Руководство РКУ не допустило на свою территорию не только Польскую Православную, но и Зарубежную Русскую Церковь. Подавлялись оккупационными властями и миссионерская деятельность униатов из Галиции, а также попытки восстановления обновленчества. Они не хотели допустить распространения влияния Ватикана, обновленцев же считали советскими агентами. Так, в сводке СД от 18 октября 1941 г. указывалось, что в г. Бердичеве были запрещены богослужения «живоцерковников»[979].
Московская Патриархия резко негативно отнеслась к деятельности автокефальной Церкви. Митрополит Киевский Николай (Ярушевич) в своих посланиях украинской пастве 1942–1943 гг. обличал похитителя церковной власти еп. Поликарпа (Сикорского), предостерегал от общения с ним, призывал хранить верность Матери-Церкви и Родине. 28 марта 1942 г. с посланием к «архипастырям, пастырям и пасомым в областях Украины, пока еще занятых гитлеровскими войсками» обратился митр. Сергий (Страгородский). В нем говорилось о запрещении еп. Поликарпа в священнослужении. Собор архиереев, съехавшихся 28 марта в Ульяновск, своим «Определением» признал заключение Местоблюстителя канонически правильным и утвердил его, объявив: «Если… епископ Поликарп, „впадая в суд диаволь“, пренебрежет запрещением, признать епископа Поликарпа лишившим себя сана и монашества и всякого духовного звания с самого момента его запрещения»[980]. Отношение же Патриархии к автономной Церкви было сочувственным. Так, в официальном некрологе архиепископу Вениамину (Новицкому), в прошлом принадлежащего к ней, признавалось, что, оказавшись в чрезвычайно стесненных обстоятельствах, Украинская автономная Церковь была единственной легальной организацией, вокруг которой могли сплотиться народные силы и в которой они находили поддержку во время величайших испытаний[981].
Религиозное возрождение на Украине особенно ярко проявилось в Киевской епархии. Киев — древний духовный центр всей России — привлекал как миссионеров западной части республики, так и уцелевших священников восточной. Митрополит Алексий назначил 18 декабря 1941 г. в столицу Украины епископа Пантелеймона, которому сразу же пришлось столкнуться с давлением националистов. В сводке СД от 10 апреля 1942 г. говорилось, что бургомистр Киева, связанный с мельниковцами, при городском управлении под вывеской отдела по делам вероисповедания создал украинский церковный совет, заменивший только что распущенный национальный совет. Представители его посещали еп. Пантелеймона и различными угрозами пытались склонить на свою сторону. 13 марта 1942 г. в Киев приехали два автокефальных епископа, Никанор и Игорь. В городе им удалось открыть только три прихода, в то время как у владыки Пантелеймона к концу 1942 их было 28. В 1943 г. число приходов в епархии достигло почти 50 % дореволюционного уровня, а количество священнослужителей — 70 %. Из них 500 храмов и 600 священников принадлежали к автономистам, а 298 и 434 соответственно — к автокефалистам. Все 12 открывшихся монастырей вошли в юрисдикцию автономной Церкви. В самом Киеве было возрождено 6 обителей с 760 насельниками: 3 женских монастыря — Покровский, Фроловский и Введенский и 3 мужских — Ионовский, Михайловский и Киево-Печерская лавра.
Осенью 1943 г. число киевских храмов достигло 40, так 19 сентября еп. Пантелеймон смог освятить наконец-то переданный верующим Владимирский собор. Для пополнения духовенства в Киеве были образованы проверочные комиссии из лиц с богословским образованием. Главное же пополнение шло через обучение кандидатов на краткосрочных курсах (от 1 до 6 месяцев). Правда, затем оккупанты запретили их, как и организацию высшего богословского образования. Только осенью 1943 г., когда советские войска уже приближались к городу, епископу Пантелеймону разрешили создать Духовную семинарию в Киеве. Но времени для реализации этого плана уже не оставалось[982].
В Полтаве первое богослужение состоялось уже в день прихода немцев, за первые 16 месяцев там крестили 2500 детей. В городе открылось 6 автономных и 4 автокефальных храма, всего же в епархии 359. Согласно сводкам СД 80 % верующих в области принадлежало к автономной Церкви и только 20 % — к автокефальной, но поставленный нацистами городской голова Полтавы был националистом и поддерживал последнюю. В августе 1942 г. Собор архиереев автономной Церкви избрал епископом Полтавским и Лубенским Вениамина (Новицкого). Владыка был послан в Полтаву с указанием управлять и приходами Харьковской епархии, но вскоре после прибытия в город был арестован СД по доносу националистов, как «агент Москвы». Епископа увезли в Киев и освободили только после поручительства секретаря епископа Пантелеймона. Еп. Вениамин смог вернуться в Полтаву только через 2 месяца, под его руководством было возрождено 3 монастыря — 2 женских и мужской. Ни одна другая епархия не смогла устроить такой основательной подготовки своих кандидатов в священники, как Полтавская. Это объясняется тем, что город долгое время имел военную администрацию. С ее разрешения в конце 1941 г. в Полтаве были открыты и автокефальные и автономные пастырские курсы. На последних в среднем занималось 30 человек, в июле 1943 г. был начат четвертый — последний прием учащихся. Из всей Украины лишь в Полтавской области были введены религиозные занятия в 4-классной начальной школе, но и там преподавание Закона Божия священниками было запрещено[983].
В Чернигове святой схиархимандрит Лаврентий уже осенью 1941 г. собрал своих монашествующих чад и устроил 2 женских монастыря — Троицкий с 70 сестрами и Домницкий с 35 насельницами. В 1942 г. в город приехал назначенный архиепископом Черниговским и Нежинским автономный владыка Симон (Ивановский). Святой старец встретил его доброжелательно, сказав: «Эге, это наш!»[984] Всего в Черниговской епархии было открыто 410 храмов. В Днепропетровске было открыто 10 храмов, на крещение 1943 г. их посетило 60 тыс. молящихся. Около четверти из 418 приходов епархии являлись автокефальными, и генеральный комиссар даже приказывал арестовывать священников, не желавших подчиняться присланному архиеп. Поликарпом епископу Геннадию (Шиприкевичу). Ему была передана конфискованная у автономистов епископская резиденция. В Харьковской епархии открылось 155 храмов. На ее территории проживал возглавлявший в 1920-е гг. один из расколов на Украине — «Лубенский» — епископ Феофил (Булдовский). В ноябре 1941 г. он провозгласил себя митрополитом, а в июле 1942 г. после переговоров с епископом Мстиславом (Скрыпником) присоединился к автокефальной Украинской Церкви. Еп. Феофил, несмотря на преклонный возраст (80 лет), развернул активную деятельность, рукоположив к июню 1943 г. 102 священника, 15 диаконов и допустив к служению после короткого обучения 89 псаломщиков. Но подготовка нового духовенства велась частным образом. Согласно информационному докладу комендатуры Харькова от 20 августа 1942 г. «заявление архиепископа автокефальной Церкви об учреждении Духовной семинарии для подготовки молодых священников была отклонена по предложению СД. Нельзя отрицать, что Церковь рассматривает это как препятствование ее деятельности»[985].
Еп. Феофил окормлял и часть верующих в Сталинской, Курской, Воронежской областях. Но на востоке Украины, за исключением Харьковской епархии, влияние автономистов было подавляющим. Там, где автокефалисты не находили поддержки у на селения, они обращались за помощью к местным оккупационным властям. Последние обычно шли навстречу до тех пор, пока не начали учащаться антигерманские акции бандеровских партизан.
Донесения германских властей, как и показания церковных деятелей, свидетельствуют о том, что, несмотря на предпринятую бандеровцами кампанию террора, значительное большинство украинского населения поддерживало автономную Церковь. Согласно сводке СД от 18 октября 1941 г. к ней принадлежало 55 % верующих, а к автокефальной — 40 %. Однако в октябре оккупация Украины еще только завершалась и удельный вес западной части республики в этих расчетах был непропорционально велик. В целом, доля сторонников автокефальной Церкви к 1942 г. не могла превышать 30 %. Даже в Житомирской епархии она равнялась только четверти, а в более восточных областях, в основном, была еще ниже. Так, в Черниговской епархии автокефальные храмы практически отсутствовали[986].
По мнению некоторых американских исследователей, в автономной Церкви было вдвое больше прихожан, чем в автокефальной[987]. К этой точке зрения близки также Ф. Хейер, В. Алексеев и Ф. Ставру[988]. А по сообщению настоятеля православного монастыря Св. Иова в Словакии архимандрита Серафима от 23 августа 1944 г., автокефальная Церковь охватывала в 1942–1943 гг. около 15 % украинского населения[989]. Собственные подсчеты автора монографии, сделанные по архивным документам на материалах 10 епархий — Винницкой, Киевской, Днепропетровской, Ровенской, Черниговской, Полтавской, Житомирской, Одесской, Николаевской и Кировоградской, показали, что доля автокефальных приходов составляла 25 % — 1190 общин из 4747. При этом отсутствуют данные как по 4 западным (бывшим польским, включая Брестскую и Пинскую), так и по 5 восточным епархиям, которые в принципе должны друг друга уравновешивать и не менять сильно цифру 25 % в ту или другую сторону.
Большая часть населения стремилась к восстановлению традиционного православия. Всякие проявления модернизма, вроде замены церковнославянского языка украинским, светской одежды и коротких волос священнослужителей-автокефалистов, скорее отталкивали ее. Кроме того, автокефальная Церковь нарушала каноны не только принятием «липковцев», но и проведением хиротоний во епископы женатых священников. Этим объясняется, в частности, почти полное отсутствие у нее монастырей.