Ведущей силой сепаратистов стала Бугенвильская революционная армия (БРА), которой в 1990 году удалось выбить подразделения полиции и вооруженных сил Папуа - Новой Гвинеи с территории острова и в одностороннем порядке провозгласить независимость Бугенвиля. Суверенитет острова был признан соседними Соломоновыми островами, населенными родственными в этническом отношении племенами. Кстати, именно в столице Соломоновых островов Хониаре разместилось правительство Бугенвиля и командование Бугенвильской революционной армии.
Верховное руководство Бугенвильской революционной армией осуществлял Фрэнсис Она (1953—2005). Некоторое время молодой Фрэнсис Она работал на одном из медных рудников, но затем, вместе с двоюродным братом Пепутуа Сереро, от лица Ассоциации землевладельцев Пангуна выступил со следующими требованиями: 1) выплата горнорудной компанией компенсации за ущерб в размере 10 млн. кина; 2) выплата 50% от доходов компании землевладельцам и правительству Бугенвиля; 3) возвращение правительством Папуа-Новой Гвинеи всех средств, полученных от деятельности горнорудной компании в период с 1972 по 1988 гг.; 4) постепенный переход компании по добыче меди в собственность правительства провинции Бугенвиль и землевладельцев острова.
Правительство Папуа - Новой Гвинеи в ответ подготовило «компромиссные меры». Они предусматривали продажу провинции Бугенвиль и землевладельцам 4,5% обычных акций, которые прежде находились в распоряжении центрального правительства; увеличение компенсации за загрязнение окружающей среды правительству провинции; расширение социальной инфраструктуры на острове Бугенвиль. Однако данные мероприятия показались лидерам Ассоциации землевладельцев Пангуна минимальными уступками со стороны центрального правительства. Естественно, что бугенвильские активисты отказались идти на компромисс с центральным правительством и подтвердили свою направленность добиваться ранее выдвинутых требований любыми способами, в том числе и путем вооруженной борьбы за полную политическую независимость острова. Лидеры бугенвильских сепаратистов обвинили центральное правительство Папуа - Новой Гвинеи и руководство горнорудной компании в продолжении колониалистской политики в отношении острова и его населения, нещадной эксплуатации природных ресурсов и ограблении коренных жителей Бугенвиля.
Повстанческие отряды, составлявшие Бугенвильскую революционную армию, приступили к актам саботажа на медных рудниках. Первое время армия осуществляла экономические диверсии против медных рудников, а также нападала на служащих горнорудной компании. В мае 1989 г. Она отверг предложение руководства Папуа - Новой Гвинеи по заключению компромисса, после чего началась длительная и кровопролитная гражданская война на Бугенвиле. Она отягощалась тем, что вооруженные группировки бугенвильских повстанцев воевали не только против регулярных войск и полиции Папуа - Новой Гвинеи, но и друг против друга. Этому способствовали политические и межэтнические противоречия между различными племенами, населяющими остров Бугенвиль. Война сопровождалась и ростом преступности на острове, в том числе совершением многочисленных тяжких уголовных преступлений против мирного населения - убийств, грабежей, изнасилований в бугенвильских деревнях.
Правительством Папуа - Новой Гвинеи было принято решение о начале экономической блокады острова, одновременно на Бугенвиль направлялись полицейские, а затем и армейские подразделения. Остров был объявлен зоной чрезвычайного положения и поставлен под управление уполномоченного полиции Папуа - Новой Гвинеи. В ответ на введенную правительством ПНГ блокаду острова, 17 мая 1990 года была провозглашена независимость и сформировано временное правительство Бугенвиля в составе Фрэнсиса Она, Джозефа Кабуи и Сэма Каоуна. Между тем, правительственные войска Папуа -Новой Гвинеи с территории острова были выведены, поскольку папуасские руководители стремились обеспечить прекращение огня со стороны повстанцев. Когда премьер-министром Папуа-Новой Гвинеи стал Паяс Уингти, руководство Папуа - Новой Гвинеи возобновило попытки силового давления на повстанческое движение Бугенвиля. В 1996 г. преемник Уингти на посту премьер-министра центрального правительства Джулиус Чан приказал вооруженным силам Папуа - Новой Гвинеи начать вторжение на остров Бугенвиль с целью подавления повстанческого движения.
На Бугенвиле высадилась практически вся двухтысячная армия Папуа - Новой Гвинеи, официально называвшаяся Силами обороны Папуа - Новой Гвинеи. Кроме того, премьер-министром страны Джулиусом Чаном для подавления повстанческого движения были привлечены международные наемники из частной военной компании Sandline International. Эта лондонская частная военная компания, созданная бывшим подполковником шотландской гвардии и участником Фолклендской кампании, «Бури в пустыне» и войны в Югославии Тимом Спайсером, укомплектовывала свои ряды, прежде всего, бывшими военнослужащими спецподразделений британской и южноафриканской армии, имевшими боевой опыт участия в конфликтах на территории Анголы и Сьерра-Леоне. Компания подписала с правительством Папуа - Новой Гвинеи контракт на 36 млн. долларов, причем официально ее функции значились как охрана крупнейшего медного рудника Пангуна, а в действительности наемники должны были поддержать с воздуха операцию правительственных войск Папуа-Новой Гвинеи. Боевики частной военной компании прибыли в столицу Папуа - Новой Гвинеи город Порт-Морсби и стали готовиться к отправке на территорию Бугенвиля.
Однако подробности операции были раскрыты австралийской прессой. Австралия потребовала немедленно вывести 44 боевика частной военной компании. Одновременно произошел военный мятеж офицеров и солдат армии Папуа-Новой Гвинеи в столице страны Порт-Морсби. В конечном итоге, Тима Спайсера арестовала папуасская полиция. Правда, его вскоре освободили и из Океании бывший британский подполковник спешно ретировался. Но, что удивительно, с помощью адвокатов владелец частной военной компании сумел добиться выплаты от папуасского правительства всех 36 млн. долларов, фигурировавших в контракте об оказании специальных охранных услуг правительству Папуа - Новой Гвинеи.
При этом Австралия и Новая Зеландия, к которым правительство Папуа - Новой Гвинеи обратилось за поддержкой, в том числе и военной, в интервенции на остров участвовать отказались. Использование вооруженных сил Папуа - Новой Гвинеи повлекло за собой многочисленные нарушения прав мирного населения острова Бугенвиль. Жертвами многолетней гражданской войны стало, по разным оценкам, от 10 000 до 20 000 жителей острова. И это при том, что его население в 1990 году насчитывало едва ли больше 150 тысяч жителей. Большая часть погибших стала жертвами экономической блокады, вызвавшей голод на острове, а также эпидемий болезней, связанных с разрушением и так крайне слабой медицинской инфраструктуры острова. Тем более, что в результате блокады острова на его территорию не завозились медицинские препараты, в результате чего большое количество людей умерло от тропических заболеваний, не получив необходимой медицинской помощи.
Кроме того, подразделения Сил обороны Папуа - Новой Гвинеи, по данным докладчиков Организации Объединенных Наций, совершали военные преступления против бугенвильского населения. В частности, перед смертью боевиков БРА, попавших в плен, а также гражданских лиц, подозреваемых в участии в сепаратистском движении, зверски пытали, в том числе протаскивая привязанными к грузовикам, а тела сбрасывали с вертолетов в море или сжигали в автомобильных покрышках. Известно о нескольких случаях внесудебных расправ и над лидерами бугенвильского национально-освободительного движения. Действовали специальные центры, в которых правительственные войска размещали «подозрительных лиц», где они подвергались, в том числе, и пыткам со стороны полицейских и военнослужащих.
По данным ООН, во время операций Сил обороны Папуа - Новой Гвинеи на территории Бугенвиля систематически нарушались права граждан на образование, медицинское обслуживание, правосудие, свободу перемещения. Ведь на острове фактически не функционировали школы и больницы, жители были лишены возможности свободного перемещения из-за введенного чрезвычайного положения и запретов со стороны правительственных войск и полиции. Однако, сложно отрицать и факты проявления жестокости со стороны бугенвильских повстанцев. Только жертвами Бугенвильской революционной армии и более мелких повстанческих подразделений становились, как правило, рабочие и служащие горнорудной компании, а позже - любые выходцы с территории «метрополии» - острова Новая Гвинея, которых бугенвильские радикалы обвиняли в захвате и колонизации острова и криминальном поведении по отношению к местным жителям.
С другой стороны, и экономика Папуа - Новой Гвинеи серьезно страдала от издержек, вызванных кровопролитной войной на Бугенвиле. Во-первых, война сама по себе требовала серьезных расходов денежных средств, а во-вторых, она делала невозможной добычу медных ресурсов и, соответственно, пополнение бюджета страны (доходы от добычи меди составляли до 45% экспортного дохода Папуа - Новой Гвинеи и до 20% от общего дохода страны). Соответственно, нарастало недовольство действиями центрального правительства и на территории собственно Папуа - Новой Гвинеи, поскольку качество жизни населения страны заметно ухудшилось в процессе ведения боевых действий на Бугенвиле.
Правительство Папуа - Новой Гвинеи, пытаясь восстановить контроль над островом, приступило к переговорам с некоторыми бугенвильскими политиками. Здесь следует отметить, что руководство Бугенвильской революционной армии никогда не было единым и по сути это вооруженное формирование представляло собой конгломерат разрозненных повстанческих отрядов, подчинявшихся лишь собственным лидерам из числа племенных вождей или «авторитетных воинов». В 1997 г. было заключено соглашение о прекращении огня с одним из лидеров повстанцев Джозефом Кабуи, считавшимся сравнительно умеренным политиком по сравнению с Фрэнсисом Она (Джозеф Кабуи до начала гражданской войны возглавлял правительство провинции Бугенвиль).