ал одно из важнейших мест в иерархии «красных кхмеров» и традиционно считался «провьетнамским» политиком. Нуон Чеа не только не перешел на сторону Вьетнама, но и оставался с Пол Потом практически до конца. Зато у Вьетнама появился союзник в лице Хенг Самрина. К моменту восстания в Восточной административной зоне Хенг Самрин занимал должность заместителя начальника штаба этой зоны. В 1978 г. он отказался подчиняться Пол Поту и выступил во главе подчиненной дивизии против «красных кхмеров».
Подготовка к вторжению в Кампучию активизировалась еще осенью 1978 г., о чем была извещена и советская сторона, которая не принимала непосредственного участия в организации вторжения, но фактически поддерживала вьетнамскую линию в отношении Кампучии. Вьетнамское военное командование не опасалось и быстрого вступления в войну Китая, поскольку, по данным вьетнамцев, Китай просто не успел бы среагировать на молниеносный бросок вьетнамских войск. Вьетнамская народная армия превосходила кампучийские вооруженные силы и по численности, и по вооружению, и по уровню боевой подготовки. Поэтому исход столкновения, в принципе, оказывался предрешенным с самых первых дней конфликта. Начиная боевые действия, вьетнамцы даже не сомневались в собственной победе, в чем уверяли и советское политическое и военное руководство. Во главе вьетнамских войск, готовящихся к вторжению в Кампучию, находился генерал армии Ван Тьен Зунг (1917—2002) - ветеран национально-освободительной войны во Вьетнаме, разработавший и реализовавший план Весеннего наступления 1975 года, в результате которого пал Южный Вьетнам. Ван Тьен Зунг считался одним из наиболее успешных полководцев Вьетнама, вторым после Во Нгуен Зяпа.
25 декабря 1978 г. из вьетнамского города Банметхуот выдвинулись танковые и мотострелковые части вьетнамской армии. Они стремительно пересекли границу с Кампучией и вошли на ее территорию. В наступлении участвовало 14 вьетнамских дивизий. Серьезного сопротивления расквартированные на границе отряды «красных кхмеров» не оказали, поэтому очень скоро вьетнамские войска продвинулись вглубь Кампучии - к Пномпеню. Несмотря на громкие заявления кампучийского руководства о неизбежном поражении вьетнамцев и победе кампучийского народа, очень скоро вьетнамцам удалось продвинуться к столице страны. 1 января 1979 г. бои шли уже в окрестностях столицы. 5 января 1979 г. Пол Пот призвал Кампучию и кампучийский народ к народной войне с «советской военной экспансией». Упоминание о советской военной экспансии очевидно делалось для привлечения внимания Китая, а также возможного вмешательства Запада. Впрочем, ни Китай, ни западные страны не оказали режиму Пол Пота военной поддержки. Более того, по совету китайцев Пол Пот способствовал эвакуации из страны принца Нородома Сианука - якобы для того, чтобы принц представлял интересы Демократической Кампучии в ООН. На самом деле, китайцев куда больше интересовал в этой ситуации Нородом Сианук, нежели Пол Пот. Сианук был легитимным главой камбоджийского народа и в этом качестве признавался мировым сообществом. Естественно, что в случае успешного переманивания Сианука на свою сторону, Китай, даже в случае крушения полпотовского режима, мог в перспективе рассчитывать на восстановление контроля над Камбоджей. Положение Пол Пота становилось все более шатким. Утром 7 января 1979 г., за несколько часов до того, как в столицу Демократической Кампучии Пномпень вошли вьетнамские войска, Пол Пот покинул город вместе со своими ближайшими соратниками. Он вылетел на вертолете на запад страны, куда отступили и сохранившие верность лидеру «красных кхмеров» воинские подразделения. Министр иностранных дел «красных кхмеров» Иенг Сари бежал из Пномпеня «своим ходом» и лишь 11 января добрался до границы с Таиландом, оборванный и даже потерявший свою обувь. Его одели и обули в китайском посольстве в Таиланде и отправили в Пекин. Вьетнамские войска, вступив в Пномпень, официально передали власть в стране Единому фронту национального спасения Кампучии во главе с Хенг Самрином. Формально именно ЕФНСК и Хенг Самрин позиционировались как силы, освободившие Кампучию от диктатуры Пол Пота.
После занятия Пномпеня вьетнамскими войсками и формирования правительства Народной Республики Кампучии, подконтрольные Пол Поту войска «красных кхмеров» отступили в западную часть страны, к границе с Таиландом. Этот регион на долгие десятилетия стал основным оплотом «красных кхмеров». В первые месяцы после падения Пномпеня вьетнамцам сдалось в плен, а также было убито или захвачено около 42 тысяч солдат и офицеров армии «красных кхмеров». Верные Пол Поту войска несли серьезные потери и теряли свои позиции в стране. Так, были уничтожены: генеральный штаб «красных кхмеров» в Амлеанге, базы в провинции Поусат и речной флот, базировавшийся в провинции Кахконг.
Однако постепенно «красным кхмерам» удалось оправиться от нанесенных вьетнамцами ударов. Этому способствовало общее изменение военно-политической ситуации в Индокитае. Если прежде Демократическая Кампучия пользовалась поддержкой лишь Китая, то после вторжения в Кампучию вьетнамских войск, на стороне «красных кхмеров» оказались Таиланд и стоявшие за ним США, которые стремились не допустить укрепления вьетнамских, а значит и советских позиций в Индокитае и Юго-Восточной Азии. В партизанском сопротивлении «красных кхмеров» американское руководство видело препятствие для дальнейшего продвижения СССР в Индокитае. Были заключены секретные договоренности Китая с Таиландом, в соответствии с которыми Китай отказывался от поддержки Коммунистической партии Таиланда, которая вела партизанскую войну против королевского режима страны, а Таиланд, в свою очередь, предоставлял свою территорию для размещения баз «красных кхмеров».
Негласно позицию Таиланда приветствовали США, которые выступили и в поддержку сохранения представительства Демократической Кампучии в ООН именно полпотовской делегацией. Заручившись поддержкой США, Китая и Таиланда, Пол Пот активизировал боевые действия против нового кампучийского правительства и поддерживавших его вьетнамских войск. Несмотря на то, что Китай формально потерпел поражение в кратковременной китайско-вьетнамской войне, он продолжал оказывать военную и материально-техническую помощь «красным кхмерам». Пол Поту к 1983 г. удалось создать девять дивизий и сформировать группу «Ронсае» для действия в тылу новой кампучийской власти. Были предприняты шаги для выхода из международной изоляции. В частности, представители «красных кхмеров», вместе со сторонниками Сон Санна и Нородома Сианука вошли в состав коалиционного правительства Камбоджи, признанного Организацией Объединенных Наций и большинством государств, не входивших в число стран просоветской ориентации. В 1979 —1982 гг. коалиционное правительство возглавлял Кхиеу Сампхан, а в 1982 г. его сменил Сон Санн (1911—2000) - ветеран камбоджийской политики, давний соратник Нородома Сианука, который оставался на посту главы коалиционного правительства до 1993 года. Сам Кхиеу Сампхан в 1985 г. был провозглашен официальным преемником Пол Пота на посту лидера «красных кхмеров» и продолжал руководить деятельностью партизанских формирований «красных кхмеров» в джунглях Камбоджи. Формальным президентом Демократической Кампучии был провозглашен принц Нородом Сианук, премьер-министром стал Сон Санн, заместителем премьер-министра - Кхиеу Сампхан. При этом фактическая власть над повстанческими формированиями оставалась в руках Пол Пота, который оставался главнокомандующим вооруженными силами «красных кхмеров» и лидером компартии Кампучии.
Под контролем Пол Пота оставались внушительные по численности войсковые подразделения - около 30 тысяч человек. Еще 12 тысяч солдат числилось в монархической группировке Сианука и 5 тысяч солдат - в подразделениях, подчиняющихся Сон Санну. Таким образом, новому правительству Кампучии противостояло около 50 тысяч бойцов, базирующихся в западных районах страны и на территории соседнего Таиланда, поддерживаемых Таиландом и Китаем, а косвенно и США. Китай оказывал военную помощь всем воюющим против провьетнамского правительства Кампучии группировкам, но 95% помощи приходилось на отряды «красных кхмеров». Лишь 5% китайского оружия и снаряжения получали войска, подконтрольные непосредственно Сиануку и Сон Санну. Последним в большей степени помогали США, однако предпочитая действовать не открыто, а через подконтрольные фонды. Важную роль в помощи антиправительственным группировкам Камбоджи играли также Сингапур и Малайзия. В какой-то момент именно помощь Сингапура являлась определяющей. Не следует забывать и о важной роли лагерей беженцев. На территории Таиланда в 1980-е гг. находились десятки тысяч камбоджийских беженцев, размещение которых осуществлялось в лагерях, создаваемых под контролем ООН и таиландского правительства. Однако многие лагеря для беженцев в действительности являлись базами боевых формирований «красных кхмеров». Из числа молодых беженцев «красные кхмеры» вербовали боевиков, там же осуществлялось их обучение и размещение.
На протяжении 1980-х-1990-х гг. «красные кхмеры» вели партизанскую войну в джунглях Камбоджи, периодически совершая вылазки и теракты и в крупных городах страны, включая столицу Пномпень. Поскольку «красные кхмеры» смогли восстановить контроль над целым рядом сельских районов страны, в Кампучии было серьезно затруднено транспортное сообщение между ее регионами, в том числе и между важнейшими городами страны. Для того, чтобы доставлять грузы, приходилось организовывать мощное сопровождение вьетнамскими войсковыми частями. Однако создать «освобожденные районы» в провинциях Кампучии вдали от таиландской границы «красным кхмерам» так и не удалось. Сказывались и недостаточный уровень боевой подготовки «красных кхмеров», и слабость материально-технической базы, и отсутствие широкой поддержки со стороны населения. В 1983—1984 и 1984—1985 гг. были предприняты масштабные войсковые операции вьетнамской армии против полпотовцев, приведшие к разгрому баз «красных кхмеров» в ряде районов страны. Стремясь увеличить поддержку со стороны населения страны, «красные кхмеры» постепенно отказывались от сугубо коммунистических лозунгов и переходили к пропаганде кхмерского национализма. Основной акцент делался на захват территории страны Вьетнамом и мнимые перспективы заселения вьетнамцами кампучийской территории, в результате которого кхмеры будут изгнаны или ассимилированы. Эта пропаганда находила отклик у значительной части кхмеров, которые традиционно весьма прохладно относились к вьетнамцам, а в последнее время были очень недовольны вмешательством Вьетнама во внутренние дела страны и фактически полной подконтрольностью правительства Народной Республики Кампучии вьетнамскому руководству. Играло свою роль и то, что в единой связке с «красными кхмерами» выступал Нородом Сианук - наследник королевской династии, считавшийся многими кхмерами единственным легитимным правителем камбоджийского государства.