Следует отметить, что выдалась национально-освободительная борьба достаточно жесткой. Карликовое европейское государство Нидерланды никак не хотело расставаться с азиатской колонией, богатой природными ресурсами и экспортными сельскохозяйственными товарами. Ведь экономическое благосостояние Нидерландов во многом обеспечивалось вековой эксплуатацией Нидерландской Ост-Индии. Тем не менее, свою реальную слабость голландские власти показали в годы Второй мировой войны, когда так и не смогли оказать достойное сопротивление японским оккупантам. Естественно, что индонезийское национально-освободительное движение поверило в свои силы и не замедлило через три дня после капитуляции Японии, 17 августа 1945 года, принять Декларацию независимости Индонезии.
У истоков независимости Индонезии стоял Сукарно. К моменту провозглашения Декларации ему исполнилось 44 года. Своей судьбой он, казалось, воплощал саму идею индонезийской наднациональной государственности. Он родился в семье мусульманина и индуски, а политическую деятельность начал в юности и к середине 1920-х гг. был заметной фигурой в националистическом движении «Сарекат Ислама». В 1927 году Сукарно возглавил только что созданную Национальную партию Индонезии. Однако в 1931 году партия распустилась. В течение 1930-х гг. Сукарно неоднократно подвергался репрессиям колониальных властей как один из ведущих деятелей национально-освободительного движения. Когда на территорию Индонезии вторглись японские войска, Сукарно, в отличие от коммунистов, принял тактику сотрудничества с Японией.
По мнению Сукарно, азиаты-японцы представляли собой меньшее зло, чем голландские колонизаторы и могли использоваться национально-освободительным движением для поддержки идеи о независимой Индонезии. Действительно, японцы пообещали Сукарно в обмен на поддержку провозгласить независимость Индонезии, однако с реализацией этого намерения, по понятным причинам, медлили вплоть до окончания боевых действий. Тем не менее, в отличие от коммунистов, Сукарно и его соратники - индонезийские националисты - с японцами не воевали, а их поддерживали. Поэтому когда Япония капитулировала, Сукарно счел своим долгом провозгласить независимость страны, чтобы не допустить ее возвращения под власть голландских колонизаторов.
Основой идеологии нового государства должны были стать пять принципов - национализм, интернационализм, демократия, социальное благополучие, вера в Бога. Таким образом, Сукарно объединил основные компоненты трех ветвей национально-освободительного движения Индонезии - националистического, социалистического и исламистского. Тот авторитет, которым Сукарно пользовался в национально-освободительном движении, позволил ему стать фактически единоличным лидером образуемого государства. Под контролем Сукарно оказались и вооруженные подразделения индонезийских патриотов, созданные еще в годы Второй мировой войны.
Тем временем, в 1945 году в Индонезии высадились голландские войска, опиравшиеся на помощь англичан, не желавших появления суверенного азиатского государства, которое могло стать «плохим примером» для колоний Британской империи. Началось вооруженное противостояние голландских колонизаторов и индонезийского национально-освободительного движения, продолжавшееся на протяжении трех лет. В этот период Коммунистическая партия Индонезии, во время Второй мировой войны выступавшая с антияпонских позиций, выступила в качестве союзника Сукарно. Многие вооруженные отряды индонезийского сопротивления контролировались Коммунистической партией, а некоторые лидеры последней участвовали в общем руководстве национально-освободительным движением.
Так, Амир Шарифуддин занимал в 1945—1947 гг. пост министра обороны, в 1945 —1946 гг. - также пост министра информации, а в 1947 году занял пост премьер-министра страны. В то же время, активизация коммунистов и их растущее влияние в государственных структурах приходилось не по душе правому крылу националистов и исламистам. Они настаивали на разоружении подконтрольных коммунистам вооруженных подразделений, в некоторых случаях применяли против них оружие. Убийство коммунистов в Мадиуне вызвало восстание городской организации Компартии и ее сторонников. В ответ командование индонезийской армии обвинило коммунистов в попытке путча и ввело в город одну из наиболее боеспособных дивизий. Были убиты несколько тысяч активистов Компартии, включая одного из ее руководителей Мановара Муссо. Более 36 тысяч членов Компартии и сочувствующих были арестованы и приговорены к различным срокам тюремного заключения. И все это - на фоне продолжающегося противостояния с голландскими колонизаторами, не желавшими упускать контроль над Индонезией.
В конечном итоге, в 1949 году Нидерланды, под давлением США, рассчитывавших превратить Индонезию в своего союзника в Юго-Восточной Азии, пошли на прекращение боевых действий. Был освобожден захваченный ранее в плен Сукарно и ряд других высших руководителей республики. 23 августа 1949 года в Гааге состоялась конференция, на которой была образована Республика Соединенные Штаты Индонезии (РСШИ), в которую вошли сукарновская Республика Индонезия и ряд контролируемых голландцами квазигосударственных образований во главе с местными феодалами и политиками. 17 августа 1950 года вместо федеративной РСШИ была провозглашена унитарная Республика Индонезия. Под контролем Нидерландов осталась только самая восточная и отсталая провинция бывшей Нидерландской Ост-Индии - Западная Новая Гвинея (ныне - Ириан Джая).
Создание Республики Индонезия в 1950 году совпало и с постепенным возрождением деятельности Коммунистической партии, разгромленной во время подавления Мадиунского восстания. Тогдашний руководитель партии Дипа Айдит поддержал националистическую политику Сукарно, встретив понимание и согласие других видных деятелей Компартии. Власти страны не оставили эту поддержку незамеченной. В 1951 г. КПИ вошла в Консультативную группу политических партий страны, то есть была признана массовой политической партией. В 1955 г. партия поддержала разработанную Сукарно концепцию «направляемой демократии» и превратилась в одну из провластных политических структур. За этим не преминул последовать успех на парламентских выборах, где Компартия с 16% голосов избирателей заняла третье место. Параллельно партия стремилась обрести популярность среди народных масс, приступив к установлению рабочего контроля на промышленных предприятиях, принадлежавших иностранным капиталистам, прежде всего - голландцам.
В период с 1951 по 1965 гг. Компартией Индонезии руководил Дипа Нусантара Айдит (1923—1965), занимавший посты секретаря ЦК КПИ (1951—1954), генерального секретаря ЦК КПИ (1954—1959), председателя КПИ (1959—1965). Дипа Нусантара Айдит был сыном лесника, получившим неплохое образование и с шестнадцатилетнего возраста участвовавшим в деятельности национально-освободительного движения. В 1943 Айдит вступил в Компартию, а в 1947 стал членом ЦК. Несмотря на приверженность марксистской идеологии, Айдит, руководствуясь конъюнктурными соображениями, полностью поддерживал действия Сукарно в направлении национальной идеологии, сочетавшей националистические и социальные лозунги. Однозначная поддержка Сукарно обеспечила ему не только многолетнее пребывание на посту руководителя Компартии Индонезии, но и должности на государственной службе, включая пост министра без портфеля в индонезийском правительстве, который Айдит занимал с 1962 года.
Несмотря на противодействие правой части военного командования и исламистов, Компартия весь конец 1950-х и первую половину 1960-х гг. функционировала как проправительственная организация, демонстрировавшая поддержку курса Сукарно. Это было связано с тем, что Сукарно находился в хороших взаимоотношениях с СССР, Китаем и другими социалистическими странами. В 1960 г. Сукарно поднял на вооружение лозунг «Насаком» -национализм, религия, коммунизм, что также было встречено Компартией с всесторонним одобрением. Именно в этот период в Коммунистической партии Индонезии, как и в компартиях других стран Юго-Восточной Азии, начинают набирать силу симпатии к маоизму. Все большая часть КПИ ориентируется на китайский путь, считая его более правильным и антиимпериалистическим, нежели советский. Происходит это на фоне развития взаимоотношений Индонезии как государства с Китайской Народной Республикой. За период с 1950 по 1965 гг. численность индонезийской компартии выросла с 35 тысяч до 3 миллионов членов. Естественно, что столь многочисленная политическая организация имела возможность осуществлять и собственную политику.
Сукарно был очень недоволен проектами англичан по созданию независимой Малайзии, поскольку рассчитывал на установление контроля и над этой частью Малайского архипелага. Однако, не желая действовать открыто, он предпочел использовать потенциал Компартии Индонезии. Последняя вступила в тесное сотрудничество с Коммунистической партией Малайи, с послевоенных лет ведущей партизанскую войну в джунглях Малаккского полуострова. На территорию Малайзии начали просачиваться партизанские отряды, формируемые Компартией Индонезии. Поскольку на полуострове Малакка у Компартии Малайи хватало собственных ресурсов, отряды индонезийских коммунистов обеспечивали деятельность партизанского фронта на Борнео, северная часть которого вошла в состав Малайзии. На Борнео подразделения КПИ участвовали в боевых действиях против английских и австралийских войск, подавлявших коммунистическое движение в Малайзии.
Тем временем, президент Сукарно шел на дальнейшее обострение отношений со странами Запада, поддерживавшими создание суверенной Малайзии. Индонезия заявила о выходе из ООН после избрания Малайзии в Совет безопасности Организации Объединенных Наций. Разумеется, что коммунисты эти действия Сукарно поддерживали. Предвкушая дальнейшее развитие событий в направлении индонезийско-малайзийских отношений по военному сценарию, Компартия Индонезии в маоистском ключе выдвинула концепцию «вооруженного народа», предусматривая передачу оружия рабочим профсоюзам. В июле 1965 г. коммунисты, несмотря на протесты армейского руководства, приступили к обучению первых двух тысяч бойцов народного ополчения. К этому времени армейское командование уже открыто ненавидело коммунистов и с неприязнью относилось к проводимой президентом Сукарно политике. В том числе и потому, что последний направил в войсковые подразделения политических комиссаров, многие из которых были членами компартии или сочувствующих левых организаций.