Арестованный по тому же делу бериевский помощник и «спичрайтер» академик Академии наук Грузинской ССР П. А. Шария в конце 70-х вспоминал, что первым пунктом обвинения, инкриминировавшимся ему лично, было то, что «будучи свидетелем того, как Берия в разговоре по телефону с Маленковым критиковал Сталина, Шария не доложил об этом Политбюро». А по свидетельству Ф. Благовещенского, академик рассказывал ему, что в марте 53-го «Берия лично поехал на Лубянку освобождать мингрельцев; когда все собрались вместе, Берия, смеясь, напомнил Шарии, что посадил-то его тот, про кого Шария писал, что он величайший гений всех времен и народов». А в беседе со своим сокамерником по Владимирской тюрьме диссидентом Р. И. Пименовым Шария прямо утверждал, что «был арестован в 1952-м (вместе с Барамия и др. «мингрельцами») по личному телефонному звонку Сталина, мимо Берии».
Придя в МВД после смерти Сталина, Берия уже 10 апреля 1953 года реабилитировал фигурантов «мингрельского дела», что, однако, не спасло того же Рапаву от расстрела в 1955 году, уже как сообщника Берии.
Но Берию Сталин трогать не стал. Более того, в феврале 1952 года Лаврентий Павлович укрепил своё положение, когда близкие к нему В. С. Рясной и С. А. Гоглидзе стали заместителями министра госбезопасности партаппаратчика С. Д. Игнатьева.
Позиции Берии ослабляла и развернувшаяся в последние годы жизни Иосифа Сталина в СССР волна антисемитизма и борьба за «русский приоритет» во всех областях знаний. Вождь рассматривал русский народ как самый восприимчивый к идеям социализма. Проживи Сталин подольше, мы вполне могли бы жить так, как живёт сегодня народ Северной Кореи, с голодухи не брезгающий и травой. У Берии же в аппарате МГБ и МВД оставалось немало соратников-евреев, вроде С. Р. Мильштейна или одного из организаторов убийства Троцкого Н. И. Эйтингона. Почти все они стали жертвами чистки органов «по пятому пункту». Самого же Берию молва обвиняла в еврейском происхождении и покровительстве национальным меньшинствам. А министр госбезопасности Грузии Н. М. Рухадзе, сменивший преданного Берии А. Н. Рапаву, послал в Москву донос, что Берия скрывает свое еврейское происхождение. Правда, к счастью для Лаврентия Павловича, Сталин не поверил этой фантазии. И, в отличие от своего друга Маленкова, Лаврентий Павлович никакого отношения к борьбе с космополитами не имел.
12 октября 1946 года министр госбезопасности Виктор Абакумов направил в ЦК записку «О националистических проявлениях некоторых работников ЕАК». Подобная акция не могла быть предпринята без предварительной санкции Сталина. Начались аресты евреев, от которых выбивали показания об антисоветской и националистической деятельности Еврейского антифашистского комитета. В конце 1947 года родственница первой жены Сталина К. А. Аллилуева показала, что ее знакомый историк И. И. Гольдштейн настроен антисоветски. От Гольдштейна получили показание на его знакомого З. Г. Гринберга, который в свою очередь, был знаком с Михоэлсом. Тот был арестован в конце 1948 года и после интенсивного допроса показал, будто Михоэлс в 1946 году говорил ему о намерении использовать для создания Еврейской республики брак дочери Сталина Светланы с евреем Григорием Морозовым. Из Гринберга выбили также показания, будто Михоэлс проявляет повышенный интерес к личной жизни вождя, что было расценено как умысел на теракт. Сталин распорядился немедленно уничтожить Михоэлса. 13 января 1948 года великий режиссер и актер глава ЕАК Соломон Михоэлс был убит в Минске сотрудниками МГБ. Убийство было инсценировано как несчастный случай – наезд грузовика, но тотчас распространились слухи, что Михоэлса убили. Чтобы перевести стрелки, МГБ само запустило слух, что режиссера убили «польские фашисты» (эта версия звучала и на процессе 1952 года). Михоэлса, из-за его популярности в стране и мире, решили убить тайно, без суда.
26 марта 1948 года Абакумов представил в ЦК и Совмин записку, где утверждал, что руководители ЕАК ведут антисоветскую и шпионскую работу в пользу американской разведки.
20 ноября 1948 года Политбюро приняло постановление о роспуске ЕАК. Был также закрыт Еврейский театр, другие еврейские культурные учреждения и органы печати. В конце 1948 – начале 1949 года были арестованы почти все фигуранты процесса 1952 года, а также ряд других евреев из числа деятелей науки, культуры и номенклатурных руководителей среднего звена. Следователям быстро удалось получить требуемые показания от секретаря ЕАК Фефера, на которых и строилось все обвинение. Но дело затянулось на три с лишним года. Дело, вероятно, было в том, что наверху никак не могли выработать сценарий будущего процесса. В июле 1951 года был арестован Абакумов, в связи с чем сменилась команда следователей. Ряд подследственных так и не признал своей вины. Открытый же процесс имел смысл только в том случае, если бы удалось убедить в виновности членов ЕАК хотя бы часть мировой общественности. Обвинения же были просто смехотворны. Пересылавшиеся за границу пропагандистские материалы, в том числе и предназначенные для знаменитой «Черной книги» о геноциде против евреев, выдавались за шпионские сведения, а частные разговоры о растущем проявлении антисемитизма в СССР и о возможности формирования еврейской дивизии для участия в Великой Отечественной войне, а затем – для борьбы с арабами в Палестине, – за антисоветскую деятельность. Процесс сделали закрытым. Еще до начала суда, 3 апреля 1952 года, новый глава МГБ Сергей Игнатьев представил Сталину проект приговора. Всех подсудимых предлагалось расстрелять, кроме академика Лины Штерн, крупного физиолога. Ее планировалось сослать на 10 лет. Сталин приговор утвердил, снизив срок ссылки Штерн до 5 лет.
На суде не признали своей вины Лозовский, Шимилиович, Брегман и Маркиш. Последний, впрочем, поддержал обвинения против других членов ЕАК в национализме и антисоветской деятельности, напомнив, что еще в 1944 году подал донос в парторганизацию Совинформбюро о националистической и контрреволюционной деятельности руководства ЕАК. Но это его не спасло, равно как и активно сотрудничавшего со следствием и судом Фефера. Он, как и Юзефович, заявил, что был секретным осведомителем органов госбезопасности, что, однако, не избавило несчастных от казни.
Задержка с приведением приговора в исполнение, возможно, объяснялась тем, что параллельно готовилось еще несколько процессов над евреями, в том числе по печально знаменитому «делу врачей». Одним из фигурантов должна была стать Полина Жемчужина, сосланная в феврале 1949 года. В конце 1952 года ее доставили в Москву. Вероятно, и Молотова собирались сделать одним из обвиняемых. Членов ЕАК могли оставить в живых как будущих свидетелей. Лозовский как-никак был заместителем Молотова. Но Сталин в конце концов решил несчастных расстрелять, полагая, что в будущих процессах обойдется без них. Процессы над еврейскими «буржуазными националистами» призваны были помочь утверждению русского имперского сознания, которое Сталин рассчитывал использовать для укрепления своей власти. Кроме того, евреи должны были стать козлами отпущения за все трудности послевоенной жизни. Лишь смерть вождя помешала постановке новых политических процессов.
После смерти Сталина Берия добился реабилитации кремлевских врачей и лишения наград офицеров МГБ, убивших Михоэлса. Он также предложил реабилитировать осужденных по делу ЕАК, но дело застопорилось из-за его ареста. Реабилитировали членов ЕАК только 22 ноября 1953 года. Военная коллегия Верховного суда постановила, что «некоторые из осужденных в период работы в ЕАК присваивали себе несвойственные им функции: вмешивались от имени Комитета в разрешение вопросов о трудоустройстве лиц еврейской национальности, возбуждали ходатайства об освобождении заключенных евреев из лагерей, а также в своих отдельных литературных работах, письмах и разговорах иногда допускали суждения националистического характера. Воспользовавшись этим, Абакумов и его сообщники возвели эти действия… в государственные контрреволюционные преступления». Коллегия отменила приговор «за отсутствием состава преступления». Постановление не было опубликовано, дабы не дать пищу «сионистам». Лишь по возвращении в печать имен Михоэлса, Квитко, Фефера и других расстрелянных люди могли судить об их реабилитации.
«Борьба с космополитами» неожиданно принесла Берии определенные выгоды. Абакумов совершил роковую ошибку, запытав до смерти в камере-холодильнике одного из «врачей-вредителей», Якова Гиляровича Этингера, личного врача Берии, кстати сказать. Этингер скончался 2 марта 1951 года. 4 июля 1951 года Абакумов был снят с поста министра госбезопасности, а 12 июля арестован. Расследовавшая деятельность Абакумова комиссия в составе Маленкова, Берии, М. Ф. Шкирятова и С. Д. Игнатьева констатировала: «В ноябре 1950 года был арестован еврейский националист… врач Этингер. При допросе старшим следователем МГБ т. Рюминым арестованный Этингер, без какого-либо нажима (избиения резиновыми дубинками серьёзным средством давления, разумеется, не считали. – Б.С.), признал, что при лечении т. Щербакова А. С. имел террористические намерения в отношении его и практически принял все меры к тому, чтобы сократить его жизнь. ЦК ВКП(б) считает это признание Этингера заслуживающим серьёзного внимания. Среди врачей несомненно существует законспирированная группа лиц, стремящихся при лечении сократить жизнь руководителей партии и правительства (стареющий Сталин всё чаще задумывался о смерти и подозревал, что кто-то из докторов может искусственно укоротить его век. – Б.С.). Нельзя забывать преступления таких известных врачей, совершённые в недавнем прошлом, как преступления врача Плетнёва и врача Левина, которые по заданию иностранной разведки отравили В. В. Куйбышева и Максима Горького (Вячеслав Менжинский и Максим Пешков в перечне выпали из-за малозначительности этих фигур с точки зрения начала 50-х. – Б.С.) … Однако министр государственной безопасности Абакумов, получив показания Этингера о его террористической деятельности… признал показания Этингера надуманными и прекратил дальнейшее следствие по этому делу… Таким образом, погасив дело Этингера, Абакумов помешал ЦК выявить безусловно существующую законспирированную группу врачей, выполняющих задания иностранных агентов по террористической деятельности против руководителей партии и правительства…»