С декабря 2004 года в Бразилии началось расследование по поводу сделки группы Media Sports Investment (MSI) и президента «Коринтианса» Алберто Дуалиба, к которой будто бы оказались причастны структуры Березовского. Согласно докладу Группы специального назначения по борьбе с организованной преступностью (GAECO) Прокуратуры штата Сан-Паулу, опубликованному в 2005 году, деньги в группу поступали в первую очередь со стороны Бориса Березовского, который на тот момент находился в Лондоне, и Бадри Патаркацишвили. В мае 2006 года Борис Березовский был задержан в аэропорту бразильского города Сан-Паулу и в течение нескольких часов давал показания в связи с возможной причастностью к финансовым махинациям в Бразилии. В июле 2007 года Федеральный суд Бразилии принял постановление о выдаче ордера на арест Бориса Березовского, директоров компании Media Sports Investments (MSI) Киа Джурабчиана и Нояна Бедру, а также нескольких руководителей футбольного клуба «Коринтианс» по обвинению в отмывании денег главным образом через трансферы игроков. Березовский, как и другие обвиняемые, все обвинения отверг. По мнению генеральной прокуратуры Бразилии, сделки происходили «с использованием многочисленных офшорных счетов, что свидетельствует о существовании хорошо известного намерения — дистанцировать инвестора и реальное происхождение ресурсов от конечной цели, в данном случае покупки и продажи игроков». На пресс-конференции в Лондоне в июле 2007 года Березовский заявил, что все выдвинутые против него в Бразилии обвинения — полный абсурд, поскольку он не владеет и не вкладывал деньги в футбольный клуб «Коринтианс», через который якобы шло отмывание средств, полученных преступным путем. Это обвинение, по мнению бизнесмена, было сделано под диктовку Москвы, которая исчерпала возможности добиться его экстрадиции из Британии. Он заявил, что готов предстать перед судом в «третьей стране», например в Германии, Дании или Норвегии, если то же самое сделает Андрей Луговой, обвиняемый Великобританией в убийстве бывшего агента ФСБ Александра Литвиненко: «Может быть, выдача и противоречит российской Конституции, но лично Луговой, если он хочет разрешить ситуацию, может поехать куда угодно, если он считает, что не виновен». Березовский же, по его собственным словам, «согласился, чтобы мне огласили любые обвинения, которые Россия выдвинула против меня, включая дела “Аэрофлота”, “ЛогоВАЗа”, участие в заговоре по свержению власти в России, любые обвинения».
Осенью 2005 года Березовский заявил, что в ходе президентской кампании на Украине в 2004-м он поддерживал контакты с Виктором Ющенко и его ближайшими сподвижниками, а также переводил финансовые средства на Украину для финансирования Оранжевой революции. Он представил документы, подтверждающие перевод примерно 30 млн долларов «на развитие демократии». Расследованием его заявлений занималась временная следственная комиссия Верховной рады Украины. Деньги поступали как через «Фонд гражданских свобод» под управлением Гольдфарба, так и напрямую структурам Ющенко. По сведениям друзей Березовского, он не только финансировал политическую кампанию, но и непосредственно руководил действиями Ющенко и Тимошенко. Как признался позже сам Березовский, он рассчитывал, что революция на Украине вызовет демократические изменения в России, но недооценил российское общество. Березовский заявил, что общая сумма перечисленных им денег на развитие демократических институтов в Украине составляет около 45 млн долларов.
В марте 2006 года Генпрокуратура РФ на основании материалов, подготовленных в рамках возбужденного 16 февраля уголовного дела о «насильственном захвате власти», направила обращение в Лондон с целью добиться выдачи Березовского. В июне Магистратский суд Лондона отказал в удовлетворении запроса. Отказ был мотивирован тем, что Соединенное Королевство предоставило Березовскому политическое убежище.
В начале августа 2007 года московский Басманный районный суд вновь выдал санкцию на арест Березовского в связи с обвинением в организации в 1997 году хищения путём мошенничества кредита в 13 млн долларов у банка «СБС-Агро», который был потрачен «на покупку недвижимости на средиземноморском побережье Франции». 17 февраля 2011 года по просьбе российской прокуратуры в Антибе на Лазурном берегу Франции было арестовано различное имущество, принадлежащие бизнесмену Борису Березовскому, на общую сумму в 74 млн евро.
Французские правоохранительные органы опечатали две яхты — 50-метровую «Thunder B» и 15-метровую «Lightning» оценочной стоимостью около 20 млн долларов. Они базировались в заливе Жуан, рядом с расположенной на мысе Антиб виллой Березовского — Château de la Garoupe, приобретённой в 1997 году за 13 млн евро. На виллу также был наложен арест. Помимо яхт, французскими полицейскими в присутствии следователя и прокурора из России было изъято и другое ценное имущество Березовского, в частности коллекция картин. Марсельская прокуратура с 2005 года вела расследование о возможном отмывании денег Березовским путём приобретения недвижимости во Франции.
В ответ на сообщения прессы Березовский заявил, что у него нет яхт во Франции и что ему ничего не известно об аресте какого-либо его имущества в этой стране. В ходе судебного разбирательства выяснилось, что арестованное имущество было зарегистрировано не на самого Березовского, а на созданный им в 2001 году имущественный траст — Itchen Trust, зарегистрированный на Гибралтаре, на который по французскому законодательству предъявленные Генпрокуратурой России претензии не распространялись. В результате арест с имущества был снят.
Летом 2007 года на Березовского было предотвращено покушение. Информацию о готовящемся покушении получили британские разведка и контрразведка MI-5 и MI-6. Сведения о планировавшемся покушении получили огласку спустя всего сутки после того, как Британия решила выслать четырех российских дипломатов из-за отказа Москвы выдать Андрея Лугового.
Предполагаемый киллер был задержан полицией 21 июня в отеле Hilton на Парк-лейн в Западном Лондоне, где он должен был открыто застрелить Березовского и сдаться полиции. Задержание произошло непосредственно перед тем, как киллер собирался убить Березовского. Он якобы намеревался выстрелить в голову Березовскому сзади, однако его схватили до того, как он успел открыть огонь. По данным газеты, полиция и спецслужбы вели наблюдение из номера, примыкающего к номеру, куда собирались заманить политэмигранта. Источник в полиции утверждал, что «наблюдение зафиксировало, как подозреваемый россиянин попытался приобрести огнестрельное оружие, явно для запланированного убийства».
Он был выслан в Россию с запрещением въезда в Соединённое Королевство. Неудавшимся киллером оказался чеченец, прибывший в Лондон с ребенком. Ребенок понадобился, чтобы не привлекать к себе внимания. Этой тактикой, называемой «семейный имидж», воспользовались предположительно и при убийстве Литвиненко. Как заявил один высокопоставленный британский чиновник, «мы не можем допускать ситуацию, когда российские ударные отряды бродят по улицам Лондона, пытаясь вывести из игры противников их режима». Однако 12 лет спустя история с Литвиненко повторилась в истории со Скрипалями.
Выступая на пресс-конференции, Березовский сообщил, что о готовящемся покушении его заранее предупредила британская полиция. По ее данным, некто готовился убить его в результате заговора, который, по мнению Березовского, имел «все признаки работы российских спецслужб» и был санкционирован лично президентом Путина. Как утверждал Березовский, тремя месяцами ранее его предупредили друзья, имеющие связи в ФСБ и приехавшие в Лондон, чтобы предупредить, что его попытаются в ближайшее время убить по заказу ФСБ. Причем сценарий покушения должен был быть другим, чем в случае с Александром Литвиненко. К Березовскому в Лондон должен был приехать некий знакомый и под предлогом деловых переговоров встретиться с ним. На встрече киллер должен был застрелить Бориса Абрамовича. По утверждению Березовского, предлогом для убийства должен был стать некий конфликт, связанный с бизнесом. После убийства киллер якобы должен был заявить, что убил Березовского исключительно из-за бизнес-противоречий. Согласно британским законам, в этом случае убийца получил бы порядка 20 лет тюрьмы. Через 10 лет его бы освободили досрочно, его семья в России получила бы большое материальное вознаграждение, а сам он секретным указом был бы удостоен звания Героя России, совсем как Рамон Меркадер за убийство Льва Троцкого.
Березовский не поверил этому рассказу, поскольку, по его словам, сообщения о готовящихся на него покушениях он стал получать сразу после эмиграции, но на всякий случай передал эту информацию в Скотланд-Ярд. Два месяца спустя, в июне, Березовскому позвонили из полиции и сообщили, что на него готовится покушение, и порекомендовали на время покинуть страну, что бизнесмен и сделал: «В субботу, 16 июня, в день рождения Марины Литвиненко, я покинул страну, а через неделю мне снова позвонили и сказали, что я могу вернуться обратно». Мотивы покушения Борис Абрамович усмотрел в том, что он сам остается «одним из самых важных свидетелей убийства Литвиненко» и «одним из источников финансирования оппозиции России». Он утверждал, что потратил в последнее время на поддержку антипутинской оппозиции от 300 до 400 млн долларов.
В России власти также стремились причинить Березовскому максимальные неприятности. 2 июля 2007 года Савёловский суд Москвы приступил к слушаниям дела по заочному обвинению Березовского в хищении 214 млн рублей у авиакомпании «Аэрофлот». Борис Абрамович запретил своим адвокатам участвовать в заочном процессе, который он назвал «фарсом».
29 ноября 2007 года Березовский был заочно осуждён Савёловским судом Москвы на 6 лет лишения свободы за хищение 214 млн рублей у компании «Аэрофлот». Его признали виновным в хищении денежных средств ОАО «Аэрофлот» на общую сумму 214 млн рублей путём мошенничества (ч. 3 ст. 159 УК РФ) и легализации (отмывании) денежных средств, похищенных у ОАО «Аэрофлот» на сумму более 16 млн рублей (ч. 3 ст. 174 УК РФ). Березовский назвал этот приговор незаконным. В августе 2010 года Швейцария передала «Аэрофлоту» 52 млн долларов, по версии российской Генпрокуратуры похищенных у авиакомпании более десяти лет назад. Эти деньги находились на банковских счетах компании «Andava» и были арестованы в ходе расследования дела «Аэрофлота».