13 июля подводная лодка возвратилась в Ленинград. 18 августа 1944 года, при выходе в Боевой поход, М-96 легла на грунт в ожидании сумерек. Начался шторм, в результате удара о грунт подводная лодка повредила киль, и ей пришлось вернуться в Кронштадт на ремонт.
В свой последний Боевой поход с задачей разведки минных заграждений в Нарвском заливе М-96 вышла 7 сентября 1944 года. На борту подводной лодки в качестве обеспечивающего в море вышел оператор Бригады подводных лодок капитан 2 ранга Н.Н. Бутышкин. В базу подводная лодка не вернулась. Вероятно, М-96 погибла, подорвавшись на мине заграждения «Zeeigel» в Нарвском заливе 7–9 сентября 1944 года. Вместе с М-96 погибло 22 подводника.
Подводная лодка М-96 совершила семь Боевых походов, произведена одна безуспешная торпедная атака с выпуском одной торпеды. Вошла в историю как подводная лодка, бывшая первой подводной лодкой, которой командовал Александр Иванович Маринеско.
Тактико-Технические Данные подводной лодки М-96:
Водоизмещение: надводное/подводное — 206/256 тонн. Размеры: длина — 44,5 метров, ширина — 3,3 метра, осадка — 2,58 метра. Скорость хода: надводная/подводная -14/8,2 узлов. Дальность плавания: над водой 3440 миль при 9 узлах, под водой 110 миль при 2,8 узлах. Силовая установка: дизель 800 л. с., электромотор 400 л. с. Вооружение: 2 носовых 533-мм торпедных аппарата (2 торпеды), 145-мм орудие 21-К. Глубина погружения: до 60 метров. Экипаж: 20 человек.
Подводная лодка IX-бис серии заложена 19 октября 1938 года на заводе №-112 (Красное Сормово) в Горьком (Нижний Новгород) под заводским номером 263. 25 апреля 1939 года подводная лодка спущена на воду и 11 июня 1941 года начала переход на Балтику по Мариининской водной системе в Ленинград. 22 июня 1941 года подводная лодка встретила под командованием старшего лейтенанта П.П. Маланченко в составе Учебной бригады подводных лодок. Начало войны застало С-13 в городе Вознесенье. 25 июня подводная лодка прибыла в Ленинград.
До 31 июля подводная лодка проходила ходовые испытания, 14 августа 1941 года вошла в состав Краснознаменного Балтийского Флота. 30 августа С-13 включена в состав 1-го Дивизиона 1-й Бригады подводных лодок КБФ. Подводную лодку предполагалось перебазировать на Север, для чего в первую половину сентября С-13 прошла ДО-Кование. Подводная лодка была готова к переходу, когда немцы блокировали Ленинград с суши, и С-13 осталась на Балтике.
Благополучно перезимовав первую блокадную зиму в Ленинграде, в свой первый Боевой поход на позицию в Ботническом заливе С-13 вышла 2 сентября 1942 года. В этом году советские подводные лодки в этот район еще не проникали. Обеспечивать поход в море вышел командир 1-го Дивизиона подводных лодок капитан 2 ранга Е.Г. Юнаков. До точки погружения С-13 сопровождали тральщики и сторожевые катера. В 02.30 эскорт оставил подводную лодку, и она продолжила движение самостоятельно. Вечером 3 сентября у маяка Хельсинки при подъеме перископа подводная лодка дважды обнаруживалась сторожевым катером противника, который сбросил на нее семь глубинных бомб. В ночь на 8 сентября С-13 завершила форсирование Финского залива, и вечером следующих суток вышла в Аландское море. Днем 11 сентября подводная лодка была в Ботническом заливе, в котором противник не ожидал действий советских подводных лодок в этом районе. На исходе текущих суток, С-13 обнаружила финский пароход «Gera» с грузом угля для Финляндии. Первая торпеда прошла мимо, и тогда подводная лодка открыла артиллерийский огонь (выпущено тринадцать 100-мм снарядов). Транспорт застопорил ход и, получив еще одну торпеду, утонул. Спустя три часа подводная лодка потопила финский транспорт «Ussi X», перевозивший штучный груз в Кёнигсберг. Из 22 членов экипажа судна спасся лишь один матрос. Патрулируя в заданном районе, С-13 имела несколько шансов потопить вражеские суда, но атаки срывались из-за ошибок личного состава, а утром 17 сентября при попытке атаковать С-13 выбросило волной на мелководье.
Вечером 17 сентября С-13 выпустила торпеду по голландской парусно-моторной шхуне «Anna B», но торпеда прошла мимо цели, а от второй торпеды судно увернулось. Из 100-мм орудия подводной лодки было выпущено 24 снаряда. После того как транспорт загорелся, была выпущена еще одна торпеда, прошедшая под носовой частью судна. Горящая шхуна сдрейфовала к берегу, где спустя шесть дней полностью выгоревшей была обнаружена финнами, и в итоге была разобрана. При атаке подводной лодки на судне погибло пять человек. Продолжая патрулирование, С-13 неоднократно обнаруживала как одиночные суда, так и конвои противника, но атаки по разным причинам срывались. 4 октября подводная лодка произвела торпедную атаку по конвою, но неудачно. Вечером 10 октября С-13 начала возвращение в базу. У острова Вайндло 15 октября подводная лодка подверглась атаке финских сторожевых катеров VMV13 и VMV15. От близких разрывов глубинных бомб подводная лодка получила повреждения: вышли из строя гирокомпас и эхолот, на 28° влево заклинило вертикальный руль, треснуло несколько баков аккумуляторных батарей, через выбитый штуцер глубиномера внутрь подводной лодки стала поступать забортная вода. С-13 легла на грунт, где на 60-метровой глубине в течение шести часов проводила ремонт.
Ввести в строй руль так и не удалось, и оставшийся отрезок пути подводной лодке пришлось идти, управляясь электромоторами. Вечером 17 октября на буксире катера МО-124 и тральщика №-34 подводная лодка приведена на Лавенсари. 19 октября С-13 благополучно прибыла в Кронштадт. 22 октября подводная лодка перешла в Ленинград для ремонта и зимовки. За успешный Боевой поход десять человек, включая командира и командира Дивизиона, были удостоены ордена Ленина, шестнадцать человек — Красного Знамени, восемнадцать — Красной Звезды и два подводника — медали «За отвагу».
19 апреля 1943 года во время артиллерийских учений задрайка крышки кранца первых выстрелов случайно ударила по капсулю одного из снарядов. Порох в гильзе взорвался, один краснофлотец погиб. Результатом происшествия, «за халатное исполнение служебных обязанностей», стало снятие командира С-13 П.П. Маланченко с должности. Командиром подводной лодки С-13 назначен ранее командовавший подводной лодкой М-96 капитан 3 ранга А.И. Маринеско.
1 октября 1944 года С-13 вышла из Кронштадта и утром 8-го октября заняла позицию севернее полуострова Хель. На следующее утро в 25 милях северо-восточнее маяка Риксфест был обнаружено каботажное судно «Zigfrid», которое ввиду неудачной торпедной атаки было повреждено артиллерией (выпущено тридцать девять 100-мм
и пятнадцать 45-мм снарядов) и выбросилось на отмель у косы Хель. 13 октября на подводной лодке приняли приказание о переразвертывании к м. Брюстерор. 11-го, 15-го и 21-го октября акустик С-13 трижды фиксировал шумы кораблей противника, но до атак дело не дошло.
21 октября С-13 перешла к Виндаве, но спустя четыре дня был получен приказ в светлое время суток находиться на юго-западных подходах к бухте Лыу (о. Сааремаа) — в районе, откуда24-го октября тяжелые корабли Krigsmarine вели бомбардировку советских частей на полуострове Сырве. А.И. Маринеско оставался в бухте и в темное время суток. С учетом того, что в этот момент обстановка на сырве временно стабилизировалась, и крейсера противника не появлялись, ни одной цели для атаки обнаружить не удалось. 11 — го ноября 1944 года С-13 ошвартовалась у причалов Ханко, в начале декабря прошла докование в Хельсинки, после чего с 22 декабря находилась на Ханко. Отмечая смелость А.И. Маринеско, проявленную при артиллерийской атаке «Zigfrid», командир Бригады подводных лодок Верховский все-таки остался недоволен пассивностью при обнаружении шумов и неправильной организации поиска, поэтому поставил за поход лишь удовлетворительную оценку. А.И. Маринеско был награжден орденом Боевого Красного Знамени.
Скоро из-за поведения командира С-13 стал вопрос о предании его суду военного трибунала. В политдонесении было написано: «…дважды без разрешения командира Дивизиона ходил в город Ханко, где пьянствовал и имел связь с финскими женщинами…».
Дело дошло до командующего КБФ, который принял решение — провести суд после возвращения из очередного похода.
В последующем политдонесении писалось: «.решение о предоставлении возможности выхода в море капитану 3 ранга А.И. Маринеско до разбора его дела в суде, как показывает результат Боевого похода, себя оправдало. Командир подводной лодки С-13 на позиции действовал смело, спокойно решительно, противника искал смело и грамотно».
В третий Боевой поход С-13 отправилась 11 января 1945 года и находилась на позиции между маяком Риксхефт и Кольбергом с вечера 13-го января. К этому времени противнику удалось наладить противолодочную оборону своих коммуникаций, но проявляемая А.И. Маринеско активность должна была привести к успеху. После нескольких неудачных попыток атакоывать конвои, которые срывались из-за опасности столкновения с кораблями охранения или штормовой погоды. Вечером 30 января в районе маяка Хела произошла встреча с крупным лайнером — «Vilgelm Gustlov». Акустик старшина 2 статьи И.М. Шпанцев уловил шумы винтов и доложил в центральный пост: «Слева 160 градусов — шум винтов крупного судна!». А.И. Маринеско сориентировался мгновенно: оценил обстановку и повернул С-13 на противника. Вскоре акустик доложил: «Пеленг быстро меняется на нос!» — цель уходила на запад, притом быстро, в подводном положении за ней не угнаться. В Центральном Посту прозвучала команда командира: «К всплытию!». А.И. Маринеско решил атаковать противника из надводного положения и со стороны берега. Прижимаясь к берегу, С-13 легла на тот же курс, что и противник, и пошла вдогонку за лайнером. Кроме командира подводной лодки, на мостик поднялись командир штурманской боевой части капитан-лейтенант Н.Я. Редкобородов и старший краснофлотец А.Я. Виноградов.