Вместе с тем во второй половине XIX века стали появляться и более серьезные исследования и труды, посвященные истории раскола русской церкви. Этому не в малой степени способствовало то, что старообрядцы наконец-то обрели голос – начинают выходить первые легальные издания старообрядческих сочинений. До этого о старообрядчестве могли лишь превратно судить на основе миссионерской полемической литературы. Теперь появилась возможность изучать старообрядчество по первоисточникам. Велика в этом деле заслуга петербургского книгопродавца и издателя Д. Е. Кожанчикова (1820 или 1821—1877), в 1860-х годах занявшегося изданием памятников старообрядческой литературы («История Выговской пустыни» Ивана Филиппова, «Житие протопопа Аввакума») и сочинений, относящихся к истории старообрядчества («Описание раскольничьих сочинений» Александра Б.).
Среди авторов, писавших на тему старообрядчества, встречались как яростные его противники, так и ученые, более или менее доброжелательно настроенные к нему. Видное место среди противников старообрядчества занимают Субботин и Нильский. Николай Иванович Субботин (1827—1905) был профессором кафедры истории и обличения старообрядчества при Московской духовной академии. Главную заслугу его составляет издание большого числа первостепенных по своей важности источников по истории старообрядчества и официальной полемики против него (прежде всего, «Материалы для истории раскола за первое время его существования» в 6 томах). Другие его произведения: «Дело патриарха Никона», «Раскол как орудие враждебных России партий», «Деяние Московского собора 1654 г.», «О сущности и значении раскола», «История Белокриницкой иерархии» (в 2 томах), «Переписка раскольничьих деятелей», «Полемика между Механиковым и Швецовым» и многие другие. Однако из статей и исследований Субботина далеко не все имеют научную ценность. Причина этому – резко выраженная полемическая тенденция и обусловленная ею односторонность взгляда. В старообрядчестве он усиленно ищет и находит только ряд отрицательных явлений, только ничтожных, невежественных или нравственно недоброкачественных деятелей, сознательно и упорно пренебрегающих требованиями правды и совести ради мелких личных побуждений. Отсюда и крайняя нетерпимость Субботина к чужим мнениям (академика Е. Е. Голубинского, профессора Н. Ф. Каптерева и др.). Недостатки Субботина отразились в трудах многих других писателей о расколе, считавших себя его учениками и последователями.
Иван Федорович Нильский (1831—1891) возглавлял кафедру русского раскола Санкт-Петербургской духовной академии. Его главный труд (докторская диссертация) «Семейная жизнь в русском расколе» (1869), основанный на изучении богатого рукописного материала и посвященный изложению старообрядческого учения о браке от начала раскола до конца царствования Николая I, занимает одно из видных мест в литературе по старообрядчеству и вызвал в свое время обширные критические статьи и исследования. Ему принадлежит также ряд полемических трудов и статей: «Об антихристе против раскольников», «Взгляд раскольников на некоторые наши обычаи и порядки жизни церковной, государственной, общественной и домашней», «Разбор бесповщинского учения о лицах, имеющих право совершать крещение», «К истории раскола в Остзейском крае» и другие.
Из авторов, хотя и враждебных старообрядчеству, но стремившихся к объективно научному рассмотрению истории раскола русской церкви, следует отметить Николая Федоровича Каптерева (1847—1917), в течение 30 лет занимавшего кафедру всеобщей гражданской истории Московской духовной академии. Каптерев одним из первых сказал в своих сочинениях правду о происхождении старообрядчества и об истинном положении греческой церкви под властью турок, также о происхождении древних русских обрядов. В последнем вопросе он совершенно разошелся с официальными церковными историками и, основываясь на разного рода доказательствах, пришел к заключению, что отстаиваемые старообрядцами «старые обряды» есть истинные древние обряды, принятые в древности не только в русской церкви, но и в греческой. Главные его труды: «Характер отношений России к православному Востоку в XVI и XVII столетиях» (1884), где описан полный упадок греческой церкви; «Сношения иерусалимского патриарха Досифея с русским правительством» (1891, докторская диссертация); «Патриарх Никон и его противники в деле исправления церковных обрядов» (1887), «Патриарх Никон и царь Алексей Михайлович» (1909—1912, в 2 томах). Все эти работы написаны на основании архивных и рукописных материалов, до тех пор мало, а иногда и совсем не известных. Книга Каптерева «Патриарх Никон», печатавшаяся ранее в виде статей в журнале «Православное Обозрение», из-за новых воззрений, высказанных им на время патриаршества предшественника Никона – патриарха Иосифа, и на действительное происхождение «старообрядческих особенностей», вызвала против ученого нападки со стороны приверженцев синодальных воззрений на историю старообрядчества. Миссионерские противостарообрядческие съезды требовали даже суда над автором. Дальнейшее печатание статей Каптерева о патриархе Никоне, по распоряжению обер-прокурора Синода К. П. Победоносцева, было запрещено, что не помешало большинству ученых признать воззрения автора правильными. Лишь после 1905 года профессор Каптерев смог снова печатать свои труды.
Чрезвычайно ценный материал собран в магистерской диссертации историка литературы А. К. Бороздина (1863—1919) «Протопоп Аввакум. Очерк из истории умственного развития русского общества 17 в.» (1898), хотя труд этот порой страдает односторонностью освещения некоторых фактов.
Среди авторов, достаточно доброжелательно настроенных к старообрядчеству, следует выделить А. П. Щапова, В. В. Андреева, Н. И. Костомарова, В. А. Мякотина, С. П. Мельгунова, А. С. Пругавина и других.
Профессор истории Афанасий Прокопьевич Щапов (1831—1876) был автором нескольких крупных, оригинальных исследований по истории раскола и старообрядчества. К формированию собственной концепции истории России А. П. Щапов шел в процессе изучения старообрядчества. Начиная с магистерской диссертации, эта тема стала лейтмотивом научной работы Щапова. Его первая печатная работа появилась в 1857 г. (сочинение «О причинах происхождения и распространения раскола, известного под именем старообрядчества, во второй половине 17 и первой половине 18 столетия»). Затем последовал ряд статей, тематически связанных со старообрядчеством: «О способах духовного просвещения древней России вне училищ», «Лука Канашевич, епископ Казанский», «Содействие древних монастырей просвещению России», «Арсений Грек при патриархе Никоне». Через год была опубликована монография, обратившая общее внимание на молодого историка, – «Русский раскол старообрядчества» (1859).
Щаповская концепция старообрядчества, изложенная им в работах «Русский раскол старообрядчества» и «Земство и раскол», коренным образом отличалась от официальных схем «обличительной» доктрины, господствовавшей в историографии старообрядчества. Щапов исследовал старообрядчество с просветительских, либеральных позиций, опираясь на философию Гегеля. Историк поставил вопрос о старообрядчестве как способе религиозной и гражданской жизни значительной части народа, не сводя всю проблему только лишь к обрядовым разногласиям, а развертывая широкую картину, объединяющим названием которой стало понятие «дух народа». По мнению Щапова, старообрядчество представляло собой «общинную оппозицию податного земства против всего государственного строя – церковного и гражданского, – отрицание массою народною греко-восточной никонианской церкви и государства, или империи всероссийской, с ее иноземными немецкими чинами и установлениями». Труды Щапова по старообрядчеству были высоко оценены историком С. М. Соловьевым и, безусловно, оказали влияние на подход к истории раскола даже «официальных» историков.
Идеи А. П. Щапова получили дальнейшее развитие и углубление в творчестве историка В. В. Андреева. В своем труде «Раскол и его значение в народной русской истории» (1870) Андреев рассматривает старообрядчество скорее как политическую «земскую» силу, нежели духовную.
Знаменитым историком Николаем Ивановичем Костомаровым (1817—1885) было написано исследование «История раскола у раскольников» (1871). Главная идея этой работы состояла в том, что старообрядчество – это чисто народное движение. Историк видел в старообрядчестве крупное явление народного умственного прогресса («раскол расшевелил спавший мозг русского человека») и доказывал, что «в нашей истории раскол был едва ли не единственным явлением, когда русский народ, – не в отдельных личностях, а в целых массах, – без руководства и побуждения со стороны власти или лиц, стоящих на степени высшей по образованию, показал своеобразную деятельность в области мысли и убеждения». По мнению Костомарова, значение старообрядчества в русской истории – «народно-образовательное», поскольку оно заставляет преданных религии старообрядцев в поисках правды изучать как Священное Писание, так и различную литературу по этим вопросам.
Одним из видных защитников старообрядчества был известный писатель-публицист, этнограф Александр Степанович Пругавин (1850—1920). Его труды представляют «народнический» подход к изучению старообрядчества. В своих трудах о старообрядчестве Пругавин выступал за «безусловную веротерпимость и полную равноправность» старообрядцев и доказывал «тесную связь вопроса о расколе со всеми вопросами нашего общественного быта, которые относятся до правового и экономического положения народа». Столкновения и знакомства с многочисленными последователями различных старообрядческих согласий на крайнем севере возбудили в Пругавине желание заняться изучением последних, результатом чего была его первая печатная статья «Знаем ли мы раскол?» (1877), за которой последовал ряд других, напечатанных в периодике.
Пругавин считал, что «раскол не пропадет бесследно навеки, не рухнет, как обветшалое здание, – нет, – он будет жить, он свое дело сделает. Православие в этом положении, в каком оно находится, в глазах народа падает все ниже и ниже. Раскол становится верой, религией русского народа. Это движение внесет в сознание народных масс новые здравые идеи, поставит новые жизненные идеалы». Подобные взгляды показались правительству и новообрядческому духовенству настолько крамольными, что две попытки Пругавина собрать свои статьи по расколу в отдельном издании окончились неудачей. Книга «Раскол внизу и раскол вверху. Очерки современного сектантства» (1882) была уничтожена по постановлению комитета министров; книга «Отщепенцы. Староверы и нововеры. Очерки из области религиозно-бытовых движений русского народа» (1884) уничтожена по требованию духовной цензуры, а самому писателю запрещено в дальнейшем выпускать труды в области старообрядчества. В отдельном издании появилась лишь одна из работ Пругавина – «Раскол – сектантство. Материалы для изучения религиозно-бытовых движений русского народа. Выпуск I. Библиография старообрядчества и его разветвлений» (1887).