В апреле 1918 года, после очередных перевыборов, в новом составе Центрокаспия из 12 членов пятеро являлись большевиками, во главе с председателем Центрокаспия матросом-большевиком А. Р. Кузьминским. Остальные семь матросов являлись левыми эсерами и анархистами.
В целом, несмотря на недовольство матросов ленинским Брестским миром с немцами, в апреле-мае 1918 года флотилия поддерживала партию большевиков. Разумеется, такая ситуация устраивала далеко не всех. И 30 мая эсерами и меньшевиками была предпринята достаточно неуклюжая попытка рассорить матросов с большевиками. Для этого по городу было распространено сообщение о том, что матросы флотилии собирают митинг всех воинских частей и рабочих бакинских заводов для обсуждения текущего момента и смены власти в городе. Извещение было подписано вымышленными именами председателя судового комитета канонерской лодки «Ардаган» Аникина и секретаря комитета Игнатова, которых в составе экипажа лодки «Ардаган» не было.
Первыми возмутились этой провокацией матросы с канонерской лодки «Ардаган». В своем воззвании они поспешили заверить городскую общественность и членов Бакинской коммуны, что твердо стоят на позициях советской власти и большевиков: «Комитет утверждает, что данные повестки являются провокационными. Ни комитет, ни команда канонерской лодки «Ардаган» до последнего момента ничего не знали о митинге. Председателя Аникина и секретаря Игнатова на «Ардагане» не существует. Ясно, что контрреволюционные силы вновь стараются применить прежний способ, применявшийся ими перед гражданской войной. Товарищи рабочие и красноармейцы! Не поддавайтесь хитрым уловкам контрреволюционеров. Мы, ардаганцы, стоим на страже интересов завоеваний Октябрьской революции. Пусть это подпольное шипение змеи послужит цементом для большего объединения. Товарищи рабочие и красноармейцы, тесными рядами, рука об руку по пути Интернационала, мы, моряки, идем всегда с вами. Да здравствует социальная революция, да здравствует Бакинский Совет Народных Комиссаров, да здравствует Рабоче-крестьянское правительство! Комитет канонерской лодки «Ардаган». Резолюцию «Ардагана» полностью поддержали остальные корабли и суда флотилии.
Ужас азербайджанской резни вызвал у большинства матросов вполне понятное желание уйти в Астрахань, там бросить суда и разойтись по домам. Однако офицеры, считавшие, что флотилия своим уходом будет способствовать утверждению в Баку советской власти и дальнейшему продвижению германо-турецких войск на Кавказе, все же уговорили матросов повременить с уходом.
В свою очередь, в Совнаркоме также понимали, что только от позиции матросов будет зависеть, удержится ли советская власть в Баку или нет. Для этого следовало попробовать переагитировать каспийцев на свою сторону, а если это не удастся, то просто расформировать флотилию и разогнать местную братву, от которой теперь центральной власти было больше вреда, чем пользы. При этом предполагалось, под видом объединения Астраханской и Каспийской флотилий все боевые корабли перевести из Баку в Астрахань. С этой целью в Баку в срочном порядке был отправлен матрос Пендюрин, назначенный «особым комиссаром по ликвидации Каспийской военной флотилии». Однако Пендюрин оказался не готов к решению серьезных вопросов. Поэтому вскоре вслед за ним в Баку с эшелоном балтийских матросов были направлены матросы-большевики В. Ф. Полухин и Э. А. Берг, являвшиеся весьма опытными организаторами и авторитетными матросскими лидерами. В. Ф. Полухин при этом был назначен главным комиссаром Каспийской флотилии, а Э. А. Берг – его помощником.
Что касается особого комиссара В. Ф. Полухина, то он был из старых матросов. На Балтийский флот его призвали еще в 1907 году. После окончания класса гальванеров учебно-артиллерийского отряда служил на крейсере «Адмирал Макаров». В 1913 году был уволен в запас. С началом Первой мировой войны В. Ф. Полухина снова призвали на флот. Служил на линкоре «Гангут». В октябре 1915 года был арестован как «неблагонадежный», разжалован из унтер-офицеров в рядовые и переведен с Балтийского флота в команду службы связи Белого моря. В феврале 1917 года был избран моряками в Мурманский городской совет. В конце мая 1917 года В. Ф. Полухин избирается членом Центрального комитета флотилии Северного Ледовитого океана и членом Архангельского исполкома. В августе 1917 года В. Ф. Полухин был направлен в Центральный комитет Всероссийского военного флота. Входил в большевистскую секцию Центрофлота. В сентябре объезжал корабли в Ревеле и Гельсингфорсе, проверяя готовность команд к вооруженному восстанию в Петрограде. Являлся делегатом 2-го съезда Балтийского флота. В конце 1917 года командовал матросским отрядом. На 1-м Всероссийском съезде моряков военного флота был избран в законодательный совет Морского ведомства при ВЦИК. Как председатель этого совета, участвовал в совещаниях Совнаркома. В апреле 1918 года В. Ф. Полухин был назначен комиссаром особых поручений при коллегии Народного комиссариата по морским делам.
Латыш Э. А. Берг служил машинистом на линкоре «Севастополь». С 1917 года состоял в партии большевиков, являлся организатором и руководителем большевистской организации на своем линкоре, членом Центробалта 1-го и 3-го созывов, членом Центрофлота, арестовывался Временным правительством. Во время штурма Зимнего дворца Э. А. Берг командовал отрядом матросов 2-го Балтийского флотского экипажа. Затем был избран членом Военно-морского революционного комитета. В ноябре 1917 года вместе с А. Г. Железняковым и Н. А. Ховриным возглавил отряд балтийцев, посланный для установления советской власти в Москву. Затем, являясь комиссаром штаба матросского отряда, устанавливал советскую власть в Белгороде, Харькове и Чугуеве.
Оценивая биографии В. Ф. Полухина и Э. А. Берга, можно сказать, что Совнарком действительно командировал в Каспийскую флотилию лучших из лучших. Прибыв в Астрахань, Полухин доносил в Петроград: «Провел слияние Астраханской и Каспийской флотилий. Ухожу с эшелоном в Баку». Однако фактически объединить флотилии у него не получилось. Команды базировавшихся на Баку кораблей и судов, переагитированные к этому времени своими офицерами, от перехода в Астрахань наотрез отказались. Причин тому было несколько: и революционная сознательность, и нежелание бросать на произвол судьбы местных христиан, и, наконец, наличие семей, которые не имели возможности перебраться в Астрахань.
По прибытии в Баку В. Ф. Полухин и Э. А. Берг обнаружили, что каспийцы не желают ни перебазироваться в Астрахань, ни массово демобилизовываться. Поняв, что любые действия по насильственной демобилизации вызовут негативную реакцию местной братвы, Полухин с Бергом от этой идеи сразу же отказались.
Рапорт комиссара по ликвидации Каспийской военной флотилии П. М. Пендюрина в Народный комиссариат по морским делам: «Согласно признанному предрешению о ликвидации Каспийской флотилии, на что я был назначен комиссаром приказом по морскому ведомству, но по прибытии на место и выяснив с представителями бакинской советской власти положение Кавказского края, г. Баку и, в частности, положение и роль Каспийской флотилии, и обсудив вопрос с Бакинским Исполнительным комитетом Совета рабочих, солдатских и матросских депутатов и чрезвычайным комиссаром Кавказского края т. Шаумяном, решили: не ликвидировать флотилию, а временно оставить в ведении морского ведомства и реорганизовать, усилив боевую мощь».
Не желая обострения отношений с матросами, изменили свою позицию и комиссары Бакинской коммуны. Из телеграммы председателя Бакинского Совета П. А. Джапаридзе в Совнарком 23 марта 1918 года: «…Принимая во внимание особые условия Кавказа, особенно города Баку, Бакинский Совет рабочих, солдатских и матросских депутатов признал расформирование Каспийского военного флота нецелесообразным. По постановлению Исполнительного комитета совместно с Центрокаспием Каспийский военный флот остается в ведении морского ведомства, политическое же руководство им остается за Исполнительным комитетом Бакинского Совета».
В другой телеграмме И. В. Сталину он пишет: «Для нас настолько важно и спешно реорганизовать и усилить флот, что я решил из-за него задержаться здесь и уделяю ежедневно 5–6 часов времени. Без флота нам было бы почти невозможно удержаться».
Теперь и В. Ф. Полухин докладывал в центр, что советская власть в Баку «нуждается в сильной и мощной боевой единице в лице флота». Смысл телеграммы был такой – если не удалось разогнать, то следует переагитировать на свою сторону и полностью подчинить.
Разумеется, бакинские большевики прекрасно понимали, что в предстоящей борьбе с многочисленными врагами все будет зависеть в первую очередь от того, на чьей стороне окажутся матросы. Поэтому на заседании исполкома Бакинского Совета 8 марта было принято решение о реорганизации и усилении флотилии и о передаче ее в политическом отношении в ведение Бакинского Совета. Для преобразования флотилии была создана специальная комиссия под председательством С. Г. Шаумяна. В конце марта была проведена реорганизация Центрокаспия, избран новый состав. Центрокаспий и судовые комитеты должны были действовать в полном согласии с исполкомом Бакинского Совета. Но из этой затеи ничего не получилось. Новый состав Центрокаспия отказался от полного подчинения большевикам и начал проводить ту же политическую линию, что и предыдущий.
Между тем в связи с ухудшением военно-политической обстановки в Каспийском регионе матросы требовали от большевиков немедленного усиления своей немногочисленной флотилии. По этой причине Центрокаспий буквально засыпал Московский наркомат по военно-морским делам телеграммами с просьбами о немедленном усилении боевого состава флотилии. Телеграмма от 30 марта 1918 года: «Оперативный отдел штаба Каспийской флотилии просит Морской комиссариат, – ввиду переживаемого крайне тревожного момента и грозящих революции опасности со стороны контрреволюционных элементов в Закавказье, а также для охраны нефтяных и рыбных промыслов Каспийского моря, – усилить существующий состав Каспийской флотилии тремя миноносцами улучшенного типа «Сокол». Кроме того, необходимо прислать новые орудия и патроны к ним, согласно прилагаемому списку (6 орудий 120-мм, 14 орудий 75-мм, 7 пулеметов, и боеприпасы к ним) – взамен частью снятых и отправленных в Черноморский флот, частью же пришедших в совершенную негодность».