Еще в декабре 1963 года, практически сразу же после того, как Западная Новая Гвинея перешла под управление Индонезии, было создано Движение «Свободное Папуа» (индон. Organisasi Papua Merdeka, сокращённо OPM). Эта организация, существующая уже полвека, на протяжении нескольких десятилетий ведет вооруженную борьбу против индонезийского правления на острове, сочетая ее с политическими кампаниями по всему миру. Целью движения является отделение Западной Новой Гвинеи от Индонезии, пересмотр стратегии экономического развития острова в сторону отказа от хищнического и бесконтрольного использования его природных ресурсов и противодействия распространению на территории Западной Новой Гвинеи современного вестернизированного образа жизни. Иными словами, Движение «Свободное Папуа» выступает за экономическую самодостаточность, социальное благополучие и национальную самобытность региона.
В последние десятилетия ХХ в. Движение «Свободное Папуа» пользовалось негласной финансовой и методической помощью со стороны Ливийской Джамахирии. Как известно, ливийский лидер Муаммар Каддафи позиционировал себя другом многих национально-освободительных движений мира, а в случае с Папуа рассматривал поддержку партизан и в качестве способа давления на Индонезию - одного из основных союзников США в исламском мире. Помимо Каддафи, папуасское национально-освободительное движение сотрудничало с Новой народной армией Филиппин - филиппинскими маоистами, с конца 1940-х годов ведущими партизанскую войну на Филиппинах. Бойцы Движения «Свободное Папуа» проходили боевую подготовку в лагерях Новой народной армии, где многие из них, помимо воинских специальностей, воспринимали и маоистскую идеологию.
Первоначально Движение «Свободное Папуа» провозгласило одной из важнейших целей отказ от любой современной жизни, предусматривающий уклонение от сотрудничества с религиозными, правительственными, благотворительными организациями. В свою очередь, индонезийское руководство приступило к репрессивным мерам против папуасского национально-освободительного движения. На территории Западного Ириана был размещен тридцатитысячный контингент индонезийских войск, гражданские служащие. Вместе с тем, посол Соединенных Штатов Гэлбрейт утверждал о необходимости сокращения численности индонезийского контингента на острове. С 14 июля по 2 августа 1969 г. разрабатывался закон о свободных выборах. Было отобрано 1025 папуасских старейшин, которые приняли участие в голосовании по соглашению с Индонезией. Естественно, что они проголосовали «за интеграцию» с индонезийским государством. В то же время, большая часть папуасского и меланезийского населения Западного Ириана результаты голосования не признали. Началось массовое вооруженное сопротивление индонезийскому правительству.
Сторонники самоопределения Западного Ириана выдвинули проект создания независимого государства Республика Западное Папуа. На территории Индонезии это движение запрещено, за демонстрацию символов папуасского национального сопротивления существует риск получить до двадцати лет тюремного заключения по обвинению в государственной измене. Тем не менее, с конца 1960-х гг. папуасы ведут боевые действия в джунглях острова с целью достижения независимости от Индонезии. В 1971 г. было объявлено о создании Республики Западное Папуа. Командиры ОРМ Сет Джафет Роемкорем и Иаков Хендрик Прай разработали проект конституции Республики Западное Папуа, однако из-за разногласий между полевыми командирами ОРМ вскоре раскололось, что стало серьезным препятствием на пути к централизации папуасского национально-освободительного движения. ОРМ (Движение «Свободное Папуа») стало в большей степени аморфным объединением, интегрирующим разнообразные группы во главе с их полевыми командирами, в единую сопротивленческую сеть.
Во второй половине 1970-х гг. ОРМ начала акции против иностранных и индонезийских компаний, ведущих разработку полезных ископаемых на территории Западной Новой Гвинеи. Прежде всего, папуасские партизаны приступили к отправке писем протеста в головные офисы компаний, а после отсутствия реакции со стороны руководства компаний перешли к прямым действиям. С 23 июля по 7 сентября 1977 г. была организована серия терактов против горнодобывающей компании Freeport: перерезаны телефонные кабели, сожжено складское помещение, взорвано несколько промышленных объектов.
В 1982 г. был создан Революционный совет Движения «Свободное Папуа», целью которого стала организация международной кампании солидарности с папуасским народом, способной добиться признания независимости Папуа странами Запада. В 1984 г. партизанами ОРМ был атакован город Джаяпура - столица провинции Ириан Джая, однако индонезийским войскам удалось относительно быстро отбить атаки повстанцев, используя очевидное силовое и техническое превосходство. Это нападение было использовано индонезийским военным командованием для активизации антиповстанческой деятельности на острове. Борьба с партизанами приняла характер истребления коренного населения, в результате чего началось массовое бегство жителей «зачищаемых» деревень через границу - в Папуа - Новую Гвинею.
14 февраля 1986 г. компания Freeport вновь была извещена о предстоящих акциях протеста ОРМ. Вслед за письмами были повреждены несколько шламовых и топливных трубопроводов компании. Результатом стали существенные убытки, понесенные в результате потери суспензии и дизельного топлива. Одновременно партизаны подожгли топливную магистраль и обстреляли полицейских, прибывших на место происшествия. 14 апреля 1986 г. акция ОРМ повторилась - в этот раз также были повреждены трубопроводы и электрические кабеля, сожжено оборудование. Партизаны обстреливали ремонтные бригады, пытавшиеся приблизиться к объектам компании. В январе и августе 1996 г. бойцы ОРМ захватывали в плен индонезийских и европейских специалистов, работавших вахтовым методом на объектах горнодобывающей компании. Двое заложников были убиты, остальные освобождены.
В июле 1998 г. партизанами был поднят флаг Западного Папуа на водонапорной башне Кота Биак (остров Биак). Рядом с флагом несколько дней находилась группа повстанцев, которая в конечном итоге была арестована индонезийскими военными властями. Среди задержанных во время этой акции был легендарный лидер национально-освободительного движения Филеп Карма.
В настоящее время Филеп Иаков Сэмуэль Карма (родился 15 августа 1959 года) считается одним из наиболее известных папуасских деятелей национально-освободительного движения. Он родился в семье колониального госслужащего Андреаса Карма, служившего в голландской администрации. Происхождение помогло Филепу Карме получить образование - он учился на Яве, затем - в Азиатском институте управления в Маниле (Филиппины). У Филепа Карма - двое детей. 2 июля 1998 года он руководил демонстрацией поднятия флага в Биаке, был ранен в обе ноги резиновыми пулями. Суд приговорил Карма к шести с половиной годам лишения свободы за государственную измену, однако после десятимесячного пребывания в тюрьме приговор отменили.
1 декабря 2004 года он поднял флаг утренней звезды (национальный папуасский флаг) на церемонии в Джаяпуре, после чего был арестован и приговорен по обвинению в государственной измене к пятнадцати годам тюремного заключения. Организация «Международная Амнистия» занесла Филепа Карму в список политических заключенных - узников совести. Флаг утренней звезды считается национальным символом Западного Папуа. Он используется еще со времен нидерландского управления Западной Новой Гвинеей в 1949—1962 гг. Впервые он был поднят 1 декабря 1961 года, поднимался вместе с флагом Нидерландов и был отменен после включения Западного Ириана в состав Индонезии в 1962 году. С тех пор флаг активно используется Движением Свободное Папуа и другими папуасскими национально-освободительными организациями. Он представляет собой красную вертикальную полосу с белой пятиконечной звездой в центре и белое полотнище с синими поперечными полосами. Только за одну публичную демонстрацию этого флага в современной Индонезии можно «схлопотать» несколько лет тюремного заключения по обвинению в государственной измене.
Несмотря на прошедшие десятилетия и изменение политического режима в самой Индонезии, правительству так и не удается договориться с борцами за независимость Западного Папуа. На территории двух провинций, на которые с 2003 г. поделен Западный Ириан, продолжается вялотекущая гражданская война. За почти полвека сопротивления индонезийской оккупации острова, согласно данным Движения Свободное Папуа, правительственными войсками было убито около 500 тысяч папуасов. Международные оценки более скромные - около 100 тысяч убитых папуасов и меланезийцев. Большая их часть - мирные жители, ставшие жертвами авиационных ударов по деревням, поддерживавшим партизан, а также «зачисток» деревень индонезийскими силами безопасности. То есть, на территории Западного Ириана происходит настоящий геноцид коренного населения, на который не обращают внимания западные правительства и большинство международных организаций. С другой стороны, индонезийское руководство стремится хранить секретность происходящего в провинциях Папуа и Западное Папуа, поскольку опасается международной огласки военных преступлений индонезийской администрации. В регион крайне неохотно пускают иностранных журналистов и, вообще, иностранных граждан.
В ответ сами папуасские партизаны также не прекращают активного вооруженного сопротивления индонезийскому правительству. 24 октября 2011 г. начальник полиции Мулиа был застрелен в аэропорту боевиками Движения «Свободное Папуа». 8 января 2012 г. партизаны атаковали автобус, перевозивший индонезийских гражданских и военных лиц, в результате чего были убиты 1 индонезийский полицейский и трое гражданских. 21 января 2012 г. члены ОРМ убили мигранта из Западной Суматры, тем самым подтвердив свой курс на противодействие заселению Западной Новой Гвинеи индонезийцами. 8 апреля 2012 г. боевиками ОРМ был атакован самолет в аэропорту Мулиа. Пятеро боевиков открыли огонь по приземлившемуся самолету, в результате чего погиб один гражданский человек, были ранены оба пилота, пассажирка и ее ребенок. 9 июля 2012 г. были убиты полицейский и двое индонезийцев. Подобные сводки приходят из провинций Папуа и Западное Папуа практически ежемесячно.