В 1858 г. в ответ на разрушение русскими войсками укреплений Пишпек и Токмак кокандский хан объявил России священную войну (газават) и в октябре 1860 г. двинул на город Верный. Однако его войска были разбиты русской армией, после чего под власть империи перешло все Семиречье, а в 1863 г. и прежде зависимые от Коканда киргизские земли севернее Тянь–Шаня. Летом 1864 г. русские захватили Чимкент, а в мае 1865 г. — Ташкент. Бухарский эмир, противодействуя Петербургу, посадил в Коканде своего ставленника, но сам был разбит русскими войсками, после чего Россия в 1866 г. заняла Ходжент, Ура–Тюбе и Джизак, тем самым отрезав Коканд (который был вынужден заключить с империей кабальный договор) от Бухары.
В 1868 г. войска бухарского эмира были снова разбиты, после чего русские овладели Самаркандом и крепостью Катта–Курган. После следующего поражения эмир был вынужден согласиться на мирный договор, по которому часть его земель переходила к России, а сам он признавал себя вассалом царя, предоставляя россиянам свободу предпринимательской деятельности в границах своих владений.
Покорение Бухарского эмирата сделало Российскую империю господствующей силой во всем Западном Туркестане. Но независимость еще сохраняла Хива, установить контроль над которой Россия пыталась еще со времен Петра I. К началу 70‑х гг. XIX в. владения империи окружали Хивинское ханство с трех сторон. Весной 1873 г. русские войска под командованием К. Кауфмана начали наступление на Хиву, и 29 мая город капитулировал. По мирному соглашению от 12 августа 1873 г. хивинский хан признал себя вассалом российского императора, отказался от самостоятельной внешней политики, обязался выплатить контрибуцию, передал России свои владения на правом берегу Амударьи и предоставил русским предпринимателям право свободно вести дела на подвластных ему территориях.
Вместе с тем обострялось недовольство зависимостью от России и усилением налогового давления в Коканде. В 1873 г. против хана восстали киргизы Ферганы и предгорий Памира, жители кишлаков и аулов, которых поддержали мусульманское духовенство и оппозиционная часть знати. Несмотря на действия правительственных войск восстание распространилось по всему государству и 1875 г. хан бежал, а русские войска заняли Фергану и в сентябре 1875 г. вошли в Коканд. Оказывавшие им сопротивление повстанцы были разбиты. 19 февраля 1876 г. Кокандское ханство было официально упразднено, а на его землях создано Ферганскую область в составе Туркестанского генерал–губернаторства. Под юрисдикцию России перешли и ранее подвластные Коканду киргизские племена и роды, жившие в Ферганской долине и на Памире.
Покорение Хивы и присоединения Ферганы предоставило России возможность сосредоточить усилия на завоевании Закаспийской территории, заселенной туркменами. В 1881 г. русские войска овладели Геок–Тепе и Ашгабатом. В том же году была организована Закаспийская область в составе Кавказского наместничества. В 1884 г. к ней присоединены занятые русскими войсками Мервский и Тедженский оазисы, а в 1885 г., после победы над афганцами на Кушке — и Пендинский оазис. Все это, а в особенности взятие Мерва, поставило Россию на грань войны с Британской империей, которую беспокоила возможность дальнейшего наступления россиян в сторону Индии, но дело удалось решить дипломатическими путями, и новые границы Российской империи были признаны Великобританией и Афганистаном. Демаркация границы завершилась в 1887 г. Таким образом, к концу XIX в. под власть России перешла вся территория западной части Центральной Азии до границ с Ираном и Афганистаном на юге.
В 1865 г. на захваченных землях создана Туркестанская область, реорганизованная затем в Туркестанское генерал–губернаторство с центром в Ташкенте. В его состав входили Самаркандская, Семиреченская, Сырдарьинская и Ферганская области, которые возглавляли военные губернаторы. Области были разделены на уезды, управление которыми сосредоточивалось в руках уездного начальника, при котором было два помощника: старший (из россиян) и младший (из местного населения). Уезды делились на волости с волосными начальниками, а волости — на аулы с аульными старостами. Эти начальники и старосты избирались из местного населения, как и судьи, которые разбирали внутренние дела по обычному праву. Под контролем генерал–губернатора фактически находились также Бухарский эмират и Хивинское ханство, где сохранялось прежнее административное деление и традиционное право.
Во время организации Туркестанского генерал–губернаторства и его областей национальный фактор практически не учитывался. В Самаркандской и Ферганской областях основными народами были узбеки и таджики, притом что таджики составляли большинство населения таких значительных городов, как Бухара, Самарканд и Ходжент. В городах возрастало количество восточных славян, армян, евреев, немцев, а в Ферганской области — в значительном количестве жили киргизы. В Сырдарьинской области основными народами были узбеки и казахи, в Семиреченской — казахи и киргизы при большем, чем в других областях генерал–губернаторства, проценте русских и украинцев (преимущественно колонистов–казаков и крестьян). Такими же пестрыми в этническом отношении были Бухарский эмират (основная масса жителей — узбеки и таджики) и Хивинское ханство (узбеки, каракалпаки, туркмены).
Основная масса населения Туркестана прочно стояла на позициях ислама. Однако российское господство в западной части Центральной Азии, кроме прочего, способствовало зарождению в общественном сознании народов региона светского, внеконфессионального мировоззрения, враждебного по отношению как к традиционной системе ценностей, так и к колониальному правлению. Объективно это способствовало актуализации национального сознания — с его дальнейшей конкуренцией с конфессиональными, сословными и земляческими формами самоидентификации.
Это, в частности, было характерно для казахов, для которых, в отличие от узбеков или таджиков, мусульманская самоидентичность не была столь важной, а национально–этническая составляющая самоидентификации могла опираться на традиционное родоплеменное деление. Но реально национально–демократическое движение охватывало лишь просвещенную, количественно незначительную часть казахского общества. Иные формы демократическое движение приобрело в среде узбеков и таджиков. Восприятие импульсов со стороны русской народнической традиции и знакомство с европейскими ценностями способствовало распространению здесь новых идейных течений.
В целом же, накануне потрясений 1917–1920 гг. подчиненные России народы Центральной Азии еще не имели сколько-нибудь выразительных национально–государственных идеологических течений и направлений. В их среде распространялись, с одной стороны, антиколониальные настроения (общемусульманского и, отчасти, пантюркистского характера), а с другой, но в гораздо меньшем масштабе, — демократическо–народнические взгляды, оппозиционные по отношению к традиционалистско–клерикальному местному общественному порядку. Как первые, так и вторые в значительной мере стимулировались давлением со стороны Российской империи. Но если первые были реакцией на русское господство, то вторые, наоборот, формировались под решающим влиянием русской демократическо–народническо–социалистической интеллигенции, на идейный уровень которой и ориентировались местные демократы. Все это обусловило раскол среди социально активной части представителей народов Центральной Азии в последующие годы.
Таким образом, Туркестан уже более двенадцати столетий в цивилизационном отношении представляет собой гомогенный мусульманско–суннитский, ирано–тюркский в этноязыковом отношении регион. Исламская идентичность была для местного населения первичной, гораздо более важной, чем этноязыковая. Поэтому не удивительно, что с оживлением культурной жизни в начале XX в. население западной части Центральной Азии консолидировалось не по этноязыковым или классовым признакам, а именно согласно мусульманской идентичности. После провозглашения царского манифеста от 17 октября 1905 г. активизировалась работа относительно формирования в России общемусульманских политических структур, и в конце того же года состоялся 1 Общероссийский съезд мусульманских народов России. На нем была создана первая объединенная политическая партия русских мусульман — «Иттифак» во главе с лидером крымских татар И. Гаспринским. О солидарности народов ислама в рамках Российской империи говорит и тот факт, что в составе всех четырех государственных дум существовала мусульманская фракция, в которую входили все депутаты–мусульмане независимо от национальности.
Мусульманско–тюркская идентичность являлась наднациональным фактором, хотя некоторое распространение в регионе пантюркистских идей под влиянием турецкой пропаганды накануне и во время Первой мировой войны способствовало некоторому обособлению от основной тюрко–исламской массы таджиков, последствия чего сказались в 1920‑х гг.
Становление национально–государственных образований Средней Азии и Казахстана в советский период(Ю. В. Павленко, Б. А. Парахонский)
Февральская революция 1917 г. для населения туркестанских и казахстанских областей была полной неожиданностью, хотя неструктурированные политические силы разных направлений уже начали консолидироваться. Первой местной партией стала созданная в марте 1917 г. в Ташкенте Шур–и–Ислам (Исламский совет). В ней объединились преимущественно представители мусульманской интеллигенции либерального направления, а также местные предприниматели, землевладельцы, представители исламского духовенства. Уже в конце марта филиалы этой организации были созданы в большинстве городов Западного Туркестана.
Шур–и–Ислам поддерживала Временное правительство, выступая за автономию и самоуправление Туркестана в составе России. В скором времени возникли и начали быстро обостряться разногласия между умеренно–исламистским, либерально–демократическим крылом джадидов и клерикалами–консерваторами, представлявшими большую часть духовенства и феодально–байскую аристократию. Последние вышли из состава Шур–и–Ислам в июне 1917 г. и создали собственную панисламистскую организацию Шура–и–Улем (Совет духовенства). Ее руководители взяли курс на провозглашение полной независимости Туркестана в виде отдельного мусульманского государства под эгидой Турции, о чем было заявлено на съезде в сентябре 1917 г. Шура–и–Улем идейно ориентировалась на доктрину панисламизма. Среди значительной части ее представителей, главным образом узбеков, начинал приобретать популярность и пантюркизм, неприемлемый для таджиков. Ни Шур–и–Ислам, ни Шура–и–Улем не считали себя национальными организациями и на самом деле таковыми не были.