Как уже говорилось выше, масштабное оборонное строительство для нужд КБФ в странах Прибалтики должны были осуществлять специальные строительные и инженерные части флота, с привлечением личного состава строившихся береговых батарей. Поэтому 15 мая 1940 г. начальник Главного морского штаба ВМФ Л. М. Галлер направил Военному совету КБФ приказ, где отметил, что формируемые по приказам наркома ВМФ за №№ 0161, 0206 и 0258 43-й, 44-й, 45-й, 46-й, 47-й и 48-й строительные батальоны, по прибытии на место, поступают в распоряжение Наркомата строительства СССР и в непосредственное подчинение начальника строительства Балтийской военно-морской базы[1084].
К середине июня 1940 г. в Эстонии и Латвии уже было сосредоточено на оборонном строительстве значительное количество инженерных и строительных частей. Так, в районе Палдиски дислоцировались 33-й отдельный инженерный батальон без 1-й и 4-й рот (находился на острове Малый Рооге), 1-я рота 36-го отдельного инженерного батальона, 21-й отдельный восстановительный батальон, 43-й, 44-й и 45-й строительные батальоны. Кроме того, на постройке объектов периодически работали 208-я отдельная флотская рота и 158-я отдельная морская стрелковая рота. На острове Даго (Хийуумаа) строительные работы осуществляли 1-я и 4-я роты 33-го отдельного инженерного батальона, а также 2-я рота 36-го отдельного инженерного батальона. Руководство работами на Даго осуществляло линейное строительство № 4 под руководством воениженера Е. С. Соколова. Наконец, на острове Эзель (Сааремаа) строительством занимался 34-й отдельный инженерный батальон, впоследствии к нему присоединился 37-й отдельный инженерный батальон. Руководство строительными работами на Эзеле возлагалось на линейное строительство № 5 под руководством военженера Ф. Н. Ускова[1085]. На острове Оденсхольме с конца апреля работал 46-й строительный батальон[1086].
Фронт работ для прибывающих строительных и инженерных частей был огромен. Например, в одной только Либавской военно-морской базе и прилегающем районе предстояло построить в течение 1940-го года сразу 5 новых береговых батарей. Причем, указанные батареи не были обеспечены личным составом и материальной частью, кроме Северной Либавской (№ 23), для которой уже были установлены на временных основаниях 3 артиллерийские системы, и для них же имелся личный состав. Кроме того, исходя из местных условий, было решено усилить сухопутную оборону данных батарей, придав для защиты с тыла и флангов по одной пулеметной роте и ввести в штат батареи минера-подрывника, для осуществления и подготовки минных заграждений. В Вентспилсе по плану строительства была предусмотрена постройка казармы и позиция для зенитного дивизиона 3-х батарейного состава[1087].
В целом, по состоянию на 22 июня 1940 г. новая система базирования КБФ в Прибалтике выглядела следующим образом. Балтийская военно-морская база (БВМБ) включала в себя Охрану водного района (ОВР) в составе дивизиона сторожевых катеров и l-ro дивизиона тральщиков, 2-ю бригаду подлодок в составе 17-го и 21-го дивизионов, Балтийский район СНиС, Береговую оборону БВМБ в составе 34-го отдельного артдивизиона, отдельных 130-мм батарей №№ 24, 25, 26, 27, отдельной 152-мм батареи № 12, отдельной 180-мм железнодорожной батареи № 12, отдельных 45-мм батарей №№ 241, 242, 243, 244, 245, 246, 180-мм башенные батареи №№ 314, 315, 316, 180-мм открытой батареи № 317, 130-мм батарей №№ 42, 43, 44, 100-мм батареи № 149, 10-ю авиационную бригаду в составе 15-й, 44-й отдельных разведывательных эскадрилий, 20-го отдельного авиаотряда, 30-го отдельного истребительного авиаотряда, участок ПВО в составе 83-го зенитного артдивизиона, 202-го отдельного зенитного артдивизиона и трех 76-мм зенитных батарей[1088].
В состав Либавской военно-морской базы входили Отряд легких сил КБФ в составе крейсера «Киров», 1-го и 2-го дивизионов эсминцев, 13-й и 16-й дивизионы подлодок, отдельный отряд торпедных катеров, охрана рейда, сектор Береговой обороны в составе 130-мм батарей №№ 23, 27, 45 и 46, отдельной железнодорожной батареи № 18 и 43-я авиационная эскадрилья[1089].
После того, как утром 17 июня 1940 г. Советский Союз осуществил массированный ввод своих сухопутных, воздушных и военно-морских сил в страны Прибалтики, наступил новый этап в процессе строительства системы базирования и Береговой обороны Краснознаменного Балтийского флота. Прежние соглашения с эстонской стороной о размещении гарнизонов и строительстве баз потеряли свое значение, и ничто теперь не мешало командованию РКВМФ в ещё большей степени использовать территорию Эстонии и Латвии в своих интересах. Поэтому уже 22 июня 1940 г. нарком ВМФ адмирал Н. Г. Кузнецов, действуя в рамках исполнения постановления Комитета обороны при СНК СССР № 267сс, своим приказом № 00159 приказал Военному совету КБФ «перейти на базирование из Кронштадта в Палдиски вместе с частью штаба флота и Политуправления, в течение ближайших 3-х месяцев»[1090]. Перевод всех органов управления флотом полностью в район Таллин-Палдиски планировалось осуществить в течение 1940-го года.
Этим же приказом, Военному совету КБФ надлежало перевести по железной дороге в район Палдиски 356-мм артиллерийскую батарею № 11. Кроме того, следовало выбрать и к 1 июля 1940 г. утвердить места для следующих батарей: одной четырехорудийной 130-мм батареи в районе маяка Михайловского и одной 180-мм открытой батареи на закрытой позиции на полуострове Ниннаст[1091]. В связи с этим, Инженерному и Строительному управлениям ВМФ к 1 августа 1940 г. было предписано построить ряд железнодорожных позиций – две позиции для 180-мм батареи на полуострове Ханко, две для 305-мм батареи на полуострове Ханко, одну для 356-мм батареи на полуострове Пакри. Также требовалось построить в течение 1940-го года на полуострове Ниннаст 180-мм открытую батарею[1092].
23 июня 1940 г. комендант Береговой обороны Балтийской военно-морской базы генерал-майор С. И. Кабанов направил командиру Балтийской военно-морской базы контр-адмиралу С. Г. Кучерову свой рапорт, где предожил, в связи с изменившимся территориальным расположением границ БО БВМБ в сторону увеличения, количества батарей и дополнительно возникающих оперативных задач, в кратчайший срок принять новую организационную структуру Береговой обороны Балтийской военно-морской базы[1093].
Штаб Управления Береговой обороны БВМБ предполагалось разместить в центре расположения – в Гапсале (Хаапсалу), усилив его оперативное отделение. Основной задачей Береговой обороны Балтийской базы было определено недопущение действий кораблей противника в северной части Балтийского моря в пределах дальности артиллерийского огня, уничтожение неприятельских кораблей при попытке их проникновения в Финский залив, уничтожение транспортов противника при попытке высадки десанта на острова и побережье, обеспечение стоянки флота на рейдах Таллин-Палдиски, поддержка своих кораблей в бою в пределах дальности ведения огня[1094].
Кабанов предлагал создать четыре укрепленных сектора, подчиненных управлению Береговой обороны Балтийской военно-морской базы – Таллинский, Балтийский, Датский и Эзельский. Что касается дальнейшего совершенствования организационной структуры Береговой обороны КБФ в Прибалтике, то этот процесс, по мнению С. И. Кабанова, мог быть тесно связан со строительством береговых батарей на островах Эзель и Даго и на побережье Эстонии. Перспективы пополнения БО Балтийской базы, по мнению Кабанова, были довольны многообещающими: помимо уже имевшихся в районе базы полностью или частично построенных 13 береговых батарей, предстояло принять 9 эстонских батарей, а в дальнейшем ввести в строй ещё 25–30 батарей. Руководить таким большим количеством артбатарей из одного штаба представлялось уже невозможным, поэтому комендант БО БВМБ С. И. Кабанов просил командира Балтийской ВМБ
С. Г. Кучерова походатайствовать перед Военным советом флота о докладе наркому ВМФ по этому вопросу[1095].
Надо сказать, что командование Краснознаменного Балтийского флота положительно отнеслось к предложениям Кабанова. Уже 28 июня 1940 г. Военный совет КБФ направил народному комиссару ВМФ адмиралу Н. Г. Кузнецову доклад за № 1оп/356сс, где изложил свои соображения по поводу дальнейшего развития системы Береговой обороны на Балтике. По мнению Военного совета, решение задачи по созданию мощной береговой обороны в Эстонии и Латвии «в настоящее время идет по линии создания только артиллерийской обороны путем строительства и установки батарей береговой артиллерии»[1096].
Основное внимание уделялось островам Эзель, Даго и Оденсхольм, как ключевым опорным пунктам по пути в Финский и Рижский заливы. Но при этом, как отмечал Военный совет флота, совершенно не решался вопрос об обороне самих островов. Чтобы подчеркнуть важность данной проблемы, командующий КБФ вице-адмирал В. Ф. Трибуц указывал на опыт Первой мировой войны, в частности, – Моонзундской операции 1917 г., когда острова архипелага были взяты путем высадки морского десанта немцев в разных частях островов[1097]. Захват Моонзундского архипелага, как писал командующий флотом, дал немецкому командованию