Местная ЧК произвела следствие и 11 сентября опубликовала постановление о предании арестованных военно-полевому суду. Отметим, что матросы-каспийцы за комиссаров не вступились. Более того, именно они и были инициаторами ареста беглецов. Наряду с другими бакинскими комиссарами были заключены в тюрьму В. Ф. Полухин и Э. А. Берг. То, что братва не забрала их с собой, говорит о том, что матросы больше не считали Полухина с Бергом своими, а относились к ним исключительно как к большевикам. Над арестованными беглецами было назначено расследование. 7 сентября расследование было закончено. Руководители Бакинской коммуны были обвинены в трусости и измене. Среди обвиненных значились и В. Ф. Полухин с Г. Н. Коргановым.
После занятия англичанами Баку, часть матросов с канонерской лодки «Карс», транспортов «Лейтенант Шмидт» и «Эммануил» выразила желание перебраться в Астрахань. Однако было уже поздно.
Проходившая в те дни Бакинская конференция фабрично-заводских комитетов констатировала: «Конференция выражает негодование бывшим комиссарам, которые не только сбежали со своих постов и оставили фронт в момент смертельной опасности для пролетариата и всего населения Баку, но попытались изменнически захватить необходимые для обороны орудия, военное снаряжение и съестные припасы. Конференция считает их предателями и врагами народа». Это значило, что уже не только матросы Каспийской флотилии, но и бакинский пролетариат отвернулся от предавших их комиссаров-большевиков.
Но суда над изменниками-комиссарами не последовало. 14 сентября 1918 года турецкие войска и отряды мусаватистов перешли в генеральное наступление. Англичане поспешили оставить Баку. Началась эвакуация города. Дни Диктатуры Центрокаспия были уже сочтены. В середине сентября, перед самым занятием Баку турецкими захватчиками, Диктатура Центрокаспия перестала существовать.
До арестованных большевиков теперь уже никому не было дела. Впоследствии бывший заместитель председателя Чрезвычайной следственной комиссии эсер Л. Далин утверждал, что никаких распоряжений относительно арестованных большевиков он не получал: «Участь заключенных большевиков, очевидно, была Диктатурой решена – оставить их на растерзание туркам и мусаватистам…»
После ряда переговоров с представителями Центрокаспия глава Диктатуры эсер А. Велунц разрешил комиссару коммуны А. И. Микояну вывезти арестованных из Баку. На пароход «Севан», якобы имевший пробольшевистскую команду, комиссары не успели. По другой версии, матросы «Севана» просто не стали ждать непопулярных комиссаров, а ушли в море раньше времени. Поэтому комиссары и примкнувшие к ним погрузились на пароход «Туркмен», предоставленный для эвакуации дашнакского партизанского отряда Т. Амирова.
С. Г. Шаумян и другие комиссары рассчитывали, что пароход доставит их в Астрахань, находившуюся тогда в руках большевиков. Но команда и судовой комитет неожиданно наотрез отказались следовать в Астрахань и направились в Красноводск. При этом все попытки В. Ф. Полухина и Э. А. Берга образумить коллег-матросов результата не имели. Ненависть к большевикам у матросов «Туркмена» оказалась больше, чем матросская солидарность. Красноводск в то время подчинялся ашхабадскому Закаспийскому временному правительству, которое состояло из эсеров во главе с машинистом паровоза Ф. А. Фунтиковым. По прибытии парохода «Туркмен» в Красноводск комиссарам Бакинского Совнаркома было предъявлено обвинение в сдаче Баку турецким войскам. И они были приговорены к смертной казни. 20 сентября 26 бакинских комиссаров расстреляли в глухой степи за Красноводском. В числе других были расстреляны и матросы-комиссары В. Ф. Полухин с Э. А. Бергом.
Историк М. А. Елизаров так оценивает трагедию бакинских комиссаров: «У англичан и сделавших на них ставку моряков-каспийцев было желание найти «козлов отпущения» за неудачу обороны города от турок. Это наложило отпечаток на то, что освобожденные перед эвакуацией большевистские руководители все-таки доставляются под влиянием сторонников Центрокаспия командой парохода «Туркмен» вместо Астрахани в Красноводск с эсеровской проанглийской властью, и вблизи него, как широко известно, вскоре расстреливаются «26 бакинских комиссаров» (среди них руководители балтийских матросов В. Ф. Полухин и Э. А. Берг). Причинам гибели «26» историки уделили немало внимания. Ими называется в основном стремление англичан и эсеров фактом расстрела «сжечь мосты» для возможности сближения Закаспийского правительства с Москвой. Следует обратить внимание, что такая возможность во многом создалась из-за потери бдительности бакинскими комиссарами, их идеализма по отношению к Центрокаспию, из-за недооценки ими смыкания левого и правого экстремизма в его деятельности. Таким образом, антибольшевистское восстание Каспийской флотилии летом 1918 года закончилось победой и его последствия соизмеримы с событиями 6–7 июля, Кронштадтом марта 1921 г. и др. решающими событиями гражданской войны. В дальнейшем матросов Каспийской флотилии ждала типичная судьба «третьей силы» в набиравшей обороты борьбе красных и белых».
В 30-е годы в беседе с главным редактором газеты «Правда» Д. Т. Шепиловым хорошо знакомый с обстоятельствами событий в Баку летом 1918 года И. В. Сталин так отозвался о комиссарах Бакинского Совнаркома: «Бакинские комиссары не заслуживают положительного отзыва. Их не надо афишировать. Они бросили власть, сдали ее врагу без боя. Сели на пароход и уехали… Мы их щадим. Мы их не критикуем. Почему? Они приняли мученическую смерть, были расстреляны англичанами. И мы щадим их память. Но они заслуживают суровой оценки. Они оказались плохими политиками. И когда пишется история, нужно говорить правду».
После ухода англичан началась подготовка к эвакуации и Каспийской флотилии. Узнав об этом, обезумевшее армянское население, боясь мести за мартовские события 1918 года, бросилось на суда. Создавшаяся паника и давка при посадке привела к гибели нескольких сотен людей. Когда в Баку вступили турки, там сразу же начались массовые погромы армянских кварталов. При этом их масштабы превзошли мартовские. Всего тогда погибло около 20 тысяч армян. Остававшихся еще в городе матросов погромы не коснулись. Более того, среди погромщиков попадались и одиночки-матросы. Что касается всей флотилии, то она, отправив пароходы с эвакуируемыми в Петровск, намеревалась повторить свой мартовский успех – артиллерийской стрельбой по городу не допустить возможных погромов русского населения. Но этот безумный шаг привел бы к обратному результату. К счастью, представители русской общественности города успели отговорить матросов.
Перед занятием города турками, по приказу Центрокаспия, часть кораблей и судов перешла в Астрахань и Петровск, часть судов так и осталась в Баку. В ноябре 1918 года, когда потерпевших поражение в Первой мировой войне турок в Баку снова сменили англичане, они перегнали корабли и суда бывшей Каспийской флотилии из Петровска в Баку и передали их проанглийскому правительству Азербайджана. 6 февраля 1919 года А. Г. Шляпников сообщил В. И. Ленину, что, по полученным им из Баку сведениям, рабочие бакинских предприятий и матросы с кораблей бывшей Каспийской флотилии настроены враждебно по отношению к английским оккупантам и что корабли и суда, на которых еще остались русские матросы, готовы перейти на сторону советской власти. А бакинские рабочие, при наступлении Красной армии, поднимут восстание. Но в реальности ничего этого так и не произошло.
Наследником Диктатуры Центрокаспия стало Прикаспийское правительство в Петровске во главе с Л. Ф. Бичераховым. Бичераховцы, воевавшие с оглядкой на флотилию, много внимания, уделявшие митингам о сохранении «завоеваний революции» и не способные установить дисциплину, в начале октября потерпели поражение от турок и, погрузившись на суда, ушли к островам южного Каспия. В середине ноября 1918 года в связи с окончанием мировой войны вновь появились в Баку с претензией на восстановление власти в духе Центрокаспия. Но времена были уже другие. На повестке дня вставал вопрос о создании деникинского флота. Борьба за революционные идеалы в его составе для матросов-каспийцев была, разумеется, неприемлема. Они делали попытки вернуться в большевистскую флотилию в Астрахани, остаться «нейтрализованными» при укреплявшемся в Баку мусаватистском правительстве, но пролитая кровь в ходе прежних «революционных разногласий» сделала эти попытки безуспешными. Каспийская флотилия (после отправки англичанами Л. Ф. Бичерахова в почетную ссылку) осталась никому не подчиненная, быстро разлагалась, матросы пьянствовали и т. п. Что касается деникинцев, учитывая антибольшевистские заслуги каспийцев и их связи с местными рабочими, долго не решались с ними связываться, всячески толкая на это англичан, на финансировании которых флотилия находилась все предшествующее время. Моральное разложение матросов, их грабежи, пьянства и дебоши наконец вывели из себя англичан, и они разоружили флотилию. Это разоружение прошло на удивление тихо, несмотря на все предшествующие угрозы матросов о бунте. В июне 1919 года на кораблях, переданных англичанам, был создан деникинский Каспийский флот. При этом подавляющее количество матросов в нем служить отказалось и деникинцы испытывали большие трудности в комплектовании его личным составом.
Что касается самих матросов-каспийцев, то судьбу их проследить достаточно сложно из-за малочисленности последних. Какая-то часть матросов (из местных) после падения Диктатуры Центрокаспия навсегда покинула флот. Часть ушла с кораблями в Петровск. Кто-то после этого двинулся воевать за революцию на сухопутный фронт, кто-то добрался до Астрахани и воевал на Волге, а кто-то так и остался на переходящих из рук в руки кораблях и в последующие годы оказался в заново сформированной Красной Каспийской флотилии. Однако свой заметный след матросы Каспия все же оставили. Провозглашенная ими Диктатура Центрокаспия навсегда вписана в историю русской революции и Гражданской войны.
Оценивая в целом деятельность матросов Каспийской флотилии и их руководящего органа Центрокаспия, можно сказать, что, в отличие от Центробалта и ЦК Черноморского флота, каспийцам удалось установить собственную независимую матросскую власть – Диктатуру Центрокаспия. И пусть эта матросская власть была недолгой, свое влияние на ход Гражданской войны в Закавказье она оказала. Кроме этого, приход к власти Центрокаспия наглядно продемонстрировал, что независимая матросская власть практически сразу становится откровенно враждебной по отношению к большевикам. В принципах правления Центрокаспия также легко угадываются и признаки будущей матросской власти мятежного Кронштадта.