В связи с прямыми угрозами со стороны властей силой расправиться с кронштадтцами ВРК обратился к военным специалистам — офицерам штаба — с просьбой помочь организовать оборону крепости. 5 марта договоренность о совместных действиях ВРК и штаба крепости в организации обороны была достигнута. Военные специалисты предложили, не ожидая штурма крепости, самим перейти в наступление. Они настаивали на захвате Ораниенбаума, Сестрорецка, с тем чтобы расширить базу восстания. Однако на предложение первыми начать военные действия ВРК ответил решительным отказом.
Власти готовились силой оружия подавить восстание. Уже утром 3 марта во все части, на корабли Балтфлота был направлен приказ, в котором всем комиссарам предписывалось находиться на местах; запрещались собрания в присутствии посторонних лиц; всех замеченных в агитации против советской власти предлагалось арестовывать. Власти приняли меры, чтобы изолировать Кронштадт от внешнего мира, закрыть доступ в Петроград морякам и красноармейцам Кронштадта. Попытки кронштадтцев доставить в Петроград какие-либо сведения о событиях в крепости пресекались. Перлюстрировались все письма, направлявшиеся из крепости и в крепость.
5 марта отдается приказ об оперативных мерах по ликвидации "мятежа". Была восстановлена 7-я армия под командованием М.Н.Тухачевского, которому предписывалось подготовить оперативный план штурма и "в кратчайший срок подавить восстание в Кронштадте". Штурм крепости был назначен на 8 марта. Именно в этот день после нескольких переносов должен был открыться X съезд РКП(б). Это не простое совпадение, а продуманный шаг, предпринятый с определенным политическим расчетом. Подготовка штурма и день его начала держались в секрете, но Ленин в докладе на съезде намекнул, что, возможно, к вечеру 8 марта придут новости из Кронштадта. Советские военные руководители были уверены, что с "мятежом" будет покончено одним ударом. Их мнение разделял и Ленин.
Руководство партии понимало необходимость уступок, в том числе замены продразверстки продналогом, разрешения торговли. Накануне съезда были подготовлены соответствующие документы, с тем чтобы вынести их на обсуждение. Между тем именно эти вопросы являлись одними из основных в требованиях кронштадтцев. Казалось, возникла основа для переговоров. Однако советское правительство отвергло такую возможность и, более того, принимая под давлением общественных сил решение об изменении внутренней политики, посчитало необходимым упредить этот шаг карательной акцией против тех, кто осмелился открыто выдвинуть от имени народа назревшие требования. Большевики тем самым хотели показать, что у них есть свое представление о том, как должны осуществляться изменения в экономической политике. Вместе с тем они отдавали себе отчет в том, что эти изменения потребуют известных реформ в политической жизни. Расправа над кронштадтцами должна была показать границы отступления в этой области, именно то, что любые политические реформы не затронут основ властной монополии.
Вот почему именно в день открытия съезда, когда Ленин должен был объявить о повороте в экономической политике, предполагалось нанести беспощадный удар по Кронштадту. Через несколько месяцев суть этой карательной акции нашла выражение в словах Ленина: "Надо именно теперь проучить эту публику так, чтобы на несколько десятков лет ни о каком сопротивлении они не смели и думать". Вот на этом принципе и начала складываться репрессивная политика партии, политика, именуемая социалистической демократией.
Если бы X съезд РКП(б) открылся 6 марта, то есть в ранее назначенное время, то объявленный на нем в первый же день поворот в экономической политике мог изменить ситуацию в Кронштадте, повлиять на настроения матросов: они ждали выступления Ленина на съезде. Тогда, возможно, не понадобился бы и штурм. Но такого хода событий не хотели в Кремле. Кронштадт стал для Ленина инструментом, с помощью которого он пытался придать особую убедительность требованиям устранить всякую внутрипартийную борьбу, обеспечить единство РКП(б) и соблюдение жесткой партийной дисциплины. Именно феномен Кронштадта лег в основу аргументации о "недопустимости какой бы то ни было фракционности" в партии и проекта резолюции "О единстве партии". Именно с этого момента партия начала свой трагический путь к диктатуре через массовые репрессии.
Как известно, надежды сокрушить восстание уже в день открытия X съезда РКП(б) не оправдались. Понеся большие потери, карательные войска отступили на исходные рубежи. Одна из основных причин этой неудачи крылась в настроениях красноармейцев, которых бросали на лед Финского залива для штурма крепости. Дело дошло до прямого неповиновения красноармейцев, их выступлений в поддержку Кронштадта. В полосе наступления Южной группы отказался подчиниться приказу штурмовать крепость 561-й полк. На северном участке с большим трудом удалось заставить наступать отряд петроградских курсантов, считавшийся самой боеспособной частью войск Северной группы.
Волнения в воинских частях усиливались. Красноармейцы отказывались идти на штурм Кронштадта, звучали призывы "бить коммунистов". Власти боялись, что восстание перекинется на весь Балтийский флот. Было принято решение приступить к отправке "ненадежных" моряков для прохождения службы в других акваториях страны, подальше от Кронштадта. До 12 марта на Черное море было отправлено 6 эшелонов с моряками балтийских экипажей, представлявших собой, по мнению командования, "нежелательный элемент". Были приняты меры и на случай, если вдруг по пути следования эшелонов на юг ехавшие в них моряки поднимут мятеж. С этой целью усиливалась охрана железных дорог, вокзалов, для чего были подтянуты дополнительные воинские части и несколько бронепоездов.
Чтобы заставить воинские части наступать, командованию пришлось прибегать к угрозам. Срочно создается мощный репрессивный механизм, призванный переломить настроения красноармейцев (полевые выездные сессии рев-воентрибунала, чрезвычайные революционные тройки, осведомители в [каждой воинской части). Ненадежные части разоружаются и отправляются в тыл, а те, кого посчитали зачинщиками, расстреливаются. Приговоры к высшей мере наказания "за отказ от выполнения боевого задания", "за дезертирство" следовали один за другим. Их приводили в исполнение немедленно, поясняя, что так делается ввиду "особых условий, сложившихся в городе Кронштадте, и для поддержания революционного порядка". Расстреливали публично. Красноармейцы, производившие экзекуции, расписывались или ставили крестики в актах о расстреле, тем самым как бы скрепляя себя кровью с людьми, вынесшими приговор.
Подтягивались на исходные позиции считавшиеся наиболее надежными части. С 10 марта в районе станции Лигово сосредоточивалась 27-я Омская стрелковая дивизия[8], вызванная с Западного фронта. Она имела хорошую боевую подготовку и с успехом сражалась на польском фронте. Но по прибытии ее в 235-м Невельском, 236-м Оршанском и 237-м Минском полках 79-й бригады началось брожение. Красноармейцы заявили, что они не будут штурмовать Кронштадт. Эти части удалось разоружить, начались аресты.
Процедура расправы была предельно упрощена: после короткого допроса обвиняемому сразу же выносили приговор. Только 14 марта постановлением чрезвычайной тройки был приговорен к расстрелу 41 красноармеец 237-го Минского полка. 15 марта та же участь постигла 33 красноармейцев Невельского полка. Приговоры зачитывались "всем ротам и командирам".
В ночь на 16 марта после интенсивного артиллерийского обстрела крепости начался новый ее штурм. Когда стало ясно, что дальнейшее сопротивление бесполезно и, кроме дополнительных жертв, ни к чему не приведет, по предложению штаба обороны крепости защитники ее решили уходить из Кронштадта. Запросили правительство Финляндии, может ли оно принять гарнизон крепости. После получения положительного ответа начался отход к финскому берегу. В Финляндию успели перейти около 8 тысяч человек. Финляндскую границу перешли почти все члены кронштадтского ВРК и штаба обороны.
К утру 18 марта крепость оказалась в руках красноармейцев. Власти скрыли количество погибших, пропавших без вести и раненых красноармейцев. Нет обобщающих сведений и о числе жертв среди защитников Кронштадта. Многие из погибших на балтийском льду даже не были преданы земле. С таянием льда возникла опасность заражения акватории Финского залива. В конце марта в Сестрорецке на встрече представителей Финляндии и советской России решался вопрос об уборке трупов, оставшихся в Финском заливе после боев.
Началась расправа над гарнизоном Кронштадта. Само пребывание в крепости во время восстания считалось преступлением. Все матросы и красноармейцы прошли через военный трибунал. На каждого составлялся протокол допроса. Обязательным был вопрос об участии в восстании. Специальная запись в протоколе фиксировала, где арестован подследственный. Почти отсутствуют в протоколах отметки, что кто-то из них захвачен с оружием в руках. Пленных среди осужденных не было, так как их расстреливали на месте. Под страхом наказания запрещалось даже оказывать помощь раненым матросам, которые после штурма оставались на балтийском льду и улицах Кронштадта.
Прошло несколько десятков открытых судебных процессов. Особенно жестоко расправлялись с моряками линкоров "Севастополь" и "Петропавловск". 20 марта слушалось дело по обвинению 13 человек с линкора "Севастополь" в мятеже и вооруженном восстании. Всех обвиняемых приговорили к расстрелу. Один из самых крупных открытых процессов над моряками восставших линкоров состоялся 1–2 апреля. Перед ревтрибуналом предстали 64 человека. 23 из них приговорили к расстрелу, остальных — к пятнадцати и двадцати годам тюрьмы. 20 марта на заседании чрезвычайной тройки слушалось дело по обвинению 167 моряков линкора "Петропавловск". Всех приговорили к расстрелу. На следующий день по постановлению чрезвычайной тройки было расстреляно 32 моряка с "Петропавловска" и 39 — с "Севастополя", а 24 марта по постановлению тройки расстреляли еще 27 моряков.