Тем временем, последние финские воинские части покидали город Ханко, уйдя оттуда 22 марта в 24 часа. В городе остался только 1 финский офицер для связи, 4 шофера и 5 человек обслуживающего персонала. Для принятия города Ханко от финского командования, согласно постановлению Комитета обороны при СНК СССР № 119сс от 19 марта 1940 г., была образована военная комиссия КБФ, в состав которой вошли комдив Ф. Г. Коробков, полковник В. В. Крюков и ряд других командиров. Военная комиссия «для выяснения обстановки и состояния портовых устройств, причалов, жилого фонда и оборудования и бытовых устройств города и порта» вылетела 22 марта на двух самолетах и вечером приземлилась на аэродроме в Ханко, где ее встретил представитель финского командования майор И. Викстрем. Всего на самолетах было переброшено в ходе первого рейса 44 человека. В течение 22–24 марта на самолетах были перевезены команда береговой обороны для занятия батарей, флотская рота в 120 человек для несения караулов, команда связи с 2 радиостанциями, саперный взвод, аэродромная рота. Всего был перевезен 341 человек и продовольствие из расчета на 25 суток[946].
Комиссия Балтфлота в первую очередь осмотрела гавань Ханко, склады, электростанцию, водокачку и ряд наиболее важных городских объектов. После первичного осмотра комиссией было установлено, что «больших разрушений в городе нет»[947]. Нарком ВМФ в своем докладе Правительству № 1132сс от 25 марта 1940 г., ссылаясь на донесение председателя военной комиссии, следующим образом охарактеризовал состояние порта и города Ханко: «…Водопровод и электростанция работают, жилой фонд в основном в порядке, дневное навигационное оборудование исправно, ночное требует восстановления. Гавань в хорошем состоянии, причалы имеют нефтепровод и водопровод с рожками. Пушки с острова Руссарэ вывезены, казармы целы…»[948].
Опираясь на итоги работы комиссии по осмотру Ханко, Военный совет КБФ ходатайствовал перед наркомом ВМФ Н. Г. Кузнецовым о проведении организационно-практических мероприятий по управлению городом. Было также предложено принять меры по восстановлению городского хозяйства города Ханко[949]. Докладывая наркому ВМФ о состоянии базы Ханко, командующий КБФ В. Ф. Трибуц в своей директиве № 1оп/152сс предложил утвердить базирование в данной военно-морской базе следующих соединений и частей Балтфлота: 1) Бригады торпедных катеров; 2) 3-й бригады подлодок в полном составе; 3) 15-го авиационного полка. Для более надежного прикрытия Балтийской военно-морской базы и Ханко, В. Ф. Трибуц просил разместить в Палдиски 13-й истребительный авиаполк ВВС КБФ[950].
Первоначально Военный совет КБФ намеревался перебросить людей и грузы на Ханко морским путем, но из-за сильного обледенения Финского залива пришлось подождать. Наконец, ледовая обстановка в Финском заливе улучшилась и 8 апреля пять пароходов Ленинградского торгового порта («Волголес», «Эльтон», «Луначарский», «2-я Пятилетка» и «Днестр») под проводкой ледоколов вышли из Кронштадта и направились к Ханко. На перечисленные транспорты были погружены: стрелковый полк (без одного батальона) с артиллерией и обозом, саперный батальон, рота связи, 3-х орудийная 130-мм береговая батарея личным составом и боезапасом, три четырехорудийные 45-мм батареи, зенитный артиллерийский дивизион в составе трех батарей, 50 тонн жидкого топлива, 3062 тонны каменного угля и дров, 3239 тонн продовольствия и фуража[951]. Первая группа транспортов («Волголес», «Днестр» и «2-я Пятилетка») смогла прибыть на Ханко лишь 20 апреля, а вторая группа («Луначарский» и «Эльтон») – 24 апреля. В итоге, переход судов занял 16 суток[952].
Необходимо было приступать к строительным работам в новой военно-морской базе, поэтому 27 апреля 1940 г. нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов подписал приказ № 0239, где потребовал для выполнения строительных работ в районе полуострова Ханко сформировать «строительство в районе полуострова Ханко, с присвоением № 020» и с подчинением его Строительному управлению ВМФ[953]. 19 мая нарком ВМФ издал директиву № 2152сс, где приказал подчинить начальнику строительства № 020 принятые от Наркомата обороны СССР инженерный, строительный и железнодорожно-восстановительный батальоны[954].
22 мая 1940 г. нарком ВМФ флагман флота 2-го ранга Н. Г. Кузнецов подписал приказ № 00119, где объявил о зачислении в штатный состав ВМФ частей РККА, включенных в состав базы Ханко[955]. В частности, командиру и комиссару базы Ханко были подчинены 8-я отдельная стрелковая бригада в составе 270-го и 335-го стрелковых полков, 343-го артиллерийского полка, 287-го танкового батальона, 42-го отдельного саперного батальона, 204-го отдельного зенитного артиллерийского дивизиона, 181-го отдельного батальона связи и ряда мелких подразделений и служб[956].
Затем был определен состав соединений и частей флота, базирующихся в базе Ханко. По состоянию на 22 июня 1940 года, в состав базы входили 3-й дивизион эсминцев, 3-я бригада подводных лодок в составе 23-го, 24-го и 26-го дивизионов лодок, 2-й дивизион тральщиков, 1-я бригада торпедных катеров в составе 1-го, 2-го и 3-го дивизионов катеров, звено сторожевых катеров, отдельный артиллерийский дивизион, участок ПВО в составе 18-го и 93-го отдельных зенитных артиллерийских дивизионов, отделение СНиС и 73-й смешанный авиаполк[957].
5 июля нарком ВМФ адмирал Н. Г. Кузнецов в своем приказе № 00168, посвященном новой организации КБФ, объявил состав военно-морской базы Ханко. В неё входили Охрана водного района в составе дивизиона сторожевых кораблей («Вихрь», «Пурга», «Снег» и «Туча»), 3-го дивизиона тральщиков (6 дизельных ТЩ), двух звеньев сторожевых катеров (6 СКА типа «МО-4») и Охраны рейдов, Сектор Береговой обороны в составе 29-го артиллерийского дивизиона (батареи №№ 178, 179, 165, 166 и 167), 30-го артиллерийского дивизиона (батареи №№ 180, 174, 168, 169 и 170) и 2-го железнодорожного артиллерийского дивизиона (батареи №№ 9 и 17), 8-я стрелковая бригада, 73-й смешанный авиационный полк, участок ПВО в составе 18-го, 93-го и 61-го зенитных артиллерийских дивизионов[958].
Параллельно формированию состава ВМБ, шел процесс создания на полуострове Ханко системы береговой, сухопутной и противовоздушной обороны. Ещё 22 апреля 1940 г. нарком ВМФ своим приказом № 0098 назначил комиссию для выбора мест позиций батарей и разработки плана противовоздушной, сухопутной и противодесантной обороны базы Ханко и островов Руссарэ и Оденсхольм, под председательством флагмана 2-го ранга И. И. Грена[959]. Согласно «Указаниям по работе комиссии», утвержденным наркомом ВМФ Н. Г. Кузнецовым, от нее требовалось произвести выбор мест для береговых батарей на полуострове Ханко и прилегающих островах. Комиссия должна была также разработать планы противовоздушной, сухопутной и противодесантной обороны базы и полуострова Ханко. Всю работу требовалось завершить к 10 июня 1940 года[960].
Вплоть до июля 1940 г. решения на создание укрепрайона по сухопутной обороне района полуострова Ханко принято не было. Тем временем, переброшенная на полуостров 8-я стрелковая бригада собственными силами и средствами построила в июне-июле 1940 г. на перешейке полуострова Ханко полевые сооружения (стрелковые и пулеметные окопы). В конце мая 1940 г. приказом наркома ВМФ была создана комиссия ГМШ для организации сухопутной обороны полуострова Ханко. Эта комиссия завершила свою работу к 7 июля и приняла решение на оборону, представленное в акте по сухопутной обороне полуострова Ханко. Всего комиссией было намечено к постройке 429 железобетонных оборонительных сооружений. Также комиссия указала на необходимость дополнительно к долговременным сооружениям построить полевые сооружения, предназначенные для заполнения полевыми войсками. Состав войск, предназначенных для обеспечения обороны полуострова и проведения активных действий, комиссия определила в 5 стрелковых батальонов, 3 артиллерийских полка и 2 танковых батальона. Данный акт комиссии был рассмотрен и утвержден Главным морским штабом ВМФ и Генеральным штабом Красной Армии[961].
19 июля 1940 г. секретариат Комитета обороны при СНК СССР известил наркома ВМФ письмом, где говорилось, что при обсуждении вопросов об отпуске средств на строительство в Ханко и организации управления председатель комитета маршал К. Е. Ворошилов дал следующие указания: 1) вопрос об отпуске средств решить при представлении Наркоматом ВМФ соответствующих титульных списков на строительство в г. Ханко; 2) что касается управления г. Ханко, то его нужно организовать при военном коменданте города[962]. Согласно указаниям К. Е. Ворошилова и личной договоренности с ним, нарком ВМФ должен был представить титульные списки и проект решения по управлению городом Ханко[963].
26 июля 1940 г. Главный военный совет ВМФ, после рассмотрения представленной комиссией И. И. Грена системы сухопутной и противодесантной обороны полуострова Ханко, островов Руссарэ и Оденсхольм, своим решением за № 0067 одобрил её и утвердил порядок проведения мероприятий по строительству базы в Ханко. Главному морскому штабу ВМФ совместно с Артиллерийским и Инженерным управлениями ВМФ к 29 июля требовалось подготовить доклад в Правительство с указанием необходимых мероприятий по обеспечению строительства на полуострове Ханко. Осуществление строительства было поручено строительным батальонам, а также 8-й отдельной стрелковой бригаде, дислоцированным на Ханко