23 января 1872 года Людвиг написал брату, что он разделил мнение врачей о необходимости медицинского лечения. Поэтому Отто должен со своей свитой и врачом доктором Браттлером отправиться в замок Нимфенбург. При этом он должен повиноваться распоряжениям врачей, которые получили необходимые полномочия от короля.
В конце февраля 1872 года для помощи перевозки Отто в Нимфенбург, в случае протестов и отказа принца, были вызваны несколько санитаров и охранников из психиатрической больницы. Прибыла также королева Мария и ее адъютанты. Принц протестовал и предстал перед врачами, стоя в голом виде на кровати. Отто потребовал удаления доктора Зольбрига, и только доктору Гитлю удалось успокоить, уговорить принца собраться в поездку.
Отто 4 марта в письме обвинял Людвига в унизительной перевозке в Нимфенбург и упрекал его, что никогда не простит ему этого, как инициатору лечения. В скором времени Отто был вынужден просить у брата прощения за свое бестактное поведение.
После смерти доктора Зольбрига в мае 1872 года лечением принца Отто стал заниматься доктор Иоганн Бернхард Алоиз фон Гудден (1824–1886). 9 февраля 1875 года доктор Гудден составил медицинское заключение о состоянии здоровья принца. С 1876 года после увольнения доктора Браттлера Гудден официально принял общую ответственность за лечение Отто. Гудден изучал медицину в Бонне, Галле и Берлине. После получения докторской степени в 1849 году он приступил к своей первой работе младшим врачом в психиатрической больнице в Зигбурге в 1851–1855 годах, затем в клинике Илленау в Бадене, с 1855 по 1869 годы в Вюрцбурге в качестве директора психиатрической больницы. В 1869 году Гудден был назначен директором больницы в Цюрихе, а также стал профессором психиатрии в Цюрихском университете.
С 1872 года Гудден становится директором Верхней баварской окружной психиатрической больницы и вскоре также профессором психиатрии в Мюнхенском университете. Он был призван в Мюнхен по ходатайству министра просвещения и религии Иоганна фон Лутца. Гудден получил свое назначение благодаря влиятельным связям среди политиков, министра Лутца и министра внутренних дел Зигмунда фон Пфойфера. Министры хотели держать своего человека, который бы наблюдал за здоровьем принца Отто, а заодно присматриваться к здоровью короля Людвига.
Гудден взял себе в помощники врачей из Верхней баварской окружной психиатрической больницы. Дважды в месяц Гудден извещал короля Людвига о состоянии Отто. Став главным врачом в лечении принца Отто в 1876 году, Гудден приобрел со временем большое влияние благодаря разным связям среди придворных и министерской бюрократии.
Министры, обеспокоенные здоровьем Отто, уже в начале 1870-х годов хотели пристально наблюдать и за здоровьем его старшего брата и при сложившихся обстоятельствах быть готовыми провозгласить регентство. Дружеские связи Гуддена с Лутцем еще сыграют свою роль, когда этот процесс с грубыми нарушениями был запущен в 1886 году. Гудден нарушил все медицинские и психиатрические принципы при постановке диагноза Людвигу. И тем самым Гудден внес свой вклад в цепь роковых событий, которые закончатся смертью короля и самого психиатра в Штарнбергском озере.
Методы лечения пациентов, предложенные и практикуемые Гудденом, в середине XIX века считались новаторскими. Гудден выступал за гуманное отношение в лечении пациентов, общественное социальное взаимодействие между пациентами и хорошо обученным медицинским персоналом. Он считался значительным реформатором в истории психиатрии, но как диагност и практикующий врач был незначительным.
Состояние здоровья Отто со временем только ухудшалось. Санаторно-курортное лечение и лекарственная седативная терапия, предложенная Гитлем и видоизмененная Гудденом, были малоэффективными. Пребывание Отто в замке Людвигшталь не принесло принцу пользы. По настоянию медиков Отто был переведен под медицинский присмотр из Мюнхенской резиденции в 1872 году в замок Нимфенбург. До 1875 года состояние принца было относительно терпимым, он появлялся в обществе, ему было разрешено покидать Нимфенбург, совершать прогулки, поездки, иногда без сопровождения в Хо-эншвангау или в охотничий домик в Альпах Эльбигенальп, посещать народные праздники, церковь. Со временем его необычное поведение стало учащаться и становилось опасным для окружающих. Поэтому доктора рекомендовали изолировать принца в пределах замка. Двери комнат Отто в замке Нимфенбург были снабжены глазками, которые можно было открыть только снаружи. Окна были завинчены. Людвиг ежедневно получал отчеты от врачей о здоровье брата.
После бурного инцидента на публике Отто решили взять под более строгое медицинское наблюдение. В день праздника Тела Христова 27 мая 1875 года во Фрауэнкирхе Отто пробился сквозь толпу людей к ступеням главного алтаря, затем упал перед архиепископом Грегором фон Шерром и громко на всю публику признавался в своих грехах. Священник был вынужден заверить принца, что он попросит у Бога прощения от имени Отто. Событие громко обсуждалось в обществе. Отто в письменном виде просил прощения у мюнхенского архиепископа за беспокойство, которое он учинил на мессе.
Болезнь обострялась без заметных выздоровлений, его бурные выходки, припадки, галлюцинации и словесный бред становились все более активными. Доктор Гитль рекомендовал переместить проживание Отто за город.
После шумного инцидента Отто поместили под строгую изоляцию в замок Шляйссхайм (SchleiЯheim), где он находился в 1876–1879 годах под надзором медиков и смотрителей из Мюнхенской психиатрической больницы. С весны 1877 года Отто проживал от случая к случаю в Фюрстенриде, а с 1883 года – постоянно до своей смерти. Принц был очень недоволен пребыванием в Фюрстенриде и умолял брата позволить ему выйти. Но это было невозможно. 16 марта 1878 года Отто был признан недееспособным, и после этого Людвиг окончательно понял, что брат не может быть его наследником на престоле, и стал задумываться о других кандидатах, в частности о кронпринце Рудольфе Австрийском.
В начале 1880 года Отто последний раз участвовал в королевской охоте. Психическое заболевание Отто перешло в полное умственное расстройство.
Людвиг навещал своего брата, успокаивал его, когда тот бился в сильных истериках. Королю было больно наблюдать, как у него на глазах его младший брат постепенно умственно деградировал, и еще печальнее было осознавать, что этот процесс был у Отто необратимым. Король Людвиг давал указания врачам о лечении своего брата, запрещал применение электрошока и всех методов, где применялась сила. Отношение Людвига к Отто становилось все более отстраненным, они стали реже видеться. Но это не значит, что Людвиг бросил заботу о младшем брате. Он до самой своей смерти принимал участие в судьбе Отто.
Королевского пациента также навещала его кузина, дочь принца Луитпольда принцесса Тереза (1850–1925). Она еще с юности была влюблена в Отто, однако из-за его психической болезни ни о каком развитии серьезных любовных отношений и тем более брачного союза не могло быть и речи. Она любила Отто всю свою жизнь, так и не выйдя замуж, отказала всем кандидатам в мужья. Тереза посвятила свою жизнь науке, став исследователем, коллекционером, полиглотом, писателем. Она совершила обширные научные путешествия во множество стран, собрав значительные этнографические, ботанические, зоологические коллекции экспонатов, которые ныне размещены в Мюнхенском этнографическом музее. Людвиг восхищался уверенной, бесстрашной кузиной. В 1892 году Тереза стала первой женщиной – почетным членом королевской Баварской академии наук. В 1897 году она получила почетную докторскую степень в университете Людвига – Максимилиана. Принцесса была образцом для подражания и одной из предшественниц освободительного женского движения.
Опекуны или кураторы генерал Зигмунд фон Пранк и барон Людвиг фон Мальсен 15 июня 1886 года известили Отто о смерти его брата и что он теперь является королем. Управлять страной он не мог, регентом продолжал оставаться принц Луитпольд. Когда кураторы зачитывали манифест, Отто никак не отреагировал, так и не осознав, что стал королем. Когда к нему обратились впервые «ваше величество», он улыбнулся и попросил повторить обращение.
По распоряжению правительства психиатры Хаген, Хубрих, Грашей составили отчет о болезни короля, в котором упоминалось, что неизлечимая болезнь Отто не позволяла ему управлять страной на протяжении всей его оставшейся жизни. Принц-регент Луитпольд правил до своей смерти 12 декабря 1912 года. Принявший регентство его сын, амбициозный принц Людвиг, не хотел править как регент, а хотел быть коронованным монархом и улучшить тем самым свое финансовое и конституционное положение. По поручению ландтага баварские психиатры составили еще один отчет о постоянной правительственной недееспособности Отто. В 1913 году ландтаг закрепил конституционную поправку, согласно которой если законный король вследствие продолжительной болезни не может править страной, то регентство прекращается и следующий Виттельсбах имеет право самому стать королем. 5 ноября 1913 года принц Людвиг объявил регентство законченным в подписанном баварскими министрами заявлении и был провозглашен королем Людвигом III. При этом Людвиг III объявил, что титул короля Отто должен быть сохранен. Таким образом, до смерти Отто в 1916 году в Баварии было два короля. Людвиг III стал последним королем Баварии. В результате Ноябрьской революции 1918 года он потерял трон, а 13 ноября отрекся от престола.
Отто умер ранее 11 октября 1916 года в возрасте 68 лет от желудочного кровотечения. Отто обрел свой последний покой в мюнхенской церкви Святого Михаила рядом с саркофагом своего брата Людвига.
Хайнц Хефнер подозревает, что Отто страдал прогрессирующим параличом, а не шизофренией. Хефнер полагает, что Отто из-за контактов с проститутками заразился сифилисом, что привело затем к развитию приобретенного ненаследственного прогрессивного паралича. Невролог Вальтер Шпильмейер, проводивший вскрытие, не обнаружил в разрезанном мозге Отто признаков воспалительных изменений, которые были приобретены при жизни или были связаны с наследственным инфекционным заболеванием. Поэтому Отто не мог болеть приобретенным сифилисом. Шпильмейер диагностировал болезнь Отто как деменция прекокс (от