископ Женевский и Западно-Европейский Михаил стал членом Попечительского совета программы Центра национальной славы России по восстановлению памятника в Галлиполи