Беседа с майором Кострюковым изменила настроение императора. Он выражал удовлетворение тем, что находится в распоряжении Красной Армии, но беспокоился за свою судьбу. В 12 часов дня 20 августа 1945 года А. К. Желваков получил приказ сопровождать Пу И в Читу. После обеда всю группу посадили в двухмоторный самолет. Арестованные, в том числе и брат императора Пу Дэ, несли свои вещи. Сам император ни к чему не прикасался. 20 августа 1945 г. самолет прибыл в Тунляо. Летели без переводчика. У капитана Филатова был небольшой фронтовой разговорник, который помогал охране общаться с Пу И и его свитой. Во время перелета император держался хладнокровно. На аэродроме в Тунляо обеспечением безопасности Пу И занимался генерал-майор К. И. Филяшкин. Он сообщил, что самолет летит в Читу, на самом же деле группа полетела в монгольский город Тамцак-Булак, где их ждал другой самолет, действительно летевший в Читу.
В Чите императора и его свиту встретили и перевезли в Молоковку, на «Объект 30 (санаторий «Молоковка»), куда прибыли поздно вечером.
Л. П. Берия докладывал И. В. Сталину 22 августа 1945 г.:
«…Интернированные содержатся в благоустроенных жилых помещениях; снаружи здание охраняется специально выделенным подразделением воинской части; внутри здания наблюдение ведут оперативные работники управления по делам военнопленных».
Одним из первых Пу И на этом объекте встретил сотрудник НКВД С. М. Ленинцев – переводчик, китаец по национальности. Он вспоминал, что во время движения от аэропорта Читы до «Объекта 30» Пу И очень переживал, терялся в догадках, куда его везут. В Молоковке, услышав китайскую речь С. М. Ленинцева, он был очень испуган, решив, что он в Китае и будет убит. Всем пленным оставили личные вещи, которые не проверялись и не осматривались.
В беседах с представителями НКВД Пу И спрашивал, где находятся его родственники, опасался за их жизнь, просил советское командование доставить наиболее близких ему людей, оставшихся в городке Далицзыгоу, вблизи Тунхуа на корейской границе – брата, племянников, и слуг. Просьба эта была передана начальнику УНКВД по Читинской области генерал-майору и шифровкой направлена заместителю народного комиссара внутренних дел Союза СССР генерал-полковнику В. Чернышову.
В первой половине октября 1945 года (точную дату установить не удалось, по воспоминаниям Г. Г. Пермякова, Пу И провел в Чите около 45 суток) Пу И был отправлен на аналогичный объект в Хабаровск, где содержался в течение пяти лет на «Спецобъекте N 45», который отличался от остальных. Здесь в заключении находилось 142 генерала и 2 адмирала. Первым начальником этого объекта был майор А. Ф. Денисов. Переводчик Г. Г. Пермяков рассказывал, что Пу И только в середине декабря 1945 года был перемещен на «Объект 45», и из свиты императора на этот объект переместили не всех. Личный доктор и слуга были отправлены в другой лагерь, тоже в Хабаровском крае.
Условия жизни заключенных и интернированных на «Объекте 45» отличалась от тех, что были на «Объекте 30» под Читой. Здесь не было обслуживающего персонала, военнопленные и интернированные размещались в одном помещении, Пу И на втором этаже, а японские военнопленные (по словам Пу И), – на первом. Находясь в Хабаровске, император изучал русский язык, историю ВКП(б). При этом задавал много вопросов о русских царях.
Пу И готовили к выступлению в качестве свидетеля на Токийском процессе. На слушаниях в Хабаровске Пу И показал, что своим вторжением в Маньчжурию Япония преследовала цель политического, экономического и религиозного ее порабощения и подготовки военного нападения на СССР. В сопровождении оперативной группы МВД СССР 9 августа 1946 года Пу И был доставлен в Токио и помещен под советской охраной в особняке, предоставленном генералом Деревянко. В ходе процесса Пу И в присутствии представителя советского обвинения допрашивался главным обвинителем США и начальником следственного отдела Международного трибунала, подтвердив все ранее данные им показания.
В день прибытия Пу И в Токио все китайские газеты поместили его фотографию и отмечали значимость показаний бывшего императора для Токийского процесса. Газета «Майнити Симбун» 20 августа 1946 года отмечала: «Пу И с исчерпывающей ясностью показал, что Маньчжоу-Го была игрушкой в дьявольских щупальцах Квантунской армии». Газета «Токио Симбун» отмечала: «Пу И подчеркнул, что японцы ввели в Маньчжурии религию Синто насильственным путем». 6 сентября 1946 года Пу И под охраной прибыл во Владивосток и возвращен в Хабаровск на «Объект 45».
Император все время боялся, что его выдадут маршалу Чан Кайши. Стремясь снискать расположение советских властей и избежать более серьезного наказания, Пу И 10 мая 1946 года вторично заявил о своем желании передать Советскому Союзу часть своих драгоценностей и украшений (первый раз с просьбой принять от него ценности Пу И обратился несколько ранее). Его письмо от 12 мая 1946 года лежало на столе у И. В. Сталина. В заявлении Пу И советскому правительству значилось, что эти драгоценности он жертвует, «с тем, чтобы использовать их в послевоенном фонде восстановления и развития народного хозяйства СССР». Остальные ценности, как писал он в своих воспоминаниях, были спрятаны в двойном дне чемодана с его личными вещами.
7 февраля 1946 года императору исполнилось 40 лет, что отметили с размахом. Пу И даже намеревался жениться на русской женщине, но в этом ему было отказано. Чтобы чем-нибудь занять Пу И, ему, как и другим заключенным китайцам, выделили при тюрьме маленький участок земли на котором он выращивал зеленый перец, помидоры, баклажаны, фасоль, цветы и т. п.
Последний период своего заключения в Хабаровске император провел в более комфортных условиях. Он был отделен от основной группы заключенных и переведен на двухэтажную дачу военного советника Дальневосточного фронта на Красной речке, находившуюся в 12–15 км от Хабаровска.
1 июля 1950 года Чжоу Энлай в беседе с послом СССР в КНР Н. В. Рощиным заявил, что китайское правительство готово принять Пу И, если советское правительство сочтет это своевременным. МВД и МИД СССР выразили готовность передать Пу И и его свиту, и просили сообщить свои соображения о месте и времени передачи. В соответствии с приказом, начальник лагеря был направлен на ст. Гродеково Приморской железной дороги для сопровождения Пу И и его свиты и передачи их правительству Китайской Народной Республики.
В соответствии с постановлением Совета Министров СССР N 143–1302сс от 14 июля 1950 года, 3 августа 1950 года на ст. Пограничная представителю МИД Китая Лю Си были переданы бывший император Пу И и его свита, министры, генералы и чиновники бывшего правительства Маньчжоу-Го в количестве 58 человек и принадлежавшие им личные ценности.
Перед отправкой из Хабаровска советскими спецорганами были получены агентурные данные, что Пу И опасается за свою судьбу, ведет себя нервно и говорит о самоубийстве, к чему его склоняет его младший брат Пу Дэ. В связи с этим Пу И был изолирован от родственников и остальных военнопленных и интернированных и доставлен к месту передачи китайским властям под пристальным наблюдением. В пути Пу И вел себя нервно, мало спал, мало ел, а 1 августа в 17.00 попросил предоставить ему возможность повидаться с братом и другими родственниками, по которым он соскучился. Ему отказали, ссылаясь на то, что он недавно с ними расстался и увидится по прибытии на место. Китайский представитель Лу Си был проинформирован о поведении Пу И и о мыслях о самоубийстве, и попросил передать его после остальной группы и ценностей. Во время передачи Пу И попытался подать китайскому представителю руку, но последний сделал вид, что не заметил этого. Пу И несколько смутился, а при выходе из вагона обратился к подполковнику Клыкову и еще раз поблагодарил правительство СССР и Сталина за гуманное к нему отношение со стороны Советского Союза и при этом прослезился. Китайскому представителю были переданы личные ценности Пу И. Кроме ценностей, лично принадлежавших императору, в МВД СССР на хранении находились ценности, принадлежавшие бывшим министрам и чиновникам Маньчжоу-Го. Первоначально советское правительство намеревалось все эти ценности передать китайской стороне, но выяснилось, что на хранении в Оперативном Управлении ГУПВИ и УМВД по Хабаровскому краю находятся ценности на сумму в 949 000 рублей, из которых ценности на сумму 52 731 руб. принадлежат бывшим членам свиты императора, которых не планировалось передавать вместе с Пу И. Ценности, принадлежавшие Луй Жунхуану, Батмаеву, Жун Хоу, и Жен Жуйлин, были переданы в доход государства.
На следующий день после передачи китайским властям императора поезд с Пу И сделал короткую остановку в Чанчуне, затем в Шеньяне, а через час император прибыл в Фушунь, где и был помещен в местную тюрьму. Здесь он, как и остальные заключенные, был привлечен к работам – трудился на заводе по производству кокса, дробил уголь молотком.
Позже он вернулся в Пекин и в его честь Председатель Мао дал специальный прием. Пу И занимал некоторые должности в КНР и умер от рака в больнице в Пекине.