Еще одна радикальная организация - «Джемаа Исламия» («Исламское общество») -имеет штаб-квартиру в Индонезии, а ее филиалы действуют в соседних Малайзии, на Филиппинах и в Таиланде. «Джемаа Исламия» появилась на базе воссозданного в 969 г. имамом Абдуллой Сунгкаром и имамом Абу Бакаром Баширом движения «Даруль ислам». Первоначально имамы занимались проповедями ислама по радио и обеспечением деятельности школы-интерната. Кстати, девизом школы были слова «Смерть на пути Аллаха -наше самое высокое стремление». Постепенно активисты движения перешли к радикальным акциям протеста против христианского населения и неверующих. Было совершено несколько поджогов церквей и ночных клубов и кинотеатров, а в 1984 г. произошли крупные столкновения активистов движения с полицией. После них Абу Бакар Башир и Абдулла Сунгкар покинули Индонезию и перебрались в соседнюю Малайзию, где приступили к созданию вооруженной организации для свержения индонезийского режима генерала Сухарто. Ряд будущих боевиков «Джемаа Исламия» участвовал в боевых действиях в Афганистане против советских войск. Добровольцев из Индонезии и Малайзии в Афганистан вербовали при посредничестве Всемирной лиги ислама. Известно, что боевики «Джемаа Исламия» участвовали в организации взрывов на острове Бали в 2002 и 2005 гг., у посольства Австралии в Джакарте в 2004 г., организовывали финансирование радикальных группировок Юго-Восточной Азии.
Стратегической целью «Джемаа Исламия» является создание «Исламского государства Нусантара» на территории Малайского архипелага, мусульманских регионов Филиппин, Таиланда и Бирмы. Однако, сравнительно с численностью членов умеренных мусульманских партий, «Джемаа Исламия» и «Хизб-ут-Тахрир» на территории Индонезии еще малочисленны. Это связано, в том числе, и с тем, что в Индонезии радикальный ислам пока не получил массового распространения. Это связано с особенностями исторического и современного политического развития индонезийского государства. Во-первых, ислам в Индонезии, за исключением ряда регионов на Яве и Суматре, всегда был более «мягок», чем на Ближнем Востоке, а мусульмане более либеральны - сказывались и наложение ислама на доисламские индуистские, буддийские и традиционные верования, и соседство и постоянное взаимодействие с немусульманскими народами региона, и специфика местной культуры. Во-вторых, массовые мусульманские организации Индонезии характеризуются политической лояльностью по отношению к действующему в стране политическому строю и не намерены идти против господствующей в Индонезии концепции «панча сила» -пяти принципов, выдвинутых еще Сукарно и заключающихся в: 1) вере в единого Бога, 2) справедливости и гуманизме, 3) единстве страны, 4) демократии, направляемой политикой консультаций и представительства, 5) обеспечении социальной справедливости для всего индонезийского народа. Массовые мусульманские организации Индонезии выступили с осуждением действий радикальных боевиков на Ближнем Востоке и в Афганистане.
Вторая серьезная проблема - межконфессиональные столкновения, которые регулярно происходят в Индонезии в форме погромов и массовых стычек ортодоксальных мусульман с представителями других конфессий или даже «еретических» течений в исламе. Несмотря на то, что мусульманами, по официальной статистике, является 88% населения Индонезии, лишь примерно 30—40% из них действительно следуют принципам ислама в своей повседневной жизни. Остальные в той или иной степени придерживаются традиционных верований, при этом официально считая себя мусульманами. Основные районы конфликтов между мусульманами и иноверцами - либо Ява и Суматра, где сильны позиции ортодоксального ислама и проживает наибольшее число фанатично верующих, либо восточные острова Индонезии, где мусульмане являются недавними поселенцами и вступают в конфликты с местным христианским или языческим населением. Наиболее ожесточенные и частые столкновения мусульман с христианами происходят на острове Амбон. Среди коренного населения острова очень много христиан, составляющих не менее половины амбонцев - представителей титульного народа острова. Амбонцы - это типичный «колониальный этнос», возникший в результате смешения хитуанцев - коренных жителей Амбона - с выходцами из других регионов Индонезии и европейцами - голландцами и португальцами. Поскольку значительная часть амбонцев приняла христианство реформатского толка, представителей этого народа охотно принимали на колониальную службу - как в административные учреждения, так и в части колониальных войск Нидерландской Ост-Индии. Амбон-цами были укомплектованы многие подразделения колониальной пехоты, участвовавшие в подавлении народных восстаний на территории Индонезии. Богатые амбонцы превратились в привилегированную часть населения острова. Естественно, что после провозглашения независимости Индонезии многие амбонцы, особенно служившие в колониальных войсках и полиции, предпочли эмигрировать из страны. Однако значительное количество амбонских христиан осталось на острове, в том числе в городе Амбон, где и происходит большое количество вооруженных столкновений между христианами и мусульманами.
В 1998—1999 гг. ситуация на Амбоне накалилась до предела и переросла в гражданскую войну между христианским и мусульманским населением. Мирные жители были вынуждены покидать свои дома и искать спасения на других островах. С большим трудом правительственным войскам удалось подавить массовые беспорядки и нейтрализовать вооруженные отряды оппонирующих сторон. После этого город Амбон был официально разграничен на мусульманскую и христианскую части, но и в настоящее время здесь периодически вспыхивают конфликты между представителями двух конфессий. Естественно, что в потенциально конфликтной среде гораздо быстрее происходит распространение радикальных идей и взглядов, позволяющее радикально-фундаменталистским организациям вербовать сторонников из числа участников массовых столкновений и лиц, недовольных более выгодным материальным положением христианской части населения острова. Помимо Амбона, серьезные столкновения на межконфессиональной почве происходят и в Ириан-Джая - принадлежащей Индонезии западной части острова Новая Гвинея, где проживает большое количество переселенцев из западных мусульманских регионов Индонезии, что не нравится местным жителям - христианизированным представителям папуасских народов.
Еще одна линия конфликта - между ортодоксальными мусульманами - суннитами и представителями исламских сект, не вписывающихся в традиционный ислам. Речь идет, в частности, об общинах «Ахмадия», численность последователей которой в Индонезии достигает полумиллиона человек. Учение «Ахмадия» появилось в XIX веке в результате богословской и проповеднической деятельности Мирзы Гулама Ахмада (1835—1908) -исламского вероучителя родом из Северной Индии, выходца из могольской семьи. Согласно учению секты, второе пришествие Иисуса как раз и имело место в лице Мирзы Гулама Ахмада. Несмотря на то, что в целом вероучение Ахмадии не отличается от основных положений ислама, этот пункт заставляет многих исламских богословов воспринимать общины «Ахмадии» как еретиков. «Ахмадия» отказывается от вооруженных форм распространения ислама, выступает за примирение с наукой и обеспечение свободы совести в мусульманских странах. Деятельность «Ахмадии» вызывает резкую критику со стороны суннитских фундаменталистов, которые иногда переходят к методам насилия.
В 2008 г. была сожжена мечеть общины «Ахмадия», в 2011 г. толпой радикалов были забиты до смерти несколько последователей общины. Все чаще фундаменталисты требуют полного запрета деятельности общин «Ахмадия» на территории Индонезии. Происходят столкновения и между умеренными и радикальными мусульманами. Так, 1 июня 2008 г. в Джакарте состоялся митинг за религиозную терпимость, на участников которого напали бойцы Фронта защитников ислама. В результате столкновений были ранены 12 человек. На следующий день боевики Фронта защиты ислама напали на членов крупнейшей умеренной мусульманской организации Индонезии «Нахдатул Улама» в Джокьякарте, после чего, в свою очередь, ее сторонники совершили ряд нападений на отделения Фронта защиты ислама в различных городах Индонезии. Наконец, серьезные противоречия наблюдаются и на Бали, где местное население, исповедующее балийскую религию «Агама Тиртха» -смесь индуизма, буддизма и традиционного шаманизма Малайского архипелага, выступает против яванских переселенцев - мусульман, постепенно проникающих на остров. Так, балийцы выступили против строительства моста с Явы на Бали, поскольку опасаются, что после этого на остров усилится приток яванских переселенцев - остров Ява перенаселен и многим яванским крестьянам не хватает земли, что вынуждает их мигрировать на другие, менее заселенные, острова Индонезии. В 2002 и 2005 гг. на Бали прогремели взрывы, организованные представителями радикально-фундаменталистских организаций.
Малайзия - «соседка» Индонезии. Но борьба с религиозным экстремизмом и терроризмом в этой стране ведется на более серьезном уровне. Это объясняется, в первую очередь, спецификой национального и религиозного состава населения страны. Малайзия представляет собой интересное в плане политического устройства государственное образование. Это - федерация, образованная тринадцатью автономными штатами и тремя федеральными территориями. Девять штатов являются монархиями, семь из которых управляются султанами, одним (Перлис) управляет раджа и одним (Негри-Сембилан) правитель, носящий традиционный титул «янг дипертуан бесар». Каждые пять лет монархи девяти штатов выбирают из своей среды Верховного правителя - короля Малайзии (он носит титул «Янг ди-Пертуан Агонг»). Все правители и политическая элита страны - малайцы, исповедующие ислам суннитского толка. Однако мусульмане составляют лишь 61% населения Малайзии.
С давних пор в Малайзии проживают большие общины китайцев и индийцев, среди которых большинство не является мусульманами. Китайцы исповедуют буддизм, даосизм и конфуцианство, христианство, индийцы - индуизм. Китайская и индийская диаспоры играют важнейшую роль в экономике страны. Если малайцы в колониальную эпоху были, преимущественно, крестьянами, то китайцы и индийцы составляли основную массу бизнесменов, торговцев, промышленных рабочих, конторских служащих, работников органов управления. Можно сказать, что современная малазийская экономика построена китайцами и индийцами, то есть - немусульманами, поэтому власти Малайзии не могут позволить распространение на территории страны радикальных взглядов, хотя, возможно, малайская элита и приветствовала бы