В 1868–1869 годах Людвигом был принят ряд важных законов. В январе 1868 года новый порядок ведения бизнеса, согласно которому все граждане Баварии независимо от пола, вероисповедания, профессии могли вести бизнес на территории королевства. В апреле того же года благодаря новому закону о семье, вступлении в брак и проживании были устранены барьеры при получении гражданского права, гарантировалось право на помощь бедным слоям населения, полная свобода передвижения. Другие законы, как закон об общественном попечительстве бедных и уходе за больными и закон о продлении и завершении баварских железных дорог, стали заключительными законодательными реформами Людвига II.
Хоть немалая заслуга реформы баварской армии также сказалась в дальнейшей победе над Францией, но сама война принесла все же Баварии скорое ограничение суверенитета, а король Людвиг все больше стал ощущать себя «теневым королем без власти», все больше уходя от общества в своей идеализированный горный мир.
В Берлине были немного обеспокоены, как будут продолжаться дальше отношения с Баварией. В Мюнхене вновь ползли нелепые слухи о Людвиге, о его изолированности и эксцентричном поведении. Отто фон Бисмарк не помышлял об ослаблении Баварии, он понимал, что объединение Северной и Южной Германии рано или поздно осуществится.
«Либо правлю я, либо народ, вместе мы не сделаем хорошо» – так Людвиг II в письме кабинет-секретарю Августу фон Айзенхарту негативно охарактеризовал свое отношение к парламентаризму, считая его несовместимым со своими представлениями о королевской власти. В парламентской борьбе либералов и консерваторов за политическое господство автократические представления короля были ограничены конституцией. Полностью упразднить палаты депутатов он не мог, поэтому Людвигу оставалось лишь предотвращать усиление власти ландтага. В письмах короля встречаются сетования на неприятности, которые доставлял ему парламент. В письме короля к Вильгельму Гессенскому от 9 апреля 1867 года: «Вплоть до апреля у меня на шее висят надоедливые палаты, которые создают мне массу сложностей». И в его письме от 14 марта 1876 года кронпринцу Рудольфу Австрийскому: «Палаты, которые заседают здесь в нынешнее время, вызывают у меня недовольство и очень неприятные моменты, потому что во многих отношениях они упрямы и лживы и вмешиваются в дела, которые должна решать одна корона; это гнусный век, в котором мы должны жить».
Людвигу приходилось считаться с усилением либерально настроенных депутатов в ландтаге, которые после выборов с 1863 года составляли большинство. Либералы в Баварии выступали за права личности, свободу передвижения, отмену цензуры, свободное развитие торговли, бизнеса, промышленности, подавление власти церквей в школах и их строгого контроля со стороны государства. Образованную в Нюрнберге 1863 года Баварскую прогрессивную партию король воспринимал с угрозой. После Австро-прусской войны либералы выступали за малогерманский путь объединения Германии во главе с Пруссией, исключая при этом Австрию. В этом их интересы совпадали с интересами левых демократов и республиканцев. Либералы хоть и порицали внутреннюю политику Бисмарка в Пруссии, но поддерживали его действия по созданию Германской империи. К концу 1860-х годов либеральные партии составляли большинство в палате депутатов ландтага, они сотрудничали с правительством, инициировали много реформаторских законов.
Политические взгляды либералов стояли в противоположности монархическим взглядам Людвига и, по сути, привели впоследствии Баварию под прусский сапог. Сибиллу фон Леонрод король извещал 31 марта 1867 года: «Тяжелым выдался для меня месяц март, когда министры, а также палаты содействовали тому в последнее время, чтобы разозлить меня – это прусское головокружение и кокетство с Прогрессивной партией, которое, к сожалению, само по себе может привести только ко злу; но я надеюсь, что с Божьего благословения мне удастся благополучно направить государственный корабль через враждебные волны, минуя грозные обрывы, в спокойное море спасения, общего блага народа».
Противоречиво выглядит ставка Людвига на пропрусски настроенного князя Гогенлоэ, призывающего в ландтаге еще в ноябре 1866 года к присоединению Баварии к Северогерманскому союзу. Такой курс политики сближал его с либералами. Такой человек, как Гогенлоэ, близкий к Бисмарку, служил мостом между Баварией и Северогерманским союзом. Король также осознавал, что после проигранной войны Баварии просто было необходимо находиться в добрососедских отношениях с Пруссией. Хоть Пражский мирный договор оставлял для Баварии свободу для заключения любых дипломатических и политических союзов, но исключал возможность договоренности с Австрией. При нарушении этих условий Бавария не сможет укрепить свое положение в Северогерманском союзе и даже рискует потерять свою независимость. Гогенлоэ видел решение в том, чтобы идти на сближение Баварии с Пруссией, стремиться «к единому национальному союзу Германии, который бы удовлетворил законные требования нации, не нарушая суверенных прав его величества на целостность Баварии».
Все новые баварские реформы, направленные на расширение прав и свобод, модернизацию общества, были проведены с одобрения Людвига во время пребывания Гогенлоэ на посту премьер-министра. Готфрид фон Бём описывал Гогенлоэ как «хорошего дипломата, но не как государственного деятеля и не имеющего собственных продуктивных идей». Гогенлоэ считал короля приятным и дружелюбным человеком, но держащимся на дистанции, проявляющим недоверие и со скептическим характером.
Север и юг Германии были связаны в экономическом плане. В июле 1867 года стало решающим для будущего Баварии обновление договора с Таможенным союзом. Первая палата рейхсратов в ландтаге, опасаясь потери баварского суверенитета, выражала сопротивление вхождению в обновленный Таможенный союз Германии. При поддержке короля Людвига Гогенлоэ обновил этот договор, рейхсраты все же дали свое согласие.
20 июля 1867 года Людвиг отправился во Францию, желая посетить Всемирную парижскую выставку и посмотреть местную архитектуру. У многих людей поездка короля вызвала опасения, что Людвиг может пойти на возобновление дружеских отношений с Францией, которая намеревалась заключить союз с Австрией в противовес прусской экспансии. Короля интересовали только культурные интересы, менять политический ориентир он не помышлял.
В противовес либералам, Прогрессивной партии и их устремлениям на присоединение в будущем к Северогерманскому союзу в Баварии появилась христианско-консервативная оппозиция. Представленный в 1867 году министерством Гогенлоэ новый смелый закон о школьном образовании был встречен среди населения и церковниками в штыки. По закону предусматривалась модернизация системы преподавания, строгий надзор государственных органов за церковными школами. В министерстве Гогенлоэ были убеждены, что государство имеет право осуществлять контроль над церковью, ограничить влияние католиков в стране. Католическое духовенство подняло шум в прессе против этого законопроекта, что привело в 1869 году к его отмене.
Как уже упоминали, в 1860-х годах начала постепенно взлетать карьера Иоганна фон Лутца. В 1867 году он стал министром юстиции, а в 1869 году министром по делам просвещения. В письме к дедушке Людвигу I от 14 декабря 1867 года Людвиг II хвалил своего министра: «…он тверд и решителен, настроен полностью монархически, твердо стоит один за то, в чем юридически подкован, и не может быть введен палатами парламента в заблуждение, также он мне отлично служит в совете министров, вносит дух объединения, что там действует так и поощряет их энергично работать, так что злосчастные мысли об уступках палатам проходят».
Король Людвиг оказывал министру полное доверие и испытывал уважение, которое возросло особенно в 1870-х годах, когда Лутц твердо и уверенно защищал права государства против возрастающего превышения власти католической церковью. Блестящий компетентный юрист стойко выдерживал все бури оппозиции. Однако его бесцеремонное поведение и непомерное честолюбие были его негативными чертами.
В феврале 1868 года было организовано Объединение баварских патриотов, выступавших против школьной и церковной реформ правительства. В том же году они впервые появились на выборах в парламент Таможенного союза Германии. В 1869 году была образована Баварская патриотическая партия. На выборах в ландтаг в том же году она сразу же получила большинство голосов.
Патриотическая партия опиралась на консервативно-католических приверженцев среди баварского населения. Для них приоритетом было сохранение монархизма, баварского суверенитета и автономии. Они выступали против республиканства, малогерманского пути объединения Германии, против усиления возрастающей власти Пруссии, против строгого контроля государства за школами и церквями, против развития индустриализации и перевооружения армии. Партия выступала за создание федеративного союза государств, в который входила бы Австро-Венгрия, за расширение прав духовенства, за сохранение аграрного общества.
Хоть некоторые внутренние убеждения и взгляды короля Людвига совпадали с ними, но на сближение с ультрамонтанами он не пошел. Ультрамонтанство (с ит. papa ultramontano – «папа из-за гор» (Альп), с лат. ultra – «далее», «за пределами» и лат. montis – «горы») представляет собой религиозно-политическое направление в католицизме, чьи сторонники выступают за вмешательство римского папы в светские дела других государств и поддерживают идею его неограниченной верховной власти. Король, ставший либералом против своей воли, видел в ультрамонтанах противников и считал, что с ними невозможно построить крепкое государство. Людвигу, стремившемуся к просвещению и прогрессу, был чужд политический консерватизм католического духовенства, в котором он видел зло и старался свести его к ограничению. Поэтому король также поддержал выступления Гогенлоэ против провозглашенной папой Пием IX догмы о непогрешимости. В 1869 году Людвиг II отправил европейским правительствам письмо с призывом не поддерживать принципы, заявленные Первым Ватиканским собором. Карл фон Хайгель так охарактеризовал отношение Людвига II к религии: «Людвиг был верующим католиком и ревностно исполнял свои обязанности правителя, поддерживая правила веры своей страны, но он не был фанатиком и презирал все узкие воззрения и религиозные споры и ссоры».