1876 год принес Кубари новый пятилетний контракт с музеем Годефруа, и он отправился в Микронезию весной того же года. Постоянной базой Кубари стал остров Понапе, Где он построил просторный дом и заложил, вероятно, первый в этом регионе ботанический сад. Это вовсе не значит, что поляк собрался вести оседлый образ жизни. Кубари начал как бы второй раунд исследовательских экспедиций в районе Каролинских островов и посетил крошечные острова архипелага, о которых не слышали даже капитаны судов, плавающих в этом районе Тихого океана. Кубари путешествовал на утлых лодках островитян, на которых прошел тысячи миль по бурному океану. Его можно упрекнуть лишь в получении неполного университетского образования, но ему нельзя отказать в отваге во время путешествий. Эти научные экспедиции в одиночку представляли собой нагромождение опасностей и неудобств, но зато давали возможность для таких наблюдений и исследований, которые во всей их полноте сумели оценить лишь в наше время.
В период, когда Кубари со всей присущей ему энергией расширял «территорию» своих научных исследований и в нем кипели творческие силы, на него словно камень на голову обрушилась весть об одностороннем разрыве «Домом Годефруа» контракта с ним, причем без компенсации. Это произошло в сентябре 1879 г.
Этим грубым разрывом Кубари обязан Веберу, немецкому консулу на Самоа и представителю интересов Годефруа в Океании в одном лице. Этот имперский чиновник, подготавливавший недалекий уже выход немецкого государства в Тихий океан и аннексию послеиспанской Микронезии, не выказывал сочувствия науке. И когда «Дом Годефруа» в конце 70-х годов начал приходить в упадок, Вебер тотчас уволил Кубари, поскольку господин консул составил себе не самое лучшее мнение о моем земляке на основе всякого рода доносов. Он не мог ему простить сближения с местными жителями, защиту их интересов при контакте с белыми торговцами, а также, возможно, польское происхождение. Консулу, конечно, было известно, что Кубари написал в варшавском «Тыгоднике иллюстрованом» об интересах немецких торговцев на Самоа; принимал участие в съезде польских врачей и естественников; ощущал себя поляком и мечтал, чтобы его похоронили на берегах Вислы.
Разрыв контракта поставил польского исследователя в чрезвычайно трудное положение. Он остался практически без средств к существованию и поэтому не мог вернуться в Европу. Ян Кубари, которого весть об увольнении застала на островах Трук, снова на утлой местной лодчонке отправляется домой, на Понапе. Во время этого перехода очередной тайфун (их силу наш исследователь уже не раз ощущал на себе) едва не разрешил все его заботы. Разбитая лодка была выброшена на одном из атоллов Маршалловых островов, далеко от Понапе. Однако наш путешественник все-таки добрался до Понапе и попытался перестроить свой образ жизни, стараясь приспособиться к новым обстоятельствам.
В тот период Кубари уделял много внимания и времени своей плантации, но все напрасно — урожай кокосов, кофе, ананасов и табака не принес дохода, на который он так рассчитывал. В связи с женитьбой положение Кубари становится еще более Тяжким. Расходы его все возрастают. Женой Кубари стала Анна Джелиотт — дочь американского методиста, который в то же время являлся одним из вождей на Понапе. Этот союз еще больше сблизил поляка с островитянами. Вскоре появился на свет сын Бертрам, который, к несчастью, вскоре умер. Материальное положение Кубари все ухудшалось, однако он не оставлял своей научной деятельности. В то время, когда Кубари не мог пользоваться бесплатными переездами на судах Годефруа, он занимался систематизацией материалов и подготовкой их к печати. За этот период исследователь отправил большое количество статей как в польские, так и в европейские журналы (главным образом в немецкие). Таким образом, 1882 год становится для Кубари особенно значительным — это год, когда выходит из печати целый ряд его работ. Приходит окончательное признание заслуг ученого, приходит известность.
К тому же периоду относится бурная переписка, которую Кубари ведет с адресатами из Польши. Из нее видно, как тяжко жилось исследователю без контактов с родным краем, как он тосковал без живого польского слова. В одном из писем, адресованных в варшавский журнал «Пширода и Пшемысл», он писал: «Прежде всего я хотел бы получать какое-нибудь издание о повседневной жизни вечно дорогой мне Варшавы (что-нибудь вроде „Курьера“ или какой-нибудь другой газеты), а затем весьма желательны журналы, знакомящие с обеими проблемами научной жизни в нашей стране („Тыгодник иллюстрованы“)».
Кубари писал, отвечал на письма, получал авторские экземпляры своих работ, доброжелательно принятых научной средой.
И снова удар: ураган уничтожил плантацию Кубари! Наш энергичный исследователь решился на смелый шаг — он отправился в Японию искать работу в Этнографическом музее в Токио, но там нашел лишь краткий приют. Печально было его возвращение на Понапе через Гонконг и Гуам.
На Понапе его ожидал сюрприз — письмо с предложением приступить к работе для музея в голландском городе Лейдене. Это письмо — дань уважения, каким Кубари пользовался среди людей науки, многолетнюю дружбу которых он снискал, несмотря на огромное расстояние, разделяющее их. На этот раз места для него добился доктор Шмельтц, высоко ценивший способности и деятельность Кубари. Обрадованный тем, что снова серьезно сможет заняться научной работой, Кубари влез в долги и по желанию будущего работодателя отправился на Палау. Он работал там с энтузиазмом, собирал коллекции, писал. Но его подстерегал еще один удар: в следующем письме доктор Шмельтц сообщал, что музей отказался подписать контракт под влиянием мнения немецких путешественников, которые обвиняют Кубари в расточительстве и излишнем сближении с местными жителями. Стрелка судьбы Кубари падает до нуля. На этот раз его положение становится еще более тяжелым. Поляк уже не один: у него на руках жена и только что родившаяся дочь Изабелла. Хорошо, что белый рупак снова жил на Палау, где жители неизменно выказывали ему доброжелательство и уважение. Поэтому Кубари не умер с голоду и по привычке продолжал собирать научный материал. Его угнетало отсутствие денег на книги, одежду и другие потребности европейца. Кубари с головой погрузился в работу. На Палау он написал несколько ценных трудов.
Его упорство получает вознаграждение. Дают себя знать старые научные и дружеские связи — Этнографический музей в Берлине предлагал ему подписать договор. Период нужды остался позади, будущее представляется многообещающим. Кубари написал свою первую книгу «К вопросу об этнографии Каролинского архипелага» (эта работа вышла в 1895 г. на немецком языке). Получив некоторую материальную независимость, Кубари стал методично вести дальнейшие полевые исследования. Он посетил мелкие острова архипелага, на Япе продолжил изучение «денежной системы» острова, собрал для Берлина огромное количество экспонатов, много работал. Ничто не предвещало катастрофы, но она все же вскоре разразилась: Берлинский музей безоговорочно разорвал контракт, ссылаясь на якобы неподходящий стиль работы исследователя, унижающий достоинство представителя немецкой науки, руководство музея также было недовольно сближением ученого с местным населением и т. п. С мая 1885 г. Кубари остался без работы и без денег. Эти долгие месяцы стали для него настоящим кошмаром. Он решил, что теперь ему уже никогда не удастся заняться научной деятельностью.
Отстраненный от любимой работы, Кубари волей случая становится свидетелем значительного по тем временам события. В августе 1885 г. король Испании, обеспокоенный проникновением в этот район европейских держав, в частности Германии, издал приказ об официальной аннексии Каролинских островов. Была назначена точная дата, и, наверное, все прошло бы в соответствии с планами, если бы днем раньше не пришло немецкое судно, которое осуществило акт присоединения острова Яп к Германии. Разыгрался такой мощный дипломатический скандал, что папе Льву XIII пришлось мирить враждующие стороны. В результате переговоров Германии были предоставлены в этом районе широкие торговые права, а Каролинские острова формально приписаны Испании.
Месяцем позже в жизни Кубари внезапно произошел решительный поворот. Со специальной миссией к острову подошел немецкий военный корабль «Альбатрос» под командованием капитана М. Плюддеманна. Этот офицер нанял Кубари в качестве переводчика и забрал на корабль всю его семью. «Альбатрос» посетил один за другим ряд Центральных и Восточных Каролинских островов (в том числе Понапе) и в каждом случае совершил аннексию острова с поднятием немецкого флага и артиллерийским салютом. Эта колонизаторская деятельность Плюддеманна и его корабля, разумеется, не делает чести Кубари, который всегда сходил на берег как переводчик и представлял империалистические интересы Германии. Однако причину такого поступка талантливого ученого следует искать в его 0тчаянном материальном положении.
После завершения миссии «Альбатроса» Кубари с семьей добрался на борту этого корабля до Меланезии, точнее говоря, до Новой Британии, расположенной поблизости от Рабаулу. Здесь поляк получил на два года место надсмотрщика на кокосовой плантации немецкого консула Гернсхайма. Это был последний творческий период в жизни Яна Станислава Кубари. Именно здесь увидели свет его последние работы.
В 1887 г. Кубари и его семья переехали на Новую Гвинею в окрестности Константингафена, на побережье залива Астролябия. По контракту с немецкой Компанией Новой Гвинеи он работал там в качестве начальника торговой станции, т. е. по роду деятельности стал скорее лавочником, чем ученым. Больше для собственного удовольствия, чем в целях научного исследования, Кубари стал собирать коллекции в области орнитологии, природоведения и этнографии. Такое положение сохранялось до конца 1891 г. Несмотря на хорошее состояние дел на станции, возглавляемой поляком, Компания Новой Гвинеи контракта с ним не возобновила. Неблагоприятный климат в районе бухты Астролябия сильно подорвал здоровье Кубари: у него участились приступы малярии.