«Дора» работал на советскую разведку. Про остальных же сотрудников резидентуры точные доказательства у немцев отсутствовали.
Однако обстановка в Швейцарии немцам не благоприятствовала. Тем не менее, все сотрудники «Доры» могли быть под подозрением и наблюдением немецких контрразведывательных органов. К лету 1943 г. руководство ГРУ уже располагало данными, свидетельствующими об опасности провала, грозящего резидентуре «Дора» вследствие провалов в соседних странах. Обстановка требовала принятия срочных организационных мер и в первую очередь разукрупнения резидентуры, создания автономных групп связанных с Центром, требования от «Доры» тщательного соблюдения конспирации. Однако руководство разведки не пошло на это в полной мере, опасаясь, что организационная ломка вызовет приостановку на неопределённый срок получения важной и ценной информации от резидентуры Радо. К сожалению, не желая поступиться в малом, т. е. не желая допустить перебоя в поступлении информации, советская военная разведка потеряла всё. К августу 1943 г. в Германии были арестованы Анна Мюллер («Анна»), Эльза Ноффке («Инге»), Генрих Кёнен («Франц»), Генрих Мюллер («Ганс»), Агнесса Циммерман («Микки»), Лина Мюллер, Клара Ша бель 49 и другие. Вскоре начались провалы основных работников, работа резидентуры прекратилась, что имело тяжёлые последствия для отечественной военной разведки. В результате признаний некоторых наших агентурных работников в Бельгии, Франции и Германии, немецкая контрразведка получила достоверные данные о наличии в Швейцарии сильной советской разведывательной организации. Немецкая контрразведка в различной степени установила принадлежность к советской разведке основных работников резидентуры: «Доры», «Сиси», «Джима», «Пакбо», «Габеля», «Билль» и других. В сентябре 1943 г. Центр предложил «Доре» прервать связь с «Сиси» и «Джимом». Лишившись их помощи в шифровании, Радо с сентября 1943 г. привлёк к этой работе своих радистов – «Мауд» и «Розу». Последствия этого решения были достаточно трагичны, тем более что «Дора» не посоветовался о принятом решении с «Директором». Объективности ради следует заметить, что использовавшиеся «Дорой» шифры были неудобны для такой интенсивной корреспонденции, которая исходила от него в 1943 г. Для работы с шифрами Ш. Радо гребовалось много времени: ежедневно по 8 часов он занимался расшифрованием (шифрованием) входящих (исходящих) телеграмм. Поскольку руководство резидентурой и официальная работа в качестве географа требовала много времени, то можно понять стремление «Доры» привлечь к шифровальной работе и других сотрудников резидентуры. Германская контрразведка, не имея возможности самостоятельно ликвидировать советскую разведывательную организацию на территории нейтральной Швейцарии, приняла меры к тому, чтобы осуществить эту операцию руками швейцарских властей.
После получения от немцев требования о ликвидации резидентуры и некоторых исходных данных, швейцарские власти приступили к раскрытию организации «Дора». Наблюдение за работой советских нелегальных радиостанций было поручено специальному радиоотряду под командованием лейтенанта Трейера, который приступил к поиску 9 сентября 1943 г. Обнаружение и розыск наших радиостанций были делом нетрудным, так как маскировка радиосвязи была примитивной. Радиообмен вёлся весьма интенсивно, по несколько часов подряд, на неизменных радиочастотах, на одних и тех же квартирах. Через два дня после начала поиска – 11 сентября 1943 г. отряд Трейера впервые обнаружил в эфире работу нашей станции, а к 25 сентября уже было установлено точное местонахождение и принадлежность обеих радиостанций – «Эдуард» и «Роза».
За домом Хамелей и квартирой Болли полиция установила наружное наблюдение. «Роза» обнаружила это наблюдение и доложила об этом «Доре». Это насторожило Радо и Центр, но они посчитали, что ведётся наблюдение за кем-то другим и не приняли мер по предотвращению провала. Но на всякий случай 9 октября «Дора» решил изъять рацию у «Розы», что сделал «Эдуард», который отнёс её к себе в магазин. «Дора» считал, что если ничего не случится, то 16 октября Болли возобновит работу. Центр согласился. Однако в ночь 13 на 14 октября 1943 г. швейцарской полицией были арестованы радисты «Доры» – «Эдуард», «Мауд» и «Роза». Эти аресты явились началом провала всей организации «Дора». В 00:17 14 октября рация «Мауд» вышла в эфир. В 01:30 полицейские взломав дверь ворвались в дом Хамелей. Налёт застал их врасплох. Полиция захватила только что работавшую и ещё горячую рацию, отправленные и полученные телеграммы, страницы шифровальной книги. «Эдуард» и «Мауд» были арестованы и отправлены в полицию. Одновременно был произведён обыск в магазине и обнаружена спрятанная там рация Болли. В ту же ночь была арестована «Роза». Полиция нашла Маргарет у её любовника Ганса Петерса, который оказался тайным агентом гестапо. Был проведён обыск и у неё. Хотя рация обнаружена не была, но были найдены детали к ней, таблицы позывных, книга для шифровки и другие материалы. Обеспокоенный отсутствием рации «Розы» и «Эдуарда», Центр запросил у «Джима», имеется ли у него связь с «Дорой». В тот же сеанс ночью с 19 на 20 октября Джим передал сообщение «Доры» об аресте радистов и отсутствии сведений о «Розе». «Я … написал донесение Директору о случившемся и велел «Джиму» для страховки передать его шифром, поскольку у меня не было полной уверенности, что полиция не нашла у радистов страниц моей шифровальной книги». Следствие по делу радистов сначала вела федеральная швейцарская полиция. Позже, месяца через три, его передали военным властям. Примерно через неделю Ш. Радо удалось не только разузнать, в какой тюрьме находятся радисты, но и наладить с ними переписку. Хамели и Маргарита Болли содержались в камерах-одиночках женевской тюрьмы Сент-Антуан. По сведениям, полученным от «Эдуарда», был запеленгован и третий передатчик, но «Дора» посчитал, что это была «Роза». Центр не обратил на это должного внимания, а третьим передатчиком мог быть только «Джим». 25 октября Москва дала нашему лозаннскому радисту распоряжение: «Сократите ваши передачи до минимума. Для маскировки работы предлагаем: не выходите в эфир дольше чем на 20 минут …
При соблюдении этих условий Вы можете вызывать нас два-три раза каждую ночь. Слушать нас для Вас не опасно. Директор». С начала ноября 1943 г. Радо вынужден был перейти на нелегальное положение. Подходящую квартиру ему удалось найти быстро: укрытие предоставил один женевский врач. Но связь с членами резидентуры пришлось налаживать заново, так как «Роза», супруги Хамель и «Мария», выполнявшие роль связных между «Джимом», «IJакбо», «Сиси» и «Дорой», теперь были изолированы. Эти вопросы Радо обсуждал с «Джимом», который приходил к нему на квартиру один-два раза в неделю. С той же целью посещала конспиративную квартиру и «Сиси». Здесь же Радо познакомил «Джима» с «Пакбо». Самым главным было продолжение передачи в Центр информации. В то же время радиоотряд лейтенанта Трейера продолжал поиски радиостанции «Джима». В докладе лейтенанта было записано: «27 сентября услышан сигнал третьей рации; 9 октября – определённо, что она работает в Лозанне; 20 октября – определён квартал; 5 ноября – подтверждена гипотеза, что рация работала на квартире Фута». В ночь с 19 на 20 ноября «Джим» был арестован в своей квартире во время сеанса радиосвязи с Центром52. 28 ноября 1943 г. швейцарская контрразведка начала вести радиоигру с Москвой от имени «Доры» через рацию «Джима». Поначалу операторы узла связи Центра отметили некоторые необычные приёмы радиста, однако считали, что это работает «Джим». К концу декабря Центр догадался, что это не наш разведчик, но сделал вид, будто принимает подставного радиста за «Джима». Только через четыре месяца швейцарцы убедились в провале радиоигры и последовали новые аресты. 19 апреля 1944 г. полицейские схватили «Сиси», Пауля Бётхера и «Тейлора». Спустя месяц был арестован «Люци». Всех отправили в одиночки лозаннской тюрьмы Буа-Мермэ, где уже находились радисты. «Дора» к концу января 1944 г. с большим трудом нашёл другую конспиративную квартиру, куда и перебрался. Однако аресты окончательно парализовали деятельность группы. «По существу, это был разгром, хотя все источники, за исключением группы «Люци», сохранились. На свободе оставался ещё один мой помощник – «Пакбо», который мог бы вновь организовать работу с людьми («Лонгом», «Зальтером» и другими). Но теперь мы были совершенно парализованы – лишились не только передатчиков и радистов, но и шифров для связи с Центром»53. После провала резидентуры Радо скрывался в Швейцарии. В сентябре 1944 г. он с женой решил перебраться в освобождённый Париж. Детей и тёщу было решено оставить временно в Женеве. 26 октября 1944 г.
Радо явился в советскую миссию по репатриации. После беседы с сотрудниками миссии ему предложили вылететь в Москву для отчета в Центре. Радо согласился. Получив документы на имя советского гражданина-репатрианта Игнатия Кулишера54, 8 января 1945 г. «Дора» вылетел в Москву. Соседом Радо в самолете оказался Леопольд Треппер («Отто»). Он рассказал, что в Москве за ошибки строго наказывают. Эти слова произвели на Ш. Радо угнетающее воздействие. Он испугался, что в Москве за провал резидентуры его строго накажут. В результате возникшего нервного срыва во время остановки в Каире он не явился к автобусу для следования в аэропорт. Сотрудники советского посольства искали беглеца несколько дней. В конце концов, было установлено, что советский гражданин И. Кулишер находится в английском посольстве и просит у британских властей покровительства. Не желая осложнений с Советским Союзом, английское правительство передало Кулишера каирским властям, а египтяне упрятали беглеца в лагерь для интернированных иностранцев. Советское посольство в Каире добилось выдачи Ш. Радо и 2 августа 1945 г. беглеца доставили в Москву, где его арестовали сотрудники «Смерш». В декабре 1946 г. Ш. Радо был осуждён на 10 лет лишения свободы. Командование ГРУ ГШ не смогло помочь одному из лучших своих резидентов. Лишь в ноябре 1954 г. Радо был освобождён из заключения и выехал в Будапешт. В 1956 г. Военная коллегия Верховного суда СССР вынесла определение об отмене постановления Особого совещания и закрыла уголовное дело за отсутствием состава преступления. В 1972 г. ГРУ ГШ ВС СССР принесло Шандору Радо извинения за то, что была допущена серьёзная ошибка в оценке результатов его работы. Он был награждён орденом Отечественной войны 1 степени. После войны Ш. Радо стал доктором географических и экономических наук. профессором Будапештского университета, начальником отдела Государственного управления геодезии и картографии Венгрии, председателем Географического комитета Венгерской академии наук.