Исследователи активно занялись изучением истории, затрагивая самые разнообразные стороны войны. Однако архивы при этом оставались закрытыми. Допускались к архивным документам, да и то в ограниченном виде, только представители авторских коллективов многотомных проектов по истории Великой Отечественной войны. При этом сохранялся запрет на исследование определенных тем (штрафбаты, заградотряды, репрессии и т. п.), а любые мероприятия, проводимые советским правительством и партийным руководством, интерпретировались как безупречные, ошибки и недостатки объяснялись как неблагоприятное стечение обстоятельств и неожиданное возникновение непреодолимых субъективных факторов.
В этот период приобрело более широкий размах исследование опыта борьбы отечественной контрразведки с разведками противника. Среди первоочередных направлений работы историков стояла задача создания обобщенного труда по истории деятельности советской разведки и контрразведки во время Великой Отечественной войны. В середине 1950-х гг. началась активная работа, в первую очередь учеными Высшей школы МГБ — КГБ СССР, по созданию первого учебного пособия по истории советских органов безопасности. Получаемые из архивов и управлений КГБ дела тщательно изучались, на их основе был выпущен сборник статей «Из истории советской разведки».
В 1960-х гг. в Высшей школе КГБ вышли в свет ряд работ о противоборстве советской контрразведки и германской разведки. Общий уровень научных исследований по истории органов госбезопасности, достигнутый к началу 1960-х гг., был отражен в лекциях И.М. Никитина[7].
Развитию исторического знания в 1950—1960-х гг. способствовало введение в научный оборот новых документов о деятельности органов государственной безопасности[8]. На их основе было опубликовано большое количество научных и научно-популярных работ, книг и статей, посвященных участию советских органов государственной безопасности и внутренних дел в Великой Отечественной войне. Было издано большое количество мемуаров и очерков, написанных разведчиками и контрразведчиками — участниками войны[9].
В 1967 г. к 50-летию образования советских органов государственной безопасности в Высшей школе КГБ было издано учебное пособие по истории советской разведки и контрразведки[10].
В 1977 г. к 60-летию образования ВЧК ученые Высшей школы КГБ создали учебник по истории отечественных органов государственной безопасности, охватывающий весь период деятельности советской разведки и контрразведки со дня образования[11].
Открытая литература о деятельности органов госбезопасности в годы Великой Отечественной войны, изданная во второй период, оставалась немногочисленной, в основном эти работы имеют публицистический характер и соответствуют общественнополитической обстановке в СССР[12].
В научных и научно-популярных статьях рассказывалось о борьбе с агентурой немецкой разведки, дезертирами и изменниками Родины, что позволяло информировать общественность о героических страницах работы контрразведчиков и формировать чувство гордости за бойцов невидимого фронта.
Интерес к изучению истории отечественных органов безопасности, в том числе в военные годы, возрос в период подготовки и празднования в 1978 г. 60-летия образования особых отделов КГБ СССР. К этой дате вышел сборник очерков, большая часть которых была посвящена деятельности военной контрразведки в годы Великой Отечественной войны. В написании очерков принимали участие ветераны особых отделов, историки, журналисты[13].
Однако исследователи, не являющиеся сотрудниками органов безопасности, не могли приступить к серьезному изучению темы, поскольку не имели доступа к необходимым документальным материалам, которые в большинстве своем носили ограничительные грифы.
Третий период, начало которого в середине 1980-х гг. связано с «политикой перестройки», продолжается до настоящего времени. Он характеризуется активным изданием мемуаров и научнопопулярных работ, снятием ограничительных грифов с большого количества документов[14], рассекречиванием документов НКВД/ НКГБ СССР, органов контрразведки «Смерш», передачей части из них на государственное хранение и расширением источниковой базы исторических исследований. Начало этого периода часто называют временем, когда произошла «архивная революция», исследователи получили доступ к закрытым материалам, и началось изучение ранее закрытых тем.
В 1990-х гг. работа по изучению деятельности разведки и контрразведки во время Великой Отечественной войны приобретала все более широкий размах. Новые источники позволяли уточнить и расширить представления о характере деятельности советской разведки и контрразведки, их противоборстве со спецслужбами Германии и ее союзников, выработанные в отечественной исторической науке в предшествующий период.
В работах активно изучаются события, в частности, происходившие в период битвы за Ленинград и его блокады, вклад сотрудников УНКВД по Ленинградской области и контрразведчиков Балтийского флота в оборону и освобождение города. В работах исследователей показаны взаимодействие специальных операций, проводимых УНКВД по Ленинградской области, с боевыми операциями частей и соединений Ленинградского и Волховского фронтов, контрразведчиками Балтийского флота, разведывательная и диверсионная работа на территории, занятой противником, содействие партизанскому движению, рассматривается историография советско-финляндской войны 1941–1944 гг.[15]
И.Б. Ивановым подготовлено несколько публикаций, посвященных деятельности военной контрразведки в первые месяцы войны и истории перехода кораблей Балтийского флота из Таллина в Кронштадт, анализируются причины больших потерь[16].
Следует отметить некоторые работы, в которых рассматриваются некоторые аспекты становлении и деятельности органов морской контрразведки в дореволюционной России. К ним относятся работы А.А. Здановича «Организация и становление спецслужб Российского флота», А.А. Иванова «Военно-морская контрразведка на русском Севере (1914–1917)», В.О. Зверева «Морская контрразведка Российской империи на Балтике в 1914–1918 гг.: история создания и ликвидации».
Некоторым малоизвестным фактам о деятельности контрразведки по расследованию обстоятельств гибели ряда боевых кораблей в 20–30 гг. XX столетия посвящена книга В.В. Шигина «Отсеки в огне», вышедшая в 2012 г. В ней широко использованы ранее не публиковавшиеся архивные материалы Центрального архива ФСБ России.
Однако все эти издания посвящены лишь отдельным этапам деятельности морской контрразведки и не носят обобщающего характера.
Среди научно-популярных книг об истории создания и деятельности органов безопасности, в том числе и морской контрразведки, вышедших в 2000-х гг., следует отметить работы авторских коллективов из числа сотрудников ФСБ России и Главного архивного управления города Москвы, такие как «Лубянка», «Смерш», «Военная контрразведка», «Вместе с флотом»[17]. В этих работах впервые были рассмотрены вопросы деятельности советской морской контрразведки. Однако отсутствие полноценного научно-справочного аппарата существенно снижает их научную ценность.
Особый интерес представляет книга «Секреты российского флота из архивов ФСБ»[18]. Вторая часть этого издания «Флот в период Великой Отечественной войны» базируется на документах флотской контрразведки.
Научные силы различных вузов и научно-исследовательских институтов России в изучении исторического опыта деятельности отечественных органов разведки и контрразведки объединены организаторами конференций «Исторические чтения на Лубянке»[19].
Создание в 2001 г., при активной роли А.А. Здановича, Общества изучения истории отечественных спецслужб, в которое вошли профессиональные историки, ученые, занимающиеся исследованиями вопросов становления, развития и деятельности отечественных органов государственной безопасности и внутренних дел, стало новым шагом в систематическом научном изучении истории отечественной разведки и контрразведки. С 2006 г. Общество приступило к выпуску Трудов, которые значительно обогатили историографию советской разведки и контрразведки в годы Великой Отечественной войны[20].
В Москве, Санкт-Петербурге, Екатеринбурге и других городах были подготовлены и проведены научные и научно-практические конференции, посвященные 50, 55, 60 и 65-й годовщинам Победы в Великой Отечественной войне. В них приняли участие ученые и специалисты, представляющие вузовскую и академическую науку, музейное дело и историческую публицистику, сотрудники и ветераны органов безопасности. В сборниках материалов конференций опубликованы доклады и статьи, подготовленные с использованием широкого круга источников и научной литературы. Авторами рассматривается широкий круг актуальных проблем периода Великой Отечественной войны, анализируется работа советской контрразведки по пресечению деятельности иностранных спецслужб, военная и оперативная обстановка на фронте и в тылу, основные направления работы органов госбезопасности и внутренних дел в годы войны. Авторы ввели в научный оборот большой массив документов из государственных и ведомственных архивов[21].
Самостоятельным направлением изучения деятельности отечественных органов безопасности и внутренних дел в годы Великой Отечественной войны стали работы региональных авторов и авторских коллективов. В своих исследованиях они опираются на документальные материалы архивов органов федеральной службы безопасности, личные архивы сотрудников, что позволяет публиковать ценный фактический материал.