Весь 1896 год Ульянов пробыл в тюрьме. Но он старался не тратить зря времени: поддерживал нелегальную переписку с оставшимися на свободе товарищами, сочинял листовки, которые распространялись от имени организации. Кроме того, он начал подготовку своей главной научной работы — «Развитие капитализма в России». Дело Ульянова не разбирали в суде, а решили в административном порядке. 10 февраля 1897 года было вынесено правительственное постановление о его ссылке на три года в Восточную Сибирь под надзор полиции. Ему объявили об этом 25 февраля. По просьбе матери Ульянову разрешили ехать за свой счет как свободному человеку без сопровождения полицейской охраны. Вместе с двумя товарищами, проходившими по тому же делу, 26 февраля Ульянов покинул Дом предварительного заключения. Им позволили остаться в Петербурге до вечера 1 марта, чтобы собрать необходимые для поездки вещи и получить от врачей необходимые советы. Эта отсрочка дала им возможность обсудить революционные дела с остающимися руководителями «Союза борьбы». Сравнительная мягкость, с которой в те годы полиция обращалась с представителями марксистского движения, требует комментария. Департамент полиции, в соответствии со своими прежними впечатлениями, считал народников гораздо более опасными революционерами, чем марксистов.
Ульянов оставил Петербург 1 марта, провел несколько дней с матерью в Москве и 18 марта прибыл по железной дороге в Красноярск. Отсюда ему предстояло плыть вверх по Енисею. 20 марта он достиг пункта, назначенного ему для отбытия ссылки, — деревни Шушенское в Минусинском уезде. В июне, по постановлению властей Енисейской губернии, Ульянову назначили ежемесячное пособие в размере 8 рублей для покупки еды, одежды и необходимых в хозяйстве вещей. Исключительная дешевизна жизни в Сибири в то время делала эту сумму достаточной для скромного существования. Все три года Ульянов почти безвыездно оставался в Шушенском. Срок ему исчислялся с момента постановления о ссылке, то есть с 10 февраля 1897 года. За все это время он покидал Шушенское только дважды: ненадолго ездил в Минусинск и с разрешения губернатора отлучился на неделю в Красноярск для медицинской консультации.
Местность, где Ульянов провел годы ссылки, находилась на юге Центральной Сибири и в те годы была мало населена. Редкие поселения окружала нетронутая природа, в лесах обитало много диких животных и птиц. Ульянов с большим увлечением охотился. В мае 1898 года в Шушенское прибыла Крупская, а 22 июля Ульянов и Крупская поженились. В ссылке, как и ранее в тюрьме, Ульянов интенсивно занимался научной работой: заканчивал книгу «Развитие капитализма в России». Том появился в 1899 году (под псевдонимом Владимир Ильин). Во время пребывания в Шушенском Ульянов вел постоянную переписку со своими сторонниками, — и, подобно ему, находившимися в Сибири, и остававшимися на свободе. Посему он не утерял контактов с единомышленниками и ясно представлял положение дел в стране. А ссылка создала вокруг его имени ореол. Отнюдь не случайно, что в отсутствие Ульянова I съезд РСДРП избрал его редактором готовящейся «Рабочей газеты».
I съезд партии собрался нелегально в Минске. Присутствовали представители марксистских групп Петербурга, Москвы, Киева, Екатеринослава, а также еврейской социал-демократической организации, называвшейся Бунд. Делегаты от Бунда объявили, что они готовы войти в РСДРП как автономная группа. Организатором съезда была киевская марксистская группа, два делегата которой составили президиум съезда. Избранный Центральный комитет состоял из трех человек: представителей киевской группы, «Петербургского союза борьбы» и Бунда. Вскоре после съезда полиция снова совершила налет на нелегальные квартиры главных организаций. Из трех членов Центрального комитета двоих арестовали. I съезд не создал действительную организацию, но его значение было в том, что он декларировал идею партии. Кроме того, большую роль сыграл манифест I съезда РСДРП, который от имени съезда издала Санкт-Петербургская группа. Автором манифеста был Струве.
Год спустя после I съезда российские марксисты стали размежевываться на «твердых» и «мягких» — деление, которое Ульянов уже предчувствовал, когда жил в Петербурге и протестовал против книги Струве. Умеренная тенденция в русском марксизме выразилась в форме, получившей позднее название экономизма. Экономизм не являлся особенностью только русского марксизма. В Германии ему соответствовал ревизионизм или течение Бернштейна (книга Бернштейна «Эволюционный социализм: критика и утверждение» в немецком оригинале появилась в 1899 году).
В том же году Е. Д. Кускова — один из лидеров экономистов — пустила в обращение обобщенное изложение своих взглядов на рабочее движение в России. Этот набросок попал в руки «твердых» марксистов, которые назвали его «Кредо» и восприняли как манифест экономического крыла своей партии. Тут же они забили тревогу. Колонии марксистской ссылки в Сибири кипели негодованием, резолюции протеста были приняты минусинской группой, возглавляемой Лениным, и туруханской группой во главе с Мартовым. «Кредо» основывалось на идее, что российское рабочее движение носит не политический, а чисто экономический характер. Если социал-демократическая партия желает быть рабочей партией, она должна идти к рабочим не с абстрактными теориями, а с твердым знанием их насущных интересов. Такая партия должна действовать не на основе указаний живущих за границей деятелей, а в соответствии с активностью самих рабочих. Идеи «Кредо» в действительности были идеями тред-юнионизма.
Конфликт с идеями экономизма выдвинул Ульянова в качестве лидера, сплачивающего силы «твердых» марксистов. Он почувствовал в себе способности для руководства партией и одновременно счел своим долгом сохранить в чистоте социал-демократическую идею, как он ее понимал. Для дальнейшего развития партии совершенно необходимым стал собственный печатный орган. При существовавшей цензуре его можно было основать только за границей. Этими замыслами — учреждения социал-демократического рабочего периодического органа и объединения «твердых» марксистов в единую организованную партию — Ульянов и жил последние месяцы своей ссылки.
Ссылка для Ульянова кончилась 10 февраля 1900 года. 11 февраля он покинул Шушенское и выехал в Европейскую Россию. Полиция запретила ему проживание в целом ряде университетских и промышленных центров. Ульянов избрал Псков, город, занимавший удобное географическое положение, поскольку он находился недалеко и от Петербурга, и от границы. Дело в том, что Ульянов не собирался твердо осесть в России. Как уже отмечалось, он вышел из ссылки с твердым намерением создать социал-демократическое рабочее издание и сплотить оппозиционные группы социал-демократов в прочную партию. Реализация этого плана, однако, представляла огромные трудности. Прежде всего, предстояла борьба с противоположными тенденциями среди социал-демократов в самой России. Затем вставал вопрос о средствах. Для публикации газеты требовались сравнительно небольшие суммы, так как предполагалось издавать не большую ежедневную газету, а маленький листок. Сам Ульянов и другие предполагаемые сотрудники и помощники редактора были аскетами и жили очень скромно (подобно большинству российских интеллигентов того времени). Будущая газета привлекала их не материальными благами, а возможностью интеллектуальной работы. Тем не менее, некоторое количество денег все же требовалось. Ульянов и его сторонники практически не могли выкроить что-то из повседневного бюджета, поэтому приходилось искать средства вне собственных кружков, а обращаться за помощью к тем самым «легальным» марксистам, которых Ульянов так сурово осудил, — Струве и Туган-Барановскому. «Легальные» марксисты имели широкие знакомства среди более зажиточной или (в соответствии с привычной терминологией Ульянова) более буржуазной части интеллигенции, многие представители которой симпатизировали сторонникам марксизма. Эти люди хотели помочь «легальным» марксистам на условии, что те примут участие в реальной политической жизни и будут влиять на ее направление. Группа Ульянова вынуждена была принять условия игры, и в марте 1900 года в Пскове состоялось совещание. В нем участвовали делегаты от «нелегальных» (Ульянов, Мартов и Радченко) и от «легальных» марксистов (Потресов, Струве и Туган-Барановский). Потресов считался «легальным» марксистом, но в то же время входил в организацию «стариков», которые тогда практически не имели разногласий с Ульяновым.
Согласие по публикации марксистской газеты за границей было достигнуто. После этого Потресов отправился к русским социал-демократам за рубеж, чтобы провести подготовительную работу. А через некоторое время Ульянов получил тысячу рублей. Данной суммы хватило для начала деиствий. Эти и следующие платежи проходили через А. М. Калмыкову: очевидно, часть суммы предназначалась непосредственно ей. Вскоре Ульянов поехал за границу, он уезжал с официального разрешения, получив заграничный паспорт от псковского губернатора. В самую последнюю минуту, однако, план чуть не рухнул: Ульянов посетил Петербург (что не имел права делать) и там был арестован. Но его быстро освободили, и 29 июля 1900 года он уехал в Германию. В. Л. Бурцев, лучший знаток истории тайной полиции в России до 1917 года, полагал, что Департамент полиции разрешил Ульянову выехать за границу, преследуя свою определенную цель. Идея основать марксистскую газету за границей представлялась Департаменту полиции выгодной для разжигания конфликта с террористической организацией народников, как раз в это время поднимавшей голову. Относительно последней полиция имела сведения от Азефа, находившегося в кругах народников и одновременно, с 1893 года, служившего в Департаменте.
Во второй половине августа Ульянов прибыл в Швейцарию для совещания с группой «Освобождение труда». Участие в проекте этой наиболее авторитетной русской социал-демократической организации было необходимо для успеха предполагаемого издания. Но совещание Ульянова с группой чуть не кончилось к