Канцлер питал недоверие к новой партии, которая уже издали выглядела оппозиционной по отношению к кайзеру и империи. Бисмарк опасался, что католический Центр налаживает связи с католическими силами Австрии и Франции, что может стать угрозой новой империи. Также Бисмарк считал, что партия Центра может поколебать фундамент новой империи в угоду партикуляристам. В Баварии консервативно-католическая Патриотическая партия, настроенная антипрусски и анти-либерально, задавала руководящие принципы в церковной политике.
Нельзя возлагать всю ответственность только на одного Бисмарка за начало конфликта с партией Центра. Дыма без огня не бывает. «Зажгла спичку» в рейхстаге партия Центра, вызвав противостояние. Бисмарк и его меры затем подлили масла в огонь, дав разбушеваться конфликту. Поскольку и государство, и церковь боролись за свои влиятельные позиции в обществе, конфликт с обеих сторон был неизбежен.
Поддержка Людвигом II политики Бисмарка против усиления влияния католической церкви и набирающей силу социал-демократии вызывала подозрение и враждебность в этих кругах к баварскому королю. Окончание Франко-прусской войны не принесло мира, которого так желал Людвиг, поскольку в католической церкви начался раскол и хаос.
Папство и церковь противостояли политическим, экономическим, культурным модернизациям. Они видели в либерализме угрозу для религии и для положения церкви. Вступившего на Святой Престол папу Пия IX в 1846 году так ослепили роскошь и великолепие Ватикана, что он вскоре позабыл о своей либеральной позиции. Ослепленный амбициями и укреплением личного авторитета, он стал настойчиво продвигать культ папы и издал ряд указов, которые ограничивали личную свободу в католической церкви. Его энциклика Quanta cura и приложение к ней Syllabus errorum были направлены против либерализма. Апогеем его культа в 1870 году стала доктрина о папской непогрешимости. Все это вызывало беспокойство не только у протестантской Пруссии и либералов, но и у короля Людвига и баварского правительства. По вопросам церковной и государственной политики короля Людвига консультировали богослов и историк церкви, священник, проректор профессор Игнац фон Дёллингер (1799–1890) и профессор Хубер, а также ряд других чиновников. Они опасались, что папские указы могут угрожать баварскому суверенитету и начнется вмешательство церкви в светские дела. Игнац фон Дёллингер возглавлял «Католическое движение», которое выступало против того, чтобы власть в Германии использовала религию и католическую церковь в своих политических целях. Часто заявляют, что Дёллингер в ранние годы придерживался ярко выраженных взглядов ультрамонтанов, но это не в полной мере соответствует истине. Учение Дёллингера о церковной истории уже в ранние годы его профессорской деятельности в Мюнхене критиковали иезуиты. Дёллингер также поддерживал отношения с французским католиком либералом Фелисите Робером де Ламенне, чьи прогрессивные взгляды расходились с понятиями Римско-католической церкви.
В своих речах Дёллингер излагал идеи, чтобы немецкий епископат был автономен, а впоследствии и полностью независим от Рима, также отрицал целесообразность существования церковного государства. В 1857 году Дёллингер полностью порвал с ультрамонтанами, а уже накануне Первого Ватиканского собора и в ходе него он, как идейный вождь либеральной партии, активно им противостоял.
В своем отношении к Ватиканскому собору и папской догме о непогрешимости король Людвиг придерживался взглядов и советов Дёллингера. Король считал, как и многие князья и политики того времени, что догма о непогрешимости даст право папе оказывать влияние и вмешиваться в вопросы светской жизни. Король не признавал решения Ватиканского собора, которые епископы провозгласили без разрешения Людвига. Также баварское министерство поддерживало старую католическую церковь, за что их яростно атаковали ультрамонтаны. Король Людвиг проявлял оживленный интерес к церковной политике, поскольку опасался, что его господствующее положение может быть поколеблено со стороны церкви. Монарх считал, что церковная политика должна обеспечивать сохранение суверенных прав государства над церковью и предотвращать ее опасное влияние. Король настаивал, чтобы ему сообщали точно о всех процессах, изучал внимательно доклады и расставлял собственные акценты, при этом показывая поразительные церковно-правовые знания.
Догма о папской непогрешимости была провозглашена 18 июля 1870 года. В среде духовенства начался раскол. Те, кто не согласился поддержать догму, стали называть себя старокатоликами.
В Германии лидером оппозиции стал Игнац фон Дёллингер, которого также поддержали часть духовенства, профессора католического богословского факультета в Бонне, а также большинство ученых, считая его своим духовным отцом. Дёллингер стал одним из инициаторов движения старокатоликов в 1870-х годах, которые отвергали решения Первого Ватиканского собора.
Дёллингер и Хубер опубликовали 69 писем в баварской прессе в 1869–1870 годах, где доказывали несостоятельность новых церковных догматов. Работа Дёллингера Der Papst und das Konzil (1869) попала в Индекс запрещенных книг, то есть была запрещена для чтения Римско-католической церковью под угрозой отлучения.
Более сорока профессоров Мюнхенского университета во главе с Дёллингером выказали протест против догматов. Затем в Мюнхене на собранном конгрессе в августе 1870 года Дёллингер опубликовал декларацию, которая противоречила указам Ватикана. В Баварии Дёллингер все больше набирал поддержку. Правительство Баварии одним из первых настойчиво выступало против Ватиканского собора и всячески поддерживало старый католицизм. Старокатолики дали на мгновение людям надежду, что Мюнхен станет вторым Римом, а Бавария сможет основать немецкую национальную церковь, которая имела бы значение для всей империи.
Министр юстиции и просвещения Иоганн фон Лутц с 1870 года по согласованию с королем Людвигом руководил также церковной политикой. Лутц 9 августа 1870 года запретил католическим епископам без разрешения короля объявлять новую догму о папской непогрешимости. Епископы это проигнорировали, и ответной реакцией стало признание Старокатолической церкви, которая получила правовой статус независимой церкви в Баварии. Иезуиты в ландтаге вызывали протесты и интриговали за отречение короля Людвига. Король в ответ приказал высылать иезуитов из Баварии.
Из-за разногласий с оппозицией в ландтаге министр королевского дома и иностранных дел, председатель совета министров Брай-Штайнбург подал в отставку 25 июля 1871 года. Брай вернулся на пост посла в Вене. Он склонялся к тому, что если и следует выступать против католиков, то только если догмы затронут государственную сферу. Догму о папской непогрешимости Брай рассматривал как внутреннее дело католиков. Король Людвиг и министр Лутц считали иначе, что догма поколеблет основы светского государства и папа начнет навязывать свои правила игры для других правителей.
Лутц, восхищавшийся Бисмарком, стал одним из самых ярых сторонников его политики культуркампфа. Несмотря на то что Людвиг выступал против реакционной политики Бисмарка, король признавал заслуги Лутца и считал его единственным способным в правительстве человеком, который мог объединить либералов и консерваторов для совместной работы. Благодаря своим политическим успехам Лутц заимел благосклонность не только Бисмарка, но и короля Людвига. В лице Бисмарка, либеральных помещиков, интеллигенции и у некоторых представителей прессы Лутц нашел поддержку.
Пий IX угрожал протестующему духовенству, многие священники лишились права на преподавание, были уволены с государственных постов, а то и вовсе отлучены от церкви. Архиепископ Мюнхена Грегори фон Шерр призывал Дёллингера к подчинению, но безрезультатно. Мятежный богослов 28 марта 1871 года отказался подписать указы Ватикана.
Духовенство, которое не поддержало новые догматы и осталось верным старой католической вере, подвергалось отлучению от церкви, что 17 апреля 1871 года коснулось и Дёллингера. Людвиг всячески заступался за Дёллингера и даже после отлучения того от церкви продолжал призывать его выполнять обязанности священника, тем самым открыто бросая вызов Риму.
29 февраля 1871 года Дёллингер был избран ректором Мюнхенского университета. В 1873 году король Людвиг назначил Дёллингера президентом Баварской академии наук.
Конфликт с политическим католицизмом дал шанс Бисмарку переделать по-новому отношения церкви и государства: чтобы церковь была отделена от государства, а школы отделены от влияния церквей и заменены контролем со стороны государства. Также и баварское правительство брало в руки инициативу и выдвигало рейхстагу церковные законопроекты. В июле 1871 года первым шагом в борьбе с политическим католицизмом было закрыто католическое отделение прусского министерства культуры. Эта борьба за культуру, «культуркампф», начала набирать обороты. Впервые этот термин ввел лидер левых либералов, врач Рудольф Вирхов. В декабре того же года приняли закон о церковных кафедрах, так называемый «кафедральный параграф», инициатором которого стало баварское правительство. По этому закону духовенству запрещалось с церковной кафедры вещать о государственных делах, произносить проповеди, которые подразумевают под собой пропаганду против существующей государственной системы и угрожают общественному спокойствию. Наказанием становились увольнения и арест. Подчиненная и подконтрольная Бисмарку пресса запустила мощную кампанию против партии Центра и социал-демократов, называя их «врагами империи».
Посол Георг фон Вертерн, испытывающий ненависть к ультрамонтанам и поддерживающий политику культуркампфа, много общался со старокатоликами. В своих письмах посол Вертерн предостерегал время от времени от клерикально настроенных принцев Луитпольда и его сыновей.
В марте 1872 года был упразднен церковный надзор за школьным образованием, вместо него был введен государственный контроль за учебными заведениями. Затем рейхстаг и бундесрат запретили на территории Германской империи орден иезуитов. Баварское правительство также сыграло ведущую роль в формировании закона об иезуитах. Ордена были распущены, а члены орденов изгонялись из страны. Широкие полномочия церковной власти постепенно искоренялись государством. Наиболее реакционные церковные деятели высылались за пределы государства. В 1873 году государство получило право назначения духовенства на различные должности. Священник, который хотел попасть на определенное место, должен был вначале пройти обучение в немецких университетах, сдать соответствующие экзамены и присягнуть на верность государству. В 1874 году церковников ограничили в праве наказывать духовенство и верующих. 1875 год ознаменовался введением обязательного гражданского брака, гражданских регистраций рождения и смерти как единственно законных. В этом году были упразднены все монашеские ордена, кро