Нелегкая и сложная задача стояла перед новыми руководителями института: приблизить работу института к потребностям практики, перестроить его работу так, чтобы основные усилия были направлены на решение главной задачи того периода — транспортного освоения морей Арктики. Институт пользовался большой известностью и заслуженным авторитетом, давал большую научную продукцию, и поэтому надо было внимательно изучить планы и результаты работ всех его звеньев и осторожно вносить нужные поправки в работу уже слаженного механизма. Главным консультантом Ширшова в этих вопросах был его заместитель по научной части и председатель ученого совета В. Ю. Визе. Петр Петрович долгие часы проводил в беседах с Визе о назревших проблемах, и вместе они намечали планы научной деятельности института на ближайший период.
Но Ширшов недолго оставался на посту директора института — только один год — и не успел провести в жизнь намеченные мероприятия, положив им только начало. Вскоре он был назначен первым заместителем начальника Главсевморпути и, находясь на этом высоком посту, продолжал руководить Арктическим институтом, проводил в жизнь перестройку деятельности института по планам, намеченным еще в 1938 году, когда жил и работал в Ленинграде.
В это же время в Главсевморпути началась большая и напряженная работа по переходу от отдельных поисков к планомерной работе на огромной территории Советского Союза — от Кольского полуострова до Чукотки и во всех морях Арктики. Эти работы отныне должны были проводиться на основе организованного труда уже больших коллективов, а не отдельных малочисленных партий.
В марте 1939 года О. Ю. Шмидт перешел на работу в Академию наук СССР, где был избран первым вице-президентом, а начальником Главсевморпути стал И. Д. Папанин. На ответственные должности в Главсевморпути были направлены опытные и энергичные руководящие работники, в лице которых новый начальник Главсевморпути получил солидную опору и подкрепление. Первым заместителем Папанина был назначен П. П. Ширшов — он принял на себя руководство наиболее сложным и ответственным разделом деятельности ГУСМП — мореплаванием по Северному морскому пути и обеспечением грузоперевозок.
Начальниками отдельных управлений были назначены коммунисты, прошедшие закалку на командных должностях в Красной Армии и полярную школу в Арктике, а проведение морских операций в Арктике возглавили умудренные морским опытом крупные организаторы грузоперевозок и ледокольных проводок в морях Арктики. Ширшов оставил за собой также руководство научными исследованиями в Арктике, так как считал, что наука неотделима от практики и что освоить надежное плавание судов в Арктике можно только на основе изучения законов движения водных и воздушных масс и ледяного покрова в морях Северного Ледовитого океана.
XVIII съезд партии, состоявшийся в 1939 году, поставил перед советскими полярниками ответственную задачу: «Превратить к концу третьей пятилетки Северный морской путь в нормально действующую водную магистраль, обеспечивающую планомерную связь с Дальним Востоком». Ширшов, как первый заместитель начальника ГУСМП, возглавил руководство работами по планированию и подготовке морских арктических операций и контроль за их проведением. Как показала жизнь, эти обязанности оказались по плечу Ширшову, так как он не только имел достаточный опыт плавания в морях Арктики, но хорошо знал и специфику полярной навигации, был близко знаком с ведущими северными мореходами и охотно прислушивался к их рекомендациям. К тому же штат морского управления ГУСМП пополнился опытными организаторами морских операций, в лице которых Ширшов получил надежную опору.
Работа эта требовала много времени и больших затрат энергии. Едва завершалась арктическая навигация текущего года и подводились ее итоги, как сотрудники Главсевморпути приступали под руководством П. П. Ширшова к составлению плана морских операций в Арктике на следующий год. Пришлось внести серьезные коррективы в сложившуюся структуру организации и руководства навигацией в Арктике. Моря Арктики делились на два операционных района: Западный, в который входили моря Баренцево, Карское и Лаптевых, и Восточный, охватывающий Восточно-Сибирское, Чукотское и Берингово моря. В каждом районе навигацией командовал начальник морских операций, находящийся на одном из ледоколов, и все указания получал по радио из Москвы.
В распоряжении начальника экспедиции на ледоколе не было оперативных помощников, единственным консультантом являлся капитан ледокола. У начальника морских операций не было достаточных прав для принятия оперативных решений. Отсутствовала систематическая ледовая разведка.
Петр Петрович принял активное участие в подготовке совещания актива Главсевморпути для обсуждения плана проведения арктической навигации 1939 года. На нем было принято решение об упорядочении дела руководства арктическими навигациями. Начальник морских операций становился полноправным командиром в своем районе, при нем создавался штаб из опытных специалистов — моряков, гидрологов, синоптиков, радиоспециалистов, летчиков. С помощью штабов он осуществлял руководство всеми ледокольными, транспортными и грузовыми операциями в своем районе, за Москвой оставались контроль за ходом навигации и оказание необходимой помощи по запросам начальника морских операций района. Начальниками штабов были назначены крупные морские специалисты: в Западном районе — Н. А. Еремеев, в Восточном — Л. В. Розанов.
Коренным образом изменились авиационное и синоптическое обслуживание навигаций. В своем выступлении на собрании актива ГУСМП Петр Петрович особое внимание обратил на необходимость хорошей ледовой разведки самолетами и судами для успешного осуществления ледовой навигации в Арктике, а также для составления хороших, основанных на точных, данных ледовых прогнозов.
С этого времени была введена систематическая ледовая разведка: стратегическая за два месяца до начала навигации, на основании которой ученые Арктического института составляли долгосрочный ледовый прогноз, и оперативная — в период проведения навигации. Для этого в состав экипажей самолетов были включены гидрологи.
По инициативе Петра Петровича была проведена реорганизация службы погоды ГУСМП. До этого прогнозы погоды в Арктике составляли синоптики, состоящие в Междуведомственном бюро погоды. Ширшов предложил упразднить это бюро и составление долгосрочных прогнозов и оперативное синоптическое обслуживание навигации в Арктике возложить на Арктический институт. Следует отметить, что Ширшов пошел здесь на смелый эксперимент.
Он исходил из того, что успешное плавание судов в Арктике возможно только при их обслуживании хорошо налаженной службой льда и погоды на высокой научной основе. Поэтому необходимо было усилить роль полярных станций и обсерваторий. Он отобрал в Москве 18 опытных специалистов — синоптиков и гидрологов и направил их в Ленинград для работы в Арктическом институте.
Перед их отъездом Ширшов провел с каждым обстоятельные беседы об их задачах. В институте они должны были заниматься под руководством профессора Визе составлением ледовых и синоптических прогнозов, а в летнее время выезжать в Арктику для обслуживания навигации в составе штабов морских операций и на головных полярных станциях на Диксоне, мысе Челюскине, Тикси, мысе Шмидта. Петр Петрович любил доводить любое начатое дело до конца, и, когда узнал, что некоторые специалисты не имеют в Ленинграде жилплощади и живут с семьями в гостиницах или на частных квартирах, он специально приехал в Ленинград и добился, чтобы каждому из них в короткий срок был вручен ордер на квартиру.
Ширшов завершил начатую им перестройку деятельности Арктического института, уже находясь в Москве. Ряд подразделений, несвойственных основному профилю института, был передан другим учреждениям, а в самом институте были усилены специалистами такие отделы, как ледовый, морской гидрологии, метеорологии и геофизики. С другой стороны, и от Главсевморпути передали другим ведомствам и наркоматам некоторые функции, чтобы деятельность ГУСМП была сосредоточена на главном направлении, определенном решением XVIII съезда партии — транспортном освоении морей и рек Арктики.
В эти годы Петр Петрович не раз замещал И. Д. Папанина, который часто по работе покидал Москву, выезжая в различные командировки. Ширшову приходилось выступать от Главсевморпути в ЦК ВКП(б), Совнаркоме СССР, Госплане СССР и других руководящих организациях и учреждениях, и можно сказать, что в этот период Петр Петрович прошел хорошую школу государственного деятеля.
Основное время у Ширшова было занято руководством морскими делами в Арктике. Но Петр Петрович никогда не забывал, что он — ученый, и старался при каждой возможности выбрать время, чтобы заняться научными вопросами, часто выезжал в Ленинград, где в старинном дворце на набережной Фонтанки, в котором разместился Арктический институт, обсуждал с учеными проблемы развития полярной науки, намечал конкретные планы ближайших мероприятий.
Уезжая в апреле 1939 года на постоянную работу в Москву, он передал обязанности директора института — Б. К. Федорову, но и Евгений Константинович вскоре был выдвинут на более высокий государственный пост — назначен начальником Главного управления гидрометеослужбы при СНК СССР. Тогда директором Всесоюзного арктического института был назначен по рекомендации П. П. Ширшова и Е. К. Федорова их товарищ по экспедиции «Север», молодой, но уже хорошо проявивший себя как талантливый организатор Я. С. Либин.
У всех еще свежи были в памяти впечатления от успехов первой станции «Северный полюс», и, естественно, многие журналисты, да и полярники, задавали вопрос: будет ли создана на льдах Северного Ледовитого океана новая дрейфующая станция, когда и где? Петр Петрович старался много не говорить об этом, хорошо зная, как не нужен и даже порой вреден преждевременный шум в прессе вокруг мероприятия, планы которого только еще обсуждаются в узком кругу лиц. А подготовка к созданию такой станции уже шла, и Ширшов был активным участником разработки планов организации воздушной экспедиции и программы научных работ станции. Эти вопросы он не раз уже обсуждал вместе с заместителем начальника Главсевморпути, начальником Полярной авиации М. И. Шевелевым и директором Арктического института Я. С. Либиным — все они были активными участниками экспедиции «Север», создавшей станцию «Северный полюс» в 1937 году, и исходили из опыта этой организации. Уже была намечена кандидатура на должность начальника будущей дрейфующей станции — Ареф Иванович Минеев. Петр Петро