Причиной поражений Красной армии были не только неорганизованность ее полупартизанских частей и нехватка вооружения, но и паралич путей сообщения, мешавший вовремя подвозить на фронт необходимые припасы (даже если последние имелись в наличии). Та же причина не позволяла снабжать продовольствием и топливом крупные города, которые зимой 1918 года буквально вымирали от холода и голода. Нехватка паровозов и вагонов, повреждение путей, но прежде всего плохая организация работы Наркомата путей сообщения вели к тому, что зерно и мясо из Сибири, соль с Урала, уголь из Донбасса не могли попасть в центральные районы страны. Возглавлявший наркомат ветеран революции Владимир Невский (Кривобоков) не имел никакого опыта руководства промышленностью. Семнадцатого марта 1919 года на его место был назначен Красин, на которого возлагалась почти невыполнимая задача — навести порядок на железных дорогах. При этом он по-прежнему возглавлял Чрезкомснаб, несмотря на жалобы Ленину, что такое совмещение обязанностей непосильно для любого человека. Девятого июля Совет обороны учредил должность Чрезвычайного уполномоченного Совета обороны по снабжению Красной Армии и Флота (Чусоснабарм), которым был назначен А. И. Рыков. Чрезкомснаб фактически вошел в состав нового ведомства, а официально был упразднен 4 октября — только тогда Красин смог вздохнуть спокойнее. А ведь он был членом еще десятка всевозможных комитетов и комиссий, включая созданный по его инициативе Центральный электротехнический совет.
С давних пор он, как и Ленин, был убежденным сторонником электрификации, которую считал основой промышленного развития страны. Возглавив ЦЭС 17 октября 1918 года, он уже 19-го провел первое заседание совета, куда включил около 30 инженеров и ученых. Именно под его руководством были составлены первые планы электрификации, из которых позже вырос знаменитый ГОЭЛРО, — именно Красин убедил его главного разработчика Г. Кржижановского, старого революционера, отошедшего на время от политики, снова включиться в работу. Но главным стало другое назначение: 13 ноября Леонид Борисович стал народным комиссаром торговли и промышленности, сменив на этом посту польского коммуниста Мечислава Бронского, плохо знавшего не только экономику, но и русский язык. Уступив промышленность ведению ВСНХ, Красин попытался заняться реанимацией торговли, прежде всего внешней, о чем речь впереди.
На посту наркома путей сообщения, как и на всех других, он попытался заложить под свою работу научную базу. Первого сентября 1919 года он учредил совет экспертов при научно-техническом комитете НКПС, от которого ежемесячно получал рекомендации по улучшению функционирования транспорта. Однако результата это не дало, как и вся его деятельность на этом посту — обеспечением работы железных дорог часто приходилось заниматься Троцкому как главе Реввоенсовета. В конце Гражданской войны, когда Красину пришлось все больше внимания уделять оживающей понемногу торговле, Троцкий сменил его в должности наркома путей сообщения — это случилось 23 марта 1920 года. Применяя в управлении железными дорогами такие же жесткие меры, как на фронте, он сумел в короткий срок добиться значительно лучших результатов, чем Красин. Но в целом роль последнего в победе Красной армии была чрезвычайно велика, хотя о ней редко вспоминают — благодаря его усилиям как главного снабженца эту армию удалось одеть, обуть и вооружить.
Ленин, давно знавший о способностях Красина, забыл про былые разногласия с ним и привлекал его к решению самых сложных задач. Г. Соломон привычно пишет об этом в негативных тонах: «Ленин, занятый „высшими вопросами“, был в восторге от работы Красина в сферах, ему лично недоступных по незнанию, и таким образом, он в лице Красина имел практика-спеца по всем хозяйственным, административным и политическим вопросам. Но в то же время Ленин и опасался Красина, считая его оппортунистом и „липовым“ коммунистом… И действительно, первое время Красин и не старался скрывать, что был таковым, борясь за умерение стопроцентного коммунизма, к которому он продолжал относиться в высокой степени отрицательно. На этой почве у него с Лениным было много трений. Нагромождая на него одну за другой всевозможные высшие функции, Ленин осторожно запутывал Красина в сети коммунистической, не за страх, а за совесть, политики и, если можно так выразиться, сделал его соучастником всех преступлений советского режима» (о своем участии в этих «преступлениях» мемуарист скромно умолчал).
В более доброжелательном ключе выдержаны воспоминания Семена Либермана: «Ленин ценил в нем, прежде всего, синтез настоящего большевика с хозяйственным специалистом: это было то, чего он напряженно искал и долго не мог найти. <…> Ленин стал постепенно направлять к Красину на разрешение все вопросы внешней и внутренней экономики, а затем начал привлекать его и к обсуждению общеполитических проблем. Высокая оценка Красина Лениным была очень скоро принята всей коммунистической верхушкой.
— Наш Леонид Борисович, — говорили ответственные коммунисты, — тоже спец; но спец не чужой, не буржуазный, а твердокаменный большевик».
Конечно, «твердокаменным» он не был, о чем свидетельствуют письма жене. Там по-прежнему встречаются критика в адрес партийных лидеров и неуверенность в их победе. Когда Добровольческая армия начала наступление на юге, он 18 мая 1919 года написал жене: «Можно было ждать прекращения войны ранней весной <…> но Антанта решила попробовать задушить нас во что бы то ни стало, и на скорое окончание этой борьбы рассчитывать еще нельзя». Он предвидел возможность сдачи Москвы, переезда в другой город и даже эмиграции, хотя и оговаривался: «Лично моя деятельность такова, что я даже от людей иного политического лагеря постоянно получаю всякие заверения, но возможно ли все их считать за чистую монету?» Он писал, что, пока продолжается «взаимное истребление», возвращение его семьи в Россию невозможно точно так же, как доставка в центр нефти из Баку и реконструкция шахт в Донбассе. В том же письме он отмечает, что вполне допускает захват Петрограда белыми, но не слишком переживает по этому поводу: «Уже много месяцев Петроград ничего не дает стране, а кормить там надо свыше миллиона душ. Политически потеря, конечно, очень тяжела, но военного значения она иметь не может». Здесь Красин рассуждает как государственный деятель, полностью отождествляя себя с Советской властью, хоть и открещиваясь порой от «идиотизма» ее руководителей.
Красин в детской книжке Н. Агнивцева «Твои наркомы у тебя дома». 1926 г.
Гораздо больше военных поражений его волнует нехватка продуктов и топлива, обещавшая доставить много проблем следующей зимой: «В прошлом году мы еще дожигали остатки минерального топлива, а потому дров и отопления было относительно много, теперь же минерального топлива не осталось абсолютно, заготовка дров из-за продовольственных и транспортных затруднений ничтожна, и города роковым образом осуждены на замерзание в самом ужасном и непереносном смысле слова». Ко всем этим проблемам добавлялось быстрое обесценивание советских денег — «совзнаков», из-за которого Красин потерял возможность помогать семье и волновался о ее материальном положении. При этом он, как обычно, успокаивал родных насчет собственного положения, уверяя, что благодаря своему статусу живет гораздо лучше большинства москвичей: «Питаюсь я хорошо, благодаря, конечно, возможности пищу получать в казенной столовой, хотя и далеко не шикарной в кулинарном отношении, но всегда с хлебом и свежей провизией. <…> По части сахара и чая я лично еще не садился на мель, но большинство москвичей чаю уже не имеют и пьют вместо него под тем же названием поджаренную рожь, морковь, липовый цвет и даже брусничный лист. Чай стоит сейчас 800 руб., сахар 200 руб. за фунт, но и за эту цену не всегда можно их иметь»
В результате инфляции прожиточный уровень в Москве составлял 30 тысяч рублей в месяц, но и эта сумма обеспечивала только полуголодное существование. При этом купить на эти деньги что-то было очень трудно: магазины не работали, и снабжение осуществлялось по карточкам в зависимости от социального статуса — «буржуи», к которым причислялись и научно-технические специалисты, отоваривались по самой низшей норме. Достать продукты можно было только на черном рынке или в сельской местности, причем там и там их не покупали за обесцененные «совзнаки», а выменивали на вещи или ценности. Объясняя жене причины всеобъемлющего кризиса, Красин уже не говорил об «идиотизме» большевиков, возлагая главную вину на две войны и две революции. Миллионы молодых мужчин погибли, а немалая часть оставшихся была занята взаимным истреблением и оторвана от созидательного труда.
Позже, в 1925 году, он подсчитал, что в 1913 году национальный доход России составлял 15 млрд. золотых рублей в год (90 рублей на душу населения), а в 1919 году он упал до 4 млрд. (24 рубля на душу). Хотя после войны экономика стала быстро восстанавливаться, в 1923 году национальный доход все еще не превышал 5,5 млрд. золотых рублей. При этом главной причиной такого падения Красин считал не революцию и вызванную ей Гражданскую войну, а иностранную интервенцию. На брестских переговорах он сам был свидетелем стремления немцев максимально ограбить и ослабить Россию, вывезя из нее все хоть сколько-то ценное, и так же вели себя в оккупированных районах армии Антанты. В конце 1920 года Советское правительство, отвечая на требования бывших союзников выплатить им примерно 14 млрд. золотых рублей довоенных долгов и военных кредитов, а также стоимость национализированной после революции собственности, предъявило встречные претензии почти на 50 млрд. золотых рублей — эту цифру никто не мог ни подтвердить, ни опровергнуть. Возмещения не получили и владельцы «Сименс-Шуккерта», о чем Красин мог сожалеть, как бывший топ-менеджер компании, но безусловно приветствовал как советский нарком.
В письме от 17 августа 1919 года он был уже более оптимистичен, чем в мае, считая, что у большевиков есть все шансы на победу, несмотря на сохраняющиеся трудности. Он писал: «Страна… истощена и измучена, война же пожирает все: продовольствие, топливо, ткани, металл, наконец, рабочую силу. Надо еще удивляться, как при таких условиях мы держимся, и совсем неудивительно, что жизнь наша во многом напоминает осажденную крепость, ибо так оно и есть на самом деле, ибо мы осаждены и окружены со всех сторон. Тем не менее войну мы ведем, и есть все основания надеяться, что мы ее выиграем, как ни велико неравенство сил». Свой осторожный прогноз на этот счет он связывал с огромной территорией страны, ее материальными и людскими ресурсами, а также тем, что в ее экономике преобладало сельскохозяйственное производство, что делало коллапс промышленности не столько болезненным для нее.