На IV Чрезвычайном краевом съезде мусульман 26–29 ноября (9–12 декабря) 1917 г. в Коканде был создан Туркестанский временный совет и Временное правительство Туркестанского края (Кокандская автономия). Совет не признал власти большевистских советов и вошел в контакты с правительствами Бухары и Хивы, а также с уральским казацким атаманом А. Дутовым. Началось формирование вооруженных отрядов, позднее ставших основой местного движения сопротивления (басмачество — от тюрк, басмак — атаковать, неожиданно нападать). Создание Кокандской автономии мотивировалось не национальными соображениями, а стремлениями мусульман противостоять большевистской власти.
Вместе с тем консолидировались и силы просоветской ориентации, которые опирались почти исключительно на русскоязычное население края. В Туркестане, кроме нескольких тысяч чиновников, офицеров, инженеров, врачей, учителей и предпринимателей, оно состояло приблизительно из 20 тыс. промышленных рабочих (преимущественно на фабриках по переработке хлопка) и 40 тыс. работников железной дороги. Кроме того, в крае были размещены русские войска, рядовой и унтер–офицерский состав которых был склонен к восприятию большевистской пропаганды, в особенности антивоенных лозунгов.
В ноябре 1917 г. власть в Ташкенте перешла к местному совету рабочих и солдатских депутатов, а III Краевой съезд советов провозгласил установление советской власти на всей территории Туркестана и избрал Туркестанский совнарком. Преодолевая сопротивление исламистов весной 1918 г. власть большевиков была установлена во всех областях Туркестана (впрочем, в Закаспийской она была вскоре ликвидирована) и V съезд Советов Туркестанского края 30 апреля 1918 г. провозгласил создание Туркестанской АССР в составе РСФСР.
Но сопротивление местного населения набирало силу, и осенью 1919 г. под контролем мусульманских отрядов оказалась практически вся территория Ферганы. В то же время красным войскам Туркестанского фронта удалось прорвать блокаду и по железной дороге Оренбург — Ташкент соединиться с силами Туркестанской советской республики, взяв под свой контроль большую часть Семиречья. В апреле–июле 1919 г. части Красной армии перешли в наступление с востока в сторону Каспия и в мае завладели Мервом, в июле — Ашгабатом, а 6 февраля 1920 г. вошли в Красноводск, установив таким образом полный контроль над Закаспийской областью. После этих побед М. Фрунзе сосредоточил силы против повстанцев Ферганской долины и весной 1920 г. занял большую ее часть, завладев всеми основными городами.
После Февральской революции политические процессы активизировались и в Казахстане. В июле 1917 г. на I Всекиргизском (казахском) съезде была образована партия Алаш мусульманского и пантюркистского направления, выдвинувшая лозунг автономии Казахстана в составе обновленной России. В декабре 1917 г. в Оренбурге собрался II Всекиргизский съезд, который создал собственное правительство — Алаш–орду во главе с А. Букейхановим. Это правительство организовало свои филиалы в Уральской, Тургайской, Акмолинской и Семипалатинской областях, создало собственные вооруженные формирования, состоявшие из этнических казахов, и установило теснейшие контакты с Кокандским правительством. Во время гражданской войны алашордынские силы совместно с белыми частями А. Колчака и казаками А. Дутова сражались против красноармейских частей, но потерпели поражение. В марте 1920 г. алашордынское правительство было ликвидировано. Но идея национальной государственности на протяжении 1917–1919 гг. вошла в сознание казахов. 4–12 октября 1920 г. на съезде Советов в Оренбурге была провозглашена Киргизская (с 1925 г. Казахская) АССР в составе РСФСР.
После установления большевистской власти в туркестанских и казахстанских областях на очереди стало покорение Хивы и Бухары. Первым пала Хива, которой красные овладели 2 февраля 1920 г. 26 апреля того же года на ее основе была провозглашена Хорезмская народная советская республика. Фактически же был установлен оккупационный русско–большевистский режим, подписавший 13 сентября с РСФСР союзный договор.
За Хивой наступила очередь Бухары. 2 сентября 1920 г., после шквального обстрела, Бухара была взята, а последний эмир бежал в Афганистан. 8 октября 1920 г. была провозглашена Бухарская народная советская республика, а 4 марта 1921 г. между нею и РСФСР был заключен союзный договор. Так было завершено второе завоевание Восточного Туркестана россиянами, на этот раз — большевиками. Однако во многих, преимущественно гористых областях партизанское (басмаческое) движение не прекращалось до конца 30‑х гг. Терпя поражения от численно превосходящих и куда лучше вооруженных сил красноармейцев повстанческие отряды отходили на территории Синьцзян–Уйгурии, Афганистана и Ирана, чтобы, оправившись, вновь нападать на подконтрольные большевикам территории. Продолжительное сопротивление чужой власти сформировало в местном населении соответствующие традиции исторической памяти и ценностные ориентации. Это, в частности, проявилось в ходе таджикского конфликта 1990‑х гг.
Советская власть сначала заняла относительно мусульманских народов довольно лояльную позицию. Подчеркивалось уважение к традициям, осуждался царский колониализм, декларировалось право мусульманских народов на свободное исповедание их веры и сохранение привычного уклада жизни. Мусульманам возвращались конфискованные царским правительством культовые сооружения. Более того, большевики старались убедить население, что коммунизм и шариат не противоречат друг другу, поскольку обоим учениям присущи лозунги социальной справедливости и взаимопомощи. И эти шаги имели определенный успех: даже часть не очень просвещенных, но демократически настроенных мулл выдвинула лозунг: «За советскую власть, за шариат!».
Решением ЦК от 18 мая и Среднеазиатского бюро ЦК РКП (б) от 20 мая 1922 г. были восстановлены упраздненные накануне суды шариата, возвращены конфискованное вакуфное имущество и мечети. В Ташкенте из представителей духовенства было создано Духовное управление (Махкам–и–Шария) мусульман Туркестана, возглавленное известными деятелями ислама (обратной стороной этой акции было установление большевистского контроля над религиозной жизнью Туркестана). А в декабре 1923 г. было проведено совещание местных коммунистических деятелей и мусульманского духовенства под лозунгом: «Советская власть не противоречит исламу».
О том, что большевики с самого начала рассматривали мусульман как гомогенное социально–политическое целое свидетельствует тот факт, что созданный при Наркомнаце мусульманский комиссариат, в отличие от западных комиссариатов, формировавшихся по национальному признаку (литовский, белорусский, польский и т. п.), был создан по конфессиональному принципу и ориентировался на работу среди мусульман как таковых.
К моменту провозглашения СССР подконтрольная большевикам Центральная Азия состояла из Киргизской (Казахской) АССР и Туркестанской АССР, входивших в состав РСФСР, а также Хорезмской и Бухарской народных советских республик, которые имели с РСФСР союзно–договорные отношения. Границы этих образований в целом совпадали с дореволюционным территориальным делением. Политические соображения и необходимость экономического планирования обусловили создание в 1922 г. Среднеазиатского бюро ЦК РКП (б), призванного отвечать за проведение преобразований в регионе. Проблема административной реорганизации региона состояла, прежде всего, в определении базовых принципов ее осуществления — исламско–тюркского и этнонационального.
Первый подход исходил из имевшегося в пределах Туркестана этноконфессионального и социокультурного единства населения, которое было в большинстве своем (кроме таджиков) тюркоязычным. До 1920‑х гг. между таджиками и узбеками, которые, особенно в больших городах, традиционно проживали вместе, трений на национальной почве практически не происходило, а среди тюркоязычных народов границы между этносами были вообще довольно условными. Преобладало осознание конфессионального, макроэтнического и территориального единства. За единство выступали и мусульманские лидеры, и местные политические авторитеты: большевики и лояльные к новой власти вожди.
Общетуркестанский вариант административного устройства с дальнейшим областным делением имел основания и при определенных условиях мог быть реализован. Тем не менее, руководство в Москве и местных автономий избрало второй подход — национально–государственное размежевание. Такое решение не имело достаточного социально–экономического обоснования и исходило из политических соображений. Опыт гражданской войны и борьбы с басмаческим движением показал, сколь сильным может быть сопротивление местного населения при условии его консолидации на основе общемусульманской идентичности. Поэтому большевики были заинтересованы в расщеплении местных сил методом не только классового, но и этнонационального деления.
Создание республик по национальному критерию и частичная передача власти представителям местных, поддерживавших большевиков территориально–клановых группировок, с одной стороны, должно было спровоцировать конкуренцию между республиками, споры между которыми могла решать только Москва, а с другой — содействовать выдвижению на первый план этнонациональной идентичности в качестве альтернативы доминирующей, конфессиональной, общей для всего местного населения — мусульманской.
При совместном проживании на обширных территориях представителей различных народов территориальное деление по принципу численного преобладания одного из них должно было повсеместно создавать проблемы во взаимоотношениях между представителями титульной нации и национальными меньшинствами. Кроме того, разрушение старых административных границ, с которыми традиционно были связаны соответствующие конфессиональные и родовые структуры, схемы межличностных и межклановых отношений (в особенности в Хорезмской и Бухарской республиках) расчищало путь к утверждению новых, большевистско–советских структур и принципов власти и управления.
Большевистский Центр и его представители на местах могли использовать трения между представителями титульного народа, допущенными к управлению республикой, с меньшинствами по принципу «разделяй и властвуй». Разрушение конфессиональной идентичности входило в обший стратегический курс на раскол общемусульманского и пантюркистского движений, вообще — на подрыв и последующее искоренение религиозного сознания. Но, как показали последующие события, национальное сознание, укреплению которого в 1920‑х гг. способствовали сами большевики, оказалось прочнее формально принятой советской идентичности.