Весной 1941 г. началось ускоренное реформирование системы базирования КБФ в Латвии и на Моонзундских островах. В связи с этим, 25 мая 1941 г. было начато формирование Прибалтийской военно-морской базы (название было дано вместо Рижской ВМБ), с управлением в Усть-Двинске. Новая военно-морская база должна была включать командование, штаб, отдел политпропаганды, Охрану водного района, Береговую оборону Рижского залива (БОРЗ), отделение связи базы, органы тыла и прочие подразделения. Либавская военно-морская база была переведена во 2-й разряд, а 15 июня она вошла в состав Прибалтийской военно-морской базы. Сформирование Прибалтийской военно-морской базы было окончательно утверждено приказом наркома ВМФ № 00139 от 21 июня 1941 года. Естественно, что выполнить данную реорганизацию в полном объеме до начала Великой Отечественной войны не удалось[1234].
С целью обеспечения надежной обороны побережья на участке Паланга – остров Даго (Хийуумаа) и недопущения прорыва ВМС противника в Рижский залив через Ирбенский пролив, командование ВМФ реформировало Береговую оборону на Моонзундских островах и побережье Латвии. Береговая оборона Балтийского района (БОБР) подлежала упразднению, а вместо нее формировались новые структурные части. Береговые батареи на острове Эзель и в южной части острова Даго (130-мм батарея на мысе Тоффри) были сведены в Эзельский сектор БО. Задачей укрепленного сектора была обозначена оборона островов и входа в пролив Соэлозунд.
Расположенные на мысе Церель острова Эзель (Сааремаа) 180-мм и 305-мм береговые батареи, а также части БО, базировавшиеся на южном побережье Ирбенского пролива, которые ранее входили в состав Виндавского сектора БО Либавской базы, были теперь объединены в Ирбенский сектор береговой обороны. Задача данного сектора сводилась к обороне Ирбенского пролива, с целью недопущения прорыва противника в Рижский залив. Оба сектора – Эзельский и Ирбенский – составили отныне Береговую оборону Рижского залива, во главе которой был поставлен комендант, подчиненный командиру Прибалтийской военно-морской базы. Наконец, шесть береговых батарей на острове Даго (Хийуумаа), кроме батареи на мысе Тоффри, и артиллерийский дивизион на острове Оденсхольм (Осмуссаар) были объединены в Передовой сектор БО, подчиненный коменданту Береговой обороны Главной базы[1235].
Оборона Ирбенского пролива и острова Эзель должна была осуществляться совместными действиями сухопутных войск, ВВС, береговой артиллерии и надводных сил флота, опирающихся на минные заграждения. Вся ответственность за оборону побережья Балтийского моря на участке Паланга – остров Даго была возложена на командира Прибалтийской базы. Что касается Либавской военно-морской базы, то она должна была оборонять с моря побережье на участке Паланга – Ирбенский пролив и использоваться в качестве маневренной базы флота, с подчинением командиру Прибалтийской ВМБ[1236].
К 1 января 1942 г. по плану капитального строительства КБФ намечалось построить 29 батарей среднего и крупного калибров – три 180-мм башенные, одну 180-мм открытую, две 152-мм открытые, семнадцать 130-мм открытых и две 100-мм открытые артиллерийские батареи, а также четыре железнодорожные позиции. А к 1943-му году на Балтике картина должна была измениться кардинальным образом: следовало принять в боевой состав флота одну 406-мм башенную, три 305-мм башенные, шесть 180-мм башенных, две 180-мм открытые, восемь 152-мм открытых, восемнадцать 130-мм открытых и две 100-мм открытых батарей, а, кроме того, 7 железнодорожных позиций. Общее количество построенных батарей, таким образом, должна была достигнуть 47 единиц[1237]. В том случае, если бы данный план был претворен в жизнь, Краснознаменный Балтийский флот обладал бы невероятно мощной, даже избыточной системой Береговой обороны.
Однако столь грандиозным планам командования ВМФ не суждено было сбыться. К началу Великой Отечественной войны были полностью построены стационарные береговые батареи среднего калибра (100-152-мм) и лишь частично – крупного калибра (180-мм). А в целом к 22 июня 1941 г. в Прибалтике и на полуострове Ханко было введено в строй 44 стационарные береговые батареи, вооруженные 147 орудиями от 100 до 180-мм калибра. Кроме того, на побережье Латвии было начато строительство железной дороги с тремя позициями в районе от Виндавы до Ирбенского пролива. Всего было построено 80 км земляного полотна и на протяжении 34 км были уложены железнодорожные пути.
В районе порта Палдиски, на мысе Пакри, были завершены строительством две железнодорожные позиции долговременного характера (одна для 305/356-мм орудий и одна – для 180-мм орудий). На полуострове Ханко были также построены три долговременные позиции (одна для 305-мм орудий и две – для 180-мм орудий). Всего на этих позициях было размещено: на полуострове Пакри – трехорудийная 356-мм и четырехорудийная 180-мм железнодорожные батареи; на полуострове Ханко – трехорудийная 305-мм и четырехорудийная 180-мм железнодорожные батареи. Итого, в состав 4 железнодорожных батарей всего 14 орудий.
Кроме того, на подходах к Таллину действовали еще две бывшие эстонские батареи: четырехорудийная башенная 305-мм батарея на острове Вульф (Аэгна) и открытая трехорудийная 152-мм батарея на полуострове Вимс (Виимси). Таким образом, всего в новых районах базирования, полученных Краснознаменным Балтийским флотом в период 1939–1940 годов, находилось 50 стационарных и железнодорожных береговых батарей, имевших на вооружении 168 орудий калибром от 100 до 305-мм (причем, лишь две батареи были старой постройки)[1238].
Кроме того, в процессе строительства находилось 10 тяжелых береговых батарей, имевших на вооружении 48 орудий калибром от 152 до 406-мм: на острове Эзель (Сааремаа) – шестиорудийная башенная 305-мм батарея на мысе Церель, четырехорудийная башенная 180-мм батарея на Хундсорте и четырехорудийная открытая 152-мм батарея на Кейгусте; в Ирбенском проливе – четырехорудийная 152-мм открытая батарея у маяка Михайловский; на острове Даго (Хийуумаа) – шестиорудийная башенная батарея на полуострове Симпернес и четырехорудийная башенная 180-мм батарея на полуострове Дагерорт; на полуострове Ханко – шестиорудийная башенная 305-мм батарея (на Руссарэ); на острове Осмуссаар (Оденсхольм) – шестиорудийная 406-мм башенная батарея; на острове Малый Рооге – четырехорудийная 180-мм башенная батарея; на острове Нарген (Найссаар) – четырехорудийная 180-мм открытая батарея. В наиболее боеготовом виде находились лишь 152-мм батареи. На башенных батареях 180-мм и 305-мм калибра были начаты скальные и земляные работы и заготовка гранитного камня, кроме острова Руссарэ, где скальные работы в граните были уже закончены и производилось бетонирование фундаментных плит. На 406-мм батарее на острове Осмуссаар была начата заготовка гранитного камня и изготовление металлоконструкций на заводах СССР[1239].
Командование ВМФ и КБФ намеревалось постепенно перевести надводные корабли и подводные лодки из базы Либава, которая находилась в опасной близости от советско-германской границы, в новоформируемую Прибалтийскую базу. В частности, туда следовало перевести Отряд легких сил, 1-ю бригаду подводных лодок, отряд торпедных катеров и отдельные части морской авиации КБФ. Лишь после решения Главного военного совета ВМФ и получения согласия председателя СНК и секретаря ЦК ВКП(б) И. В. Сталина, в конце мая 1941 г. из Либавы в Усть-Двинск были переведены 1-й и 2-й дивизионы 1-й бригады подлодок и Отряд легких сил КБФ. Из Лиепаи в Таллин ушел ремонтировавшийся минный заградитель «Марти»[1240]. Но полностью осуществить этот план до начала войны не удалось: в Либавской ВМБ оставалось еще 6 подводных лодок, которые проходили плановый ремонт на судоремонтном заводе «Тосмаре», а также эсминец «Ленин». В базе находились 3-й и 4-й дивизионы из состава 1-й бригады подлодок, 1-й дивизион базовых тральщиков, отдельный отряд торпедных катеров (6 катеров) и 2-й дивизион 2-го Балтийского отряда пограничных судов (12 катеров типа «МО-4»)[1241].
В результате, в новых прибалтийских базах к началу Великой Отечественной войны была сосредоточена значительная часть надводных и подводных сил КБФ. В Главной базе флота (Таллин) находились 1 линкор, 2 лидера, 5 новых эсминцев, 3 старых эсминца, 2 сторожевых корабля, 9 базовых тральщиков, 22 сторожевых катера типа «МО», 4 надводных заградителя, 10 подлодок типа «Щ», 3 плавбазы подлодок и 1 танкер. В базе Усть-Двинск базировались 2 крейсера, 9 новых эсминцев, 1 старый эсминец, 2 сторожевых корабля, 9 подлодок типа «С» (из них 2 подлодки уходили на Северный флот) и 2 плавбазы подлодок. В военном порту Либавы находились эсминец «Ленин» (находился в ремонте на заводе «Тосмаре»), 1 базовый тральщик (в ремонте), 3 тихоходных тральщика, 7 сторожевых катеров типа «МО», 6 торпедных катеров, 2 подлодки типа «С», 1 подлодка типа «Л», 7 подлодок типа «М», 4 старые подлодки (2 эстонские и 2 латвийские), 1 танкер[1242].
В Кронштадтской базе базировались 1 линкор, 1 новый эсминец (в достройке), 1 старый эсминец, 2 сторожевых корабля (в ремонте), 3 базовых тральщика, 14 тихоходных тральщиков, 6 сторожевых катеров типа «МО», 37 торпедных катеров, 3 подлодки типа «К» (1 подлодка находилась в достройке и 2 лодки уходили на Северный флот), 3 подлодки типа «С», 8 подлодок типа «Щ» (из них 4 ПЛ в достройке), 4 подлодки типа «Μ», 1 старая подлодка и 2 танкера. В Ораниенбауме были сосредоточены 2 подлодки типа «Щ», 3 подлодки типа «П» и подлодка «Б-2», а также плавбаза подлодок. Наконец, в Ленинграде в основном находились строящиеся и капитально ремонтирующиеся корабли. В частности, здесь стояли 4 новых эсминца (в достройке), 1 сторожевой корабль (в ремонте), 5 базовых тральщиков, 6 подлодок типа «К» (в достройке), 1 подлодка типа «С» (в достройке), 3 подлодки типа «Л» (2 ПЛ в достройке и 1 ПЛ в ремонте), 4 подлодки типа «Щ» (2 ПЛ в достройке и 2 ПЛ в ремонте), 7 подлодок типа «М» (из них 6 подлодок в достройке и 1 лодка в ремонте), подлодка «Д-2»