На подавление мятежа были направлены боевые корабли флота – линкоры «Петропавловск», «Андрей Первозванный», крейсер «Олег» и береговые части, наступавшие со стороны Ораниенбаума. В их составе были 1-й и 2-й экспедиционные отряды моряков, сформированные в Кронштадте из команд кораблей и учебных отрядов. Общими усилиями кораблей флота и береговых частей мятеж был подавлен. Отступая с Красной Горки, мятежники, руководимые Неклюдовым, учинили расстрел арестованных групп. Среди расстрелянных было 100 курсантов Ораниенбаумских пулеметных курсов и Кронштадтский коммунистический отряд в количестве 80 человек во главе с председателем Кронштадтского Совета Мартыновым. Погибли и наши 12 курсантов, посланные за оставленным на форте оружием. Ночью в момент восстания они были обезоружены и брошены в казематы. Когда их повели на расстрел, то один из курсантов, Николай Сапронов, решил бежать и, подобрав момент, бросился в сторону моря. Конвой открыл по нему огонь, однако Сапронов успел добежать до обрыва и спрятаться за его откосом. Там он прятался до наступления темноты, а ночью на рыбачьей шлюпке вышел на корабельный фарватер, где его подобрал дежурный эсминец «Гавриил». Остальные 11 курсантов были расстреляны. Эпизод с курсантом Н. Сапроновым в его воспоминаниях для морского музея был включен в кинокартину «Мы из Кронштадта».
16 июня 1919 года в форт Красная Горка прибыл И. В. Сталин, который принял участие в митинге матросов Балтийского флота.
Тем временем, получив известия о восстании и не зная, что оно было быстро подавлено, командующий английской эскадрой контр-адмирал А. Синклер предпринял ряд действий для блокирования кораблей Балтфлота в Кронштадте, но эти меры были уже запоздалыми.
13 июня, одновременно с восстанием форта Красная Горка, на батарее Серая Лошадь началось восстание, подготовленное офицером Оглоблиным. Коммунисты и комиссар батареи были арестованы, но команда вела себя пассивно и на сторону восставших не перешла, заняв выжидательную позицию и забаррикадировавшись на одном из бастионов.
Из телеграммы И. В. Сталина 16 июня 1919 года: «Вслед за Красной Горкой ликвидирована Серая Лошадь. Орудия на них в полном порядке. Идёт быстрая проверка всех фортов и крепостей. Морские специалисты уверяют, что взятие Красной Горки с моря опрокидывает морскую науку. Мне остаётся лишь оплакивать так называемую науку. Быстрое взятие Горки объясняется самым грубым вмешательством со стороны моей и вообще штатских в оперативные дела, доходившим до отмены приказов по морю и суше и навязывания своих собственных. Считаю своим долгом заявить, что я и впредь буду действовать, таким образом, несмотря на всё моё благоговение перед наукой».
Около 16 часов 13 июня восстал гарнизон форта Обручев, который вёл себя пассивно. Заговорщики-командиры форта Обручев находились на связи с Н. М. Неклюдовым и, получив от последнего информацию о начале восстания, также арестовали всех коммунистов форта и сочувствующих советской власти. Но привлечь на свою сторону команду форта им не удалось. На Обручеве матросы проявили большую революционную сознательность, чем их товарищи на Красной Горке. Получив информацию о реальном положении дел, они освободили всех арестованных коммунистов и на их место посадили под замок заговорщиков, а сами, по заведенному революционному обычаю, собрались на нескончаемый митинг, решая, что делать дальше. Едва же Реввоенсоветбалт предъявил ультиматум о сдаче, форт Обручев сдался без сопротивления.
15 и 16 июня отряды английских торпедных катеров наконец-то попытались атаковать маневрирующие в Финском заливе линкоры Балтийского флота, но неудачно. В ночь на 18 июня одиночный английский торпедный катер произвел успешную торпедную атаку по крейсеру «Олег». Торпеда попала в левый борт в районе кочегарки. Крейсер начал быстро крениться. Погасло освещение. Командир крейсера Н. Г. Милашевич отдал приказ пробить боевую тревогу, но горнист сбежал, и боевую тревогу было некому объявить. Попытка командира затопить для выравнивания крена цистерны правого борта также не удалась, так как машинная команда бросила свои посты и собралась на верхней палубе, чтобы спасаться. За живучесть корабля революционные матросы бороться решительно не собирались. Поэтому спустя 12 минут крейсер затонул. Команда «Олега» была снята двумя подошедшими миноносцами. После гибели «Олега» активность кораблей Балтийского флота резко снизилась, и они уже почти не выходили из Кронштадта. Что касается сторожевого корабля «Китобой», то англичане, не разобравшись в ситуации, захватили его как военный трофей.
17 мая частями Красной армии был оставлен Ямбург. Но это был уже последний успех белой армии. В ходе дальнейшего наступления на Петроград эстонские части подошли на 8 верст к Красной Горке, но так и не смогли ее взять. В противостоянии на северо-западе России наступал перелом.
Вскоре после мятежа на Красной Горке 1919 года шесть матросов с линкора «Андрей Первозванный», призывавшие команду присоединиться к мятежникам Красной Горки, по приказу наркомвоенмора Л. Д. Троцкого были расстреляны с формулировкой «за призыв к дезертирству». Этот вердикт пытался предотвратить тогдашний начальник политотдела Балтийского флота В. М. Орлов (будущий начальник Морских сил РККА в 1931–1937 годах), но он прибыл в Кронштадт уже после приведения приговора в исполнение. В. М. Орлов, якобы «едва сдерживая ярость, заявил председателю трибунала, что ему следует работать не в трибунале, а на скотобойне…».
Мятеж в кронштадтских фортах, который имел изначально все шансы на успех, потерпел полную неудачу. Почему? Прежде всего, восстание не было всеобщим. Восставшие в фортах были изолированы от других фортов. Они не смогли ни согласовать своих действий, ни наладить связь с англичанами. В то же время красное командование правильно оценило опасность, которая угрожала в случае захвата фортов противником, после чего предприняло масштабные и, самое главное, энергичные меры для ликвидации восстания. Уже в день начала восстания отряд кораблей Балтийского флота вышел в море для его подавления, а на следующий день были сформированы сухопутные отряды из краснофлотцев для штурма форта. Следует отметить и личную активность и инициативу И. В. Сталина, взявшего дело подавления мятежа в свои руки и блестяще с ним справившегося.
Что касается англичан, то они стремились уничтожить русские корабли, не делая большой разницы, на чью сторону они встанут: красных или белых. Вопреки ожиданиям мятежников белые тоже не оказали помощь форту. Белое командование проявило явное нежелание иметь своими союзниками революционных матросов. Офицеры еще очень хорошо помнили их кровавые самосуды, происходившие в феврале – марте 1917 года, и не слишком верили в реальность контрреволюционного восстания. Ну, а кроме всего этого, решающее слово сказали матросы мятежных фортов. По-настоящему драться со своими сотоварищами-краснофлотцами они не желали. Поэтому в лучшем случае (как на Красной Горке) они отказались вести огонь по Кронштадту, а затем покинули форт, оставив все в целости и исправности. А в худшем (на Обручеве) вообще посадили под арест заговорщиков, а сами митинговали, пока не капитулировали.
Только после подавления мятежей в фортах командование Петроградского оборонительного района наконец-то обратило на форты серьезное внимание. Гарнизоны фортов были усилены коммунистическим элементом. Поэтому в скором времени все три мятежных форта превратились в настоящие опорные пункты обороны побережья Финского залива, что сыграло свою роль при отражении осеннего наступления Северо-Западной армии на Петроград.
В целом мятеж трех фортов еще раз наглядно продемонстрировал весьма неоднозначное отношение матросской массы к большевикам. Матросы реально участвовали во всех трех мятежах, хотя и с разной активностью. Неожиданно антисоветски проявил себя и линкор «Андрей Первозванный», команда которого была на грани мятежа, а командир носовой башни главного калибра А. С. Соболев (старший брат впоследствии известного писателя-мариниста Леонида Соболева), не желая вести огонь по своим, застрелился прямо на боевом посту.
После мятежа чекисты сразу начали искать масштабный заговор в Кронштадте и «нашли» небольшую группу заговорщиков, в основном военспецов-артиллеристов, причём принимавших участие по эффективному руководству стрельбой по мятежному форту. Особенно настойчиво главой заговора чекисты стремились сделать начальника Кронштадтской артиллерии А. Будкевича. Но факты выводили их на писаря мобилизационной части, бывшего анархиствующего матроса-клешника с линкора «Андрей Первозванный» В. Я. Кулеша. Будучи вынужденными признать это и с трудом обозначив его крайне зыбкие связи с белыми, они в итоге сошлись, что это малозначащая фигура, что заговор имел характер «сороконожки» со множеством очагов. С тем, что сама по себе личность В. Я. Кулеша была малозначащей, согласиться можно, поскольку заговорщики вообще не играли решающей роли. Но в целом вывод о множестве очагов заговора привёл к широкой волне репрессий. При этом надо иметь в виду, что питательной средой репрессивных действий чекистов были настроения среди «революционно-зелёных» обывателей в Кронштадте и других местах, которые до мятежа из-за трудностей Гражданской войны склонны были винить большевистские власти в «предательстве революции», но, не осознавая, что на основе подобных настроений в значительной степени и вырос мятеж, теперь склонны были объяснять его исключительно «предательством» бывшего офицерства, заявляя, что «оно всё таково по своей сущности».
Непосредственно после мятежа Красной Горки 20 июня ВЦИК принял декрет, предоставлявший вновь ВЧК и ее местным органам широкие полномочия и «право непосредственной расправы (вплоть до расстрела)» в местностях, объявленных на военном положении. Результат деятельности чекистов в Кронштадте на середину июля обывателю (в лице Г. А. Князева) представлялся следующим образом: «Все произошедшее там после Красной Горки превзошло всё, что было до сих пор самое страшное. Там расстреляно и растерзано до 500 человек… В Москве и Петрограде массовые расстрелы». На самом деле историкам известна цифра 90 – расстрелянных по делу о мятеже на Красной Горке. Из Петрограда по результатам обысков было арестовано и выслано в глубь страны около 1000 человек. Но и эти цифры, и преувеличенные слухи о них сильным образом влияли на кровопролитие в Гражданской войне. В дальнейшем раскрывались и другие подпольные белогвардейские организации, которым удобно «привешивалась» и Красная Горка с военными моряками.