Храм никогда не закрывался для богослужения и не был в обновленчестве.
Храм расположен на Славянской площади, в Зарядье, недалеко от Китай-города. Несмотря на значительный уровень культурного слоя (отчасти снят с северо-востока), церковь продолжает определять архитектурный облик Славянской площади. Практически под самым храмом устроен вход на станцию метро «Китай-город».
Первая деревянная церковь на этом месте была построена во времена Дмитрия Донского. В русских летописях под 1365 годом при описании большого московского пожара (получившего впоследствии название Всесвятского), церковь Всех Святых упоминается как уже существующая. По другой версии самая известная в Москве Всехсвятская церковь одна из древнейших в городе, была основана, по преданию, великим князем Дмитрием Донским: вернувшись с победой с Куликовской битвы в 1380 году, он немедленно приказал построить храм в память о русских воинах, павших на поле сражения. Исторически оправданная версия о значении слова «кулишки» относит его происхождение именно ко временам самого Дмитрия Донского и Куликовской битвы. От названия местности, где состоялось славное сражение русского воинства – Куликова поля – и произошло имя московских Кулишков, Она отнюдь не единственный московский храм, поставленный в память о Куликовской битве и в благодарность за победу. Доподлинно известно, что в память о ней же был возведен собор Рождества Богородицы Рождественского монастыря, который основала вдова участника Куликовской битвы, князя Андрея Серпуховского. И в самом Кремле в 1392 году в благодарность за победу на Куликовом поле появилась церковь Рождества Богородицы с приделом св. Лазаря, основанная великой княгиней Евдокией – как известно, битва состоялась в праздник Рождества Богородицы. Стоит ли говорить, что эта кремлевская чудом уцелела до нашего времени, и является сейчас древнейшим сохранившимся храмом Москвы.
В 1991 году здание было возвращено Русской Православной Церкви.
В 1998 году подворье Александрийской Православной Церкви было перенесено из Одессы в Москву и разместилось в церкви Всех Святых на Кулишках.
Афонское подворье при церкви Никиты за Яузой возобновленное в Москве в 1992 году Новая ограда возведена в 1996. Часовня Пантелеймона Целителя устроена в правой башенке у Святых ворот. С левой стороны ворот – вторая часовня, освященная во имя Силуана Афонского.
Главный монастырский Храм – Церковь Святого Великомученника Никиты на Швивой горке – возведена в камне в XVI веке (первое упоминание в летописи относится к 1476 г., на его месте построен новый каменный храм предположительно 1586 г. или 1595 г.). Позднее, уже в ХХ-м веке, при подворье были построены еще две церкви: Церковь Всех Святых Афонских и Церковь Всех Святых Афонских при братском корпусе. Несмотря на практически одинаковые названия, это две разные церкви, первая – отдельно стоящее здание справа от Храма Великомученника Никиты сразу перед входом в монастырь, вторая – в глубине монастырской территории, в монашеских корпусах.
В предвратных башнях перед Святыми вратами обустроены часовни Святого Великомученника Пантелеймона (левая башня, если смотреть со стороны улицы) и Преподобного Силуана Афонского (правая со стороны улицы).
Крупное здание в византийском стиле выстроено в 1881-83 гг. для афонских святынь, бывших в малопоместительной часовне у Богоявленского монастыря. Освящена 2 июня 1883 г. Принадлежала Русскому Пантелеймоновскому монастырю на Афоне. Закрыта в 1932, через год сломана.
Ивановский монастырь в Замоскворечье упоминается в 1415, к 1514 – приход. Ныне существующий храм поставлен в 1658, возможно, на подклете первой каменной постройки (1515) зодчего Алевиза Нового. В 1758-59 прежняя трапезная заменена новой, выстроена высокая отдельно стоящая колокольня, перестроено в духе барокко венчание церкви. Приделы в трапезной Космы и Дамиана и Николая Чудотворца. Храм закрыт в кон. 1929, вновь открыт в 1992. Приписан к церкви Черниговских Чудотворцев.
Деревянная церковь на месте нынешней упоминается сгоревшей в 1547 и 1629 годах. Старая каменная церковь, стоявшая на месте нынешней, упоминается в летописи в 1639 году. Церковь выстроена по проекту М. Ф. Казакова в 1791–1793 годах (отделка закончена к 1803 году) на месте древней обветшавшей церкви. Строительство велось на средства М. Р. Хлебникова, владельца дома, стоявшего по другую сторону улицы (ул. Маросейка, 17). Церковь обновлялась в 1893 году. С ХVII века по 1922 год отходящий от Маросейки у апсиды церкви переулок назывался по ней Козьмодемьянским (Космодамианским).
Церковь Космы и Дамиана была закрыта в конце 1920-х годов. В ноябре 1929 года вышло постановлено снести ограду под предлогом расширения движения. В начале 1930 годов планировалось снести церковь полностью. Власти разрешили перед сносом провести реставрационную фотофиксацию и обмеры. Церковь устояла. Внутри церкви был устроен склад, а перед ним – пивная. В 1950-е годы пивную сломали. В 1950—1960-х годах внутри размещалась макетная мастерская; в 1965 году – клуб автомототуристов. В 1958 году на фасадах церкви была проведена научная реставрация, восстановлены золочёные главы и кресты. Интерьер храма тогда так и остался перестроенным. В 1972 году вокруг церкви была возведена новая ограда, по образцу прежней, но не вполне её повторяющая. Тогда же позади храма выстроили высокое административное здание-коробку из стекла и пластика чёрного цвета. В публикациях того времени строительство этого административного здания подавалось как удачное сочетание нового и старого. В 1992 году храм временно передали для размещения библиотеки Академии живописи, ваяния и зодчества. Церковь возвращена Русской православной церкви в 1993 году. Постепенно были разобраны советские перекрытия и восстановлены первоначальные объёмы интерьера церкви. Возведён новый центральный иконостас и восстановлены иконостасы приделов.
Пятиглавый каменный храм на месте сгоревшей деревянной церкви выстроен в 1655–1656. Широкая тёплая трапезная постройки сер. XVII в. Главный престол Рождества Богородицы, приделы Космы и Дамиана, Николая Чудотворца, Сергия Радонежского.
Колокольня (1730–1740-е) отдельно стоящая, в пять ярусов, с оригинальным двухъярусным гульбищем на колоннах. Храм закрыт в кон. 1929, сломан в сер. 1930-х. Замосквореченские церкви Косьмы и Дамиана постигла обычная участь. Одна из них стояла в Кадашах на Большой Полянке, которая в ХVIII столетии по ней именовалась Космодамиановской улицей. Эта церковь с главным престолом во имя Рождества Богородицы была построена еще во времена Ивана Грозного, когда здесь основали Государев Хамовный двор – ткацкую слободу. После революции реставраторы-искусствоведы оценили храм как «не имеющий особого архитектурного значения», и в июле 1930 года он был разобран. С его сломом связана одна из новейших московских легенд. В церкви был уникальный и, говорят, лучший в Москве резной иконостас в стиле барокко, сильно позолоченный. И будто бы органы ГПУ сожгли его, чтобы добыть «чистое» золото – и добыли на 7 тысяч рублей.
Известна с 1625. Первый каменный храм с главным престолом Владимирской Богоматери и приделом Космы и Дамиана возведён в 1657. В 1662 пристроена трапезная с выделяющимся четвериком северного Никольского придела. Шатровая колокольня постройки 1689–1690. Закрыт и сломан в 1-й пол. 1930-х. Церковь Космы и Дамиана в Нижних Садовниках стояла на Садовнической улице (в советское время – ул. Осипенко). В старину здесь жили садовники из Нижней Садовничьей дворцовой слободы Государева сада, который был разбит на Софийке и в районе нынешней Болотной площади. Церковь была закрыта, ограблена и разрушена в 1932 году. Теперь на ее месте – жилой дом.
На Гончарной улице, рядом стояли сразу два слободских Космодамиановских храма. Их так и называли «Старый» и «Новый» – видимо, по времени появления.
Согласно легенде, эти церкви построили два богатых брата. Поссорившись, они разошлись, и один решил выстроить на этой улице, где уже стоял Космодамиановский храм, новую, свою собственную церковь, которая и стала называться «Новой». И освящена она была уже не в честь святых врачей, а честь других Космы и Дамиана, христианских мучеников, погибших за веру в Риме. На самом деле первая («старая») церковь Космы и Дамиана появилась здесь, на Швивой горке, еще в XV веке, когда тут стоял Заяузский Космодамиановский монастырь, «что на Вражке» – небольшой овражек проходил с южной стороны церкви, которая, видимо, поначалу была соборным храмом древней обители. Этот монастырь вместе с Заяузской слободой завещал в своей духовной грамоте жене и детям князь Иван Патрикеев в 1498 году. Самостоятельная приходская церковь Космы и Дамиана появилась здесь примерно в конце XVI века, возможно, после упразднения монастыря. Она точно известна с 1657 года, когда в ней устроили придел св. митрополита Филиппа. После очередного пожара в 1773 году церковь была восстановлена тщанием богатого прихожанина, фабриканта Луки Девятова. Угловой с Гончарной улицей 3-й Котельнический переулок, выходящий к Москве-реке, тогда назывался Старокосмодамиановским. А соседний 2-й Котельнический переулок до революции именовался Новокосмодамиановским – соответственно по храму «Нового». В 1933 году его сломали и руины встроили в обычное городское сооружение, превратив старинную церковь… в шестиэтажный дом. На него можно «полюбоваться», гуляя по Гончарной улице, которая с 1919 года и до недавнего времени носила имя большевика Володарского.