В высших кругах литовского общества этот культурный и языковой сдвиг в сторону Польши сохранялся несмотря на то, что магнаты и дворянство поддерживали обособленность Литвы на уровне институтов: министерств, военных подразделений, казначейства, законодательства, а также сохраняли контроль над королевскими землями на территории Литвы. Однако для всего внешнего мира высокопоставленное знатное семейство литовского происхождения, выглядевшее поляками, с фамилией, напоминающей польскую, являлось польским независимо от воззрений самих членов этой семьи. Процесс культурной стратификации в объединенном государстве осуществлялся в пользу «высокой» культуры, основанной на одном из славянских языков, тогда как язык балтийского происхождения — литовский — почти полностью ассоциировался с крестьянством, особенно в Жемайтии. Аналогичный процесс, начавшийся раньше и занявший существенно меньше времени, происходил и на землях северной части побережья Балтики, где немецкий язык приобрел статус престижного, а эстонский и латышский стали языками сельских окраин и немногочисленной части трудящегося населения городов.
То, что при ретроспективном взгляде кажется предательством, в те времена не воспринималось как таковое, поскольку для «ополячивающихся» литовских дворян подражание полякам в культурной сфере вполне могло сосуществовать со стремлением защищать родную землю. Подражание польским институтам привело к появлению в Литве практики регулярного созыва территориальных представительных собраний — сеймов (польск. sejm, лит. seimas); этот обычай вырос из нерегулярного созыва княжеского совета, имевшего совещательные полномочия. Появились также региональные и местные собрания подобного рода — сеймики (лит. seimiki). Их значение как институтов, с которыми монарх должен был советоваться по политическим вопросам, росло на протяжении всего XVI столетия; фактически, они становились центрами оппозиции, если были не удовлетворены существующей политической линией. Литовское дворянство стало требовать тех же прав, какими пользовалось польское, и это давление привело к кодификации литовского обычного и писаного права в Литовском статуте (1529)[11]. В 1556 г. этот документ был усовершенствован и дополнен (Второй статут) в соответствии с пожеланиями дворянства, а в 1588 г. был исправлен снова (Третий статут), чтобы включить новые принципы Люблинской унии. Каждый из этих документов все больше отдалял отношения между носителями власти и землевладельцами в Литве от обычного права и «неписаных» практик, приводя их в область писаных законов. Все три статута также налагали дополнительные ограничения на монарха в сфере его отношений с литовскими подданными.
Количество литовцев в Польско-Литовском государстве еще больше сократилось вследствие политики толерантности, принятой правительством по отношению к населению, оказывающемуся под его контролем. Эта политика подразумевала в том числе отношение, продемонстрированное еще Гедимином два века назад. К 1500 г. приблизительно 7,5-миллионное население Польско-Литовского государства включало (если использовать современные названия) литовцев, поляков, белорусов, украинцев, русских и евреев; около 52 % этого разнообразного населения проживало на землях Великого княжества. Многие представители этих народов стали постоянными жителями востока Польско-Литовского государства и не испытывали в массе своей потребности переселяться в другие регионы. Евреи, изгнанные из других стран, часто обретали дом именно в Великом княжестве; по оценкам, количество еврейского населения возросло здесь с 10–15 тыс. человек в 1500 г. до 80—100 тыс. в 1600 г. То, что литовские высшие классы стали отказываться от языка и культуры родной страны, частично можно объяснить в том числе и многоязычностью Великого княжества и всего объединенного государства. Будучи частью многоязычного общества, они не воспринимали язык как важный признак личной или коллективной идентичности — настолько же важный, как другие институты, служащие этой цели.
В долгосрочной перспективе такое развитие сделало объединенное государство более нестабильным, но в краткосрочном отношении оно не повлияло на эффективность построения государства и даже на экспансию, продолжавшуюся в XVI в., хотя темп ее в этот период существенно замедлился из-за контрэкспансии Московии по отношению к восточным рубежам Польско-Литовского государства. Однако длительные войны, в которые была вовлечена Ливонская конфедерация, оказались выгодными для сообщества. Во время военных действий польско-литовские монархи проводили оппортунистическую, хотя и всегда антимосковскую внешнюю политику, доходившую даже до союза со старым врагом — Ливонской конфедерацией, чтобы вместе бороться с врагами с востока. Однако безрезультатная борьба между Швецией и Польско-Литовским государством в конце концов, была признана таковой обеими сторонами, что привело к заключению в 1629 г. Альтмаркского перемирия. После прекращения военных действий Речь Посполитая должна была лишиться самых крупных своих приобретений — части Ливонии вплоть до северных эстонских территорий, оставшихся за Курляндским герцогством (много веков назад это были земли куршей и земгалов), расположенным прямо за северной границей Польско-Литовского государства, — и сохранить контроль за восточными ливонскими землями, которые в дохристианские времена были населены латгалами. Мирное соглашение означало, что впервые один из коренных народов побережья (литовцы) получил контроль над значительной территорией другого (латышей).
С другой стороны, переговоры и начертание новых границ, завершившие ливонские конфликты, вообще никак не вовлекали коренное население (теперь в массе своей крестьянское). Эстонцы и латыши больше не имели права голоса в вопросах, где именно должны проходить границы — вокруг ли их территорий или прямо по ним, и к началу XVII в. литовцы стали играть значительно меньшую роль в государстве, которое продолжало называться Литвой. В любом случае новые территории Речи Посполитой носили названия герцогства Курляндии и Земгале, а также Польской Ливонии (Инфлянты). Окончательное решение о разделе территорий между Швецией и Речью Посполитой привело к двухсотлетнему периоду, когда эстонско- и латышскоговорящие крестьяне северного побережья жили в различных государствах с разными типами управления и культурами.
Курляндия-Земгале (далее — Курляндия) стала герцогством в 1562 г., во время Ливонских войн, когда Готхард Кеттлер, последний магистр Ливонского ордена (1559–1561) секуляризовал орден, превратив его в объединение крупных титулованных землевладельцев, и стал первым герцогом курляндским. Династия, основателем которой он стал, просуществовала до 1737 г. Кеттлер искал покровительства у Речи Посполитой и в 1561 г. признал себя вассалом ее короля, Сигизмунда II Августа. Как было принято в таких случаях, достигнутые договоренности были оформлены в виде документа под названием Pacta Subjectionis, регламентирующего отношения между правительством герцога и королевским правительством в Кракове. Пакт детально структурировал сеньориальновассальные отношения между королем Речи Посполитой и герцогом курляндским, а также признавал религией курляндского населения лютеранство. Управление герцогством отдавалось напрямую в руки герцогской династии и лояльной ей земельной аристократии — в обоих случаях немецкого происхождения. Это изменение политических ориентиров (переход лояльности от Священной Римской империи — сюзерена Ливонского ордена — к королю Речи Посполитой) было выгодным для правящих классов Курляндии, поскольку подчинение Польше давало им защиту от шведских грабительских набегов — рудиментов ливонских конфликтов. Соглашение также закрепило сложившийся баланс социополитической власти в Курляндии в пользу магнатов-землевладельцев, как это было и в Речи Посполитой.
К счастью для герцогов курляндских, на территории их владений не было крупных городов, боровшихся с их властью (господство над Ригой перешло к Швеции), так что во многих отношениях Курляндия была сельской провинцией, управляемой в основном герцогской семьей и земельной аристократией, которая предсказуемо часто оказывалась в напряженных отношениях с герцогами. Правительство располагалось в небольшом городе Митава (латышек. Елгава), где и оставалось до превращения Курляндии в российскую провинцию (1795). Делегированное земельной аристократии право управления на местном уровне дало ей возможность ужесточить условия труда зависимых крестьян и наложить ограничения на их передвижение, что являлось характерными признаками крепостного права.
Управление еще одной новой территорией, Польской Ливонией (Инфлянтами), осуществлялось совместно королевством Польским и Великим княжеством Литовским, так что каждое правительство вносило свой вклад в назначения местной администрации. Хотя изначально в Польской Ливонии в значительном количестве были представлены немецкоязычные землевладельцы, с течением времени их число уменьшилось из-за переселения на их земли польских (и ополяченных литовских) аристократов; помимо этого, некоторые из немецких аристократических семей ополячивались сами. Земельная аристократия здесь не имела выраженного интереса к коллективной защите своих прав, как это происходило в Курляндии, что сделало северо-восточные земли в значительной степени открытыми влиянию с юга. К середине XVII в. крестьянство Польской Ливонии также столкнулось с ужесточением норм подневольного труда и ограничениями на передвижение и, таким образом, оказалось закрепощенным в той же степени, что и курляндское. Поскольку Польская Ливония управлялась напрямую (здесь не было местного герцогского дома, как в Курляндии), она испытывала более значительное и свободное влияние других культур и сталкивалась с большей мобильностью населения, характерной в целом для Речи Посполитой. В значительно большей степени, чем в Курляндии или Шведской Ливонии, здесь имело место смешение латышских крестьян, земельной аристократии различного этнического происхождения и мобильных этнических групп (например, евреев); в результате язык латышского крестьянства Польской Ливонии приобрел черты, отличающие его от латышского языка западных ливонских земель.