Франция восприняла болезненно прусскую победу. Рост могущества Пруссии воспринимался французами как угроза. Наполеон III выступил в качестве посредника в мирных переговорах между Австрией и Пруссией. Французского посла Бенедетти Бисмарк попытался успокоить, что сфера влияния Пруссии не выйдет за границы Северной Германии, государства Южной Германии сохранят независимость и что Франция может в качестве компенсации приобрести территории за пределами германских земель. Бисмарк прекрасно понимал, что в ближайшем будущем столкновение с Францией будет неизбежным: «Что французская война последует за австрийской, вытекало из исторической логики даже в том случае, если бы мы могли предоставить императору Наполеону те небольшие компенсации, которые он ожидал от нас за свой нейтралитет».
16 июля король Людвиг подписал разрешение фон дер Пфордтену вступить в отдельное перемирие и начать переговоры с Пруссией. 20 и 21 июля Пфордтен договорился с вюртембергским и баденским министрами иностранных дел о сотрудничестве с Австрией по достижению прекращения огня, открытию мирных переговоров. Поскольку теперь север Германии будет преобразован политикой Бисмарка, то Пфордтен считал, что следует работать над формированием сильного Южногерманского союза в качестве противовеса.
Бисмарка, соответственно, не устраивали такие планы, и он стремился их разрушить. Он пригрозил Австрии продолжить военные действия. Прибывший в Вену Пфордтен узнал, что и Австрия без учета своих союзников готова к заключению отдельного перемирия с Пруссией. Узнав об австрийском поступке, Людвиг 18 июля писал Вагнеру: «…О, как ужасно, как это страшно печально теперь в мире: духи мрака властвуют; ах, всюду обман и предательство; клятвы ничего не стоят, договора разрываются; все же я не оставляю надежду. Дай Бог, чтобы независимость Баварии была сохранена; если нет, если мое представительство во внешней политике исчезнет, если нам придется встать под прусской гегемонией, тогда прочь, теневым королем без власти я не хочу быть! О, Германия! Если все же это случится, самые близкие, самые священные узы подло разорвутся: мы останемся вечно верны друг другу; придет день, и мир узнает глубокий смысл нашего неразрушимого союза…»
Министр Пфордтен затем отбыл из Вены в прусскую штаб-квартиру в Никольсбург, чтобы от имени короля Людвига II и южногерманских союзников начать вести переговоры. Бисмарк обращался с Пфордтеном как с военнопленным, надеясь запугиванием склонить того к уступкам, выдвинул ему требование по территориальным уступкам Баварии как условие для заключения предварительных мирных переговоров. После того как было заключено 28 июля предварительное перемирие между Пруссией и Австрией, Пфордтен смог договориться 2 августа о трехнедельном перемирии для Баварии, которое распространялось на Баден и Вюртемберг.
В дни, когда Пфордтен находился в Никольсбурге, Людвиг II утратил веру в своих министров и вновь стал возвращаться к мыслям об отречении. 21 июля король уведомил Козиму в письме: «Мой брат совершеннолетний, я передам ему правление; я прибуду с верным Фридрихом (Пауль фон Турн-унд-Таксис – Авт.), останусь там, куда меня тянет». Также Людвиг в письме писал, что хочет уехать из Германии, чтобы жить рядом с Вагнером. Композитор советовал Людвигу набраться терпения, успокоиться, и если королю однажды придется отречься от престола, то для такого шага должно быть достойное оправдание.
Вместо Пфордтена Вагнер рекомендовал Людвигу назначить председателем министров князя Гогенлоэ. Вагнер, видно, не знал, что Гогенлоэ был человеком Бисмарка и представлял его интересы. Людвиг в это время отверг совет Вагнера по назначению Гогенлоэ и осуществил его только через полгода из-за сложной политической ситуации в Баварии.
Людвиг возлагал надежды на французское посредничество при дипломатических переговорах. Министр юстиции Эдуард фон Бомхард пояснил королю Людвигу, что нельзя надеяться ни на Австрию, ни на Францию, ни на другие южногерманские государства. В прогрессивных и либеральных баварских кругах рассматривали Пруссию как борца за единство Германии при исключении Австрии. Тем более при вмешательстве Франции была велика потеря Пфальца, который Франция запросила бы как плату за свою помощь. Таким образом, союз Баварии с Францией был невозможен. Все же Франция, которая рассматривала южногерманские государства сферой своего влияния, настояла в переговорах, чтобы влияние Берлина не выходило за границы линии Майна.
Пострадавшая Австрия, после разгрома при Кёниггреце столкнувшаяся с многочисленными проблемами, не смогла прийти на помощь Баварии, к тому же под давлением Пруссии и Франции ей пришлось расстаться с Венецией. Австрия передала все права на Шлезвиг и Гольштейн Пруссии, выплатила контрибуцию в размере 40 млн прусских талеров, вынуждена была признать упразднение Германского союза и создание Северогерманского союза во главе с Пруссией, в котором объединялись германские земли к северу от Майна. Австрия устранялась от вмешательства в германские дела, признавая гегемонию Пруссии, аннексию Пруссией герцогства Гессен-Хомбурга, Гессен-Касселя, герцогства Нассау, города Франкфурта-на-Майне, королевства Ганновер. Они были присоединены к Пруссии, утратили свою государственную независимость, а их правители были свергнуты. Прусское королевское семейство, конечно, осудило политику Бисмарка, король Вильгельм принял предложения Бисмарка с неохотой.
В ходе переговоров с Пфордтеном Бисмарк потребовал от Баварии передачу одной пятой части баварской территории и контрибуцию в размере 32 млн гульденов. На все возражения Пфордтена о прусской несправедливости и что не Бавария первой начала войну Бисмарк заявил, что речь идет не о справедливости, а о власти. Как выход из положения Пруссия предложила союз между Берлином и Мюнхеном. Полностью Бисмарк не планировал унижать Баварию, возлагая на нее другие планы.
22 августа между Берлином и Мюнхеном было достигнуто соглашение, заключен тайный наступательный и оборонительный союз, по которому обе стороны гарантировали оказывать друг другу взаимную поддержку в случае войны и баварский король должен был отдать прусскому королю верховное командование войсками. Это был первый шаг на пути к основанию Германской империи и предпосылка для будущих совместных действий против Франции в 1870–1871 годах. Для дальнейшего развития Баварии Людвиг понимал, что, несмотря на свои антипрусские настроения, следует установить с Бисмарком более личные отношения. Вскоре после соглашения Людвиг II пожаловал Бисмарку орден Святого Губерта.
На открытии ландтага 27 августа большинство баварских депутатов были позитивно настроены на создание единой большой Германии. 30 августа 124 парламентария направили Людвигу II обращение – курс на сближение с Пруссией и объединение Германии при условии участия в ней свободно избранного парламента. Пфордтен и 11 депутатов высказались против. Приверженность Пфордтена великогерманскому пути объединения Германии с участием Австрии рухнула в результате роспуска Германского союза. Хоть и оставалась возможность создания Южногерманского союза, но она была поддержана лишь половиной баварского правительства. К тому же побежденная Австрия не могла оказать поддержку Баварии, а сам Бисмарк не желал воплощения этого проекта.
Надвигающаяся потеря суверенитета Баварии слишком мучительно воспринималась королем. Кроме того, Бавария обещала выплатить Пруссии контрибуцию и уступить незначительную часть территории в Северной Баварии. Другие южногерманские государства заключили похожие договора с Пруссией. Бисмарку оставалось в ближайшие годы сделать последний толчок, чтобы сплотить германские государства в единую Германию. События 1866 года усилили стремления к единству нации.
Политика Людвига II была направлена на сохранение независимости Баварии, насколько это позволяло. Отвращение короля к Пруссии лишь усиливалось. Король был также разочарован своими министрами Пфордтеном и Бомхардом, кабинет-секретарем Пфистермайстером. Эпоха Пфи и Пфо подходила к концу. Пфистермайстер из-за конфликтов с Вагнером уволился в октябре 1866 года, и на его место был назначен бывший министр Ноймайр. Пфистермайстер затем работал государственным советником до 1894 года в министерстве иностранных дел. Он умер в 1912 году в возрасте 92 лет.
Министр Пфордтен был уволен в конце декабря. Из-за прусского триумфа и своего неудачного внешнеполитического курса Пфордтен быстро потерял популярность. Не столько из-за конфликтов с Вагнером, сколько из-за потери своей репутации Пфордтен был вынужден покинуть свое место. Крепко в седле держался лишь Иоганн фон Лутц, «который знал, как приспособиться к любой ситуации».
В октябре 1866 года начали распространяться слухи, согласно сообщениям друга Вагнера, доктора фон Шанценбаха, что редкое появление короля в общественности и его пассивное поведение в разгар Австро-прусской войны было связано с тем, что Пфистермайстер и Иоганн фон Лутц намеренно держали короля в изоляции и предотвращали его общественные выходы. Все же доказательств этому не найдено. Князь Гогенлоэ поверил ложным слухам.
Предстоящее увольнение Пфордтена вызвало некоторый протест со стороны дедушки экс-короля Людвига I. Он, пребывая в беспокойстве о благополучии страны и династии, вероятно, оценивал политические способности внука не очень высоко, поэтому давал ему всевозможные политические советы.
В то время обсуждался вопрос с назначением нового министерства. Людвиг I опасался назначения на место Пфордтена князя Хлодвига цу Гогенлоэ и давал внуку советы о своем неодобрении: «Заклинаю снова тебя не назначать на пост министра князя Гогенлоэ». Людвиг I видел в Пфордтене гаранта независимой политики Баварии между государствами. Иначе смотрел на ситуацию единственный при баварском дворе настроенный пропрусски граф Макс фон Хольнштайн, который выступал за смену министров и ходатайствовал за назначение князя Гогенлоэ, был сторонником его партии и видел в нем человека, который поведет баварскую политику на сближение с Берлином. Хольнштайн, несмотря на свое баварское происхождение, был, тем не менее, пруссофилом в данный период. Отметил пропрусскую направленность графа и генерал Альбрехт фон Штош во время посещения Мюнхена кронпринцем Фридрихом Вильгельмом Прусским в 1868 году. Граф всегда держал нос по ветру и склонялся к той стороне, где мог извлечь для себя привилегии и пользу.